ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 43, 61, 42, 21, 18, 8, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.027, 0.063, 0.099, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.063 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.033, 0.071, 0.109, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.071 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.221, 0.380, 0.538, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.380 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.035, 0.203, 0.371, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.203 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.194, 0.363, 0.533, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.363 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.228, 0.406, 0.583, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.406 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.243, 0.428, 0.613, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.428 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.035, 0.223, 0.411, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.223 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.177, 0.378, 0.580, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.378 std_dev=0.202
C2' B 0, 0.276, 0.485, 0.694, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.485 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.188, 0.398, 0.607, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.398 std_dev=0.210
O2 B 0, 0.258, 0.468, 0.679, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.468 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.170, 0.396, 0.622, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.396 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.239, 0.471, 0.703, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.471 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.234, 0.490, 0.746, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.490 std_dev=0.256
O4 B 0, 0.183, 0.466, 0.749, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.466 std_dev=0.283
C5' A 0, 0.131, 0.429, 0.727, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.429 std_dev=0.298
O2' B 0, 0.359, 0.696, 1.033, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.696 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.266, 0.622, 0.978, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.622 std_dev=0.356
C4' A 0, 0.048, 0.434, 0.820, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.434 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.153, 0.563, 0.973, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.563 std_dev=0.410
O5' A 0, 0.113, 0.537, 0.961, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.537 std_dev=0.424
P A 0, 0.207, 0.679, 1.151, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.679 std_dev=0.472
P B 0, 0.199, 0.676, 1.152, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.676 std_dev=0.477
O2' A 0, -0.048, 0.527, 1.102, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.527 std_dev=0.575
C3' B 0, 0.252, 0.856, 1.459, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.856 std_dev=0.603
C3' A 0, -0.017, 0.629, 1.275, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.629 std_dev=0.646
OP1 A 0, 0.164, 1.075, 1.985, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.075 std_dev=0.910
OP1 B 0, 0.179, 1.165, 2.150, 4.183 max_d=4.183 avg_d=1.165 std_dev=0.985
OP2 B 0, 0.146, 1.306, 2.466, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.306 std_dev=1.160
OP2 A 0, 0.028, 1.243, 2.458, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.243 std_dev=1.215
O3' B 0, 0.142, 1.392, 2.642, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.392 std_dev=1.250
O3' A 0, -0.128, 1.133, 2.394, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.133 std_dev=1.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.33 0.01 0.17 0.71 0.08 0.25
C2 0.02 0.00 0.08 0.19 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.22 0.04 0.12 0.98 0.47 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.22 0.08 0.02 0.07 0.05 0.15 0.00 0.03 0.02 0.48 0.70 0.31 0.54
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.37 0.00 0.42 0.01 0.38 0.23 0.27 0.40 0.09 0.02 0.01 0.02 0.07 0.12 0.09 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.37 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.12 0.02 0.23 1.13 0.85 0.18
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.08 0.14 0.05 0.31 0.02 0.00 0.01 0.12 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.42 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.25 0.03 0.28 1.14 0.86 0.18
C5' 0.08 0.06 0.22 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.08 0.13 0.08 0.10 0.23 0.01 0.01 0.19 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.38 0.01 0.16 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.04 0.21 1.05 0.59 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.10 0.01 0.12 0.93 0.38 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.27 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.11 0.04 0.16 1.08 0.68 0.19
N4 0.02 0.01 0.05 0.40 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.17 0.03 0.26 1.16 1.00 0.19
O2 0.04 0.01 0.15 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.45 0.07 0.13 0.90 0.34 0.23
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.36 0.31 0.31 0.10 0.24 0.21 0.35 0.40 0.25 0.00 0.04 0.22 0.35 0.55 0.29 0.45
O3' 0.33 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.25 0.23 0.19 0.10 0.11 0.17 0.45 0.04 0.00 0.23 0.23 0.51 0.24 0.30
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.22 0.23 0.00 0.06 0.50 0.10 0.12
O5' 0.17 0.12 0.48 0.07 0.23 0.01 0.28 0.01 0.21 0.12 0.16 0.26 0.13 0.35 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.71 0.98 0.70 0.12 1.13 0.12 1.14 0.19 1.05 0.93 1.08 1.16 0.90 0.55 0.51 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.47 0.31 0.09 0.85 0.21 0.86 0.40 0.59 0.38 0.68 1.00 0.34 0.29 0.24 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.21 0.54 0.05 0.18 0.04 0.18 0.01 0.18 0.21 0.19 0.19 0.23 0.45 0.30 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.16 0.68 0.19 0.34 0.16 0.19 0.14 0.14 0.19 0.19 0.52 1.04 0.24 0.14 0.10 0.60 0.54 0.35
C2 0.14 0.18 0.14 0.61 0.15 0.29 0.15 0.17 0.15 0.14 0.19 0.22 0.58 0.71 0.20 0.14 0.15 0.85 0.86 0.23
C2' 0.15 0.18 0.16 0.77 0.19 0.42 0.18 0.29 0.17 0.16 0.19 0.18 0.36 1.14 0.22 0.18 0.22 0.59 0.59 0.30
C3' 0.73 0.60 0.83 0.11 0.41 0.33 0.44 0.39 0.58 0.65 0.50 0.63 1.00 0.54 0.33 0.62 0.62 0.58 0.22 0.81
C4 0.13 0.13 0.16 0.50 0.14 0.24 0.19 0.14 0.15 0.11 0.11 0.20 0.61 0.44 0.18 0.12 0.12 0.86 0.70 0.26
C4' 0.39 0.29 0.48 0.29 0.21 0.12 0.23 0.24 0.30 0.33 0.24 0.31 0.73 0.93 0.20 0.32 0.52 0.46 0.39 0.82
C5 0.16 0.15 0.18 0.52 0.16 0.28 0.18 0.15 0.17 0.14 0.14 0.20 0.63 0.54 0.18 0.15 0.15 0.75 0.48 0.34
C5' 0.24 0.19 0.33 0.38 0.17 0.25 0.16 0.22 0.16 0.19 0.17 0.22 0.56 1.12 0.20 0.19 0.44 0.22 0.54 0.67
C6 0.15 0.16 0.16 0.61 0.15 0.32 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.19 0.61 0.80 0.18 0.16 0.15 0.68 0.42 0.38
N1 0.14 0.17 0.14 0.65 0.15 0.32 0.15 0.17 0.14 0.13 0.17 0.20 0.58 0.86 0.20 0.13 0.10 0.73 0.62 0.32
N3 0.14 0.16 0.15 0.55 0.11 0.25 0.17 0.15 0.15 0.13 0.15 0.22 0.59 0.53 0.16 0.12 0.15 0.90 0.87 0.23
N4 0.14 0.13 0.19 0.42 0.20 0.21 0.22 0.13 0.17 0.13 0.12 0.20 0.58 0.27 0.24 0.13 0.13 0.89 0.72 0.25
O2 0.17 0.21 0.16 0.63 0.20 0.29 0.18 0.20 0.18 0.17 0.23 0.24 0.56 0.76 0.26 0.17 0.21 0.86 1.01 0.21
O2' 0.48 0.63 0.31 0.95 0.74 0.68 0.72 0.54 0.63 0.58 0.69 0.60 0.22 1.24 0.76 0.54 0.54 0.43 1.02 0.21
O3' 1.08 0.70 1.18 0.59 0.36 0.96 0.46 1.14 0.74 0.84 0.49 0.76 1.26 0.10 0.26 1.12 1.27 1.16 0.87 1.59
O4' 0.18 0.15 0.23 0.55 0.15 0.26 0.14 0.13 0.15 0.15 0.15 0.17 0.61 1.07 0.21 0.15 0.27 0.51 0.22 0.59
O5' 0.09 0.14 0.21 0.56 0.19 0.48 0.23 0.40 0.19 0.10 0.15 0.20 0.56 1.23 0.22 0.22 0.12 0.31 0.32 0.22
OP1 0.71 0.97 0.69 0.67 1.02 0.56 0.92 0.27 0.84 0.87 1.04 0.95 0.52 1.22 1.06 0.62 0.27 0.19 0.62 0.48
OP2 0.56 0.81 0.61 0.17 0.61 0.26 0.42 0.34 0.40 0.60 0.78 0.97 1.01 0.78 0.61 0.20 0.23 0.49 0.36 0.24
P 0.36 0.28 0.29 0.80 0.36 0.80 0.44 0.64 0.45 0.37 0.30 0.21 0.18 1.55 0.37 0.58 0.20 0.49 0.36 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.34 0.02 0.01 0.14 0.68 0.13 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.17 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.28 0.02 0.05 0.12 0.85 0.61 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.21 0.07 0.03 0.08 0.13 0.00 0.03 0.06 0.02 0.47 0.68 0.33 0.53
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.41 0.01 0.48 0.02 0.43 0.24 0.28 0.07 0.02 0.01 0.43 0.02 0.07 0.15 0.17 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.16 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.13 0.00 0.03 0.34 0.92 1.13 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.09 0.05 0.31 0.02 0.17 0.00 0.01 0.14 0.21 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.48 0.01 0.22 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.28 0.01 0.04 0.39 0.93 1.13 0.29
C5' 0.07 0.06 0.21 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.19 0.07 0.11 0.06 0.09 0.22 0.21 0.01 0.01 0.14 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.43 0.01 0.21 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.23 0.01 0.06 0.29 0.89 0.79 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.01 0.12 0.82 0.51 0.16
N3 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.14 0.01 0.04 0.22 0.90 0.89 0.20
O2 0.03 0.01 0.13 0.07 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.53 0.02 0.07 0.07 0.80 0.46 0.16
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.37 0.31 0.32 0.09 0.25 0.22 0.37 0.27 0.00 0.06 0.40 0.21 0.35 0.53 0.33 0.44
O3' 0.34 0.28 0.03 0.01 0.13 0.02 0.28 0.22 0.23 0.12 0.14 0.53 0.06 0.00 0.16 0.23 0.22 0.54 0.27 0.30
O4 0.02 0.02 0.06 0.43 0.00 0.17 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.16 0.00 0.04 0.39 0.92 1.29 0.33
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.07 0.21 0.23 0.04 0.00 0.08 0.52 0.12 0.13
O5' 0.14 0.12 0.47 0.07 0.34 0.01 0.39 0.01 0.29 0.12 0.22 0.07 0.35 0.22 0.39 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.68 0.85 0.68 0.15 0.92 0.14 0.93 0.14 0.89 0.82 0.90 0.80 0.53 0.54 0.92 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.61 0.33 0.17 1.13 0.21 1.13 0.40 0.79 0.51 0.89 0.46 0.33 0.27 1.29 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.16 0.53 0.07 0.28 0.04 0.29 0.02 0.20 0.16 0.20 0.16 0.44 0.30 0.33 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00