ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52062

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 9, 22, 2, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.028, 0.059, 0.090, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.025, 0.068, 0.112, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.068 std_dev=0.044
N1 B 0, 0.179, 0.307, 0.436, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.307 std_dev=0.128
N3 B 0, 0.212, 0.342, 0.471, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.342 std_dev=0.129
C4 B 0, 0.202, 0.339, 0.476, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.339 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.158, 0.300, 0.442, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.300 std_dev=0.142
O4' A 0, -0.037, 0.133, 0.304, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.133 std_dev=0.171
C2' A 0, -0.051, 0.126, 0.303, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.126 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.052, 0.231, 0.411, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.231 std_dev=0.179
O4 B 0, 0.325, 0.506, 0.687, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.506 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.294, 0.485, 0.676, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.485 std_dev=0.191
O2 B 0, 0.244, 0.435, 0.627, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.435 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.035, 0.227, 0.420, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.227 std_dev=0.192
O4' B 0, 0.379, 0.612, 0.845, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.612 std_dev=0.233
O5' B 0, 0.099, 0.380, 0.660, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.380 std_dev=0.280
C4' A 0, -0.078, 0.206, 0.489, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.206 std_dev=0.283
O2' A 0, -0.053, 0.241, 0.535, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.241 std_dev=0.294
P B 0, 0.115, 0.439, 0.763, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.439 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.238, 0.565, 0.893, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.565 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.128, 0.456, 0.784, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.456 std_dev=0.328
C3' B 0, 0.205, 0.540, 0.875, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.540 std_dev=0.335
C3' A 0, -0.080, 0.255, 0.590, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.255 std_dev=0.335
C5' B 0, 0.163, 0.524, 0.885, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.524 std_dev=0.361
O2' B 0, 0.265, 0.635, 1.005, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.635 std_dev=0.370
C5' A 0, -0.086, 0.303, 0.692, 2.357 max_d=2.357 avg_d=0.303 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.125, 0.535, 0.946, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.535 std_dev=0.410
O3' B 0, 0.290, 0.798, 1.307, 2.820 max_d=2.820 avg_d=0.798 std_dev=0.508
O3' A 0, -0.104, 0.409, 0.923, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.409 std_dev=0.513
O5' A 0, -0.277, 0.280, 0.837, 3.530 max_d=3.530 avg_d=0.280 std_dev=0.557
P A 0, -0.182, 0.560, 1.303, 4.864 max_d=4.864 avg_d=0.560 std_dev=0.743
OP1 B 0, -0.139, 0.646, 1.431, 4.827 max_d=4.827 avg_d=0.646 std_dev=0.785
OP2 A 0, 0.065, 0.858, 1.650, 5.448 max_d=5.448 avg_d=0.858 std_dev=0.793
OP1 A 0, -0.433, 0.557, 1.546, 5.487 max_d=5.487 avg_d=0.557 std_dev=0.990

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.29 0.16 0.15
C2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.02 0.03 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.11 0.04 0.25 0.49 0.37 0.30
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.07 0.01 0.06 0.04 0.14 0.01 0.04 0.01 0.06 0.14 0.11 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.17 0.00 0.18 0.01 0.16 0.11 0.14 0.19 0.09 0.02 0.01 0.01 0.14 0.11 0.18 0.11
C4 0.02 0.02 0.04 0.17 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.17 0.02 0.38 0.68 0.58 0.48
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.16 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.18 0.04 0.42 0.71 0.59 0.52
C5' 0.06 0.10 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.06 0.10 0.01 0.01 0.16 0.12 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.05 0.37 0.60 0.46 0.43
N1 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.26 0.47 0.33 0.30
N3 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.14 0.03 0.32 0.59 0.48 0.39
N4 0.02 0.03 0.04 0.19 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.15 0.19 0.02 0.41 0.73 0.65 0.53
O2 0.02 0.01 0.14 0.09 0.03 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.16 0.12 0.07 0.18 0.42 0.28 0.22
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.14 0.16 0.15 0.06 0.13 0.08 0.13 0.15 0.16 0.00 0.06 0.10 0.12 0.10 0.14 0.05
O3' 0.04 0.11 0.04 0.01 0.17 0.04 0.18 0.10 0.14 0.09 0.14 0.19 0.12 0.06 0.00 0.03 0.22 0.28 0.23 0.23
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.10 0.03 0.00 0.14 0.26 0.11 0.14
O5' 0.12 0.25 0.06 0.14 0.38 0.01 0.42 0.01 0.37 0.26 0.32 0.41 0.18 0.12 0.22 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.49 0.14 0.11 0.68 0.06 0.71 0.16 0.60 0.47 0.59 0.73 0.42 0.10 0.28 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.37 0.11 0.18 0.58 0.07 0.59 0.12 0.46 0.33 0.48 0.65 0.28 0.14 0.23 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.30 0.04 0.11 0.48 0.04 0.52 0.02 0.43 0.30 0.39 0.53 0.22 0.05 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.16 0.25 0.10 0.09 0.12 0.04 0.10 0.07 0.08 0.11 0.36 0.39 0.15 0.11 0.05 0.33 0.30 0.18
C2 0.07 0.09 0.07 0.30 0.08 0.14 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.12 0.29 0.32 0.11 0.08 0.11 0.47 0.35 0.15
C2' 0.16 0.09 0.21 0.18 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.12 0.07 0.11 0.35 0.32 0.11 0.17 0.09 0.38 0.33 0.20
C3' 0.47 0.34 0.57 0.23 0.15 0.32 0.18 0.33 0.31 0.38 0.24 0.38 0.66 0.17 0.10 0.43 0.37 0.37 0.09 0.39
C4 0.14 0.14 0.17 0.37 0.08 0.25 0.10 0.19 0.11 0.12 0.11 0.18 0.19 0.33 0.09 0.15 0.15 0.33 0.37 0.07
C4' 0.31 0.20 0.41 0.23 0.08 0.23 0.09 0.24 0.17 0.22 0.13 0.25 0.55 0.39 0.10 0.27 0.28 0.26 0.05 0.33
C5 0.14 0.12 0.17 0.40 0.08 0.29 0.12 0.23 0.14 0.13 0.10 0.16 0.23 0.41 0.08 0.18 0.15 0.21 0.35 0.06
C5' 0.33 0.26 0.42 0.36 0.19 0.33 0.21 0.31 0.23 0.26 0.21 0.30 0.54 0.53 0.20 0.30 0.28 0.26 0.13 0.23
C6 0.10 0.11 0.09 0.36 0.09 0.24 0.14 0.19 0.13 0.10 0.09 0.14 0.31 0.44 0.10 0.14 0.12 0.21 0.34 0.08
N1 0.07 0.09 0.09 0.30 0.09 0.15 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.12 0.32 0.38 0.12 0.09 0.07 0.34 0.33 0.12
N3 0.09 0.12 0.11 0.33 0.09 0.18 0.10 0.14 0.09 0.09 0.12 0.16 0.23 0.30 0.10 0.09 0.14 0.45 0.37 0.12
N4 0.19 0.17 0.26 0.38 0.10 0.28 0.10 0.22 0.12 0.15 0.12 0.23 0.13 0.30 0.14 0.19 0.18 0.33 0.37 0.07
O2 0.10 0.09 0.09 0.26 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.30 0.29 0.13 0.12 0.13 0.57 0.35 0.21
O2' 0.19 0.21 0.15 0.27 0.30 0.20 0.29 0.19 0.24 0.20 0.26 0.20 0.25 0.37 0.35 0.25 0.20 0.44 0.37 0.26
O3' 0.63 0.42 0.71 0.41 0.20 0.56 0.26 0.62 0.42 0.49 0.29 0.46 0.75 0.21 0.12 0.65 0.64 0.57 0.31 0.72
O4' 0.18 0.12 0.26 0.24 0.08 0.14 0.09 0.11 0.09 0.12 0.08 0.17 0.44 0.44 0.14 0.15 0.14 0.26 0.16 0.23
O5' 0.60 0.54 0.74 0.48 0.32 0.42 0.27 0.31 0.37 0.51 0.45 0.63 0.89 0.51 0.25 0.47 0.34 0.11 0.12 0.21
OP1 0.79 0.75 0.94 0.77 0.54 0.64 0.45 0.49 0.52 0.69 0.67 0.86 1.07 0.73 0.49 0.64 0.46 0.10 0.20 0.27
OP2 0.82 0.82 0.92 0.66 0.55 0.55 0.45 0.37 0.53 0.72 0.72 0.95 1.16 0.60 0.50 0.63 0.36 0.17 0.12 0.19
P 0.73 0.67 0.87 0.68 0.42 0.59 0.36 0.43 0.46 0.62 0.57 0.78 1.05 0.73 0.35 0.60 0.38 0.19 0.09 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.02 0.00 0.08 0.39 0.05 0.13
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.01 0.03 0.12 0.46 0.24 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.06 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.02 0.21 0.36 0.15 0.25
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.20 0.00 0.23 0.01 0.21 0.12 0.14 0.05 0.02 0.01 0.21 0.01 0.03 0.10 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.05 0.01 0.02 0.22 0.51 0.46 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05 0.03 0.16 0.02 0.09 0.00 0.01 0.12 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.23 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.03 0.25 0.51 0.46 0.12
C5' 0.04 0.07 0.10 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.06 0.07 0.11 0.15 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.01 0.03 0.21 0.49 0.32 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.01 0.12 0.45 0.20 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.14 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.08 0.01 0.02 0.17 0.49 0.36 0.09
O2 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.27 0.01 0.06 0.09 0.44 0.17 0.10
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.19 0.16 0.16 0.07 0.13 0.11 0.20 0.20 0.00 0.04 0.21 0.11 0.15 0.26 0.13 0.20
O3' 0.18 0.15 0.02 0.01 0.05 0.02 0.11 0.11 0.09 0.07 0.08 0.27 0.04 0.00 0.06 0.11 0.13 0.26 0.16 0.16
O4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.06 0.00 0.02 0.24 0.52 0.52 0.13
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.11 0.11 0.02 0.00 0.04 0.35 0.09 0.12
O5' 0.08 0.12 0.21 0.03 0.22 0.01 0.25 0.01 0.21 0.12 0.17 0.09 0.15 0.13 0.24 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.39 0.46 0.36 0.10 0.51 0.12 0.51 0.09 0.49 0.45 0.49 0.44 0.26 0.26 0.52 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.24 0.15 0.08 0.46 0.10 0.46 0.18 0.32 0.20 0.36 0.17 0.13 0.16 0.52 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.09 0.25 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.09 0.09 0.09 0.10 0.20 0.16 0.13 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00