ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52064

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 3, 1, 1, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.025, 0.088, 0.151, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.088 std_dev=0.063
N4 A 0, 0.002, 0.085, 0.167, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.085 std_dev=0.082
N1 B 0, 0.203, 0.434, 0.666, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.434 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.192, 0.431, 0.671, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.431 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.217, 0.473, 0.730, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.473 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.193, 0.450, 0.707, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.450 std_dev=0.257
O4' A 0, 0.069, 0.334, 0.599, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.334 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.228, 0.547, 0.866, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.547 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.211, 0.544, 0.877, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.544 std_dev=0.333
C2' A 0, 0.071, 0.405, 0.738, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.405 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.249, 0.597, 0.944, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.597 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.124, 0.484, 0.844, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.484 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.283, 0.648, 1.013, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.648 std_dev=0.365
O4 B 0, 0.312, 0.749, 1.186, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.749 std_dev=0.437
C4' A 0, 0.107, 0.567, 1.027, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.567 std_dev=0.460
C2' B 0, 0.332, 0.794, 1.256, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.794 std_dev=0.462
P A 0, 0.163, 0.647, 1.131, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.647 std_dev=0.484
O4' B 0, 0.294, 0.808, 1.321, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.808 std_dev=0.513
C3' A 0, 0.143, 0.720, 1.296, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.720 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.398, 0.983, 1.568, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.983 std_dev=0.585
O5' A 0, 0.017, 0.602, 1.188, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.602 std_dev=0.585
O2' A 0, 0.094, 0.681, 1.268, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.681 std_dev=0.587
C5' A 0, 0.123, 0.725, 1.327, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.725 std_dev=0.602
P B 0, 0.265, 0.900, 1.535, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.900 std_dev=0.635
O2' B 0, 0.329, 0.988, 1.646, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.988 std_dev=0.658
C4' B 0, 0.408, 1.073, 1.738, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.073 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.447, 1.194, 1.941, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.194 std_dev=0.747
O3' A 0, 0.219, 1.215, 2.210, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.215 std_dev=0.996
OP2 B 0, 0.246, 1.265, 2.283, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.265 std_dev=1.019
OP2 A 0, 0.311, 1.340, 2.368, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.340 std_dev=1.028
OP1 A 0, 0.284, 1.555, 2.826, 3.600 max_d=3.600 avg_d=1.555 std_dev=1.271
O3' B 0, 0.654, 2.025, 3.396, 3.622 max_d=3.622 avg_d=2.025 std_dev=1.371
OP1 B 0, 0.653, 2.109, 3.565, 4.100 max_d=4.100 avg_d=2.109 std_dev=1.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.24 0.01 0.16 0.64 0.21 0.23
C2 0.03 0.00 0.13 0.17 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.25 0.09 0.20 0.98 0.52 0.27
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.11 0.03 0.17 0.18 0.18 0.06 0.11 0.13 0.24 0.00 0.04 0.02 0.40 0.58 0.41 0.46
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.27 0.01 0.31 0.03 0.28 0.17 0.22 0.30 0.18 0.02 0.02 0.03 0.13 0.25 0.22 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.27 0.00 0.10 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.19 0.05 0.26 1.20 0.83 0.31
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.07 0.12 0.06 0.26 0.04 0.01 0.02 0.15 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.17 0.31 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.22 0.09 0.25 1.20 0.84 0.30
C5' 0.08 0.17 0.18 0.03 0.22 0.01 0.21 0.00 0.17 0.14 0.20 0.24 0.16 0.11 0.19 0.02 0.01 0.18 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.02 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.18 0.11 0.20 1.04 0.62 0.27
N1 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.14 0.02 0.17 0.90 0.44 0.25
N3 0.03 0.01 0.11 0.22 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.29 0.22 0.07 0.23 1.12 0.69 0.29
N4 0.02 0.02 0.13 0.30 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.37 0.22 0.06 0.28 1.27 0.94 0.33
O2 0.05 0.01 0.24 0.18 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.40 0.15 0.19 0.88 0.43 0.26
O2' 0.03 0.23 0.00 0.02 0.34 0.26 0.35 0.11 0.29 0.19 0.29 0.37 0.24 0.00 0.08 0.17 0.29 0.40 0.37 0.36
O3' 0.24 0.25 0.04 0.02 0.19 0.04 0.22 0.19 0.18 0.14 0.22 0.22 0.40 0.08 0.00 0.16 0.22 0.53 0.27 0.27
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.06 0.15 0.17 0.16 0.00 0.07 0.50 0.11 0.17
O5' 0.16 0.20 0.40 0.13 0.26 0.02 0.25 0.01 0.20 0.17 0.23 0.28 0.19 0.29 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.64 0.98 0.58 0.25 1.20 0.15 1.20 0.18 1.04 0.90 1.12 1.27 0.88 0.40 0.53 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.52 0.41 0.22 0.83 0.20 0.84 0.38 0.62 0.44 0.69 0.94 0.43 0.37 0.27 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.27 0.46 0.16 0.31 0.04 0.30 0.02 0.27 0.25 0.29 0.33 0.26 0.36 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.31 0.70 0.28 0.37 0.27 0.25 0.19 0.10 0.26 0.21 0.60 1.05 0.36 0.18 0.24 0.72 0.55 0.42
C2 0.18 0.19 0.34 0.72 0.21 0.35 0.27 0.22 0.23 0.14 0.23 0.28 0.57 0.89 0.31 0.16 0.20 1.04 0.69 0.40
C2' 0.26 0.27 0.33 0.70 0.30 0.42 0.31 0.33 0.29 0.26 0.29 0.27 0.49 1.00 0.31 0.33 0.36 0.78 0.61 0.42
C3' 0.56 0.54 0.61 0.23 0.45 0.30 0.47 0.40 0.54 0.55 0.50 0.55 0.76 0.62 0.40 0.49 0.51 0.50 0.24 0.62
C4 0.32 0.25 0.46 0.75 0.24 0.46 0.30 0.31 0.27 0.24 0.21 0.37 0.56 0.82 0.35 0.28 0.23 0.94 0.59 0.33
C4' 0.32 0.29 0.47 0.37 0.31 0.18 0.33 0.26 0.35 0.30 0.31 0.31 0.74 0.93 0.33 0.24 0.39 0.34 0.15 0.61
C5 0.36 0.26 0.51 0.82 0.19 0.56 0.22 0.39 0.24 0.25 0.21 0.37 0.61 0.93 0.28 0.35 0.24 0.73 0.50 0.29
C5' 0.31 0.20 0.49 0.48 0.21 0.36 0.22 0.33 0.26 0.22 0.22 0.26 0.76 1.12 0.27 0.22 0.31 0.28 0.17 0.40
C6 0.27 0.22 0.43 0.85 0.20 0.55 0.19 0.38 0.19 0.17 0.23 0.31 0.63 1.05 0.27 0.31 0.24 0.66 0.49 0.31
N1 0.17 0.19 0.35 0.76 0.23 0.42 0.23 0.27 0.19 0.11 0.24 0.26 0.60 1.00 0.31 0.20 0.21 0.83 0.58 0.37
N3 0.24 0.22 0.39 0.72 0.23 0.38 0.32 0.24 0.27 0.19 0.21 0.32 0.55 0.82 0.34 0.20 0.22 1.07 0.68 0.38
N4 0.37 0.29 0.50 0.71 0.31 0.46 0.34 0.32 0.30 0.29 0.24 0.42 0.52 0.73 0.44 0.31 0.25 0.96 0.59 0.33
O2 0.15 0.18 0.30 0.67 0.21 0.28 0.26 0.17 0.22 0.13 0.23 0.26 0.56 0.87 0.30 0.13 0.20 1.14 0.76 0.44
O2' 0.62 0.63 0.54 0.81 0.63 0.67 0.67 0.57 0.68 0.64 0.62 0.61 0.59 1.02 0.60 0.69 0.60 0.97 0.82 0.54
O3' 0.88 0.66 0.91 0.46 0.43 0.79 0.51 0.98 0.69 0.75 0.53 0.70 0.94 0.33 0.32 0.92 1.02 0.92 0.50 1.24
O4' 0.24 0.16 0.46 0.64 0.24 0.35 0.25 0.25 0.25 0.17 0.20 0.21 0.80 1.12 0.33 0.17 0.24 0.49 0.28 0.50
O5' 0.33 0.16 0.47 0.66 0.17 0.61 0.21 0.57 0.28 0.20 0.18 0.24 0.79 1.24 0.23 0.38 0.27 0.55 0.31 0.17
OP1 0.77 0.90 0.85 0.69 0.83 0.57 0.74 0.25 0.72 0.81 0.90 0.95 0.97 1.22 0.83 0.61 0.22 0.28 0.54 0.41
OP2 0.56 0.91 0.62 0.27 0.82 0.36 0.62 0.52 0.53 0.68 0.95 1.03 0.94 0.84 0.87 0.24 0.21 0.80 0.34 0.24
P 0.46 0.25 0.51 0.82 0.24 0.85 0.32 0.71 0.39 0.34 0.23 0.29 0.73 1.55 0.26 0.61 0.28 0.71 0.29 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.29 0.02 0.01 0.21 0.72 0.18 0.32
C2 0.03 0.00 0.10 0.17 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.02 0.08 0.19 1.00 0.41 0.32
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.03 0.11 0.21 0.13 0.03 0.07 0.19 0.01 0.05 0.07 0.02 0.44 0.62 0.34 0.50
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.34 0.00 0.40 0.03 0.36 0.20 0.25 0.13 0.04 0.01 0.36 0.02 0.11 0.33 0.14 0.13
C4 0.01 0.01 0.06 0.34 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.37 0.18 0.01 0.04 0.22 1.22 0.74 0.28
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.06 0.30 0.04 0.13 0.01 0.02 0.25 0.24 0.08
C5 0.01 0.02 0.11 0.40 0.01 0.16 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.34 0.29 0.01 0.08 0.24 1.22 0.75 0.29
C5' 0.09 0.10 0.21 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.12 0.14 0.19 0.16 0.02 0.01 0.25 0.42 0.02
C6 0.01 0.02 0.13 0.36 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.27 0.24 0.02 0.10 0.21 1.10 0.54 0.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.22 0.13 0.02 0.02 0.19 0.96 0.36 0.33
N3 0.03 0.01 0.07 0.25 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.35 0.16 0.01 0.06 0.20 1.13 0.58 0.30
O2 0.06 0.01 0.19 0.13 0.03 0.06 0.03 0.12 0.03 0.03 0.02 0.00 0.28 0.44 0.03 0.14 0.21 0.91 0.32 0.32
O2' 0.03 0.28 0.01 0.04 0.37 0.30 0.34 0.14 0.27 0.22 0.35 0.28 0.00 0.11 0.40 0.18 0.32 0.51 0.26 0.40
O3' 0.29 0.24 0.05 0.01 0.18 0.04 0.29 0.19 0.24 0.13 0.16 0.44 0.11 0.00 0.21 0.21 0.24 0.69 0.34 0.34
O4 0.02 0.02 0.07 0.36 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.40 0.21 0.00 0.05 0.25 1.26 0.84 0.27
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.14 0.18 0.21 0.05 0.00 0.11 0.58 0.18 0.23
O5' 0.21 0.19 0.44 0.11 0.22 0.02 0.24 0.01 0.21 0.19 0.20 0.21 0.32 0.24 0.25 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.72 1.00 0.62 0.33 1.22 0.25 1.22 0.25 1.10 0.96 1.13 0.91 0.51 0.69 1.26 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.41 0.34 0.14 0.74 0.24 0.75 0.42 0.54 0.36 0.58 0.32 0.26 0.34 0.84 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.32 0.50 0.13 0.28 0.08 0.29 0.02 0.32 0.33 0.30 0.32 0.40 0.34 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00