ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52065

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.269, 0.582, 0.895, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.582 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.195, 0.526, 0.856, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.526 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.335, 0.686, 1.038, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.686 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.170, 0.544, 0.918, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.544 std_dev=0.374
C6 B 0, 0.291, 0.709, 1.127, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.709 std_dev=0.418
O4' A 0, 0.041, 0.466, 0.890, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.466 std_dev=0.424
O2 B 0, 0.274, 0.702, 1.129, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.702 std_dev=0.428
C3' A 0, 0.049, 0.503, 0.958, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.503 std_dev=0.454
C2' A 0, 0.026, 0.486, 0.946, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.486 std_dev=0.460
C4 B 0, 0.288, 0.748, 1.208, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.748 std_dev=0.460
O4' B 0, 0.274, 0.752, 1.231, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.752 std_dev=0.478
C5 B 0, 0.298, 0.795, 1.291, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.795 std_dev=0.496
C4' A 0, 0.061, 0.605, 1.148, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.605 std_dev=0.544
O4 B 0, 0.379, 0.941, 1.502, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.941 std_dev=0.561
C2' B 0, 0.191, 0.771, 1.352, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.771 std_dev=0.580
O3' A 0, -0.113, 0.513, 1.139, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.513 std_dev=0.626
O5' A 0, 0.254, 0.882, 1.511, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.882 std_dev=0.628
C4' B 0, 0.264, 0.910, 1.555, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.910 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.261, 1.007, 1.754, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.007 std_dev=0.746
O5' B 0, 0.410, 1.192, 1.975, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.192 std_dev=0.783
O2' A 0, 0.028, 0.823, 1.619, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.823 std_dev=0.796
C3' B 0, 0.084, 0.960, 1.836, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.960 std_dev=0.876
C5' B 0, 0.391, 1.309, 2.226, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.309 std_dev=0.918
P A 0, 0.387, 1.321, 2.255, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.321 std_dev=0.934
P B 0, 0.463, 1.495, 2.527, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.495 std_dev=1.032
C5' A 0, 0.115, 1.225, 2.336, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.225 std_dev=1.111
OP1 B 0, 0.530, 1.652, 2.773, 3.609 max_d=3.609 avg_d=1.652 std_dev=1.121
OP2 A 0, 0.565, 1.714, 2.863, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.714 std_dev=1.149
O3' B 0, 0.079, 1.264, 2.448, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.264 std_dev=1.184
OP1 A 0, 0.339, 1.571, 2.803, 3.854 max_d=3.854 avg_d=1.571 std_dev=1.232
OP2 B 0, 0.352, 1.600, 2.848, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.600 std_dev=1.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.25 0.01 0.22 0.15 0.49 0.20
C2 0.03 0.00 0.16 0.08 0.02 0.06 0.03 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.30 0.12 0.27 0.18 0.75 0.38
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.03 0.16 0.16 0.19 0.03 0.12 0.05 0.29 0.01 0.08 0.02 0.48 0.19 0.84 0.44
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.03 0.13 0.02 0.06 0.03 0.17 0.04 0.01 0.03 0.38 0.19 0.45 0.19
C4 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.19 0.03 0.28 0.38 0.97 0.57
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.12 0.08 0.01 0.01 0.02 0.40 0.09 0.26
C5 0.03 0.03 0.16 0.11 0.01 0.06 0.00 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.28 0.13 0.08 0.29 0.44 0.99 0.61
C5' 0.08 0.16 0.16 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.23 0.16 0.19 0.25 0.16 0.11 0.21 0.02 0.01 0.12 0.06 0.02
C6 0.02 0.02 0.19 0.13 0.01 0.06 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.12 0.11 0.28 0.34 0.87 0.51
N1 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.21 0.03 0.26 0.18 0.71 0.37
N3 0.03 0.01 0.12 0.06 0.01 0.04 0.02 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.27 0.09 0.28 0.26 0.87 0.48
N4 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.17 0.18 0.03 0.28 0.45 1.03 0.63
O2 0.06 0.01 0.29 0.17 0.03 0.12 0.03 0.16 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.49 0.40 0.21 0.26 0.17 0.65 0.30
O2' 0.02 0.24 0.01 0.04 0.16 0.08 0.28 0.11 0.29 0.07 0.20 0.17 0.49 0.00 0.14 0.04 0.53 0.23 0.99 0.51
O3' 0.25 0.30 0.08 0.01 0.19 0.01 0.13 0.21 0.12 0.21 0.27 0.18 0.40 0.14 0.00 0.17 0.38 0.54 0.31 0.35
O4' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.09 0.03 0.21 0.04 0.17 0.00 0.13 0.27 0.18 0.17
O5' 0.22 0.27 0.48 0.38 0.28 0.02 0.29 0.01 0.28 0.26 0.28 0.28 0.26 0.53 0.38 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.15 0.18 0.19 0.19 0.38 0.40 0.44 0.12 0.34 0.18 0.26 0.45 0.17 0.23 0.54 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.75 0.84 0.45 0.97 0.09 0.99 0.06 0.87 0.71 0.87 1.03 0.65 0.99 0.31 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.38 0.44 0.19 0.57 0.26 0.61 0.02 0.51 0.37 0.48 0.63 0.30 0.51 0.35 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.17 0.32 0.45 0.19 0.27 0.19 0.31 0.20 0.13 0.22 0.21 0.31 0.61 0.28 0.15 0.48 0.66 0.67 0.58
C2 0.15 0.17 0.26 0.30 0.21 0.17 0.27 0.24 0.25 0.14 0.22 0.22 0.29 0.44 0.27 0.11 0.39 0.56 0.67 0.53
C2' 0.25 0.33 0.36 0.49 0.38 0.32 0.30 0.39 0.28 0.27 0.40 0.36 0.32 0.63 0.47 0.20 0.52 0.79 0.79 0.69
C3' 0.31 0.34 0.43 0.59 0.38 0.40 0.35 0.42 0.34 0.32 0.38 0.35 0.39 0.74 0.43 0.27 0.54 0.73 0.67 0.60
C4 0.12 0.22 0.29 0.29 0.32 0.15 0.32 0.31 0.26 0.16 0.29 0.25 0.37 0.49 0.35 0.17 0.40 0.57 0.79 0.59
C4' 0.42 0.33 0.53 0.70 0.38 0.53 0.46 0.53 0.48 0.40 0.34 0.31 0.50 0.86 0.38 0.43 0.68 0.75 0.65 0.64
C5 0.16 0.23 0.38 0.45 0.34 0.24 0.30 0.32 0.21 0.17 0.30 0.25 0.45 0.69 0.39 0.21 0.45 0.63 0.79 0.61
C5' 0.80 0.65 0.85 1.04 0.66 0.93 0.81 0.94 0.84 0.76 0.60 0.61 0.82 1.18 0.59 0.86 1.07 1.06 1.01 1.00
C6 0.17 0.20 0.39 0.49 0.29 0.27 0.22 0.31 0.18 0.14 0.28 0.22 0.42 0.71 0.38 0.18 0.47 0.66 0.72 0.60
N1 0.14 0.17 0.32 0.42 0.21 0.23 0.20 0.27 0.20 0.12 0.23 0.20 0.34 0.59 0.30 0.12 0.45 0.62 0.67 0.56
N3 0.15 0.19 0.24 0.23 0.27 0.13 0.31 0.26 0.28 0.16 0.25 0.23 0.30 0.38 0.30 0.14 0.37 0.52 0.71 0.53
N4 0.15 0.27 0.25 0.21 0.35 0.20 0.38 0.43 0.34 0.24 0.32 0.30 0.40 0.41 0.34 0.26 0.44 0.59 0.88 0.64
O2 0.20 0.21 0.23 0.26 0.23 0.18 0.32 0.25 0.29 0.20 0.23 0.26 0.27 0.36 0.25 0.16 0.39 0.54 0.65 0.52
O2' 0.18 0.25 0.21 0.40 0.26 0.40 0.21 0.62 0.23 0.16 0.34 0.32 0.17 0.48 0.38 0.32 0.72 1.05 1.13 1.00
O3' 0.18 0.20 0.29 0.49 0.20 0.35 0.19 0.44 0.21 0.17 0.24 0.24 0.24 0.63 0.25 0.21 0.56 0.79 0.76 0.68
O4' 0.28 0.21 0.43 0.56 0.26 0.37 0.34 0.33 0.35 0.25 0.24 0.21 0.43 0.75 0.30 0.26 0.51 0.57 0.48 0.47
O5' 0.28 0.23 0.39 0.60 0.30 0.46 0.29 0.51 0.29 0.25 0.27 0.23 0.39 0.82 0.38 0.37 0.65 0.80 0.66 0.67
OP1 0.17 0.25 0.23 0.43 0.35 0.31 0.30 0.42 0.23 0.21 0.31 0.24 0.25 0.66 0.42 0.29 0.45 0.82 0.52 0.59
OP2 0.89 0.95 0.69 0.68 0.95 0.88 0.93 1.01 0.90 0.92 0.95 0.96 0.69 0.68 0.96 1.01 0.93 1.20 1.12 1.15
P 0.36 0.40 0.30 0.44 0.42 0.46 0.39 0.60 0.36 0.37 0.41 0.42 0.32 0.63 0.46 0.50 0.59 0.92 0.74 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.11 0.12 0.26 0.15
C2 0.04 0.00 0.17 0.11 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.04 0.08 0.12 0.16 0.29 0.18
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.03 0.13 0.02 0.16 0.02 0.12 0.32 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.12 0.17 0.10
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.15 0.01 0.22 0.02 0.22 0.07 0.11 0.21 0.02 0.01 0.16 0.01 0.26 0.20 0.11 0.18
C4 0.04 0.02 0.05 0.15 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.18 0.01 0.05 0.23 0.30 0.41 0.32
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.09 0.01 0.09 0.01 0.03 0.07 0.15 0.04
C5 0.03 0.02 0.13 0.22 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.28 0.03 0.12 0.26 0.32 0.44 0.36
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.16 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.11 0.11 0.09 0.03 0.19 0.03 0.01 0.11 0.17 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.22 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.26 0.02 0.14 0.22 0.24 0.38 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.13 0.16 0.30 0.20
N3 0.04 0.01 0.12 0.11 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.13 0.03 0.05 0.16 0.21 0.33 0.23
O2 0.07 0.01 0.32 0.21 0.03 0.08 0.03 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.38 0.28 0.05 0.14 0.12 0.15 0.27 0.16
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.09 0.11 0.04 0.17 0.38 0.00 0.05 0.10 0.05 0.11 0.14 0.12 0.09
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.18 0.01 0.28 0.03 0.26 0.07 0.13 0.28 0.05 0.00 0.21 0.02 0.34 0.34 0.18 0.30
O4 0.05 0.04 0.07 0.16 0.01 0.09 0.03 0.19 0.02 0.03 0.03 0.05 0.10 0.21 0.00 0.06 0.27 0.37 0.48 0.38
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.12 0.03 0.14 0.02 0.05 0.14 0.05 0.02 0.06 0.00 0.22 0.20 0.29 0.21
O5' 0.11 0.12 0.13 0.26 0.23 0.03 0.26 0.01 0.22 0.13 0.16 0.12 0.11 0.34 0.27 0.22 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.16 0.12 0.20 0.30 0.07 0.32 0.11 0.24 0.16 0.21 0.15 0.14 0.34 0.37 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.29 0.17 0.11 0.41 0.15 0.44 0.17 0.38 0.30 0.33 0.27 0.12 0.18 0.48 0.29 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.18 0.10 0.18 0.32 0.04 0.36 0.02 0.30 0.20 0.23 0.16 0.09 0.30 0.38 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00