Doublet Group distance statistics: 52069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.018, 0.037, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O2	A	0, 0.025, 0.055, 0.085, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.055 std_dev=0.030
N4	A	0, 0.022, 0.057, 0.092, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.057 std_dev=0.035
O4'	A	0, 0.013, 0.117, 0.222, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.117 std_dev=0.105
C4'	A	0, 0.096, 0.224, 0.352, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.224 std_dev=0.128
C2'	A	0, 0.077, 0.226, 0.374, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.226 std_dev=0.149
C3'	A	0, 0.108, 0.324, 0.539, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.324 std_dev=0.215
O2'	A	0, 0.132, 0.361, 0.589, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.361 std_dev=0.228
C5'	A	0, 0.150, 0.394, 0.638, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.394 std_dev=0.244
C4	B	0, 0.293, 0.555, 0.817, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.555 std_dev=0.262
N3	B	0, 0.285, 0.562, 0.839, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.562 std_dev=0.277
C5	B	0, 0.313, 0.594, 0.876, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.594 std_dev=0.281
C6	B	0, 0.288, 0.581, 0.874, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.581 std_dev=0.293
N1	B	0, 0.309, 0.605, 0.900, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.605 std_dev=0.296
C2	B	0, 0.317, 0.635, 0.952, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.635 std_dev=0.317
O3'	A	0, 0.161, 0.512, 0.862, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.512 std_dev=0.350
O4	B	0, 0.306, 0.673, 1.039, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.673 std_dev=0.366
O4'	B	0, 0.320, 0.725, 1.129, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.725 std_dev=0.405
C1'	B	0, 0.327, 0.758, 1.188, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.758 std_dev=0.431
O2	B	0, 0.337, 0.803, 1.269, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.803 std_dev=0.466
C4'	B	0, 0.260, 0.797, 1.333, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.797 std_dev=0.536
O5'	B	0, 0.226, 0.793, 1.360, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.793 std_dev=0.567
C5'	B	0, 0.296, 0.882, 1.467, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.882 std_dev=0.586
C2'	B	0, 0.222, 0.863, 1.505, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.863 std_dev=0.642
C3'	B	0, 0.195, 0.848, 1.502, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.848 std_dev=0.653
O2'	B	0, 0.276, 1.064, 1.853, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.064 std_dev=0.789
O5'	A	0, 0.328, 1.146, 1.964, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.146 std_dev=0.818
O3'	B	0, 0.195, 1.055, 1.914, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.055 std_dev=0.860
OP2	A	0, 0.352, 1.315, 2.279, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.315 std_dev=0.963
P	A	0, 0.213, 1.202, 2.192, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.202 std_dev=0.990
OP1	A	0, 0.573, 1.630, 2.688, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.630 std_dev=1.058
P	B	0, -0.108, 1.030, 2.168, 3.442 max_d=3.442 avg_d=1.030 std_dev=1.138
OP2	B	0, -0.071, 1.173, 2.417, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.173 std_dev=1.244
OP1	B	0, -0.250, 1.340, 2.930, 4.693 max_d=4.693 avg_d=1.340 std_dev=1.590

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.27	0.32	0.29	0.18
C2	0.02	0.00	0.04	0.05	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.06	0.03	0.52	0.45	0.65	0.48
C2'	0.02	0.04	0.00	0.00	0.09	0.01	0.12	0.02	0.11	0.04	0.06	0.10	0.10	0.01	0.03	0.01	0.25	0.35	0.34	0.20
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.16	0.00	0.21	0.02	0.19	0.08	0.09	0.18	0.11	0.04	0.00	0.01	0.31	0.37	0.33	0.23
C4	0.01	0.02	0.09	0.16	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.08	0.18	0.02	0.75	0.71	0.99	0.78
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.09	0.04	0.04	0.08	0.04	0.05	0.01	0.01	0.01	0.31	0.23	0.08
C5	0.01	0.01	0.12	0.21	0.00	0.10	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.23	0.02	0.79	0.75	1.00	0.82
C5'	0.02	0.03	0.02	0.02	0.09	0.01	0.13	0.00	0.12	0.05	0.06	0.10	0.04	0.05	0.04	0.01	0.01	0.30	0.31	0.01
C6	0.01	0.01	0.11	0.19	0.01	0.09	0.00	0.12	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.06	0.19	0.01	0.70	0.60	0.76	0.66
N1	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.04	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.07	0.01	0.52	0.43	0.57	0.45
N3	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.04	0.00	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.09	0.02	0.64	0.57	0.84	0.63
N4	0.01	0.02	0.10	0.18	0.00	0.08	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.09	0.21	0.01	0.80	0.81	1.12	0.87
O2	0.04	0.01	0.10	0.11	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.12	0.15	0.04	0.41	0.38	0.53	0.35
O2'	0.01	0.07	0.01	0.04	0.08	0.05	0.07	0.05	0.06	0.03	0.08	0.09	0.12	0.00	0.08	0.05	0.09	0.32	0.25	0.13
O3'	0.02	0.06	0.03	0.00	0.18	0.01	0.23	0.04	0.19	0.07	0.09	0.21	0.15	0.08	0.00	0.01	0.26	0.34	0.26	0.13
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.00	0.21	0.28	0.20	0.10
O5'	0.27	0.52	0.25	0.31	0.75	0.01	0.79	0.01	0.70	0.52	0.64	0.80	0.41	0.09	0.26	0.21	0.00	0.03	0.05	0.01
OP1	0.32	0.45	0.35	0.37	0.71	0.31	0.75	0.30	0.60	0.43	0.57	0.81	0.38	0.32	0.34	0.28	0.03	0.00	0.04	0.01
OP2	0.29	0.65	0.34	0.33	0.99	0.23	1.00	0.31	0.76	0.57	0.84	1.12	0.53	0.25	0.26	0.20	0.05	0.04	0.00	0.01
P	0.18	0.48	0.20	0.23	0.78	0.08	0.82	0.01	0.66	0.45	0.63	0.87	0.35	0.13	0.13	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.15	0.16	0.17	0.17	0.15	0.19	0.18	0.18	0.09	0.21	0.22	0.17	0.19	0.27	0.13	0.19	0.27	0.18	0.19
C2	0.09	0.10	0.10	0.10	0.21	0.07	0.28	0.08	0.22	0.11	0.11	0.16	0.11	0.15	0.26	0.09	0.11	0.30	0.09	0.09
C2'	0.19	0.32	0.12	0.09	0.30	0.14	0.22	0.16	0.20	0.21	0.37	0.38	0.14	0.07	0.37	0.19	0.17	0.20	0.19	0.17
C3'	0.19	0.32	0.11	0.12	0.33	0.16	0.23	0.21	0.20	0.22	0.38	0.36	0.12	0.10	0.44	0.21	0.22	0.27	0.27	0.24
C4	0.16	0.20	0.18	0.13	0.17	0.09	0.23	0.15	0.17	0.14	0.17	0.28	0.23	0.18	0.21	0.08	0.21	0.55	0.38	0.34
C4'	0.14	0.17	0.22	0.28	0.23	0.25	0.18	0.29	0.19	0.12	0.26	0.21	0.21	0.31	0.37	0.19	0.30	0.38	0.32	0.32
C5	0.25	0.20	0.35	0.25	0.14	0.18	0.17	0.13	0.14	0.18	0.13	0.27	0.40	0.26	0.27	0.17	0.14	0.51	0.39	0.32
C5'	0.26	0.18	0.36	0.43	0.20	0.39	0.18	0.42	0.24	0.19	0.23	0.20	0.36	0.48	0.36	0.30	0.42	0.51	0.43	0.43
C6	0.22	0.15	0.31	0.27	0.15	0.21	0.15	0.17	0.16	0.15	0.14	0.20	0.35	0.29	0.31	0.18	0.14	0.37	0.22	0.20
N1	0.13	0.11	0.17	0.15	0.14	0.13	0.21	0.13	0.19	0.10	0.13	0.17	0.19	0.16	0.23	0.13	0.13	0.29	0.11	0.13
N3	0.09	0.13	0.11	0.17	0.25	0.10	0.28	0.14	0.21	0.12	0.17	0.19	0.11	0.25	0.29	0.08	0.17	0.43	0.21	0.20
N4	0.17	0.29	0.16	0.23	0.18	0.17	0.25	0.29	0.18	0.16	0.25	0.41	0.25	0.31	0.21	0.07	0.38	0.76	0.56	0.53
O2	0.11	0.12	0.14	0.14	0.26	0.09	0.31	0.09	0.23	0.13	0.12	0.20	0.15	0.21	0.35	0.11	0.12	0.23	0.10	0.08
O2'	0.25	0.38	0.16	0.12	0.33	0.18	0.25	0.18	0.24	0.27	0.42	0.45	0.19	0.08	0.38	0.25	0.18	0.21	0.19	0.17
O3'	0.33	0.45	0.21	0.17	0.43	0.25	0.30	0.27	0.29	0.35	0.50	0.51	0.25	0.13	0.49	0.34	0.24	0.29	0.30	0.26
O4'	0.21	0.10	0.30	0.34	0.15	0.30	0.20	0.32	0.24	0.15	0.16	0.15	0.31	0.37	0.29	0.24	0.31	0.37	0.28	0.30
O5'	0.71	0.75	0.66	0.68	0.89	0.72	0.85	0.73	0.79	0.75	0.82	0.73	0.67	0.67	0.97	0.75	0.74	0.71	0.66	0.67
OP1	0.83	0.78	0.78	0.81	0.87	0.88	0.91	0.92	0.89	0.83	0.80	0.75	0.79	0.80	0.89	0.89	0.93	0.85	0.89	0.88
OP2	0.96	1.00	0.94	0.93	1.08	0.95	1.08	0.93	1.03	1.00	1.04	0.99	0.94	0.92	1.12	0.97	0.97	0.80	0.94	0.89
P	0.76	0.79	0.71	0.72	0.90	0.78	0.90	0.79	0.84	0.79	0.84	0.76	0.72	0.71	0.96	0.80	0.82	0.72	0.78	0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.13	0.09	0.07
C2	0.01	0.00	0.10	0.11	0.03	0.04	0.02	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.13	0.01	0.02	0.08	0.18	0.11	0.08
C2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.05	0.03	0.08	0.18	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02	0.20	0.10	0.06
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.08	0.00	0.10	0.01	0.10	0.05	0.10	0.17	0.03	0.01	0.09	0.01	0.04	0.24	0.11	0.09
C4	0.03	0.03	0.05	0.08	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.10	0.02	0.02	0.09	0.15	0.10	0.05
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.07	0.03	0.04	0.07	0.06	0.01	0.06	0.02	0.02	0.13	0.04	0.02
C5	0.01	0.02	0.04	0.10	0.01	0.07	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.12	0.01	0.03	0.09	0.12	0.10	0.05
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.09	0.04	0.06	0.06	0.06	0.02	0.09	0.02	0.01	0.11	0.02	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.07	0.00	0.09	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.12	0.01	0.04	0.06	0.09	0.08	0.03
N1	0.01	0.00	0.03	0.05	0.02	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.02	0.06	0.13	0.09	0.05
N3	0.01	0.00	0.08	0.10	0.01	0.04	0.01	0.06	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.12	0.01	0.03	0.07	0.16	0.11	0.05
O2	0.03	0.00	0.18	0.17	0.02	0.07	0.01	0.06	0.02	0.01	0.00	0.00	0.11	0.20	0.01	0.02	0.10	0.22	0.13	0.10
O2'	0.01	0.05	0.01	0.03	0.03	0.06	0.03	0.06	0.03	0.01	0.03	0.11	0.00	0.03	0.02	0.05	0.06	0.25	0.11	0.09
O3'	0.01	0.13	0.01	0.01	0.10	0.01	0.12	0.02	0.12	0.06	0.12	0.20	0.03	0.00	0.12	0.01	0.07	0.33	0.17	0.15
O4	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.03	0.10	0.16	0.11	0.07
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.02	0.03	0.02	0.05	0.01	0.03	0.00	0.09	0.11	0.10	0.10
O5'	0.06	0.08	0.02	0.04	0.09	0.02	0.09	0.01	0.06	0.06	0.07	0.10	0.06	0.07	0.10	0.09	0.00	0.01	0.04	0.01
OP1	0.13	0.18	0.20	0.24	0.15	0.13	0.12	0.11	0.09	0.13	0.16	0.22	0.25	0.33	0.16	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.11	0.10	0.11	0.10	0.04	0.10	0.02	0.08	0.09	0.11	0.13	0.11	0.17	0.11	0.10	0.04	0.01	0.00	0.00
P	0.07	0.08	0.06	0.09	0.05	0.02	0.05	0.02	0.03	0.05	0.05	0.10	0.09	0.15	0.07	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00