ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52070

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.016, 0.044, 0.073, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.014, 0.050, 0.086, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.026, 0.063, 0.100, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.063 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.042, 0.109, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.109 std_dev=0.067
C4 B 0, 0.174, 0.524, 0.874, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.524 std_dev=0.350
C5 B 0, 0.177, 0.547, 0.916, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.547 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.198, 0.570, 0.943, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.570 std_dev=0.372
N1 B 0, 0.225, 0.597, 0.970, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.597 std_dev=0.372
O4 B 0, 0.175, 0.552, 0.929, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.552 std_dev=0.377
C2' B 0, 0.267, 0.658, 1.049, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.658 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.172, 0.585, 0.997, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.585 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.277, 0.701, 1.125, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.701 std_dev=0.424
C2 B 0, 0.211, 0.643, 1.075, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.643 std_dev=0.432
O2' B 0, 0.295, 0.758, 1.222, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.758 std_dev=0.463
O2 B 0, 0.223, 0.772, 1.320, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.772 std_dev=0.548
O3' A 0, -0.038, 0.521, 1.079, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.521 std_dev=0.558
C3' B 0, 0.222, 0.780, 1.339, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.780 std_dev=0.559
O4' B 0, 0.398, 0.965, 1.532, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.965 std_dev=0.567
C4' B 0, 0.365, 0.976, 1.586, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.976 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.165, 0.917, 1.668, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.917 std_dev=0.751
O4' A 0, 0.026, 0.832, 1.638, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.832 std_dev=0.806
C2' A 0, -0.004, 0.808, 1.619, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.808 std_dev=0.812
O5' B 0, 0.429, 1.245, 2.061, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.245 std_dev=0.816
OP2 B 0, 0.466, 1.291, 2.116, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.291 std_dev=0.825
C3' A 0, 0.016, 0.855, 1.694, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.855 std_dev=0.839
C5' B 0, 0.469, 1.355, 2.241, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.355 std_dev=0.886
P B 0, 0.502, 1.434, 2.365, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.434 std_dev=0.932
C4' A 0, 0.121, 1.197, 2.272, 2.478 max_d=2.478 avg_d=1.197 std_dev=1.076
OP1 B 0, 0.613, 1.754, 2.896, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.754 std_dev=1.142
O2' A 0, 0.025, 1.374, 2.724, 3.353 max_d=3.353 avg_d=1.374 std_dev=1.349
OP2 A 0, 0.400, 1.844, 3.289, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.844 std_dev=1.445
O5' A 0, 0.343, 1.925, 3.507, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.925 std_dev=1.582
P A 0, 0.329, 1.994, 3.659, 3.756 max_d=3.756 avg_d=1.994 std_dev=1.665
C5' A 0, 0.216, 2.038, 3.859, 4.241 max_d=4.241 avg_d=2.038 std_dev=1.821
OP1 A 0, 0.265, 2.165, 4.064, 4.223 max_d=4.223 avg_d=2.165 std_dev=1.899

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.26 0.00 0.30 0.56 0.26 0.33
C2 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.18 0.24 0.44 0.54 0.28 0.39
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.00 0.21 0.19 0.25 0.04 0.18 0.12 0.41 0.00 0.01 0.02 0.57 0.87 0.78 0.72
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.14 0.09 0.15 0.17 0.15 0.01 0.01 0.01 0.37 0.64 0.40 0.44
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.11 0.01 0.31 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.25 0.13 0.04 0.32 0.30 0.17 0.23
C4' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.27 0.05 0.08 0.12 0.28 0.22 0.00 0.00 0.00 0.36 0.10 0.06
C5 0.04 0.01 0.21 0.16 0.01 0.25 0.00 0.47 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.44 0.13 0.18 0.18 0.20 0.12 0.12
C5' 0.08 0.19 0.19 0.01 0.31 0.00 0.47 0.00 0.45 0.18 0.21 0.35 0.31 0.04 0.17 0.01 0.01 0.37 0.29 0.01
C6 0.04 0.01 0.25 0.14 0.02 0.27 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.47 0.16 0.24 0.18 0.28 0.12 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.18 0.02 0.34 0.47 0.23 0.30
N3 0.01 0.01 0.18 0.15 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.16 0.18 0.43 0.45 0.24 0.34
N4 0.03 0.02 0.12 0.17 0.00 0.12 0.03 0.35 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.27 0.12 0.05 0.31 0.24 0.17 0.21
O2 0.02 0.01 0.41 0.15 0.02 0.28 0.02 0.31 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.51 0.22 0.41 0.51 0.64 0.34 0.47
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.25 0.22 0.44 0.04 0.47 0.15 0.16 0.27 0.51 0.00 0.07 0.13 0.36 0.84 0.79 0.62
O3' 0.26 0.18 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.17 0.16 0.18 0.16 0.12 0.22 0.07 0.00 0.19 0.21 0.40 0.20 0.18
O4' 0.00 0.24 0.02 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.24 0.02 0.18 0.05 0.41 0.13 0.19 0.00 0.34 0.47 0.24 0.27
O5' 0.30 0.44 0.57 0.37 0.32 0.00 0.18 0.01 0.18 0.34 0.43 0.31 0.51 0.36 0.21 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.56 0.54 0.87 0.64 0.30 0.36 0.20 0.37 0.28 0.47 0.45 0.24 0.64 0.84 0.40 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.28 0.78 0.40 0.17 0.10 0.12 0.29 0.12 0.23 0.24 0.17 0.34 0.79 0.20 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.39 0.72 0.44 0.23 0.06 0.12 0.01 0.14 0.30 0.34 0.21 0.47 0.62 0.18 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.19 0.23 0.30 0.15 0.32 0.30 0.35 0.30 0.22 0.17 0.23 0.21 0.31 0.08 0.30 0.36 0.38 0.36 0.37
C2 0.29 0.25 0.34 0.42 0.09 0.38 0.24 0.39 0.27 0.25 0.22 0.32 0.31 0.45 0.11 0.32 0.39 0.41 0.36 0.38
C2' 0.23 0.14 0.25 0.40 0.22 0.41 0.37 0.52 0.37 0.22 0.22 0.17 0.21 0.45 0.35 0.32 0.55 0.66 0.64 0.62
C3' 0.25 0.33 0.20 0.17 0.37 0.22 0.31 0.24 0.28 0.27 0.38 0.35 0.21 0.13 0.47 0.25 0.24 0.25 0.25 0.26
C4 0.28 0.29 0.36 0.49 0.12 0.44 0.16 0.47 0.23 0.20 0.30 0.41 0.31 0.53 0.24 0.35 0.46 0.48 0.40 0.44
C4' 0.19 0.21 0.17 0.20 0.24 0.25 0.28 0.31 0.27 0.20 0.25 0.24 0.16 0.18 0.33 0.24 0.33 0.41 0.43 0.40
C5 0.25 0.26 0.27 0.44 0.12 0.44 0.17 0.51 0.23 0.17 0.29 0.36 0.23 0.45 0.25 0.37 0.52 0.54 0.47 0.51
C5' 0.52 0.39 0.50 0.55 0.48 0.61 0.64 0.70 0.65 0.52 0.38 0.31 0.48 0.54 0.48 0.58 0.73 0.83 0.88 0.84
C6 0.24 0.21 0.24 0.37 0.07 0.40 0.22 0.46 0.26 0.19 0.23 0.29 0.20 0.37 0.20 0.35 0.48 0.51 0.47 0.49
N1 0.26 0.22 0.28 0.37 0.10 0.37 0.26 0.41 0.29 0.23 0.20 0.28 0.24 0.39 0.12 0.33 0.42 0.45 0.41 0.42
N3 0.29 0.27 0.38 0.47 0.07 0.41 0.19 0.41 0.25 0.24 0.25 0.37 0.35 0.52 0.18 0.33 0.40 0.43 0.36 0.39
N4 0.26 0.33 0.39 0.53 0.16 0.46 0.13 0.48 0.17 0.17 0.34 0.50 0.35 0.60 0.26 0.33 0.44 0.48 0.37 0.42
O2 0.29 0.26 0.36 0.41 0.14 0.35 0.24 0.34 0.27 0.26 0.22 0.32 0.34 0.45 0.05 0.30 0.34 0.35 0.31 0.32
O2' 0.84 0.58 0.78 0.96 0.71 1.07 1.02 1.21 1.02 0.82 0.50 0.43 0.71 0.96 0.58 1.01 1.26 1.35 1.37 1.36
O3' 0.17 0.21 0.16 0.16 0.18 0.16 0.11 0.16 0.12 0.16 0.23 0.25 0.16 0.17 0.22 0.19 0.16 0.20 0.18 0.17
O4' 0.15 0.23 0.16 0.19 0.14 0.20 0.06 0.22 0.04 0.12 0.25 0.31 0.16 0.17 0.21 0.19 0.23 0.34 0.32 0.28
O5' 0.08 0.06 0.05 0.10 0.07 0.17 0.28 0.26 0.28 0.10 0.11 0.17 0.04 0.11 0.13 0.13 0.29 0.39 0.45 0.40
OP1 0.21 0.16 0.23 0.32 0.17 0.38 0.16 0.48 0.23 0.16 0.23 0.21 0.23 0.37 0.29 0.29 0.48 0.69 0.60 0.61
OP2 0.29 0.20 0.33 0.34 0.17 0.34 0.31 0.36 0.36 0.27 0.18 0.20 0.34 0.38 0.18 0.29 0.34 0.39 0.35 0.36
P 0.19 0.11 0.20 0.25 0.11 0.29 0.26 0.36 0.30 0.18 0.13 0.15 0.19 0.27 0.17 0.23 0.37 0.49 0.47 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.07 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.07 0.07 0.04
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.08 0.12 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.05 0.07 0.11 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.11 0.03 0.04 0.08 0.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
N3 0.00 0.00 0.09 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05
O2 0.04 0.00 0.15 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.15 0.06 0.05 0.06 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.14 0.00 0.03 0.07 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.09 0.15 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
O4 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.07 0.12 0.15 0.09
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.05 0.15 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.11 0.07
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.03 0.05 0.06 0.07 0.08 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.10 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.07 0.07 0.07 0.12 0.04 0.11 0.02 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.15 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00