Doublet Group distance statistics: 52071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.022
C6	A	0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C2	A	0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N1	A	0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N3	A	0, 0.009, 0.045, 0.080, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.045 std_dev=0.035
O2	A	0, 0.014, 0.053, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.039
C1'	A	0, -0.001, 0.046, 0.092, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N4	A	0, -0.009, 0.068, 0.145, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.068 std_dev=0.077
O4'	A	0, 0.072, 0.268, 0.463, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.268 std_dev=0.195
C2'	A	0, 0.086, 0.341, 0.597, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.341 std_dev=0.255
C4'	A	0, 0.094, 0.391, 0.688, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.391 std_dev=0.297
O2'	A	0, 0.112, 0.423, 0.733, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.423 std_dev=0.310
O5'	A	0, 0.129, 0.444, 0.760, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.444 std_dev=0.315
OP2	A	0, 0.140, 0.489, 0.837, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.489 std_dev=0.349
C3'	A	0, 0.134, 0.499, 0.863, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.499 std_dev=0.365
C6	B	0, 0.154, 0.528, 0.902, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.528 std_dev=0.374
N1	B	0, 0.130, 0.505, 0.881, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.505 std_dev=0.376
C2'	B	0, 0.154, 0.535, 0.916, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.535 std_dev=0.381
C3'	B	0, 0.160, 0.548, 0.935, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.548 std_dev=0.387
C1'	B	0, 0.160, 0.552, 0.944, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.552 std_dev=0.392
P	A	0, 0.163, 0.556, 0.949, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.556 std_dev=0.393
O3'	B	0, 0.173, 0.595, 1.016, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.595 std_dev=0.421
O4'	B	0, 0.174, 0.605, 1.035, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.605 std_dev=0.430
C4'	B	0, 0.189, 0.645, 1.102, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.645 std_dev=0.456
O2'	B	0, 0.187, 0.660, 1.134, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.660 std_dev=0.474
C5	B	0, 0.152, 0.639, 1.126, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.639 std_dev=0.487
C5'	A	0, 0.176, 0.675, 1.175, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.675 std_dev=0.499
OP1	A	0, 0.207, 0.706, 1.206, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.706 std_dev=0.500
O3'	A	0, 0.193, 0.710, 1.226, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.710 std_dev=0.516
C5'	B	0, 0.208, 0.727, 1.246, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.727 std_dev=0.519
C2	B	0, 0.018, 0.561, 1.103, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.561 std_dev=0.543
O5'	B	0, 0.200, 0.764, 1.328, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.764 std_dev=0.564
C4	B	0, 0.076, 0.714, 1.352, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.714 std_dev=0.638
N3	B	0, 0.002, 0.657, 1.311, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.657 std_dev=0.654
O2	B	0, -0.081, 0.575, 1.231, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.575 std_dev=0.656
P	B	0, 0.216, 0.921, 1.627, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.921 std_dev=0.705
OP2	B	0, 0.171, 0.939, 1.706, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.939 std_dev=0.767
O4	B	0, 0.043, 0.886, 1.729, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.886 std_dev=0.843
OP1	B	0, 0.222, 1.142, 2.062, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.142 std_dev=0.920

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.02	0.06	0.00	0.04	0.00	0.02	0.03	0.06	0.06	0.05	0.01	0.01	0.00	0.06	0.08	0.05	0.07
C2	0.06	0.00	0.10	0.10	0.02	0.10	0.02	0.09	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.10	0.10	0.08	0.03	0.05	0.07	0.04
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.07	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.10	0.07	0.14	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.08	0.04
C3'	0.02	0.10	0.00	0.00	0.04	0.00	0.02	0.00	0.05	0.02	0.10	0.05	0.17	0.01	0.00	0.01	0.08	0.05	0.11	0.08
C4	0.06	0.02	0.07	0.04	0.00	0.09	0.01	0.10	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.07	0.03	0.10	0.01	0.02	0.05	0.03
C4'	0.00	0.10	0.02	0.00	0.09	0.00	0.05	0.00	0.02	0.02	0.11	0.10	0.14	0.04	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01
C5	0.04	0.02	0.04	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.05	0.04	0.07	0.04	0.04	0.04	0.03
C5'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.10	0.00	0.05	0.00	0.02	0.02	0.12	0.13	0.14	0.03	0.01	0.00	0.00	0.07	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.06	0.05	0.07	0.08	0.06	0.06
N1	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.04	0.03	0.05	0.07	0.08	0.07	0.07
N3	0.06	0.01	0.10	0.10	0.01	0.11	0.00	0.12	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.10	0.10	0.10	0.02	0.03	0.06	0.04
N4	0.06	0.04	0.07	0.05	0.00	0.10	0.02	0.13	0.01	0.03	0.03	0.00	0.05	0.07	0.04	0.11	0.04	0.06	0.10	0.08
O2	0.05	0.00	0.14	0.17	0.03	0.14	0.02	0.14	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.12	0.18	0.08	0.05	0.06	0.08	0.05
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.07	0.04	0.05	0.03	0.05	0.04	0.10	0.07	0.12	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.06	0.02
O3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.06	0.03	0.10	0.04	0.18	0.02	0.00	0.01	0.12	0.11	0.15	0.13
O4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.10	0.00	0.07	0.00	0.05	0.05	0.10	0.11	0.08	0.02	0.01	0.00	0.09	0.12	0.07	0.09
O5'	0.06	0.03	0.04	0.08	0.01	0.01	0.04	0.00	0.07	0.07	0.02	0.04	0.05	0.03	0.12	0.09	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.08	0.05	0.02	0.05	0.02	0.04	0.04	0.07	0.08	0.08	0.03	0.06	0.06	0.02	0.11	0.12	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.05	0.07	0.08	0.11	0.05	0.02	0.04	0.02	0.06	0.07	0.06	0.10	0.08	0.06	0.15	0.07	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.04	0.04	0.08	0.03	0.01	0.03	0.01	0.06	0.07	0.04	0.08	0.05	0.02	0.13	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.31	0.09	0.07	0.45	0.07	0.34	0.13	0.24	0.20	0.45	0.29	0.26	0.10	0.54	0.09	0.28	0.23	0.43	0.34
C2	0.03	0.08	0.07	0.04	0.22	0.11	0.23	0.24	0.17	0.10	0.15	0.04	0.18	0.04	0.25	0.12	0.37	0.40	0.52	0.45
C2'	0.06	0.30	0.03	0.06	0.41	0.05	0.30	0.15	0.20	0.19	0.41	0.29	0.19	0.04	0.49	0.09	0.31	0.26	0.41	0.35
C3'	0.08	0.28	0.05	0.09	0.28	0.08	0.17	0.14	0.11	0.16	0.32	0.32	0.09	0.06	0.32	0.10	0.26	0.16	0.26	0.25
C4	0.05	0.10	0.09	0.08	0.19	0.17	0.30	0.34	0.21	0.05	0.05	0.21	0.20	0.04	0.24	0.16	0.47	0.64	0.77	0.65
C4'	0.13	0.38	0.09	0.09	0.36	0.05	0.23	0.09	0.17	0.24	0.43	0.45	0.06	0.02	0.41	0.11	0.21	0.07	0.23	0.19
C5	0.03	0.04	0.10	0.04	0.39	0.11	0.40	0.27	0.26	0.09	0.18	0.14	0.25	0.03	0.53	0.12	0.42	0.56	0.73	0.59
C5'	0.20	0.37	0.19	0.14	0.27	0.10	0.14	0.09	0.12	0.24	0.37	0.47	0.13	0.06	0.29	0.15	0.16	0.05	0.09	0.09
C6	0.03	0.14	0.11	0.03	0.46	0.06	0.39	0.20	0.25	0.12	0.33	0.03	0.28	0.08	0.59	0.08	0.35	0.43	0.61	0.49
N1	0.05	0.19	0.10	0.05	0.40	0.08	0.33	0.19	0.23	0.15	0.34	0.12	0.25	0.08	0.48	0.10	0.33	0.35	0.52	0.42
N3	0.03	0.08	0.08	0.08	0.09	0.17	0.19	0.32	0.15	0.02	0.05	0.15	0.16	0.05	0.11	0.16	0.45	0.57	0.67	0.59
N4	0.09	0.19	0.10	0.14	0.06	0.25	0.27	0.43	0.22	0.08	0.21	0.30	0.17	0.10	0.02	0.23	0.55	0.80	0.91	0.77
O2	0.08	0.11	0.04	0.07	0.16	0.13	0.18	0.23	0.16	0.12	0.14	0.10	0.11	0.02	0.16	0.15	0.34	0.31	0.39	0.37
O2'	0.11	0.36	0.09	0.06	0.49	0.05	0.35	0.10	0.24	0.23	0.49	0.37	0.23	0.06	0.60	0.09	0.27	0.19	0.39	0.30
O3'	0.11	0.29	0.08	0.12	0.26	0.10	0.13	0.14	0.09	0.17	0.33	0.37	0.05	0.09	0.31	0.12	0.23	0.11	0.18	0.19
O4'	0.09	0.39	0.05	0.08	0.43	0.06	0.31	0.11	0.22	0.24	0.47	0.41	0.21	0.11	0.49	0.09	0.24	0.15	0.34	0.27
O5'	0.04	0.14	0.03	0.05	0.06	0.04	0.09	0.07	0.09	0.05	0.12	0.23	0.01	0.00	0.06	0.06	0.15	0.06	0.08	0.10
OP1	0.00	0.05	0.03	0.02	0.14	0.03	0.25	0.08	0.22	0.05	0.01	0.17	0.10	0.01	0.15	0.02	0.09	0.34	0.34	0.24
OP2	0.07	0.11	0.06	0.01	0.28	0.07	0.34	0.13	0.29	0.15	0.18	0.07	0.01	0.02	0.30	0.01	0.12	0.10	0.15	0.07
P	0.01	0.03	0.00	0.00	0.13	0.01	0.22	0.02	0.20	0.06	0.02	0.13	0.04	0.00	0.14	0.00	0.04	0.14	0.18	0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.13	0.08
C2	0.01	0.00	0.07	0.04	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.06	0.04	0.00	0.02	0.04	0.17	0.10
C2'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.05	0.12	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03	0.05	0.07	0.05
C3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.12	0.02	0.02	0.10	0.03	0.00	0.05	0.00	0.02	0.08	0.02	0.01
C4	0.01	0.02	0.02	0.05	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.06	0.00	0.01	0.06	0.04	0.13	0.06
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.05	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.07	0.04	0.03
C5	0.00	0.02	0.04	0.12	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.14	0.01	0.02	0.11	0.03	0.11	0.04
C5'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.01	0.06	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.05	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.12	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.14	0.01	0.03	0.09	0.02	0.12	0.05
N1	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.15	0.09
N3	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.03	0.03	0.00	0.01	0.05	0.16	0.08
O2	0.01	0.00	0.12	0.10	0.04	0.04	0.02	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.10	0.14	0.06	0.02	0.04	0.05	0.17	0.10
O2'	0.01	0.06	0.00	0.03	0.03	0.01	0.03	0.02	0.04	0.01	0.05	0.10	0.00	0.06	0.04	0.01	0.04	0.07	0.06	0.05
O3'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.06	0.01	0.14	0.02	0.14	0.02	0.03	0.14	0.06	0.00	0.06	0.00	0.02	0.16	0.11	0.06
O4	0.02	0.04	0.02	0.05	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.02	0.03	0.06	0.04	0.06	0.00	0.01	0.08	0.03	0.10	0.04
O4'	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.03	0.14	0.09
O5'	0.01	0.02	0.03	0.02	0.06	0.02	0.11	0.01	0.09	0.01	0.01	0.04	0.04	0.02	0.08	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.02	0.04	0.05	0.08	0.04	0.07	0.03	0.08	0.02	0.02	0.05	0.05	0.07	0.16	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.17	0.07	0.02	0.13	0.04	0.11	0.01	0.12	0.15	0.16	0.17	0.06	0.11	0.10	0.14	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.10	0.05	0.01	0.06	0.03	0.04	0.01	0.05	0.09	0.08	0.10	0.05	0.06	0.04	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00