ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52075

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 15, 21, 1, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.029, 0.037, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.029, 0.039, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.033, 0.045, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.045 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.036, 0.048, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.048 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.044, 0.058, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.058 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.045, 0.062, 0.078, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.062 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.055, 0.079, 0.103, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.079 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.093, 0.121, 0.148, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.121 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.149, 0.252, 0.355, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.252 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.122, 0.237, 0.352, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.237 std_dev=0.115
C6 B 0, 0.203, 0.331, 0.458, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.331 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.171, 0.304, 0.437, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.304 std_dev=0.133
N1 B 0, 0.156, 0.290, 0.425, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.290 std_dev=0.134
O6 B 0, 0.275, 0.410, 0.545, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.410 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.197, 0.332, 0.468, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.332 std_dev=0.136
C3' A 0, 0.228, 0.366, 0.504, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.366 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.134, 0.286, 0.437, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.286 std_dev=0.152
N2 B 0, 0.136, 0.290, 0.444, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.290 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.140, 0.299, 0.457, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.299 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.208, 0.367, 0.527, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.367 std_dev=0.160
C8 B 0, 0.178, 0.341, 0.505, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.341 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.141, 0.310, 0.479, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.310 std_dev=0.169
N9 B 0, 0.156, 0.334, 0.512, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.334 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.227, 0.425, 0.623, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.425 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.343, 0.551, 0.759, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.551 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.385, 0.605, 0.825, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.605 std_dev=0.220
O3' A 0, 0.357, 0.580, 0.803, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.580 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.292, 0.518, 0.745, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.518 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.192, 0.420, 0.648, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.420 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.297, 0.544, 0.791, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.544 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.387, 0.637, 0.887, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.637 std_dev=0.250
P B 0, 0.609, 0.870, 1.131, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.870 std_dev=0.261
OP2 B 0, 0.680, 0.942, 1.204, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.942 std_dev=0.262
P A 0, 0.470, 0.733, 0.996, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.733 std_dev=0.263
O5' B 0, 0.588, 0.853, 1.118, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.853 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.198, 0.468, 0.738, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.468 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.498, 0.775, 1.051, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.775 std_dev=0.277
OP2 A 0, 0.551, 0.831, 1.110, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.831 std_dev=0.279
C4' B 0, 0.222, 0.504, 0.786, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.504 std_dev=0.282
OP1 B 0, 0.687, 0.970, 1.253, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.970 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.323, 0.618, 0.914, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.618 std_dev=0.295
OP1 A 0, 0.558, 0.858, 1.159, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.858 std_dev=0.301

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.08 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.08 0.03 0.03 0.05 0.06 0.00 0.03 0.02 0.13 0.18 0.16 0.15
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.14 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.06 0.03 0.10 0.12 0.20 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.05 0.06 0.11 0.14 0.21 0.15
C5' 0.02 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.05 0.07 0.10 0.12 0.18 0.12
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.05 0.09 0.10 0.16 0.10
N4 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.06 0.04 0.11 0.14 0.22 0.14
O2 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.14 0.11 0.12 0.09 0.11 0.11 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.13 0.09 0.18 0.06 0.17 0.08 0.09 0.14 0.14 0.00 0.04 0.05 0.10 0.19 0.18 0.14
O3' 0.08 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.11 0.04 0.00 0.04 0.08 0.22 0.15 0.15
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.12 0.05 0.04 0.00 0.09 0.07 0.15 0.09
O5' 0.05 0.07 0.13 0.04 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.09 0.18 0.14 0.12 0.09 0.14 0.07 0.12 0.09 0.10 0.14 0.11 0.19 0.22 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.16 0.08 0.20 0.03 0.21 0.02 0.18 0.13 0.16 0.22 0.11 0.18 0.15 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.15 0.08 0.13 0.03 0.15 0.02 0.12 0.08 0.10 0.14 0.08 0.14 0.15 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.13 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10 0.17 0.08 0.20 0.21 0.19
C2 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.07 0.13 0.11 0.07 0.14 0.12 0.16 0.18 0.15
C2' 0.13 0.10 0.16 0.16 0.09 0.14 0.09 0.15 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.16 0.20 0.12 0.17 0.15 0.21 0.21 0.19
C3' 0.16 0.14 0.18 0.15 0.14 0.15 0.14 0.18 0.13 0.16 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.20 0.18 0.16 0.20 0.13 0.24 0.25 0.23
C4 0.09 0.07 0.11 0.13 0.08 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.09 0.14 0.14 0.09 0.15 0.14 0.16 0.18 0.15
C4' 0.14 0.11 0.14 0.14 0.11 0.15 0.11 0.20 0.10 0.15 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.23 0.11 0.28 0.28 0.26
C5 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10 0.14 0.13 0.10 0.16 0.13 0.17 0.18 0.16
C5' 0.15 0.09 0.14 0.17 0.11 0.20 0.12 0.27 0.09 0.18 0.08 0.11 0.10 0.17 0.14 0.14 0.16 0.18 0.30 0.11 0.36 0.36 0.34
C6 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.10 0.09 0.16 0.12 0.17 0.18 0.16
N1 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.14 0.10 0.08 0.14 0.10 0.17 0.18 0.15
N3 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.14 0.13 0.08 0.14 0.14 0.16 0.18 0.15
N4 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.09 0.13 0.11 0.16 0.17 0.11 0.16 0.15 0.17 0.18 0.15
O2 0.08 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.15 0.10 0.10 0.08 0.13 0.10 0.08 0.13 0.13 0.16 0.19 0.15
O2' 0.30 0.14 0.31 0.34 0.25 0.33 0.24 0.34 0.15 0.33 0.11 0.12 0.20 0.32 0.30 0.29 0.36 0.32 0.34 0.12 0.34 0.33 0.33
O3' 0.18 0.12 0.21 0.20 0.14 0.18 0.13 0.19 0.11 0.17 0.11 0.12 0.13 0.15 0.16 0.22 0.24 0.18 0.20 0.12 0.25 0.23 0.22
O4' 0.16 0.09 0.16 0.18 0.12 0.19 0.12 0.24 0.08 0.18 0.08 0.11 0.11 0.17 0.15 0.16 0.16 0.17 0.27 0.09 0.30 0.30 0.29
O5' 0.18 0.10 0.16 0.21 0.15 0.24 0.16 0.31 0.13 0.22 0.11 0.11 0.12 0.21 0.18 0.15 0.18 0.22 0.33 0.14 0.39 0.38 0.36
OP1 0.23 0.12 0.22 0.27 0.17 0.31 0.15 0.38 0.12 0.23 0.11 0.13 0.15 0.20 0.21 0.21 0.26 0.28 0.38 0.12 0.45 0.39 0.40
OP2 0.25 0.20 0.23 0.27 0.22 0.29 0.21 0.34 0.19 0.25 0.19 0.20 0.21 0.23 0.24 0.22 0.25 0.27 0.33 0.19 0.34 0.31 0.32
P 0.21 0.13 0.19 0.24 0.16 0.27 0.16 0.34 0.13 0.22 0.12 0.13 0.15 0.20 0.20 0.18 0.23 0.25 0.34 0.13 0.39 0.35 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.09 0.01 0.09 0.15 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.10 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.10 0.01 0.09 0.14 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.11 0.02 0.11 0.16 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.11 0.01 0.12 0.18 0.12
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.02 0.10 0.14 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.10 0.01 0.11 0.17 0.11
N2 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.04 0.09 0.02 0.09 0.15 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.09 0.01 0.09 0.14 0.08
N7 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.12 0.02 0.13 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.08 0.12 0.08
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.10 0.09 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.04 0.00 0.02 0.10 0.07 0.15 0.14 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.09 0.05
O5' 0.06 0.09 0.03 0.06 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.04 0.10 0.06 0.00 0.11 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.11 0.00 0.14 0.19 0.13
OP1 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.08 0.10 0.15 0.07 0.02 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.15 0.09 0.10 0.14 0.06 0.16 0.04 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14 0.17 0.12 0.09 0.14 0.09 0.02 0.19 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.07 0.09 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.06 0.11 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00