ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 8, 11, 8, 13, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.021, 0.064, 0.108, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.064 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.014, 0.074, 0.134, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.074 std_dev=0.060
C5 B 0, 0.178, 0.315, 0.452, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.315 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.193, 0.332, 0.471, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.332 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.214, 0.355, 0.497, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.355 std_dev=0.141
C6 B 0, 0.185, 0.328, 0.470, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.328 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.189, 0.340, 0.492, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.340 std_dev=0.152
C2 B 0, 0.191, 0.348, 0.504, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.348 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.055, 0.232, 0.410, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.232 std_dev=0.177
N7 B 0, 0.205, 0.400, 0.595, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.400 std_dev=0.195
O4' A 0, 0.036, 0.231, 0.426, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.231 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.225, 0.427, 0.629, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.427 std_dev=0.202
O6 B 0, 0.213, 0.417, 0.620, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.417 std_dev=0.203
N2 B 0, 0.220, 0.445, 0.670, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.445 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.222, 0.456, 0.690, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.456 std_dev=0.234
C8 B 0, 0.207, 0.447, 0.687, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.447 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.255, 0.536, 0.817, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.536 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.113, 0.443, 0.772, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.443 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.261, 0.650, 1.039, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.650 std_dev=0.389
C4' A 0, 0.023, 0.463, 0.903, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.463 std_dev=0.440
O2' A 0, 0.066, 0.521, 0.976, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.521 std_dev=0.455
O5' A 0, 0.089, 0.626, 1.162, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.626 std_dev=0.537
C4' B 0, 0.186, 0.742, 1.297, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.742 std_dev=0.556
C5' B 0, 0.139, 0.746, 1.353, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.746 std_dev=0.607
O2' B 0, 0.187, 0.887, 1.588, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.887 std_dev=0.701
P B 0, 0.033, 0.762, 1.491, 2.835 max_d=2.835 avg_d=0.762 std_dev=0.729
C3' A 0, -0.081, 0.669, 1.419, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.669 std_dev=0.750
O5' B 0, 0.047, 0.801, 1.554, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.801 std_dev=0.753
P A 0, 0.036, 0.809, 1.583, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.809 std_dev=0.773
C3' B 0, 0.066, 0.879, 1.691, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.879 std_dev=0.812
OP1 A 0, 0.060, 0.978, 1.897, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.978 std_dev=0.918
OP1 B 0, -0.080, 1.173, 2.425, 3.374 max_d=3.374 avg_d=1.173 std_dev=1.253
O3' B 0, -0.092, 1.288, 2.667, 3.664 max_d=3.664 avg_d=1.288 std_dev=1.379
OP2 B 0, -0.193, 1.219, 2.631, 4.624 max_d=4.624 avg_d=1.219 std_dev=1.412
OP2 A 0, -0.115, 1.327, 2.769, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.327 std_dev=1.442
O3' A 0, -0.321, 1.133, 2.587, 3.695 max_d=3.695 avg_d=1.133 std_dev=1.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.32 0.01 0.18 0.66 0.15 0.21
C2 0.03 0.00 0.08 0.18 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.23 0.05 0.12 0.89 0.57 0.14
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.23 0.06 0.02 0.08 0.07 0.11 0.01 0.03 0.02 0.52 0.73 0.34 0.57
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.40 0.00 0.46 0.02 0.40 0.23 0.28 0.44 0.08 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.15 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.14 0.03 0.26 0.98 1.02 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.18 0.09 0.09 0.16 0.06 0.29 0.02 0.01 0.02 0.14 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.46 0.00 0.19 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.27 0.04 0.32 0.97 1.04 0.19
C5' 0.09 0.06 0.23 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.15 0.06 0.09 0.18 0.09 0.07 0.22 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.18 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.21 0.05 0.23 0.91 0.71 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.09 0.01 0.11 0.84 0.47 0.13
N3 0.03 0.01 0.08 0.28 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.10 0.05 0.17 0.95 0.82 0.12
N4 0.02 0.02 0.07 0.44 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.19 0.04 0.32 0.98 1.19 0.23
O2 0.06 0.01 0.11 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.34 0.48 0.09 0.15 0.84 0.41 0.19
O2' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.34 0.29 0.28 0.07 0.22 0.22 0.36 0.36 0.34 0.00 0.05 0.20 0.39 0.58 0.32 0.48
O3' 0.32 0.23 0.03 0.01 0.14 0.02 0.27 0.22 0.21 0.09 0.10 0.19 0.48 0.05 0.00 0.24 0.23 0.45 0.18 0.25
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.09 0.20 0.24 0.00 0.11 0.42 0.14 0.10
O5' 0.18 0.12 0.52 0.13 0.26 0.02 0.32 0.01 0.23 0.11 0.17 0.32 0.15 0.39 0.23 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.66 0.89 0.73 0.15 0.98 0.14 0.97 0.19 0.91 0.84 0.95 0.98 0.84 0.58 0.45 0.42 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.57 0.34 0.12 1.02 0.20 1.04 0.40 0.71 0.47 0.82 1.19 0.41 0.32 0.18 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.14 0.57 0.11 0.17 0.04 0.19 0.01 0.11 0.13 0.12 0.23 0.19 0.48 0.25 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.13 0.74 0.07 0.39 0.09 0.21 0.13 0.15 0.14 0.16 0.10 0.14 0.09 0.47 1.08 0.15 0.09 0.16 0.54 0.60 0.28
C2 0.14 0.14 0.13 0.65 0.10 0.33 0.10 0.19 0.11 0.17 0.14 0.17 0.12 0.15 0.13 0.58 0.74 0.16 0.15 0.15 0.84 0.75 0.26
C2' 0.14 0.10 0.17 0.90 0.08 0.53 0.14 0.36 0.17 0.16 0.14 0.11 0.09 0.21 0.10 0.28 1.22 0.24 0.28 0.24 0.54 0.70 0.20
C3' 0.69 0.55 0.75 0.13 0.63 0.23 0.59 0.32 0.53 0.71 0.52 0.53 0.60 0.62 0.69 0.90 0.62 0.52 0.46 0.49 0.42 0.24 0.58
C4 0.19 0.13 0.14 0.38 0.10 0.14 0.09 0.10 0.13 0.17 0.15 0.18 0.12 0.15 0.16 0.75 0.37 0.13 0.19 0.20 0.95 0.45 0.44
C4' 0.42 0.24 0.48 0.32 0.33 0.14 0.31 0.29 0.26 0.45 0.23 0.22 0.28 0.38 0.41 0.69 0.94 0.30 0.48 0.25 0.29 0.29 0.66
C5 0.20 0.17 0.15 0.36 0.11 0.14 0.12 0.15 0.17 0.20 0.20 0.21 0.12 0.16 0.18 0.78 0.45 0.13 0.30 0.20 0.83 0.29 0.52
C5' 0.32 0.21 0.39 0.39 0.24 0.28 0.23 0.33 0.20 0.32 0.20 0.22 0.23 0.27 0.30 0.56 1.11 0.26 0.48 0.20 0.17 0.44 0.54
C6 0.15 0.17 0.13 0.53 0.11 0.23 0.12 0.10 0.16 0.19 0.18 0.21 0.13 0.17 0.14 0.66 0.75 0.09 0.24 0.18 0.71 0.32 0.48
N1 0.11 0.14 0.11 0.66 0.07 0.32 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.17 0.10 0.14 0.10 0.57 0.87 0.12 0.08 0.16 0.72 0.56 0.34
N3 0.16 0.14 0.13 0.51 0.12 0.24 0.11 0.13 0.12 0.18 0.14 0.18 0.13 0.17 0.15 0.66 0.51 0.14 0.11 0.17 0.95 0.66 0.32
N4 0.24 0.13 0.17 0.25 0.15 0.12 0.12 0.17 0.15 0.19 0.13 0.19 0.17 0.16 0.20 0.81 0.23 0.20 0.25 0.24 1.02 0.40 0.47
O2 0.18 0.16 0.16 0.74 0.14 0.43 0.14 0.31 0.14 0.22 0.16 0.18 0.14 0.20 0.18 0.51 0.83 0.25 0.30 0.16 0.81 0.99 0.18
O2' 0.55 0.55 0.41 1.09 0.56 0.79 0.54 0.59 0.51 0.55 0.53 0.54 0.56 0.53 0.56 0.25 1.32 0.66 0.59 0.47 0.50 1.01 0.17
O3' 1.03 0.57 1.09 0.46 0.72 0.85 0.58 1.03 0.44 0.86 0.46 0.56 0.70 0.63 0.89 1.16 0.18 1.01 1.09 0.35 1.02 0.47 1.33
O4' 0.18 0.13 0.23 0.56 0.11 0.25 0.12 0.15 0.13 0.23 0.14 0.17 0.11 0.19 0.17 0.59 1.06 0.10 0.26 0.16 0.39 0.32 0.49
O5' 0.12 0.16 0.21 0.61 0.11 0.49 0.12 0.38 0.14 0.13 0.15 0.19 0.14 0.13 0.10 0.49 1.26 0.26 0.15 0.16 0.41 0.30 0.12
OP1 0.67 1.17 0.66 0.70 0.98 0.58 0.97 0.34 1.08 0.69 1.17 1.22 1.08 0.81 0.79 0.54 1.31 0.60 0.32 1.07 0.24 0.52 0.40
OP2 0.55 0.90 0.62 0.15 0.74 0.29 0.69 0.40 0.76 0.49 0.85 0.97 0.85 0.54 0.61 0.97 0.85 0.17 0.17 0.72 0.72 0.33 0.18
P 0.36 0.28 0.30 0.84 0.30 0.81 0.29 0.63 0.27 0.32 0.27 0.29 0.30 0.30 0.33 0.19 1.62 0.58 0.24 0.26 0.64 0.33 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.20 0.03 0.81 0.08 0.36
C2 0.05 0.00 0.21 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.34 0.11 0.13 0.01 1.10 0.31 0.37
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.21 0.12 0.07 0.17 0.24 0.20 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.47 0.10 0.68 0.34 0.56
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.24 0.01 0.35 0.02 0.35 0.37 0.28 0.16 0.15 0.41 0.23 0.02 0.01 0.03 0.08 0.40 0.15 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.24 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.20 0.06 0.12 0.02 1.12 0.30 0.37
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.06 0.10 0.06 0.15 0.07 0.32 0.04 0.00 0.03 0.11 0.15 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.35 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.04 0.12 0.02 1.25 0.48 0.35
C5' 0.09 0.09 0.21 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.12 0.10 0.11 0.06 0.12 0.22 0.02 0.01 0.10 0.13 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.18 0.06 0.13 0.01 1.27 0.55 0.35
C8 0.02 0.01 0.07 0.37 0.01 0.15 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.26 0.20 0.07 0.13 0.03 1.23 0.38 0.35
N1 0.03 0.01 0.17 0.28 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.23 0.09 0.11 0.01 1.20 0.45 0.35
N2 0.07 0.01 0.24 0.16 0.02 0.10 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.30 0.46 0.15 0.16 0.03 1.06 0.27 0.37
N3 0.05 0.01 0.20 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.37 0.11 0.15 0.01 1.04 0.22 0.37
N7 0.02 0.01 0.04 0.41 0.01 0.15 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.24 0.05 0.16 0.03 1.31 0.56 0.34
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.21 0.13 0.02 0.12 0.03 1.07 0.20 0.37
O2' 0.03 0.31 0.00 0.02 0.28 0.32 0.33 0.12 0.36 0.26 0.35 0.30 0.27 0.32 0.21 0.00 0.07 0.20 0.33 0.38 0.47 0.31 0.42
O3' 0.32 0.34 0.05 0.01 0.20 0.04 0.16 0.22 0.18 0.20 0.23 0.46 0.37 0.24 0.13 0.07 0.00 0.23 0.28 0.21 0.59 0.33 0.37
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.15 0.11 0.05 0.02 0.20 0.23 0.00 0.07 0.06 0.65 0.13 0.20
O5' 0.20 0.13 0.47 0.08 0.12 0.03 0.12 0.01 0.13 0.13 0.11 0.16 0.15 0.16 0.12 0.33 0.28 0.07 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.40 0.02 0.11 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.38 0.21 0.06 0.16 0.00 1.32 0.66 0.34
OP1 0.81 1.10 0.68 0.15 1.12 0.15 1.25 0.13 1.27 1.23 1.20 1.06 1.04 1.31 1.07 0.47 0.59 0.65 0.02 1.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.31 0.34 0.12 0.30 0.18 0.48 0.36 0.55 0.38 0.45 0.27 0.22 0.56 0.20 0.31 0.33 0.13 0.02 0.66 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.37 0.56 0.09 0.37 0.06 0.35 0.01 0.35 0.35 0.35 0.37 0.37 0.34 0.37 0.42 0.37 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00