ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 11, 8, 9, 7, 3, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.005, 0.011, 0.026, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.011 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.005, 0.014, 0.033, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.014 std_dev=0.019
O2 A 0, -0.008, 0.033, 0.074, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.033 std_dev=0.041
N4 A 0, -0.004, 0.038, 0.080, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.038 std_dev=0.042
C5 B 0, 0.194, 0.363, 0.532, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.363 std_dev=0.169
C4 B 0, 0.196, 0.371, 0.545, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.371 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.196, 0.394, 0.591, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.394 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.205, 0.407, 0.609, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.407 std_dev=0.202
N7 B 0, 0.166, 0.376, 0.586, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.376 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.202, 0.418, 0.633, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.418 std_dev=0.215
N9 B 0, 0.176, 0.393, 0.609, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.393 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.202, 0.420, 0.638, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.420 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.154, 0.385, 0.615, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.385 std_dev=0.231
O6 B 0, 0.186, 0.435, 0.684, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.435 std_dev=0.249
N2 B 0, 0.197, 0.484, 0.771, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.484 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.176, 0.466, 0.756, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.466 std_dev=0.290
O4' A 0, -0.066, 0.273, 0.611, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.273 std_dev=0.339
C2' A 0, -0.094, 0.278, 0.650, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.278 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.098, 0.508, 0.917, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.508 std_dev=0.409
O5' A 0, 0.128, 0.554, 0.980, 2.420 max_d=2.420 avg_d=0.554 std_dev=0.426
C3' A 0, -0.074, 0.447, 0.969, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.447 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.017, 0.546, 1.076, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.546 std_dev=0.530
C4' A 0, -0.095, 0.468, 1.031, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.468 std_dev=0.563
P A 0, 0.080, 0.673, 1.266, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.673 std_dev=0.593
C4' B 0, -0.030, 0.589, 1.209, 3.861 max_d=3.861 avg_d=0.589 std_dev=0.619
O2' B 0, 0.043, 0.664, 1.284, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.664 std_dev=0.621
C3' B 0, -0.069, 0.557, 1.184, 3.918 max_d=3.918 avg_d=0.557 std_dev=0.627
OP2 A 0, 0.005, 0.679, 1.353, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.679 std_dev=0.674
O2' A 0, -0.270, 0.452, 1.175, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.452 std_dev=0.722
O3' A 0, -0.110, 0.639, 1.388, 2.969 max_d=2.969 avg_d=0.639 std_dev=0.749
O3' B 0, -0.122, 0.677, 1.477, 5.173 max_d=5.173 avg_d=0.677 std_dev=0.799
O5' B 0, -0.143, 0.718, 1.579, 5.241 max_d=5.241 avg_d=0.718 std_dev=0.861
C5' A 0, -0.121, 0.758, 1.636, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.758 std_dev=0.879
C5' B 0, -0.164, 0.715, 1.594, 5.409 max_d=5.409 avg_d=0.715 std_dev=0.879
OP1 A 0, 0.037, 0.923, 1.808, 3.725 max_d=3.725 avg_d=0.923 std_dev=0.885
P B 0, -0.173, 0.831, 1.834, 6.230 max_d=6.230 avg_d=0.831 std_dev=1.004
OP2 B 0, -0.102, 0.928, 1.958, 6.711 max_d=6.711 avg_d=0.928 std_dev=1.030
OP1 B 0, -0.164, 0.950, 2.064, 6.582 max_d=6.582 avg_d=0.950 std_dev=1.114

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.22 0.00 0.12 0.10 0.35 0.13
C2 0.01 0.00 0.12 0.18 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.07 0.21 0.16 0.45 0.20
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.10 0.16 0.03 0.08 0.05 0.25 0.00 0.03 0.02 0.41 0.39 0.33 0.38
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.02 0.20 0.14 0.21 0.24 0.18 0.02 0.01 0.01 0.30 0.26 0.23 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.31 0.09 0.03 0.30 0.32 0.55 0.33
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.15 0.07 0.07 0.13 0.06 0.21 0.02 0.00 0.01 0.09 0.32 0.06
C5 0.01 0.02 0.13 0.22 0.00 0.16 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.13 0.08 0.32 0.34 0.56 0.34
C5' 0.03 0.12 0.10 0.02 0.23 0.00 0.27 0.00 0.23 0.12 0.17 0.25 0.09 0.11 0.15 0.01 0.01 0.10 0.31 0.02
C6 0.01 0.02 0.16 0.20 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.10 0.27 0.24 0.50 0.26
N1 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.10 0.01 0.20 0.15 0.43 0.18
N3 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.13 0.05 0.26 0.24 0.51 0.26
N4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.10 0.03 0.33 0.37 0.57 0.37
O2 0.03 0.01 0.25 0.18 0.02 0.06 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.29 0.14 0.19 0.13 0.41 0.16
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.31 0.21 0.33 0.11 0.28 0.17 0.25 0.34 0.16 0.00 0.06 0.15 0.22 0.27 0.35 0.27
O3' 0.22 0.17 0.03 0.01 0.09 0.02 0.13 0.15 0.12 0.10 0.13 0.10 0.29 0.06 0.00 0.13 0.18 0.26 0.28 0.14
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.14 0.15 0.13 0.00 0.14 0.07 0.44 0.17
O5' 0.12 0.21 0.41 0.30 0.30 0.01 0.32 0.01 0.27 0.20 0.26 0.33 0.19 0.22 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.16 0.39 0.26 0.32 0.09 0.34 0.10 0.24 0.15 0.24 0.37 0.13 0.27 0.26 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.45 0.33 0.23 0.55 0.32 0.56 0.31 0.50 0.43 0.51 0.57 0.41 0.35 0.28 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.20 0.38 0.19 0.33 0.06 0.34 0.02 0.26 0.18 0.26 0.37 0.16 0.27 0.14 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.22 0.31 0.13 0.20 0.15 0.32 0.18 0.14 0.19 0.22 0.15 0.16 0.13 0.23 0.39 0.15 0.38 0.24 0.47 0.52 0.42
C2 0.14 0.16 0.27 0.36 0.11 0.21 0.12 0.28 0.16 0.12 0.16 0.19 0.14 0.13 0.12 0.24 0.44 0.14 0.36 0.20 0.42 0.46 0.38
C2' 0.15 0.19 0.21 0.27 0.15 0.21 0.19 0.40 0.19 0.23 0.17 0.27 0.16 0.27 0.16 0.24 0.32 0.19 0.48 0.30 0.63 0.74 0.59
C3' 0.36 0.38 0.35 0.34 0.37 0.31 0.36 0.32 0.37 0.33 0.38 0.39 0.38 0.32 0.35 0.40 0.38 0.35 0.39 0.36 0.44 0.49 0.39
C4 0.14 0.14 0.25 0.39 0.08 0.27 0.07 0.33 0.11 0.11 0.12 0.17 0.13 0.11 0.10 0.27 0.44 0.15 0.40 0.14 0.44 0.45 0.40
C4' 0.28 0.25 0.26 0.29 0.28 0.25 0.31 0.30 0.31 0.31 0.27 0.24 0.26 0.32 0.29 0.32 0.34 0.28 0.40 0.34 0.45 0.45 0.38
C5 0.15 0.14 0.23 0.35 0.10 0.26 0.08 0.35 0.13 0.10 0.14 0.17 0.13 0.10 0.11 0.31 0.40 0.16 0.41 0.17 0.48 0.49 0.43
C5' 0.45 0.40 0.38 0.39 0.46 0.39 0.50 0.38 0.50 0.51 0.43 0.36 0.41 0.53 0.47 0.43 0.40 0.46 0.52 0.55 0.52 0.51 0.48
C6 0.14 0.15 0.21 0.32 0.11 0.23 0.10 0.33 0.13 0.11 0.16 0.18 0.14 0.11 0.12 0.28 0.39 0.15 0.39 0.17 0.48 0.50 0.42
N1 0.13 0.16 0.23 0.33 0.11 0.21 0.12 0.31 0.14 0.12 0.16 0.20 0.14 0.13 0.12 0.24 0.40 0.14 0.37 0.19 0.46 0.49 0.40
N3 0.14 0.15 0.30 0.40 0.09 0.24 0.09 0.29 0.13 0.12 0.15 0.19 0.13 0.12 0.11 0.25 0.46 0.14 0.36 0.16 0.41 0.43 0.36
N4 0.16 0.15 0.28 0.44 0.10 0.32 0.11 0.38 0.13 0.15 0.13 0.18 0.15 0.16 0.12 0.30 0.48 0.18 0.44 0.15 0.46 0.47 0.43
O2 0.15 0.17 0.30 0.37 0.13 0.21 0.14 0.27 0.19 0.13 0.19 0.21 0.15 0.15 0.13 0.27 0.45 0.15 0.35 0.24 0.41 0.47 0.37
O2' 0.56 0.53 0.48 0.53 0.62 0.59 0.71 0.76 0.76 0.69 0.64 0.44 0.54 0.74 0.62 0.41 0.50 0.63 0.82 0.87 0.93 1.04 0.93
O3' 0.24 0.24 0.20 0.22 0.24 0.22 0.26 0.31 0.27 0.25 0.25 0.24 0.23 0.26 0.24 0.24 0.25 0.27 0.43 0.30 0.49 0.55 0.44
O4' 0.18 0.16 0.21 0.30 0.15 0.21 0.17 0.30 0.17 0.20 0.16 0.19 0.15 0.21 0.17 0.27 0.37 0.18 0.36 0.20 0.43 0.42 0.35
O5' 0.26 0.23 0.30 0.33 0.24 0.27 0.25 0.36 0.24 0.27 0.23 0.25 0.24 0.27 0.25 0.39 0.40 0.26 0.43 0.27 0.56 0.53 0.47
OP1 0.46 0.33 0.44 0.51 0.42 0.45 0.44 0.38 0.39 0.52 0.33 0.30 0.37 0.51 0.47 0.46 0.56 0.50 0.62 0.39 0.56 0.58 0.57
OP2 0.54 0.53 0.55 0.58 0.55 0.49 0.56 0.37 0.54 0.55 0.52 0.52 0.54 0.56 0.55 0.56 0.63 0.54 0.58 0.53 0.57 0.54 0.52
P 0.35 0.27 0.36 0.45 0.32 0.36 0.34 0.30 0.31 0.39 0.27 0.26 0.29 0.38 0.35 0.38 0.52 0.38 0.54 0.31 0.55 0.53 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.16 0.02 0.18 0.23 0.15
C2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.16 0.32 0.02 0.32 0.45 0.32
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.08 0.08 0.09 0.13 0.20 0.16 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.20 0.07 0.29 0.18 0.19
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.14 0.10 0.14 0.15 0.13 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.20 0.14 0.24 0.10 0.15
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.08 0.30 0.02 0.30 0.40 0.29
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.04 0.13 0.02 0.01 0.02 0.08 0.09 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.35 0.02 0.37 0.48 0.35
C5' 0.07 0.24 0.08 0.03 0.20 0.01 0.23 0.00 0.25 0.21 0.25 0.25 0.21 0.23 0.16 0.07 0.07 0.02 0.01 0.27 0.16 0.23 0.01
C6 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.16 0.07 0.37 0.01 0.40 0.53 0.39
C8 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.09 0.32 0.03 0.33 0.38 0.30
N1 0.02 0.01 0.13 0.14 0.01 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.12 0.35 0.01 0.37 0.51 0.37
N2 0.04 0.01 0.20 0.15 0.01 0.13 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.17 0.19 0.31 0.03 0.30 0.44 0.32
N3 0.02 0.00 0.16 0.13 0.00 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.16 0.29 0.02 0.28 0.39 0.28
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.05 0.36 0.03 0.39 0.48 0.36
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.26 0.02 0.26 0.33 0.24
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.05 0.13 0.06 0.07 0.07 0.14 0.11 0.21 0.14 0.13 0.05 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08 0.24 0.16 0.13
O3' 0.04 0.15 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.07 0.16 0.11 0.16 0.17 0.13 0.13 0.07 0.05 0.00 0.05 0.21 0.17 0.27 0.19 0.19
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.19 0.16 0.05 0.01 0.07 0.05 0.00 0.13 0.06 0.12 0.24 0.14
O5' 0.16 0.32 0.20 0.20 0.30 0.02 0.35 0.01 0.37 0.32 0.35 0.31 0.29 0.36 0.26 0.11 0.21 0.13 0.00 0.39 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.07 0.14 0.02 0.08 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.17 0.06 0.39 0.00 0.45 0.58 0.42
OP1 0.18 0.32 0.29 0.24 0.30 0.09 0.37 0.16 0.40 0.33 0.37 0.30 0.28 0.39 0.26 0.24 0.27 0.12 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.45 0.18 0.10 0.40 0.17 0.48 0.23 0.53 0.38 0.51 0.44 0.39 0.48 0.33 0.16 0.19 0.24 0.02 0.58 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.32 0.19 0.15 0.29 0.02 0.35 0.01 0.39 0.30 0.37 0.32 0.28 0.36 0.24 0.13 0.19 0.14 0.00 0.42 0.00 0.01 0.00