ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52080

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 10, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.023, 0.042, 0.062, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.042 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.034, 0.068, 0.103, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.068 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.045, 0.082, 0.119, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.082 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.056, 0.119, 0.181, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.119 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.052, 0.121, 0.190, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.121 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.039, 0.111, 0.184, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.111 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.085, 0.193, 0.301, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.193 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.056, 0.178, 0.299, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.178 std_dev=0.121
P B 0, 0.104, 0.242, 0.379, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.242 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.104, 0.276, 0.448, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.276 std_dev=0.172
O4' B 0, 0.128, 0.304, 0.479, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.304 std_dev=0.176
N2 B 0, 0.111, 0.287, 0.463, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.287 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.082, 0.262, 0.442, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.262 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.085, 0.267, 0.449, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.267 std_dev=0.182
OP2 B 0, 0.118, 0.301, 0.484, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.301 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.080, 0.278, 0.476, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.278 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.090, 0.290, 0.491, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.290 std_dev=0.201
O5' B 0, 0.095, 0.302, 0.510, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.302 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.116, 0.325, 0.534, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.325 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.105, 0.318, 0.531, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.318 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.079, 0.297, 0.514, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.297 std_dev=0.218
C6 B 0, 0.082, 0.302, 0.522, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.302 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.126, 0.352, 0.578, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.352 std_dev=0.226
O6 B 0, 0.100, 0.341, 0.582, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.341 std_dev=0.241
C8 B 0, 0.112, 0.355, 0.597, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.355 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.098, 0.342, 0.586, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.342 std_dev=0.244
P A 0, 0.062, 0.309, 0.557, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.309 std_dev=0.247
C4' B 0, 0.075, 0.374, 0.672, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.374 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.078, 0.384, 0.691, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.384 std_dev=0.307
C5' B 0, 0.049, 0.360, 0.671, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.360 std_dev=0.311
C2' B 0, 0.105, 0.436, 0.767, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.436 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.105, 0.465, 0.826, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.465 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.047, 0.453, 0.860, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.453 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.065, 0.513, 0.961, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.513 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.009, 0.574, 1.138, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.574 std_dev=0.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.23 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.15 0.11 0.29 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.24 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.21 0.10
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.19 0.19 0.33 0.19
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.16 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.21 0.20 0.32 0.19
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.19 0.13 0.28 0.15
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.10 0.27 0.12
N3 0.03 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.18 0.15 0.32 0.17
N4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.20 0.24 0.35 0.22
O2 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.03 0.13 0.09 0.28 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.05 0.05 0.12 0.22 0.07
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.00 0.02 0.14 0.16 0.22 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.12 0.13 0.18 0.05
O5' 0.11 0.15 0.04 0.06 0.19 0.02 0.21 0.01 0.19 0.15 0.18 0.20 0.13 0.05 0.14 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.11 0.09 0.10 0.19 0.13 0.20 0.17 0.13 0.10 0.15 0.24 0.09 0.12 0.16 0.13 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.29 0.24 0.21 0.33 0.16 0.32 0.09 0.28 0.27 0.32 0.35 0.28 0.22 0.22 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.09 0.10 0.19 0.03 0.19 0.02 0.15 0.12 0.17 0.22 0.11 0.07 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.13 0.15 0.10 0.16 0.11 0.17 0.08 0.17 0.17 0.15 0.12 0.14 0.18 0.16 0.19 0.11 0.13 0.15 0.18 0.06 0.11 0.04
C2 0.16 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.15 0.14 0.15 0.17 0.12 0.12 0.10 0.18 0.14 0.18 0.11 0.13 0.21 0.18 0.10 0.13 0.09
C2' 0.14 0.16 0.13 0.09 0.15 0.10 0.15 0.07 0.16 0.14 0.16 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.10 0.12 0.15 0.16 0.08 0.12 0.06
C3' 0.11 0.15 0.09 0.07 0.13 0.08 0.14 0.09 0.15 0.12 0.16 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.09 0.10 0.08 0.16 0.02 0.08 0.02
C4 0.15 0.08 0.15 0.19 0.13 0.15 0.17 0.22 0.17 0.19 0.09 0.12 0.10 0.20 0.16 0.15 0.20 0.13 0.21 0.21 0.09 0.14 0.10
C4' 0.13 0.15 0.10 0.07 0.13 0.08 0.15 0.07 0.17 0.14 0.17 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.08 0.10 0.08 0.18 0.04 0.08 0.03
C5 0.15 0.10 0.14 0.19 0.15 0.14 0.19 0.22 0.20 0.19 0.15 0.08 0.11 0.21 0.16 0.14 0.20 0.12 0.18 0.23 0.09 0.15 0.09
C5' 0.12 0.18 0.09 0.08 0.15 0.08 0.18 0.11 0.21 0.15 0.22 0.19 0.15 0.18 0.13 0.13 0.10 0.10 0.06 0.24 0.11 0.13 0.08
C6 0.15 0.11 0.13 0.14 0.15 0.11 0.19 0.18 0.20 0.18 0.16 0.07 0.12 0.20 0.16 0.14 0.15 0.12 0.16 0.22 0.07 0.14 0.07
N1 0.15 0.10 0.13 0.10 0.14 0.10 0.17 0.13 0.17 0.17 0.14 0.08 0.11 0.18 0.15 0.16 0.10 0.12 0.18 0.19 0.06 0.12 0.06
N3 0.16 0.09 0.15 0.15 0.11 0.13 0.14 0.19 0.14 0.17 0.10 0.14 0.10 0.18 0.15 0.17 0.15 0.14 0.22 0.18 0.10 0.14 0.10
N4 0.16 0.12 0.17 0.23 0.15 0.18 0.18 0.25 0.17 0.20 0.11 0.16 0.13 0.22 0.17 0.16 0.25 0.15 0.22 0.22 0.11 0.15 0.11
O2 0.18 0.14 0.18 0.12 0.15 0.14 0.17 0.14 0.17 0.18 0.15 0.15 0.15 0.19 0.16 0.24 0.14 0.15 0.23 0.18 0.14 0.14 0.11
O2' 0.21 0.18 0.22 0.22 0.19 0.23 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.17 0.19 0.18 0.19 0.25 0.24 0.20 0.20 0.17 0.16 0.13 0.12
O3' 0.11 0.14 0.10 0.07 0.11 0.08 0.12 0.06 0.13 0.11 0.14 0.16 0.12 0.11 0.10 0.15 0.09 0.10 0.03 0.14 0.02 0.01 0.01
O4' 0.16 0.13 0.14 0.09 0.15 0.10 0.17 0.08 0.17 0.16 0.15 0.12 0.13 0.17 0.15 0.18 0.10 0.12 0.12 0.19 0.03 0.10 0.02
O5' 0.13 0.22 0.11 0.12 0.19 0.11 0.24 0.13 0.27 0.19 0.27 0.21 0.17 0.23 0.16 0.12 0.14 0.12 0.10 0.30 0.20 0.13 0.12
OP1 0.18 0.27 0.17 0.20 0.22 0.19 0.26 0.22 0.31 0.21 0.32 0.29 0.22 0.25 0.19 0.20 0.25 0.18 0.17 0.34 0.30 0.20 0.20
OP2 0.31 0.34 0.27 0.23 0.33 0.23 0.36 0.20 0.38 0.33 0.37 0.33 0.32 0.36 0.32 0.27 0.24 0.30 0.21 0.40 0.28 0.22 0.21
P 0.19 0.26 0.16 0.15 0.23 0.15 0.26 0.16 0.30 0.22 0.30 0.26 0.22 0.25 0.20 0.16 0.18 0.18 0.12 0.33 0.23 0.17 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.10 0.18 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.20 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.24 0.05 0.21 0.01 0.15 0.19 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.09 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.10 0.13 0.04
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.18 0.08 0.20 0.20 0.18 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.11 0.03
C4 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.16 0.03 0.17 0.01 0.12 0.19 0.11
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.12 0.05 0.13 0.14 0.12 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.10 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.03 0.18 0.01 0.12 0.19 0.12
C5' 0.03 0.23 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.20 0.10 0.22 0.24 0.20 0.13 0.10 0.06 0.03 0.01 0.01 0.20 0.10 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.22 0.04 0.20 0.00 0.14 0.19 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.13 0.02 0.11 0.19 0.09
N1 0.02 0.00 0.08 0.20 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.24 0.05 0.21 0.01 0.15 0.19 0.14
N2 0.03 0.00 0.09 0.20 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.26 0.06 0.21 0.02 0.17 0.19 0.16
N3 0.03 0.00 0.08 0.18 0.00 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.20 0.05 0.20 0.01 0.13 0.18 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.15 0.02 0.11 0.19 0.10
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.11 0.18 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.04 0.14 0.14 0.08
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.16 0.02 0.17 0.03 0.22 0.09 0.24 0.26 0.20 0.13 0.08 0.05 0.00 0.02 0.08 0.23 0.12 0.13 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.04 0.11 0.19 0.08
O5' 0.09 0.21 0.04 0.02 0.17 0.02 0.18 0.01 0.20 0.13 0.21 0.21 0.20 0.15 0.13 0.09 0.08 0.09 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.23 0.04 0.20 0.00 0.14 0.19 0.14
OP1 0.10 0.15 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.17 0.13 0.11 0.11 0.14 0.12 0.11 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.19 0.13 0.11 0.19 0.11 0.19 0.10 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.19 0.18 0.14 0.13 0.19 0.02 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.04 0.03 0.11 0.03 0.12 0.02 0.13 0.09 0.14 0.16 0.12 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00