ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52082

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 4, 6, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.026, 0.054, 0.082, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.054 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.025, 0.057, 0.089, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.057 std_dev=0.032
C5 B 0, 0.332, 0.535, 0.738, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.535 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.297, 0.507, 0.716, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.507 std_dev=0.209
C6 B 0, 0.166, 0.376, 0.587, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.376 std_dev=0.210
O6 B 0, 0.173, 0.416, 0.658, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.416 std_dev=0.243
O4' A 0, 0.332, 0.592, 0.852, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.592 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.527, 0.792, 1.057, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.792 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.301, 0.575, 0.848, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.575 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.829, 1.124, 1.419, 1.382 max_d=1.382 avg_d=1.124 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.266, 0.562, 0.857, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.562 std_dev=0.296
N7 B 0, 0.617, 0.924, 1.230, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.924 std_dev=0.306
C2' A 0, 0.378, 0.691, 1.005, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.691 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.605, 0.919, 1.234, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.919 std_dev=0.314
C4' A 0, 0.604, 0.920, 1.236, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.920 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.708, 1.054, 1.401, 1.479 max_d=1.479 avg_d=1.054 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.342, 0.699, 1.055, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.699 std_dev=0.356
C3' A 0, 0.901, 1.260, 1.618, 1.617 max_d=1.617 avg_d=1.260 std_dev=0.359
N2 B 0, 0.536, 1.083, 1.629, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.083 std_dev=0.546
O5' A 0, 1.023, 1.603, 2.184, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.603 std_dev=0.581
O4' B 0, 1.017, 1.606, 2.195, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.606 std_dev=0.589
C5' A 0, 1.016, 1.620, 2.224, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.620 std_dev=0.604
O3' A 0, 1.291, 1.938, 2.584, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.938 std_dev=0.646
P A 0, 1.237, 1.891, 2.544, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.891 std_dev=0.653
C3' B 0, 2.001, 2.713, 3.426, 3.333 max_d=3.333 avg_d=2.713 std_dev=0.712
C2' B 0, 1.108, 1.828, 2.547, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.828 std_dev=0.719
C4' B 0, 1.831, 2.554, 3.276, 3.373 max_d=3.373 avg_d=2.554 std_dev=0.723
OP1 A 0, 1.330, 2.082, 2.834, 4.022 max_d=4.022 avg_d=2.082 std_dev=0.752
O2' B 0, 1.065, 1.861, 2.656, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.861 std_dev=0.796
O3' B 0, 2.350, 3.224, 4.097, 4.628 max_d=4.628 avg_d=3.224 std_dev=0.874
OP2 A 0, 1.016, 1.922, 2.828, 4.900 max_d=4.900 avg_d=1.922 std_dev=0.906
OP2 B 0, 2.803, 3.722, 4.642, 4.610 max_d=4.610 avg_d=3.722 std_dev=0.919
P B 0, 2.651, 3.602, 4.553, 4.491 max_d=4.491 avg_d=3.602 std_dev=0.951
O5' B 0, 2.949, 3.939, 4.930, 4.800 max_d=4.800 avg_d=3.939 std_dev=0.990
OP1 B 0, 2.721, 3.801, 4.881, 5.033 max_d=5.033 avg_d=3.801 std_dev=1.080
C5' B 0, 2.672, 3.755, 4.838, 5.050 max_d=5.050 avg_d=3.755 std_dev=1.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.21 0.00 0.22 0.37 0.25 0.14
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.18 0.06 0.30 0.32 0.45 0.25
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.19 0.13 0.02 0.12 0.04 0.27 0.00 0.07 0.02 0.44 0.53 0.51 0.40
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.27 0.01 0.25 0.05 0.21 0.17 0.25 0.29 0.19 0.02 0.01 0.03 0.31 0.39 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.10 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.17 0.04 0.43 0.38 0.68 0.44
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.06 0.27 0.06 0.01 0.04 0.37 0.24 0.12
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.17 0.06 0.46 0.40 0.69 0.48
C5' 0.11 0.21 0.19 0.05 0.31 0.01 0.33 0.00 0.30 0.21 0.26 0.33 0.16 0.11 0.17 0.01 0.01 0.16 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.08 0.40 0.33 0.55 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.02 0.31 0.30 0.42 0.25
N3 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.18 0.05 0.36 0.33 0.57 0.35
N4 0.02 0.02 0.04 0.29 0.00 0.11 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.19 0.04 0.46 0.43 0.75 0.50
O2 0.05 0.00 0.27 0.19 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.25 0.09 0.23 0.34 0.36 0.17
O2' 0.03 0.16 0.00 0.02 0.27 0.27 0.30 0.11 0.26 0.16 0.21 0.30 0.19 0.00 0.12 0.16 0.33 0.56 0.46 0.33
O3' 0.21 0.18 0.07 0.01 0.17 0.06 0.17 0.17 0.14 0.12 0.18 0.19 0.25 0.12 0.00 0.13 0.25 0.37 0.21 0.17
O4' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.09 0.16 0.13 0.00 0.11 0.36 0.25 0.17
O5' 0.22 0.30 0.44 0.31 0.43 0.04 0.46 0.01 0.40 0.31 0.36 0.46 0.23 0.33 0.25 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.32 0.53 0.39 0.38 0.37 0.40 0.16 0.33 0.30 0.33 0.43 0.34 0.56 0.37 0.36 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.45 0.51 0.16 0.68 0.24 0.69 0.37 0.55 0.42 0.57 0.75 0.36 0.46 0.21 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.25 0.40 0.21 0.44 0.12 0.48 0.02 0.37 0.25 0.35 0.50 0.17 0.33 0.17 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.22 0.41 0.58 0.14 0.43 0.15 0.53 0.15 0.25 0.24 0.33 0.13 0.23 0.20 0.30 0.70 0.27 0.54 0.18 0.66 0.64 0.55
C2 0.28 0.37 0.51 0.78 0.13 0.61 0.18 0.75 0.12 0.39 0.33 0.62 0.16 0.35 0.28 0.31 0.89 0.40 0.78 0.14 0.95 0.89 0.80
C2' 0.24 0.16 0.46 0.53 0.17 0.35 0.18 0.37 0.23 0.19 0.20 0.20 0.18 0.20 0.20 0.43 0.67 0.22 0.35 0.36 0.38 0.44 0.33
C3' 0.54 0.47 0.68 0.74 0.50 0.62 0.47 0.64 0.43 0.49 0.44 0.45 0.50 0.46 0.52 0.63 0.83 0.53 0.63 0.37 0.65 0.63 0.58
C4 0.18 0.44 0.21 0.58 0.08 0.54 0.19 0.78 0.12 0.46 0.33 0.62 0.30 0.46 0.24 0.17 0.57 0.41 0.87 0.16 1.08 1.09 0.97
C4' 0.32 0.24 0.40 0.50 0.30 0.43 0.32 0.51 0.31 0.34 0.26 0.21 0.26 0.35 0.32 0.33 0.57 0.36 0.52 0.34 0.60 0.62 0.55
C5 0.13 0.36 0.14 0.33 0.10 0.36 0.14 0.57 0.08 0.33 0.28 0.48 0.27 0.37 0.16 0.24 0.31 0.29 0.66 0.14 0.86 0.92 0.78
C5' 0.40 0.39 0.34 0.38 0.43 0.42 0.47 0.51 0.49 0.46 0.44 0.35 0.39 0.49 0.43 0.32 0.36 0.44 0.56 0.55 0.63 0.70 0.63
C6 0.15 0.30 0.18 0.38 0.11 0.35 0.14 0.50 0.10 0.27 0.27 0.42 0.20 0.29 0.16 0.16 0.40 0.25 0.56 0.11 0.73 0.76 0.64
N1 0.21 0.30 0.36 0.58 0.11 0.46 0.15 0.59 0.11 0.30 0.29 0.46 0.15 0.29 0.21 0.22 0.66 0.30 0.63 0.13 0.78 0.76 0.66
N3 0.29 0.45 0.47 0.82 0.13 0.67 0.22 0.85 0.14 0.47 0.35 0.70 0.24 0.43 0.31 0.22 0.89 0.46 0.91 0.16 1.10 1.04 0.96
N4 0.18 0.46 0.14 0.57 0.13 0.60 0.22 0.91 0.15 0.54 0.32 0.64 0.37 0.52 0.26 0.35 0.49 0.49 1.05 0.19 1.28 1.31 1.19
O2 0.35 0.33 0.66 0.91 0.17 0.68 0.19 0.79 0.14 0.39 0.32 0.62 0.13 0.33 0.32 0.48 1.08 0.43 0.80 0.16 0.96 0.86 0.79
O2' 0.37 0.55 0.28 0.33 0.49 0.28 0.57 0.32 0.69 0.48 0.70 0.52 0.46 0.55 0.44 0.25 0.48 0.41 0.35 0.76 0.36 0.57 0.46
O3' 0.53 0.52 0.68 0.72 0.51 0.59 0.48 0.59 0.46 0.48 0.49 0.52 0.52 0.46 0.51 0.65 0.81 0.49 0.58 0.42 0.59 0.60 0.54
O4' 0.22 0.12 0.33 0.50 0.17 0.42 0.22 0.54 0.18 0.31 0.12 0.22 0.10 0.32 0.24 0.22 0.57 0.30 0.57 0.23 0.71 0.70 0.61
O5' 0.49 0.41 0.51 0.52 0.48 0.53 0.50 0.53 0.47 0.52 0.41 0.36 0.44 0.52 0.50 0.51 0.52 0.53 0.46 0.48 0.47 0.48 0.47
OP1 0.48 0.36 0.48 0.48 0.44 0.51 0.47 0.52 0.43 0.54 0.36 0.35 0.39 0.54 0.48 0.49 0.48 0.52 0.48 0.45 0.51 0.54 0.52
OP2 0.83 0.60 0.87 0.87 0.76 0.87 0.77 0.84 0.67 0.86 0.57 0.52 0.69 0.84 0.82 0.86 0.85 0.84 0.79 0.64 0.80 0.80 0.80
P 0.55 0.38 0.57 0.56 0.50 0.58 0.52 0.56 0.46 0.59 0.37 0.32 0.44 0.58 0.55 0.58 0.55 0.57 0.50 0.46 0.51 0.53 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.03 0.07 0.23 0.10
C2 0.03 0.00 0.18 0.18 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.25 0.05 0.14 0.01 0.13 0.31 0.18
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.01 0.09 0.08 0.15 0.21 0.18 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.09 0.24 0.09
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.10 0.11 0.15 0.21 0.16 0.07 0.05 0.03 0.02 0.03 0.14 0.09 0.11 0.20 0.09
C4 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.15 0.01 0.14 0.30 0.18
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.18 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.19 0.02 0.20 0.34 0.23
C5' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.08 0.05 0.05 0.14 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.13 0.09 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02 0.19 0.00 0.22 0.36 0.25
C8 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.06 0.19 0.03 0.20 0.31 0.22
N1 0.02 0.01 0.15 0.15 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.20 0.04 0.17 0.01 0.18 0.34 0.22
N2 0.04 0.01 0.21 0.21 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.30 0.07 0.12 0.01 0.11 0.31 0.16
N3 0.02 0.01 0.18 0.16 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.22 0.05 0.12 0.01 0.11 0.29 0.15
N7 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.21 0.04 0.24 0.35 0.26
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.14 0.02 0.12 0.27 0.15
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.14 0.21 0.16 0.06 0.04 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.10 0.22 0.06
O3' 0.04 0.25 0.03 0.02 0.12 0.02 0.08 0.04 0.13 0.11 0.20 0.30 0.22 0.08 0.04 0.07 0.00 0.04 0.16 0.11 0.15 0.20 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.13 0.04 0.12 0.20 0.12
O5' 0.08 0.14 0.08 0.14 0.15 0.01 0.19 0.01 0.19 0.19 0.17 0.12 0.12 0.21 0.14 0.04 0.16 0.13 0.00 0.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.02 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.11 0.04 0.22 0.00 0.26 0.38 0.28
OP1 0.07 0.13 0.09 0.11 0.14 0.08 0.20 0.09 0.22 0.20 0.18 0.11 0.11 0.24 0.12 0.10 0.15 0.12 0.02 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.31 0.24 0.20 0.30 0.18 0.34 0.14 0.36 0.31 0.34 0.31 0.29 0.35 0.27 0.22 0.20 0.20 0.02 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.18 0.09 0.09 0.18 0.04 0.23 0.02 0.25 0.22 0.22 0.16 0.15 0.26 0.15 0.06 0.10 0.12 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00