ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 3, 2, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.011, 0.034, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.014, 0.045, 0.077, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.045 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.035, 0.092, 0.149, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.092 std_dev=0.057
N4 A 0, 0.030, 0.093, 0.155, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.093 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.327, 0.508, 0.689, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.508 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.222, 0.406, 0.591, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.406 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.286, 0.474, 0.662, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.474 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.291, 0.479, 0.667, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.479 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.243, 0.435, 0.628, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.435 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.209, 0.421, 0.633, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.421 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.459, 0.726, 0.993, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.726 std_dev=0.267
O6 B 0, 0.265, 0.552, 0.839, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.552 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.340, 0.671, 1.002, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.671 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.620, 0.952, 1.283, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.952 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.135, 0.479, 0.823, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.479 std_dev=0.344
C4' A 0, 0.568, 0.924, 1.280, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.924 std_dev=0.356
C8 B 0, 0.381, 0.770, 1.158, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.770 std_dev=0.389
N7 B 0, 0.193, 0.595, 0.996, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.595 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.438, 0.852, 1.266, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.852 std_dev=0.414
C2' A 0, 0.097, 0.568, 1.040, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.568 std_dev=0.471
C5' A 0, 0.949, 1.424, 1.899, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.424 std_dev=0.475
O2' B 0, 0.504, 1.086, 1.668, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.086 std_dev=0.582
O4' B 0, 1.090, 1.737, 2.383, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.737 std_dev=0.647
C2' B 0, 0.228, 0.883, 1.537, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.883 std_dev=0.655
O3' A 0, 0.575, 1.286, 1.997, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.286 std_dev=0.711
O2' A 0, 0.359, 1.108, 1.857, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.108 std_dev=0.749
C4' B 0, 0.856, 1.789, 2.721, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.789 std_dev=0.933
O5' A 0, 1.982, 2.952, 3.921, 4.061 max_d=4.061 avg_d=2.952 std_dev=0.970
P A 0, 3.112, 4.121, 5.131, 4.652 max_d=4.652 avg_d=4.121 std_dev=1.010
C3' B 0, 0.534, 1.557, 2.580, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.557 std_dev=1.023
OP2 A 0, 3.405, 4.494, 5.584, 4.974 max_d=4.974 avg_d=4.494 std_dev=1.090
OP1 A 0, 3.690, 4.870, 6.049, 5.537 max_d=5.537 avg_d=4.870 std_dev=1.179
O3' B 0, 0.828, 2.039, 3.250, 3.597 max_d=3.597 avg_d=2.039 std_dev=1.211
C5' B 0, 1.533, 2.761, 3.989, 4.649 max_d=4.649 avg_d=2.761 std_dev=1.228
OP1 B 0, 3.736, 5.038, 6.340, 6.163 max_d=6.163 avg_d=5.038 std_dev=1.302
P B 0, 2.233, 3.541, 4.848, 5.257 max_d=5.257 avg_d=3.541 std_dev=1.307
O5' B 0, 1.856, 3.306, 4.757, 5.127 max_d=5.127 avg_d=3.306 std_dev=1.450
OP2 B 0, 2.087, 3.613, 5.140, 5.600 max_d=5.600 avg_d=3.613 std_dev=1.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.32 0.01 0.13 0.30 0.45 0.30
C2 0.04 0.00 0.16 0.28 0.03 0.08 0.03 0.20 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.22 0.15 0.09 0.17 0.32 0.48 0.29
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.06 0.02 0.18 0.21 0.21 0.04 0.11 0.07 0.32 0.01 0.04 0.01 0.18 0.50 0.34 0.27
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.39 0.01 0.37 0.03 0.30 0.24 0.36 0.43 0.24 0.03 0.01 0.02 0.15 0.26 0.45 0.20
C4 0.01 0.03 0.06 0.39 0.00 0.25 0.01 0.45 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.38 0.20 0.06 0.19 0.26 0.44 0.30
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.25 0.00 0.31 0.01 0.28 0.13 0.16 0.28 0.08 0.29 0.03 0.01 0.01 0.17 0.28 0.12
C5 0.02 0.03 0.18 0.37 0.01 0.31 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.41 0.25 0.13 0.23 0.27 0.49 0.35
C5' 0.07 0.20 0.21 0.03 0.45 0.01 0.51 0.00 0.41 0.22 0.33 0.51 0.09 0.08 0.23 0.01 0.01 0.29 0.31 0.03
C6 0.03 0.02 0.21 0.30 0.02 0.28 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.19 0.15 0.18 0.29 0.53 0.35
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.21 0.14 0.01 0.13 0.31 0.50 0.31
N3 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.31 0.12 0.06 0.16 0.28 0.45 0.26
N4 0.01 0.03 0.07 0.43 0.01 0.28 0.02 0.51 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.42 0.25 0.07 0.23 0.26 0.41 0.31
O2 0.08 0.01 0.32 0.24 0.04 0.08 0.05 0.09 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.22 0.28 0.18 0.24 0.37 0.49 0.32
O2' 0.02 0.22 0.01 0.03 0.38 0.29 0.41 0.08 0.34 0.21 0.31 0.42 0.22 0.00 0.10 0.23 0.22 0.20 0.33 0.23
O3' 0.32 0.15 0.04 0.01 0.20 0.03 0.25 0.23 0.19 0.14 0.12 0.25 0.28 0.10 0.00 0.22 0.24 0.13 0.54 0.29
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.06 0.07 0.18 0.23 0.22 0.00 0.15 0.25 0.42 0.31
O5' 0.13 0.17 0.18 0.15 0.19 0.01 0.23 0.01 0.18 0.13 0.16 0.23 0.24 0.22 0.24 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.30 0.32 0.50 0.26 0.26 0.17 0.27 0.29 0.29 0.31 0.28 0.26 0.37 0.20 0.13 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.48 0.34 0.45 0.44 0.28 0.49 0.31 0.53 0.50 0.45 0.41 0.49 0.33 0.54 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.29 0.27 0.20 0.30 0.12 0.35 0.03 0.35 0.31 0.26 0.31 0.32 0.23 0.29 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.20 0.32 0.35 0.17 0.26 0.29 0.38 0.28 0.37 0.14 0.37 0.16 0.43 0.24 0.37 0.45 0.24 0.44 0.45 0.46 0.34 0.38
C2 0.30 0.20 0.42 0.46 0.18 0.36 0.26 0.42 0.27 0.34 0.14 0.40 0.19 0.38 0.26 0.46 0.57 0.29 0.55 0.42 0.54 0.42 0.49
C2' 0.23 0.31 0.26 0.19 0.20 0.18 0.33 0.37 0.29 0.43 0.19 0.53 0.24 0.51 0.26 0.35 0.27 0.24 0.38 0.50 0.46 0.42 0.36
C3' 0.61 0.77 0.66 0.63 0.62 0.58 0.55 0.62 0.58 0.50 0.71 0.85 0.72 0.47 0.58 0.70 0.68 0.56 0.61 0.50 0.56 0.48 0.54
C4 0.29 0.25 0.36 0.45 0.12 0.39 0.16 0.49 0.18 0.33 0.24 0.36 0.17 0.30 0.25 0.35 0.51 0.33 0.63 0.24 0.60 0.54 0.59
C4' 0.44 0.55 0.47 0.48 0.45 0.46 0.41 0.57 0.43 0.40 0.52 0.63 0.51 0.39 0.43 0.49 0.53 0.43 0.62 0.39 0.59 0.55 0.58
C5 0.26 0.25 0.26 0.33 0.16 0.32 0.22 0.47 0.20 0.39 0.25 0.35 0.17 0.39 0.26 0.27 0.37 0.31 0.54 0.25 0.53 0.48 0.51
C5' 0.61 0.74 0.60 0.59 0.65 0.61 0.62 0.71 0.66 0.56 0.73 0.78 0.70 0.57 0.61 0.61 0.61 0.60 0.76 0.64 0.73 0.70 0.73
C6 0.24 0.23 0.26 0.31 0.16 0.29 0.26 0.44 0.21 0.41 0.20 0.37 0.15 0.44 0.25 0.29 0.37 0.28 0.47 0.34 0.49 0.40 0.44
N1 0.25 0.22 0.33 0.37 0.15 0.29 0.26 0.40 0.25 0.37 0.15 0.40 0.16 0.42 0.24 0.37 0.46 0.25 0.49 0.41 0.49 0.38 0.43
N3 0.33 0.21 0.46 0.52 0.17 0.43 0.20 0.48 0.21 0.32 0.19 0.37 0.19 0.31 0.27 0.47 0.61 0.34 0.63 0.32 0.60 0.50 0.57
N4 0.31 0.30 0.38 0.52 0.12 0.47 0.10 0.58 0.17 0.30 0.28 0.38 0.21 0.21 0.25 0.34 0.55 0.39 0.75 0.19 0.69 0.66 0.71
O2 0.33 0.20 0.48 0.50 0.21 0.39 0.28 0.41 0.31 0.33 0.16 0.40 0.24 0.37 0.28 0.53 0.63 0.30 0.55 0.47 0.54 0.41 0.48
O2' 0.67 0.54 0.44 0.43 0.74 0.62 0.93 0.76 0.97 0.94 0.72 0.39 0.56 1.04 0.77 0.43 0.32 0.78 0.78 1.20 0.82 0.83 0.79
O3' 0.53 0.59 0.53 0.54 0.55 0.54 0.54 0.64 0.55 0.51 0.59 0.62 0.57 0.51 0.53 0.54 0.56 0.53 0.62 0.54 0.62 0.61 0.62
O4' 0.28 0.27 0.33 0.39 0.21 0.35 0.24 0.50 0.17 0.36 0.19 0.40 0.23 0.37 0.27 0.35 0.46 0.30 0.57 0.24 0.57 0.51 0.54
O5' 0.33 0.41 0.30 0.36 0.34 0.42 0.37 0.62 0.41 0.38 0.43 0.47 0.36 0.40 0.34 0.31 0.36 0.39 0.64 0.45 0.59 0.66 0.65
OP1 0.51 0.36 0.46 0.45 0.44 0.51 0.47 0.62 0.41 0.61 0.37 0.36 0.38 0.59 0.52 0.46 0.42 0.59 0.68 0.44 0.53 0.67 0.66
OP2 0.70 0.72 0.58 0.57 0.75 0.67 0.84 0.78 0.86 0.81 0.78 0.68 0.70 0.89 0.75 0.57 0.50 0.77 0.95 0.95 0.78 0.99 0.95
P 0.56 0.55 0.49 0.53 0.56 0.61 0.61 0.74 0.62 0.65 0.58 0.55 0.53 0.67 0.59 0.46 0.49 0.65 0.88 0.67 0.75 0.90 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.02 0.20 0.17 0.14
C2 0.04 0.00 0.16 0.18 0.01 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.08 0.30 0.01 0.33 0.40 0.30
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.10 0.12 0.19 0.15 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.07 0.28 0.12 0.18
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.14 0.10 0.17 0.20 0.16 0.11 0.07 0.01 0.01 0.02 0.29 0.14 0.33 0.10 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.30 0.01 0.32 0.36 0.29
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.16 0.09 0.05 0.04 0.17 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.15 0.13 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.13 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.03 0.35 0.01 0.40 0.46 0.37
C5' 0.07 0.21 0.04 0.04 0.24 0.01 0.34 0.00 0.35 0.36 0.28 0.18 0.17 0.40 0.22 0.04 0.05 0.02 0.01 0.39 0.21 0.32 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.36 0.00 0.43 0.51 0.39
C8 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.16 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.10 0.34 0.02 0.36 0.37 0.34
N1 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.09 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.05 0.34 0.02 0.39 0.47 0.36
N2 0.05 0.01 0.19 0.20 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.11 0.29 0.02 0.31 0.38 0.28
N3 0.04 0.01 0.15 0.16 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.17 0.08 0.28 0.01 0.29 0.34 0.26
N7 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.17 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.07 0.37 0.03 0.43 0.49 0.41
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.28 0.01 0.29 0.29 0.25
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.04 0.07 0.04 0.09 0.07 0.13 0.19 0.14 0.07 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.09 0.19 0.08 0.08
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.16 0.12 0.19 0.24 0.17 0.12 0.06 0.05 0.00 0.02 0.27 0.16 0.34 0.13 0.22
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.05 0.11 0.08 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.17 0.03 0.16 0.21 0.12
O5' 0.19 0.30 0.23 0.29 0.30 0.02 0.35 0.01 0.36 0.34 0.34 0.29 0.28 0.37 0.28 0.10 0.27 0.17 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.15 0.01 0.39 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.16 0.03 0.37 0.00 0.47 0.55 0.42
OP1 0.20 0.33 0.28 0.33 0.32 0.13 0.40 0.21 0.43 0.36 0.39 0.31 0.29 0.43 0.29 0.19 0.34 0.16 0.01 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.40 0.12 0.10 0.36 0.20 0.46 0.32 0.51 0.37 0.47 0.38 0.34 0.49 0.29 0.08 0.13 0.21 0.01 0.55 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.18 0.22 0.29 0.06 0.37 0.03 0.39 0.34 0.36 0.28 0.26 0.41 0.25 0.08 0.22 0.12 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00