ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 2, 1, 1, 3, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.022, 0.038, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.026, 0.063, 0.100, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.063 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.015, 0.068, 0.120, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.068 std_dev=0.052
N3 B 0, 0.376, 0.671, 0.965, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.671 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.371, 0.684, 0.997, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.684 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.377, 0.713, 1.050, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.713 std_dev=0.337
C2 B 0, 0.279, 0.629, 0.979, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.629 std_dev=0.350
C2' A 0, 0.272, 0.652, 1.033, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.652 std_dev=0.380
N9 B 0, 0.371, 0.754, 1.136, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.754 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.320, 0.704, 1.088, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.704 std_dev=0.384
N7 B 0, 0.439, 0.824, 1.208, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.824 std_dev=0.384
C8 B 0, 0.450, 0.843, 1.236, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.843 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.239, 0.641, 1.044, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.641 std_dev=0.403
O4' A 0, 0.310, 0.726, 1.141, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.726 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.448, 0.883, 1.318, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.883 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.194, 0.641, 1.087, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.641 std_dev=0.447
O6 B 0, 0.317, 0.787, 1.257, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.787 std_dev=0.470
O2' A 0, 0.502, 1.070, 1.638, 1.550 max_d=1.550 avg_d=1.070 std_dev=0.568
C4' A 0, 0.456, 1.102, 1.748, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.102 std_dev=0.646
C3' A 0, 0.509, 1.188, 1.868, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.188 std_dev=0.680
C5' A 0, 0.547, 1.260, 1.973, 2.062 max_d=2.062 avg_d=1.260 std_dev=0.713
O3' B 0, 1.069, 1.794, 2.520, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.794 std_dev=0.725
C3' B 0, 0.734, 1.484, 2.235, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.484 std_dev=0.750
C2' B 0, 1.202, 2.020, 2.838, 2.915 max_d=2.915 avg_d=2.020 std_dev=0.818
O4' B 0, 1.277, 2.199, 3.121, 3.067 max_d=3.067 avg_d=2.199 std_dev=0.922
C4' B 0, 1.314, 2.248, 3.181, 3.657 max_d=3.657 avg_d=2.248 std_dev=0.933
O5' A 0, 1.080, 2.092, 3.104, 3.020 max_d=3.020 avg_d=2.092 std_dev=1.012
O3' A 0, 0.820, 1.930, 3.040, 3.126 max_d=3.126 avg_d=1.930 std_dev=1.110
P A 0, 1.410, 2.603, 3.796, 3.688 max_d=3.688 avg_d=2.603 std_dev=1.193
OP1 A 0, 1.421, 2.738, 4.055, 4.276 max_d=4.276 avg_d=2.738 std_dev=1.317
O2' B 0, 2.300, 3.852, 5.405, 5.101 max_d=5.101 avg_d=3.852 std_dev=1.553
C5' B 0, 2.543, 4.403, 6.263, 6.258 max_d=6.258 avg_d=4.403 std_dev=1.860
O5' B 0, 3.744, 5.605, 7.466, 7.226 max_d=7.226 avg_d=5.605 std_dev=1.861
OP2 A 0, 2.287, 4.629, 6.971, 6.473 max_d=6.473 avg_d=4.629 std_dev=2.342
P B 0, 5.122, 7.771, 10.420, 9.843 max_d=9.843 avg_d=7.771 std_dev=2.649
OP2 B 0, 5.823, 8.567, 11.312, 11.561 max_d=11.561 avg_d=8.567 std_dev=2.744
OP1 B 0, 5.638, 8.421, 11.205, 11.822 max_d=11.822 avg_d=8.421 std_dev=2.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.02 0.28 0.01 0.29 0.26 0.49 0.20
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.20 0.12 0.51 0.31 0.96 0.44
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.21 0.11 0.03 0.13 0.08 0.22 0.01 0.03 0.02 0.15 0.23 0.29 0.13
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.31 0.01 0.32 0.03 0.27 0.18 0.25 0.34 0.11 0.02 0.01 0.02 0.21 0.19 0.23 0.17
C4 0.03 0.02 0.06 0.31 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.14 0.04 0.81 0.23 1.57 0.78
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.03 0.10 0.14 0.26 0.03 0.01 0.02 0.19 0.16 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.20 0.07 0.90 0.24 1.68 0.88
C5' 0.11 0.13 0.21 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.11 0.13 0.15 0.19 0.07 0.21 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.27 0.15 0.10 0.81 0.19 1.36 0.72
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.16 0.11 0.02 0.56 0.23 0.95 0.46
N3 0.04 0.01 0.13 0.25 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.21 0.13 0.10 0.65 0.27 1.26 0.60
N4 0.04 0.03 0.08 0.34 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.29 0.18 0.05 0.87 0.25 1.75 0.88
O2 0.09 0.01 0.22 0.11 0.02 0.14 0.02 0.19 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.15 0.40 0.21 0.31 0.42 0.68 0.28
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.27 0.26 0.31 0.07 0.27 0.16 0.21 0.29 0.15 0.00 0.07 0.17 0.18 0.10 0.28 0.15
O3' 0.28 0.20 0.03 0.01 0.14 0.03 0.20 0.21 0.15 0.11 0.13 0.18 0.40 0.07 0.00 0.20 0.23 0.47 0.18 0.25
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.10 0.05 0.21 0.17 0.20 0.00 0.32 0.34 0.40 0.25
O5' 0.29 0.51 0.15 0.21 0.81 0.02 0.90 0.01 0.81 0.56 0.65 0.87 0.31 0.18 0.23 0.32 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.31 0.23 0.19 0.23 0.19 0.24 0.10 0.19 0.23 0.27 0.25 0.42 0.10 0.47 0.34 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.49 0.96 0.29 0.23 1.57 0.16 1.68 0.13 1.36 0.95 1.26 1.75 0.68 0.28 0.18 0.40 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.44 0.13 0.17 0.78 0.08 0.88 0.02 0.72 0.46 0.60 0.88 0.28 0.15 0.25 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.25 0.50 0.47 0.21 0.60 0.24 0.82 0.33 0.25 0.31 0.26 0.22 0.25 0.25 0.77 0.51 0.63 1.27 0.44 1.46 1.02 1.26
C2 0.24 0.23 0.33 0.31 0.16 0.44 0.16 0.74 0.22 0.22 0.25 0.27 0.18 0.20 0.20 0.62 0.56 0.43 1.19 0.27 1.42 0.87 1.23
C2' 0.49 0.22 0.56 0.58 0.22 0.71 0.22 0.85 0.38 0.40 0.34 0.24 0.20 0.25 0.38 0.72 0.60 0.74 1.30 0.59 1.56 1.22 1.34
C3' 0.55 0.43 0.93 0.90 0.43 0.85 0.50 1.09 0.57 0.46 0.51 0.41 0.41 0.53 0.46 0.99 0.74 0.74 1.39 0.69 1.34 1.45 1.38
C4 0.23 0.11 0.23 0.24 0.14 0.43 0.19 0.88 0.19 0.22 0.13 0.16 0.11 0.24 0.18 0.67 0.65 0.37 1.21 0.23 1.43 1.00 1.33
C4' 0.43 0.25 0.91 0.86 0.27 0.79 0.37 1.04 0.43 0.37 0.35 0.23 0.24 0.45 0.32 1.13 0.73 0.69 1.36 0.57 1.34 1.36 1.32
C5 0.21 0.12 0.35 0.26 0.12 0.50 0.21 0.93 0.21 0.26 0.14 0.17 0.11 0.29 0.18 0.88 0.60 0.50 1.27 0.26 1.42 0.90 1.29
C5' 0.43 0.27 0.95 0.91 0.29 0.86 0.38 1.08 0.42 0.40 0.33 0.27 0.27 0.50 0.32 1.20 0.78 0.79 1.32 0.54 1.17 1.30 1.16
C6 0.22 0.17 0.46 0.35 0.13 0.54 0.21 0.84 0.26 0.21 0.21 0.19 0.16 0.28 0.15 0.91 0.54 0.60 1.24 0.33 1.37 0.78 1.17
N1 0.26 0.22 0.43 0.38 0.17 0.51 0.19 0.78 0.27 0.21 0.26 0.23 0.19 0.21 0.20 0.77 0.53 0.55 1.23 0.35 1.40 0.85 1.20
N3 0.22 0.18 0.24 0.26 0.13 0.39 0.16 0.77 0.17 0.20 0.17 0.24 0.15 0.21 0.17 0.57 0.62 0.35 1.17 0.21 1.41 0.92 1.26
N4 0.31 0.15 0.16 0.28 0.22 0.44 0.26 0.96 0.26 0.26 0.21 0.15 0.16 0.27 0.25 0.60 0.74 0.36 1.22 0.29 1.48 1.22 1.44
O2 0.26 0.27 0.34 0.34 0.20 0.43 0.20 0.70 0.25 0.28 0.30 0.32 0.21 0.26 0.24 0.56 0.55 0.42 1.18 0.30 1.46 0.92 1.24
O2' 0.89 0.65 0.76 0.82 0.77 0.98 0.75 1.08 0.67 0.91 0.65 0.63 0.71 0.85 0.86 0.82 0.88 1.04 1.47 0.68 1.84 1.55 1.60
O3' 0.71 0.32 1.07 1.14 0.41 1.13 0.41 1.45 0.44 0.57 0.38 0.30 0.37 0.49 0.55 1.01 0.95 0.92 1.69 0.58 1.72 1.88 1.83
O4' 0.27 0.19 0.73 0.63 0.14 0.60 0.25 0.86 0.34 0.23 0.28 0.20 0.13 0.32 0.16 1.08 0.61 0.57 1.27 0.45 1.37 1.05 1.22
O5' 1.18 1.01 1.71 1.56 1.10 1.28 1.11 1.39 1.03 1.24 0.99 0.98 1.06 1.20 1.17 1.85 1.41 1.16 1.35 1.00 0.80 1.61 1.18
OP1 0.95 0.50 1.51 1.56 0.71 1.39 0.77 1.63 0.65 1.08 0.51 0.47 0.60 1.01 0.88 1.59 1.40 1.20 1.66 0.71 1.47 2.07 1.70
OP2 2.46 1.99 3.12 3.04 2.09 2.59 1.85 2.58 1.69 2.09 1.79 2.02 2.14 1.82 2.24 3.21 2.92 2.33 2.39 1.48 1.79 2.76 2.29
P 1.40 1.08 1.98 1.91 1.19 1.59 1.13 1.70 1.02 1.35 1.00 1.07 1.17 1.23 1.31 2.10 1.77 1.42 1.62 0.96 1.17 2.02 1.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.02 0.10 0.11 0.11 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.36 0.07 0.45 0.60 0.27
C2 0.11 0.00 0.43 0.33 0.02 0.26 0.02 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.43 0.61 0.32 0.56 0.02 0.65 0.73 0.61
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.19 0.03 0.06 0.13 0.14 0.30 0.30 0.54 0.43 0.19 0.05 0.00 0.09 0.04 0.50 0.09 0.80 0.78 0.53
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.12 0.01 0.06 0.03 0.09 0.27 0.22 0.45 0.32 0.21 0.06 0.02 0.02 0.02 0.30 0.08 0.74 0.75 0.47
C4 0.06 0.02 0.19 0.12 0.00 0.12 0.01 0.26 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.41 0.17 0.47 0.03 0.53 0.67 0.41
C4' 0.02 0.26 0.03 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.14 0.21 0.20 0.34 0.26 0.19 0.08 0.06 0.07 0.01 0.02 0.14 0.31 0.44 0.13
C5 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.12 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.15 0.31 0.11 0.52 0.02 0.64 0.83 0.51
C5' 0.07 0.45 0.13 0.03 0.26 0.01 0.30 0.00 0.31 0.46 0.36 0.59 0.42 0.45 0.22 0.08 0.09 0.03 0.01 0.35 0.30 0.35 0.02
C6 0.07 0.01 0.14 0.09 0.02 0.14 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.21 0.38 0.17 0.52 0.01 0.67 0.78 0.53
C8 0.02 0.02 0.30 0.27 0.01 0.21 0.01 0.46 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.28 0.14 0.13 0.61 0.04 0.73 1.11 0.68
N1 0.10 0.01 0.30 0.22 0.03 0.20 0.01 0.36 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.34 0.52 0.27 0.53 0.02 0.65 0.72 0.55
N2 0.11 0.01 0.54 0.45 0.02 0.34 0.02 0.59 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.53 0.70 0.37 0.64 0.03 0.75 0.88 0.77
N3 0.11 0.01 0.43 0.32 0.01 0.26 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.40 0.59 0.31 0.52 0.02 0.58 0.66 0.53
N7 0.02 0.02 0.19 0.21 0.01 0.19 0.01 0.45 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.21 0.17 0.07 0.61 0.03 0.78 1.09 0.69
N9 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.03 0.22 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.09 0.27 0.02 0.46 0.04 0.52 0.77 0.40
O2' 0.03 0.43 0.00 0.02 0.21 0.06 0.15 0.08 0.21 0.28 0.34 0.53 0.40 0.21 0.09 0.00 0.08 0.04 0.50 0.19 0.97 0.89 0.62
O3' 0.31 0.61 0.09 0.02 0.41 0.07 0.31 0.09 0.38 0.14 0.52 0.70 0.59 0.17 0.27 0.08 0.00 0.22 0.38 0.33 0.86 1.04 0.66
O4' 0.01 0.32 0.04 0.02 0.17 0.01 0.11 0.03 0.17 0.13 0.27 0.37 0.31 0.07 0.02 0.04 0.22 0.00 0.29 0.15 0.36 0.41 0.19
O5' 0.36 0.56 0.50 0.30 0.47 0.02 0.52 0.01 0.52 0.61 0.53 0.64 0.52 0.61 0.46 0.50 0.38 0.29 0.00 0.54 0.03 0.03 0.01
O6 0.07 0.02 0.09 0.08 0.03 0.14 0.02 0.35 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.19 0.33 0.15 0.54 0.00 0.74 0.87 0.59
OP1 0.45 0.65 0.80 0.74 0.53 0.31 0.64 0.30 0.67 0.73 0.65 0.75 0.58 0.78 0.52 0.97 0.86 0.36 0.03 0.74 0.00 0.03 0.02
OP2 0.60 0.73 0.78 0.75 0.67 0.44 0.83 0.35 0.78 1.11 0.72 0.88 0.66 1.09 0.77 0.89 1.04 0.41 0.03 0.87 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.61 0.53 0.47 0.41 0.13 0.51 0.02 0.53 0.68 0.55 0.77 0.53 0.69 0.40 0.62 0.66 0.19 0.01 0.59 0.02 0.01 0.00