ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 8, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.026, 0.051, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.051 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.031, 0.112, 0.192, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.112 std_dev=0.080
O4' A 0, 0.029, 0.112, 0.195, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.112 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.110, 0.247, 0.385, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.247 std_dev=0.138
N9 B 0, 0.136, 0.354, 0.572, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.354 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.142, 0.362, 0.582, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.362 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.099, 0.332, 0.565, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.332 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.084, 0.325, 0.565, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.325 std_dev=0.240
N7 B 0, 0.108, 0.356, 0.604, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.356 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.150, 0.416, 0.681, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.416 std_dev=0.265
O2' A 0, 0.018, 0.286, 0.554, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.286 std_dev=0.268
C5' A 0, 0.207, 0.482, 0.757, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.482 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.173, 0.465, 0.756, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.465 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.183, 0.481, 0.779, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.481 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.101, 0.405, 0.708, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.405 std_dev=0.304
C3' A 0, -0.037, 0.272, 0.581, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.272 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.130, 0.456, 0.782, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.456 std_dev=0.326
O6 B 0, 0.170, 0.500, 0.830, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.500 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.236, 0.569, 0.902, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.569 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.298, 0.660, 1.023, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.660 std_dev=0.363
N2 B 0, 0.187, 0.580, 0.974, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.580 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.129, 0.574, 1.019, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.574 std_dev=0.445
O5' A 0, 0.251, 0.791, 1.330, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.791 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.224, 0.781, 1.338, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.781 std_dev=0.557
O4' B 0, 0.143, 0.746, 1.349, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.746 std_dev=0.603
O3' A 0, -0.247, 0.418, 1.082, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.418 std_dev=0.664
P A 0, -0.213, 0.783, 1.779, 4.373 max_d=4.373 avg_d=0.783 std_dev=0.996
O2' B 0, -0.127, 0.888, 1.904, 4.082 max_d=4.082 avg_d=0.888 std_dev=1.015
C5' B 0, 0.056, 1.123, 2.191, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.123 std_dev=1.067
OP2 A 0, -0.160, 1.020, 2.200, 5.188 max_d=5.188 avg_d=1.020 std_dev=1.180
OP1 A 0, -0.214, 1.029, 2.272, 5.498 max_d=5.498 avg_d=1.029 std_dev=1.243
O5' B 0, -0.615, 0.901, 2.418, 6.394 max_d=6.394 avg_d=0.901 std_dev=1.517
P B 0, -1.070, 1.040, 3.151, 8.793 max_d=8.793 avg_d=1.040 std_dev=2.111
OP2 B 0, -1.133, 1.271, 3.674, 9.885 max_d=9.885 avg_d=1.271 std_dev=2.404
OP1 B 0, -1.169, 1.420, 4.009, 10.765 max_d=10.765 avg_d=1.420 std_dev=2.589

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.01 0.21 0.16 0.20 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.18 0.03 0.39 0.29 0.25 0.30
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.12 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.15 0.49 0.21
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.11 0.18 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.38 0.15
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.07 0.02 0.60 0.57 0.58 0.57
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.05 0.08 0.03 0.15 0.02 0.00 0.01 0.15 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.03 0.65 0.66 0.68 0.65
C5' 0.04 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.13 0.05 0.05 0.12 0.01 0.01 0.25 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.03 0.58 0.54 0.49 0.53
N1 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01 0.41 0.33 0.25 0.32
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.02 0.49 0.42 0.39 0.43
N4 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.08 0.02 0.64 0.65 0.68 0.64
O2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.30 0.04 0.27 0.16 0.20 0.17
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.22 0.15 0.16 0.05 0.12 0.12 0.23 0.24 0.22 0.00 0.03 0.10 0.03 0.19 0.59 0.22
O3' 0.19 0.18 0.03 0.01 0.07 0.02 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.08 0.30 0.03 0.00 0.13 0.13 0.18 0.32 0.12
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.13 0.00 0.23 0.27 0.17 0.21
O5' 0.21 0.39 0.04 0.06 0.60 0.01 0.65 0.01 0.58 0.41 0.49 0.64 0.27 0.03 0.13 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.29 0.15 0.13 0.57 0.15 0.66 0.25 0.54 0.33 0.42 0.65 0.16 0.19 0.18 0.27 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.25 0.49 0.38 0.58 0.24 0.68 0.20 0.49 0.25 0.39 0.68 0.20 0.59 0.32 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.30 0.21 0.15 0.57 0.05 0.65 0.02 0.53 0.32 0.43 0.64 0.17 0.22 0.12 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.36 0.30 0.19 0.29 0.33 0.27 0.38 0.32 0.22 0.35 0.38 0.34 0.23 0.27 0.45 0.19 0.57 0.45 0.35 1.02 0.19 0.60
C2 0.22 0.37 0.28 0.15 0.23 0.30 0.22 0.33 0.32 0.16 0.38 0.41 0.31 0.16 0.18 0.49 0.17 0.46 0.23 0.34 0.76 0.44 0.22
C2' 0.38 0.32 0.26 0.19 0.29 0.28 0.27 0.47 0.31 0.24 0.32 0.33 0.31 0.25 0.29 0.37 0.16 0.48 0.79 0.33 1.49 0.61 1.06
C3' 0.10 0.25 0.48 0.54 0.21 0.35 0.28 0.76 0.31 0.21 0.29 0.25 0.20 0.29 0.15 0.40 0.46 0.27 1.16 0.35 1.63 1.07 1.41
C4 0.18 0.40 0.33 0.19 0.20 0.40 0.16 0.54 0.24 0.15 0.36 0.47 0.32 0.16 0.15 0.68 0.21 0.48 0.35 0.22 0.45 1.20 0.54
C4' 0.28 0.28 0.36 0.34 0.22 0.28 0.24 0.46 0.28 0.18 0.28 0.29 0.26 0.24 0.19 0.44 0.34 0.50 0.70 0.32 1.08 0.72 0.90
C5 0.22 0.41 0.38 0.21 0.25 0.48 0.20 0.66 0.25 0.15 0.35 0.46 0.37 0.17 0.18 0.76 0.22 0.59 0.44 0.23 0.46 1.24 0.64
C5' 0.42 0.32 0.30 0.28 0.30 0.42 0.27 0.44 0.28 0.25 0.30 0.34 0.34 0.25 0.30 0.45 0.36 0.67 0.49 0.29 0.65 0.67 0.60
C6 0.27 0.39 0.37 0.18 0.29 0.46 0.24 0.57 0.29 0.17 0.35 0.43 0.37 0.20 0.22 0.66 0.19 0.64 0.20 0.28 0.32 0.78 0.27
N1 0.28 0.37 0.32 0.16 0.27 0.36 0.25 0.40 0.31 0.18 0.36 0.41 0.34 0.20 0.22 0.53 0.17 0.56 0.21 0.32 0.67 0.38 0.20
N3 0.17 0.38 0.29 0.16 0.20 0.32 0.17 0.39 0.28 0.15 0.38 0.44 0.29 0.15 0.14 0.56 0.18 0.43 0.17 0.29 0.53 0.82 0.22
N4 0.18 0.38 0.32 0.23 0.17 0.41 0.14 0.61 0.18 0.17 0.32 0.49 0.29 0.18 0.15 0.73 0.25 0.43 0.52 0.17 0.64 1.50 0.81
O2 0.24 0.35 0.26 0.16 0.22 0.24 0.22 0.28 0.33 0.18 0.38 0.39 0.28 0.16 0.19 0.42 0.17 0.41 0.41 0.38 1.07 0.16 0.48
O2' 0.51 0.50 0.26 0.15 0.49 0.28 0.48 0.52 0.48 0.48 0.50 0.50 0.49 0.46 0.49 0.45 0.15 0.50 0.87 0.48 1.76 0.83 1.26
O3' 0.19 0.25 0.64 0.81 0.24 0.66 0.29 1.13 0.31 0.29 0.29 0.24 0.22 0.31 0.24 0.44 0.75 0.36 1.58 0.34 2.11 1.66 1.96
O4' 0.37 0.36 0.33 0.22 0.30 0.41 0.26 0.44 0.30 0.21 0.34 0.40 0.36 0.23 0.27 0.49 0.26 0.66 0.35 0.32 0.74 0.28 0.45
O5' 0.15 0.36 0.61 0.59 0.29 0.34 0.35 0.55 0.41 0.25 0.41 0.38 0.29 0.34 0.20 0.62 0.50 0.36 0.69 0.44 0.83 0.78 0.76
OP1 0.19 0.27 0.49 0.65 0.20 0.33 0.23 0.56 0.26 0.23 0.28 0.33 0.23 0.24 0.18 0.48 0.66 0.30 0.79 0.28 0.82 1.07 0.87
OP2 0.42 0.22 0.28 0.38 0.19 0.46 0.20 0.48 0.17 0.41 0.20 0.30 0.18 0.31 0.31 0.45 0.34 0.58 0.45 0.18 0.44 0.58 0.40
P 0.29 0.21 0.36 0.40 0.14 0.38 0.17 0.47 0.21 0.22 0.23 0.27 0.16 0.20 0.18 0.48 0.36 0.49 0.50 0.23 0.52 0.69 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.17 0.03 0.45 0.24 0.14
C2 0.04 0.00 0.16 0.40 0.01 0.35 0.01 0.54 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.41 0.22 0.65 0.01 0.71 1.47 0.89
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.14 0.06 0.12 0.11 0.20 0.17 0.10 0.03 0.00 0.08 0.02 0.31 0.06 0.30 0.43 0.27
C3' 0.02 0.40 0.00 0.00 0.20 0.01 0.12 0.02 0.18 0.17 0.31 0.48 0.39 0.11 0.05 0.02 0.02 0.02 0.34 0.15 0.37 0.44 0.30
C4 0.02 0.01 0.08 0.20 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.26 0.11 0.19 0.02 0.40 0.76 0.27
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.21 0.26 0.43 0.34 0.15 0.04 0.12 0.05 0.01 0.02 0.10 0.27 0.09 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.18 0.05 0.23 0.02 0.62 0.56 0.19
C5' 0.08 0.54 0.14 0.02 0.21 0.00 0.17 0.00 0.21 0.45 0.39 0.71 0.49 0.37 0.16 0.06 0.14 0.02 0.01 0.20 0.25 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.23 0.10 0.19 0.01 0.48 0.83 0.25
C8 0.01 0.02 0.12 0.17 0.00 0.21 0.01 0.45 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.14 0.70 0.04 1.15 0.25 0.70
N1 0.03 0.01 0.11 0.31 0.01 0.26 0.01 0.39 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.34 0.17 0.42 0.01 0.48 1.25 0.63
N2 0.06 0.01 0.20 0.48 0.01 0.43 0.01 0.71 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.38 0.49 0.25 0.92 0.02 1.12 1.81 1.24
N3 0.03 0.01 0.17 0.39 0.00 0.34 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.40 0.22 0.58 0.01 0.59 1.25 0.75
N7 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.15 0.00 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.08 0.59 0.04 1.12 0.18 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.28 0.03 0.61 0.31 0.23
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.19 0.12 0.18 0.06 0.23 0.15 0.28 0.38 0.29 0.17 0.10 0.00 0.10 0.07 0.30 0.22 0.30 0.47 0.29
O3' 0.22 0.41 0.08 0.02 0.26 0.05 0.18 0.14 0.23 0.14 0.34 0.49 0.40 0.12 0.17 0.10 0.00 0.15 0.40 0.19 0.49 0.55 0.40
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.14 0.17 0.25 0.22 0.08 0.01 0.07 0.15 0.00 0.21 0.08 0.46 0.22 0.21
O5' 0.17 0.65 0.31 0.34 0.19 0.02 0.23 0.01 0.19 0.70 0.42 0.92 0.58 0.59 0.28 0.30 0.40 0.21 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.15 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.22 0.19 0.08 0.21 0.00 0.61 0.71 0.21
OP1 0.45 0.71 0.30 0.37 0.40 0.27 0.62 0.25 0.48 1.15 0.48 1.12 0.59 1.12 0.61 0.30 0.49 0.46 0.02 0.61 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 1.47 0.43 0.44 0.76 0.09 0.56 0.16 0.83 0.25 1.25 1.81 1.25 0.18 0.31 0.47 0.55 0.22 0.02 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.89 0.27 0.30 0.27 0.06 0.19 0.01 0.25 0.70 0.63 1.24 0.75 0.61 0.23 0.29 0.40 0.21 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00