ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 3, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.002, 0.010, 0.023, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.010 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.009, 0.194, 0.379, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.194 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.007, 0.235, 0.463, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.235 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.174, 0.405, 0.636, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.405 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.133, 0.365, 0.597, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.365 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.140, 0.380, 0.620, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.380 std_dev=0.240
C4' A 0, 0.045, 0.299, 0.553, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.299 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.124, 0.380, 0.637, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.380 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.154, 0.433, 0.713, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.433 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.092, 0.379, 0.666, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.379 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.186, 0.502, 0.817, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.502 std_dev=0.315
O6 B 0, 0.257, 0.577, 0.898, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.577 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.134, 0.469, 0.804, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.469 std_dev=0.335
C8 B 0, 0.124, 0.492, 0.861, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.492 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.202, 0.621, 1.041, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.621 std_dev=0.419
N2 B 0, 0.040, 0.468, 0.896, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.468 std_dev=0.428
C3' A 0, -0.017, 0.433, 0.882, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.433 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.395, 0.856, 1.317, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.856 std_dev=0.461
C5' A 0, -0.035, 0.432, 0.898, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.432 std_dev=0.466
O2' A 0, -0.076, 0.443, 0.963, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.443 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.300, 0.855, 1.410, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.855 std_dev=0.555
C2' B 0, 0.184, 0.766, 1.348, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.766 std_dev=0.582
O3' B 0, 0.567, 1.176, 1.784, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.176 std_dev=0.608
O4' B 0, 0.165, 0.789, 1.413, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.789 std_dev=0.624
O3' A 0, -0.114, 0.740, 1.595, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.740 std_dev=0.854
O5' A 0, -0.197, 0.692, 1.582, 3.651 max_d=3.651 avg_d=0.692 std_dev=0.889
C5' B 0, -0.107, 1.031, 2.170, 4.700 max_d=4.700 avg_d=1.031 std_dev=1.139
O2' B 0, -0.055, 1.092, 2.239, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.092 std_dev=1.147
O5' B 0, -0.501, 0.804, 2.108, 5.225 max_d=5.225 avg_d=0.804 std_dev=1.305
P A 0, -0.298, 1.121, 2.541, 5.615 max_d=5.615 avg_d=1.121 std_dev=1.419
OP1 A 0, -0.221, 1.433, 3.087, 6.436 max_d=6.436 avg_d=1.433 std_dev=1.654
OP2 A 0, -0.358, 1.400, 3.158, 6.421 max_d=6.421 avg_d=1.400 std_dev=1.758
P B 0, -0.978, 1.066, 3.110, 8.078 max_d=8.078 avg_d=1.066 std_dev=2.044
OP2 B 0, -0.872, 1.562, 3.996, 9.512 max_d=9.512 avg_d=1.562 std_dev=2.434
OP1 B 0, -0.869, 1.601, 4.071, 9.731 max_d=9.731 avg_d=1.601 std_dev=2.470

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.23 0.00 0.28 0.44 0.17 0.25
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.20 0.08 0.45 0.72 0.59 0.48
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.12 0.18 0.14 0.02 0.06 0.04 0.18 0.01 0.03 0.02 0.40 0.49 0.26 0.39
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.22 0.00 0.29 0.01 0.27 0.14 0.15 0.24 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.28 0.10
C4 0.03 0.02 0.04 0.22 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.28 0.12 0.04 0.63 1.02 0.98 0.68
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.08 0.06 0.21 0.03 0.00 0.01 0.11 0.21 0.06
C5 0.03 0.02 0.12 0.29 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.30 0.24 0.05 0.67 1.06 0.98 0.70
C5' 0.08 0.12 0.18 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.16 0.12 0.07 0.16 0.01 0.01 0.22 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.27 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.22 0.07 0.60 0.90 0.71 0.58
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.11 0.02 0.45 0.69 0.50 0.44
N3 0.02 0.00 0.06 0.15 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.13 0.06 0.54 0.87 0.81 0.59
N4 0.03 0.01 0.04 0.24 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.29 0.14 0.04 0.67 1.11 1.12 0.75
O2 0.02 0.01 0.18 0.10 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.39 0.12 0.35 0.59 0.46 0.39
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.28 0.21 0.30 0.07 0.26 0.17 0.24 0.29 0.27 0.00 0.05 0.14 0.31 0.39 0.30 0.35
O3' 0.23 0.20 0.03 0.01 0.12 0.03 0.24 0.16 0.22 0.11 0.13 0.14 0.39 0.05 0.00 0.18 0.26 0.48 0.47 0.34
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.12 0.14 0.18 0.00 0.21 0.33 0.19 0.29
O5' 0.28 0.45 0.40 0.06 0.63 0.01 0.67 0.01 0.60 0.45 0.54 0.67 0.35 0.31 0.26 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.72 0.49 0.13 1.02 0.11 1.06 0.22 0.90 0.69 0.87 1.11 0.59 0.39 0.48 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.59 0.26 0.28 0.98 0.21 0.98 0.33 0.71 0.50 0.81 1.12 0.46 0.30 0.47 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.48 0.39 0.10 0.68 0.06 0.70 0.02 0.58 0.44 0.59 0.75 0.39 0.35 0.34 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.16 0.52 0.51 0.19 0.31 0.15 0.15 0.19 0.18 0.14 0.19 0.23 0.20 0.24 0.79 0.74 0.55 0.27 0.32 1.10 0.59 0.66
C2 0.21 0.14 0.41 0.41 0.12 0.31 0.14 0.27 0.21 0.15 0.14 0.18 0.17 0.21 0.15 0.83 0.59 0.46 0.16 0.35 0.89 0.63 0.28
C2' 0.26 0.15 0.55 0.70 0.16 0.34 0.15 0.46 0.16 0.17 0.14 0.16 0.18 0.18 0.20 0.60 0.89 0.31 0.82 0.25 1.66 1.10 1.26
C3' 0.63 0.42 0.87 0.64 0.45 0.35 0.32 0.54 0.25 0.40 0.32 0.44 0.50 0.28 0.52 0.95 0.66 0.51 0.94 0.22 1.51 1.22 1.41
C4 0.15 0.17 0.38 0.36 0.10 0.36 0.11 0.52 0.18 0.08 0.13 0.23 0.20 0.16 0.09 0.90 0.47 0.40 0.57 0.27 0.72 1.18 0.66
C4' 0.53 0.26 0.64 0.47 0.31 0.31 0.19 0.19 0.17 0.28 0.17 0.29 0.36 0.21 0.39 0.85 0.69 0.67 0.47 0.24 1.02 0.80 0.96
C5 0.23 0.19 0.46 0.38 0.16 0.41 0.12 0.60 0.14 0.15 0.12 0.24 0.25 0.19 0.17 0.99 0.51 0.47 0.64 0.21 0.65 1.12 0.70
C5' 0.53 0.26 0.43 0.41 0.30 0.51 0.25 0.35 0.25 0.32 0.21 0.27 0.33 0.29 0.37 0.67 0.76 0.82 0.23 0.33 0.51 0.57 0.59
C6 0.28 0.19 0.54 0.44 0.18 0.41 0.14 0.46 0.16 0.16 0.13 0.23 0.25 0.21 0.20 0.98 0.63 0.56 0.35 0.24 0.52 0.63 0.36
N1 0.28 0.16 0.49 0.45 0.16 0.34 0.13 0.28 0.18 0.14 0.13 0.19 0.22 0.19 0.19 0.87 0.65 0.53 0.12 0.30 0.81 0.48 0.32
N3 0.15 0.15 0.36 0.37 0.09 0.32 0.14 0.38 0.22 0.10 0.16 0.20 0.16 0.19 0.09 0.85 0.51 0.41 0.35 0.35 0.77 0.91 0.38
N4 0.16 0.22 0.34 0.35 0.13 0.36 0.12 0.60 0.18 0.11 0.16 0.29 0.22 0.15 0.12 0.87 0.40 0.32 0.73 0.26 0.88 1.52 0.92
O2 0.24 0.13 0.38 0.42 0.14 0.28 0.17 0.18 0.22 0.22 0.16 0.17 0.16 0.25 0.19 0.77 0.62 0.45 0.16 0.38 1.11 0.63 0.42
O2' 0.35 0.41 0.56 0.84 0.41 0.55 0.49 0.71 0.52 0.46 0.46 0.39 0.38 0.55 0.39 0.48 0.97 0.46 1.07 0.61 2.07 1.52 1.57
O3' 0.84 0.41 1.10 0.97 0.51 0.84 0.31 1.16 0.19 0.51 0.25 0.44 0.55 0.29 0.65 1.11 0.76 0.75 1.48 0.21 2.06 1.88 2.11
O4' 0.49 0.23 0.54 0.42 0.27 0.47 0.18 0.37 0.19 0.25 0.16 0.26 0.33 0.21 0.35 0.87 0.69 0.78 0.15 0.30 0.77 0.35 0.54
O5' 0.20 0.31 0.62 0.74 0.20 0.43 0.32 0.39 0.39 0.28 0.36 0.36 0.25 0.38 0.13 0.80 1.02 0.46 0.56 0.48 0.74 0.83 0.73
OP1 0.58 0.77 0.70 0.78 0.74 0.63 0.82 0.53 0.86 0.76 0.83 0.76 0.70 0.82 0.69 0.45 0.99 0.69 0.65 0.91 0.57 0.86 0.67
OP2 0.65 0.89 0.38 0.28 0.63 0.69 0.51 0.71 0.59 0.47 0.78 1.04 0.84 0.40 0.55 0.83 0.75 0.74 0.43 0.51 0.79 0.46 0.36
P 0.41 0.22 0.37 0.74 0.23 0.84 0.33 0.78 0.33 0.49 0.28 0.29 0.15 0.46 0.34 0.36 1.18 0.78 0.58 0.40 0.67 0.61 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.19 0.00 0.24 0.03 0.39 0.13 0.26
C2 0.06 0.00 0.25 0.58 0.01 0.45 0.02 0.62 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.32 0.48 0.25 0.83 0.03 1.07 1.45 1.00
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.19 0.10 0.14 0.19 0.31 0.25 0.10 0.02 0.00 0.09 0.01 0.43 0.09 0.41 0.40 0.51
C3' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.33 0.00 0.32 0.02 0.38 0.36 0.48 0.71 0.54 0.36 0.19 0.03 0.02 0.02 0.07 0.40 0.33 0.25 0.14
C4 0.03 0.01 0.11 0.33 0.00 0.19 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.13 0.32 0.02 0.65 0.63 0.33
C4' 0.01 0.45 0.02 0.00 0.19 0.00 0.10 0.00 0.18 0.28 0.33 0.57 0.43 0.21 0.05 0.28 0.04 0.00 0.01 0.17 0.28 0.29 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.32 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.25 0.06 0.21 0.02 0.80 0.56 0.22
C5' 0.10 0.62 0.19 0.02 0.22 0.00 0.13 0.00 0.20 0.50 0.44 0.84 0.56 0.40 0.16 0.10 0.20 0.02 0.01 0.17 0.30 0.41 0.02
C6 0.03 0.00 0.10 0.38 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.30 0.11 0.29 0.01 0.79 0.89 0.32
C8 0.02 0.03 0.14 0.36 0.01 0.28 0.02 0.50 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.16 0.33 0.15 0.66 0.07 1.14 0.52 0.75
N1 0.06 0.01 0.19 0.48 0.02 0.33 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.35 0.39 0.20 0.61 0.04 0.89 1.28 0.73
N2 0.06 0.00 0.31 0.71 0.02 0.57 0.02 0.84 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.32 0.64 0.30 1.09 0.06 1.46 1.87 1.39
N3 0.06 0.01 0.25 0.54 0.01 0.43 0.01 0.56 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.44 0.25 0.73 0.03 0.93 1.15 0.83
N7 0.02 0.03 0.10 0.36 0.01 0.21 0.01 0.40 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.23 0.35 0.09 0.52 0.07 1.18 0.56 0.63
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.27 0.03 0.64 0.15 0.30
O2' 0.02 0.32 0.00 0.03 0.24 0.28 0.27 0.10 0.32 0.16 0.35 0.32 0.27 0.23 0.15 0.00 0.15 0.18 0.32 0.33 0.26 0.39 0.44
O3' 0.19 0.48 0.09 0.02 0.23 0.04 0.25 0.20 0.30 0.33 0.39 0.64 0.44 0.35 0.13 0.15 0.00 0.14 0.24 0.36 0.79 0.25 0.27
O4' 0.00 0.25 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.15 0.20 0.30 0.25 0.09 0.02 0.18 0.14 0.00 0.09 0.09 0.27 0.09 0.08
O5' 0.24 0.83 0.43 0.07 0.32 0.01 0.21 0.01 0.29 0.66 0.61 1.09 0.73 0.52 0.27 0.32 0.24 0.09 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.40 0.02 0.17 0.02 0.17 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.33 0.36 0.09 0.25 0.00 0.85 0.92 0.26
OP1 0.39 1.07 0.41 0.33 0.65 0.28 0.80 0.30 0.79 1.14 0.89 1.46 0.93 1.18 0.64 0.26 0.79 0.27 0.01 0.85 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 1.45 0.40 0.25 0.63 0.29 0.56 0.41 0.89 0.52 1.28 1.87 1.15 0.56 0.15 0.39 0.25 0.09 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.00 0.51 0.14 0.33 0.04 0.22 0.02 0.32 0.75 0.73 1.39 0.83 0.63 0.30 0.44 0.27 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00