ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.008, 0.052, 0.096, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.052 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.005, 0.052, 0.099, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.052 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.039, 0.252, 0.465, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.252 std_dev=0.213
C2' A 0, 0.040, 0.258, 0.477, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.258 std_dev=0.219
O2' A 0, 0.001, 0.308, 0.616, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.308 std_dev=0.307
C4' A 0, 0.076, 0.429, 0.782, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.429 std_dev=0.353
N9 B 0, 0.216, 0.570, 0.925, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.570 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.220, 0.577, 0.934, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.577 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.200, 0.575, 0.950, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.575 std_dev=0.375
C8 B 0, 0.247, 0.623, 0.999, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.623 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.230, 0.631, 1.032, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.631 std_dev=0.401
C3' B 0, 0.204, 0.607, 1.010, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.607 std_dev=0.403
C2' B 0, 0.166, 0.570, 0.974, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.570 std_dev=0.404
N3 B 0, 0.170, 0.590, 1.011, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.590 std_dev=0.421
N7 B 0, 0.247, 0.674, 1.100, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.674 std_dev=0.427
N1 B 0, 0.219, 0.658, 1.097, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.658 std_dev=0.439
C2 B 0, 0.176, 0.618, 1.060, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.618 std_dev=0.442
C6 B 0, 0.239, 0.681, 1.123, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.681 std_dev=0.442
C5' A 0, 0.136, 0.582, 1.029, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.582 std_dev=0.446
C3' A 0, 0.026, 0.496, 0.966, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.496 std_dev=0.470
P B 0, 0.256, 0.734, 1.211, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.734 std_dev=0.478
O5' A 0, 0.057, 0.570, 1.083, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.570 std_dev=0.513
N2 B 0, 0.151, 0.665, 1.179, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.665 std_dev=0.514
O6 B 0, 0.260, 0.781, 1.302, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.781 std_dev=0.521
C4' B 0, 0.223, 0.762, 1.301, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.762 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.204, 0.781, 1.357, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.781 std_dev=0.577
O5' B 0, 0.124, 0.703, 1.282, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.703 std_dev=0.579
P A 0, 0.087, 0.762, 1.436, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.762 std_dev=0.675
OP2 B 0, 0.233, 0.936, 1.639, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.936 std_dev=0.703
C5' B 0, 0.120, 0.935, 1.749, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.935 std_dev=0.814
O3' A 0, -0.008, 0.810, 1.628, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.810 std_dev=0.818
O3' B 0, 0.131, 0.978, 1.826, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.978 std_dev=0.848
OP2 A 0, 0.062, 0.951, 1.840, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.951 std_dev=0.889
OP1 B 0, 0.187, 1.117, 2.048, 3.713 max_d=3.713 avg_d=1.117 std_dev=0.930
OP1 A 0, 0.038, 1.106, 2.174, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.106 std_dev=1.068
O2' B 0, -0.011, 1.119, 2.249, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.119 std_dev=1.130

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.19 0.01 0.17 0.47 0.34 0.32
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.05 0.20 0.69 0.52 0.38
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.15 0.06 0.02 0.09 0.06 0.15 0.00 0.02 0.01 0.32 0.49 0.31 0.39
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.22 0.00 0.27 0.02 0.24 0.13 0.16 0.25 0.10 0.03 0.01 0.02 0.05 0.23 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.09 0.04 0.26 0.84 0.65 0.38
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.08 0.05 0.18 0.02 0.00 0.02 0.09 0.18 0.12
C5 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.04 0.25 0.85 0.64 0.36
C5' 0.08 0.10 0.15 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.12 0.10 0.13 0.16 0.09 0.07 0.15 0.03 0.01 0.12 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.15 0.05 0.21 0.76 0.53 0.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.07 0.01 0.19 0.66 0.47 0.37
N3 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.10 0.05 0.23 0.78 0.60 0.39
N4 0.02 0.01 0.06 0.25 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.12 0.05 0.27 0.88 0.71 0.38
O2 0.05 0.01 0.15 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.19 0.32 0.07 0.19 0.63 0.49 0.39
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.16 0.18 0.15 0.07 0.14 0.11 0.17 0.16 0.19 0.00 0.06 0.12 0.25 0.39 0.28 0.33
O3' 0.19 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.18 0.15 0.15 0.07 0.10 0.12 0.32 0.06 0.00 0.14 0.17 0.45 0.20 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.14 0.00 0.10 0.33 0.30 0.28
O5' 0.17 0.20 0.32 0.05 0.26 0.02 0.25 0.01 0.21 0.19 0.23 0.27 0.19 0.25 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.47 0.69 0.49 0.23 0.84 0.09 0.85 0.12 0.76 0.66 0.78 0.88 0.63 0.39 0.45 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.52 0.31 0.13 0.65 0.18 0.64 0.24 0.53 0.47 0.60 0.71 0.49 0.28 0.20 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.38 0.39 0.09 0.38 0.12 0.36 0.02 0.36 0.37 0.39 0.38 0.39 0.33 0.21 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.29 0.53 0.35 0.20 0.25 0.30 0.22 0.39 0.17 0.35 0.30 0.22 0.32 0.13 1.03 0.54 0.30 0.22 0.48 0.41 0.37 0.19
C2 0.24 0.29 0.48 0.31 0.18 0.18 0.23 0.13 0.37 0.12 0.35 0.32 0.23 0.18 0.16 1.03 0.40 0.18 0.35 0.49 0.59 0.44 0.21
C2' 0.17 0.28 0.47 0.44 0.24 0.32 0.31 0.23 0.35 0.22 0.32 0.29 0.24 0.34 0.18 0.79 0.64 0.38 0.23 0.41 0.42 0.41 0.17
C3' 0.40 0.28 0.66 0.09 0.33 0.26 0.33 0.33 0.31 0.42 0.27 0.27 0.31 0.41 0.37 0.94 0.34 0.44 0.30 0.34 0.28 0.10 0.36
C4 0.33 0.25 0.38 0.23 0.18 0.18 0.09 0.22 0.22 0.25 0.26 0.30 0.23 0.17 0.26 1.02 0.37 0.23 0.40 0.32 0.66 0.28 0.30
C4' 0.25 0.18 0.61 0.16 0.17 0.20 0.27 0.34 0.30 0.31 0.25 0.19 0.15 0.35 0.20 1.04 0.50 0.32 0.25 0.39 0.22 0.10 0.39
C5 0.35 0.25 0.43 0.25 0.14 0.23 0.12 0.28 0.24 0.22 0.26 0.31 0.23 0.18 0.23 1.14 0.37 0.26 0.36 0.32 0.61 0.22 0.33
C5' 0.16 0.23 0.55 0.23 0.15 0.21 0.28 0.37 0.35 0.27 0.31 0.25 0.14 0.35 0.11 1.01 0.63 0.24 0.22 0.43 0.10 0.29 0.31
C6 0.28 0.27 0.51 0.28 0.14 0.24 0.21 0.28 0.31 0.16 0.31 0.31 0.22 0.24 0.14 1.17 0.40 0.25 0.29 0.39 0.55 0.23 0.30
N1 0.23 0.28 0.51 0.32 0.18 0.21 0.26 0.19 0.37 0.12 0.34 0.31 0.23 0.26 0.13 1.09 0.44 0.23 0.28 0.46 0.52 0.34 0.23
N3 0.27 0.26 0.42 0.25 0.16 0.15 0.14 0.16 0.30 0.19 0.32 0.30 0.21 0.13 0.20 1.00 0.36 0.17 0.39 0.43 0.66 0.38 0.25
N4 0.38 0.25 0.31 0.21 0.26 0.21 0.18 0.26 0.10 0.32 0.18 0.31 0.28 0.25 0.33 0.92 0.42 0.30 0.44 0.18 0.71 0.26 0.33
O2 0.22 0.30 0.49 0.35 0.21 0.21 0.27 0.14 0.40 0.13 0.37 0.32 0.24 0.21 0.17 0.99 0.44 0.21 0.37 0.52 0.59 0.57 0.20
O2' 0.37 0.50 0.49 0.56 0.46 0.49 0.52 0.38 0.56 0.42 0.54 0.50 0.46 0.52 0.41 0.73 0.71 0.57 0.37 0.61 0.42 0.68 0.19
O3' 0.58 0.27 0.78 0.36 0.36 0.55 0.29 0.66 0.25 0.45 0.22 0.28 0.36 0.35 0.47 0.91 0.32 0.67 0.61 0.30 0.56 0.28 0.76
O4' 0.23 0.22 0.62 0.25 0.13 0.19 0.26 0.27 0.35 0.22 0.30 0.25 0.16 0.32 0.12 1.18 0.51 0.25 0.23 0.45 0.32 0.15 0.30
O5' 0.24 0.23 0.60 0.36 0.17 0.29 0.31 0.32 0.38 0.28 0.33 0.25 0.14 0.37 0.13 1.11 0.65 0.18 0.35 0.46 0.27 0.42 0.23
OP1 0.54 0.98 0.51 0.58 0.80 0.68 0.82 0.79 0.94 0.59 1.01 1.04 0.88 0.70 0.63 0.63 0.82 0.65 0.36 0.96 0.48 0.67 0.46
OP2 0.52 0.51 0.62 0.40 0.41 0.34 0.43 0.33 0.50 0.37 0.52 0.55 0.47 0.40 0.39 1.22 0.57 0.31 0.43 0.53 0.44 0.55 0.29
P 0.31 0.43 0.48 0.50 0.32 0.52 0.40 0.55 0.48 0.30 0.48 0.46 0.35 0.40 0.25 0.98 0.84 0.40 0.30 0.54 0.42 0.48 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.34 0.01 0.22 0.01 0.68 0.09 0.25
C2 0.02 0.00 0.33 0.28 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.45 0.14 0.29 0.02 0.71 0.27 0.22
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.23 0.14 0.19 0.25 0.41 0.33 0.12 0.04 0.00 0.07 0.02 0.58 0.11 0.59 0.50 0.52
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.21 0.00 0.25 0.02 0.27 0.27 0.28 0.33 0.26 0.29 0.16 0.03 0.01 0.01 0.26 0.30 0.29 0.37 0.11
C4 0.01 0.01 0.16 0.21 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.20 0.26 0.09 0.33 0.01 0.72 0.25 0.21
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.15 0.03 0.10 0.07 0.14 0.06 0.26 0.03 0.01 0.01 0.10 0.40 0.18 0.13
C5 0.00 0.01 0.08 0.25 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.17 0.07 0.44 0.01 0.73 0.40 0.23
C5' 0.08 0.09 0.23 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.17 0.22 0.12 0.10 0.09 0.24 0.12 0.08 0.22 0.02 0.01 0.22 0.19 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.27 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.22 0.10 0.45 0.01 0.73 0.46 0.24
C8 0.02 0.01 0.19 0.27 0.00 0.15 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.19 0.07 0.47 0.03 0.73 0.33 0.22
N1 0.01 0.01 0.25 0.28 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.34 0.13 0.37 0.02 0.72 0.38 0.22
N2 0.03 0.01 0.41 0.33 0.02 0.10 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.56 0.16 0.25 0.04 0.71 0.23 0.23
N3 0.03 0.01 0.33 0.26 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.45 0.13 0.26 0.01 0.71 0.19 0.22
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.14 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.18 0.04 0.51 0.03 0.74 0.47 0.26
N9 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.19 0.02 0.32 0.02 0.72 0.18 0.21
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.20 0.26 0.27 0.08 0.27 0.32 0.25 0.32 0.24 0.34 0.19 0.00 0.10 0.17 0.44 0.30 0.59 0.43 0.48
O3' 0.34 0.45 0.07 0.01 0.26 0.03 0.17 0.22 0.22 0.19 0.34 0.56 0.45 0.18 0.19 0.10 0.00 0.25 0.19 0.21 0.46 0.45 0.25
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07 0.13 0.16 0.13 0.04 0.02 0.17 0.25 0.00 0.11 0.10 0.73 0.23 0.37
O5' 0.22 0.29 0.58 0.26 0.33 0.01 0.44 0.01 0.45 0.47 0.37 0.25 0.26 0.51 0.32 0.44 0.19 0.11 0.00 0.50 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.11 0.30 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.30 0.21 0.10 0.50 0.00 0.74 0.56 0.28
OP1 0.68 0.71 0.59 0.29 0.72 0.40 0.73 0.19 0.73 0.73 0.72 0.71 0.71 0.74 0.72 0.59 0.46 0.73 0.02 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.27 0.50 0.37 0.25 0.18 0.40 0.33 0.46 0.33 0.38 0.23 0.19 0.47 0.18 0.43 0.45 0.23 0.02 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.22 0.52 0.11 0.21 0.13 0.23 0.02 0.24 0.22 0.22 0.23 0.22 0.26 0.21 0.48 0.25 0.37 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00