ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 B 0, 0.106, 0.307, 0.508, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.307 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.051, 0.255, 0.460, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.255 std_dev=0.205
O6 B 0, 0.050, 0.305, 0.560, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.305 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.057, 0.317, 0.577, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.317 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.070, 0.338, 0.605, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.338 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.069, 0.354, 0.638, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.354 std_dev=0.284
N9 B 0, 0.116, 0.426, 0.736, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.426 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.156, 0.478, 0.799, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.478 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.029, 0.402, 0.774, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.402 std_dev=0.372
O4' A 0, -0.137, 0.322, 0.782, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.322 std_dev=0.460
N7 B 0, 0.009, 0.488, 0.967, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.488 std_dev=0.479
C2' A 0, -0.135, 0.344, 0.824, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.344 std_dev=0.480
C8 B 0, 0.047, 0.545, 1.042, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.545 std_dev=0.498
C3' A 0, 0.018, 0.537, 1.057, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.537 std_dev=0.519
O3' A 0, 0.084, 0.631, 1.178, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.631 std_dev=0.547
N2 B 0, -0.009, 0.594, 1.197, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.594 std_dev=0.603
O4' B 0, 0.102, 0.778, 1.455, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.778 std_dev=0.677
C4' A 0, -0.161, 0.517, 1.194, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.517 std_dev=0.677
C2' B 0, 0.002, 0.701, 1.399, 2.072 max_d=2.072 avg_d=0.701 std_dev=0.698
O2' B 0, -0.055, 0.681, 1.418, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.681 std_dev=0.737
O5' A 0, -0.089, 0.662, 1.412, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.662 std_dev=0.751
O2' A 0, -0.109, 0.678, 1.466, 2.843 max_d=2.843 avg_d=0.678 std_dev=0.788
C4' B 0, 0.051, 1.000, 1.948, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.000 std_dev=0.948
C3' B 0, -0.041, 1.010, 2.060, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.010 std_dev=1.051
P A 0, -0.179, 0.932, 2.044, 3.752 max_d=3.752 avg_d=0.932 std_dev=1.112
C5' A 0, -0.229, 0.947, 2.123, 4.170 max_d=4.170 avg_d=0.947 std_dev=1.176
OP2 A 0, -0.133, 1.123, 2.380, 3.818 max_d=3.818 avg_d=1.123 std_dev=1.257
O3' B 0, -0.124, 1.226, 2.577, 3.761 max_d=3.761 avg_d=1.226 std_dev=1.350
O5' B 0, -0.080, 1.330, 2.740, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.330 std_dev=1.410
C5' B 0, -0.088, 1.384, 2.857, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.384 std_dev=1.472
OP1 A 0, -0.407, 1.117, 2.641, 5.356 max_d=5.356 avg_d=1.117 std_dev=1.524
P B 0, -0.225, 1.716, 3.656, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.716 std_dev=1.941
OP2 B 0, -0.266, 1.734, 3.734, 4.998 max_d=4.998 avg_d=1.734 std_dev=2.000
OP1 B 0, -0.311, 2.040, 4.392, 5.937 max_d=5.937 avg_d=2.040 std_dev=2.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.00 0.11 0.12 0.31 0.15
C2 0.01 0.00 0.17 0.20 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.16 0.15 0.13 0.52 0.24
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.03 0.13 0.21 0.18 0.02 0.13 0.04 0.30 0.00 0.10 0.02 0.39 0.23 0.64 0.42
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.23 0.01 0.20 0.03 0.16 0.14 0.23 0.24 0.19 0.01 0.01 0.01 0.38 0.22 0.49 0.32
C4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.09 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.21 0.03 0.27 0.25 0.71 0.39
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.19 0.06 0.07 0.10 0.17 0.24 0.07 0.00 0.02 0.20 0.16 0.08
C5 0.01 0.01 0.13 0.20 0.01 0.18 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.17 0.11 0.34 0.30 0.73 0.42
C5' 0.14 0.24 0.21 0.03 0.36 0.01 0.44 0.00 0.42 0.26 0.29 0.38 0.23 0.04 0.14 0.02 0.01 0.14 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.19 0.01 0.42 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.14 0.17 0.31 0.24 0.60 0.33
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.18 0.11 0.48 0.21
N3 0.01 0.01 0.13 0.23 0.00 0.07 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.24 0.13 0.20 0.18 0.63 0.31
N4 0.02 0.01 0.04 0.24 0.00 0.10 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.22 0.04 0.30 0.30 0.78 0.44
O2 0.02 0.01 0.30 0.19 0.01 0.17 0.02 0.23 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.39 0.28 0.28 0.14 0.18 0.45 0.23
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.24 0.24 0.34 0.04 0.35 0.14 0.21 0.26 0.39 0.00 0.14 0.14 0.39 0.40 0.59 0.46
O3' 0.21 0.23 0.10 0.01 0.21 0.07 0.17 0.14 0.14 0.17 0.24 0.22 0.28 0.14 0.00 0.14 0.31 0.38 0.41 0.27
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.17 0.01 0.13 0.04 0.28 0.14 0.14 0.00 0.20 0.21 0.22 0.18
O5' 0.11 0.15 0.39 0.38 0.27 0.02 0.34 0.01 0.31 0.18 0.20 0.30 0.14 0.39 0.31 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.12 0.13 0.23 0.22 0.25 0.20 0.30 0.14 0.24 0.11 0.18 0.30 0.18 0.40 0.38 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.52 0.64 0.49 0.71 0.16 0.73 0.32 0.60 0.48 0.63 0.78 0.45 0.59 0.41 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.24 0.42 0.32 0.39 0.08 0.42 0.02 0.33 0.21 0.31 0.44 0.23 0.46 0.27 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.19 0.46 0.71 0.21 0.59 0.28 0.75 0.19 0.41 0.16 0.37 0.12 0.41 0.30 0.31 0.79 0.39 0.61 0.24 0.76 0.72 0.65
C2 0.30 0.31 0.52 0.84 0.20 0.69 0.27 0.87 0.18 0.43 0.26 0.55 0.16 0.42 0.32 0.32 0.94 0.45 0.70 0.20 0.88 0.82 0.75
C2' 0.20 0.36 0.45 0.62 0.14 0.44 0.19 0.56 0.15 0.30 0.29 0.58 0.25 0.35 0.19 0.41 0.75 0.24 0.51 0.29 0.63 0.65 0.56
C3' 0.52 0.62 0.67 0.74 0.52 0.61 0.46 0.64 0.47 0.45 0.59 0.69 0.58 0.42 0.49 0.66 0.83 0.49 0.42 0.39 0.51 0.47 0.41
C4 0.33 0.36 0.38 0.76 0.20 0.73 0.24 0.96 0.11 0.50 0.28 0.52 0.23 0.46 0.36 0.16 0.74 0.56 0.81 0.11 0.98 0.96 0.89
C4' 0.36 0.41 0.46 0.59 0.38 0.51 0.40 0.60 0.44 0.38 0.46 0.43 0.37 0.39 0.37 0.40 0.66 0.40 0.40 0.48 0.50 0.42 0.39
C5 0.32 0.27 0.30 0.60 0.21 0.65 0.28 0.87 0.09 0.52 0.23 0.41 0.17 0.51 0.36 0.15 0.56 0.54 0.76 0.11 0.90 0.93 0.85
C5' 0.58 0.72 0.53 0.56 0.67 0.57 0.72 0.61 0.82 0.62 0.81 0.70 0.66 0.67 0.62 0.52 0.56 0.59 0.50 0.92 0.49 0.42 0.45
C6 0.31 0.22 0.34 0.61 0.21 0.61 0.30 0.81 0.14 0.48 0.19 0.37 0.13 0.49 0.34 0.19 0.61 0.49 0.69 0.16 0.83 0.84 0.76
N1 0.30 0.23 0.44 0.72 0.21 0.63 0.29 0.81 0.18 0.44 0.20 0.43 0.13 0.44 0.32 0.27 0.78 0.44 0.67 0.21 0.82 0.79 0.72
N3 0.31 0.38 0.51 0.88 0.19 0.74 0.25 0.94 0.15 0.45 0.30 0.60 0.21 0.41 0.33 0.27 0.95 0.50 0.77 0.15 0.96 0.90 0.83
N4 0.34 0.38 0.34 0.78 0.18 0.81 0.19 1.07 0.10 0.51 0.29 0.52 0.30 0.42 0.35 0.17 0.71 0.63 0.92 0.09 1.09 1.08 1.01
O2 0.30 0.29 0.59 0.90 0.20 0.69 0.26 0.86 0.20 0.40 0.26 0.55 0.15 0.39 0.30 0.41 1.05 0.41 0.68 0.23 0.87 0.78 0.71
O2' 0.39 0.43 0.44 0.64 0.45 0.53 0.62 0.66 0.65 0.65 0.48 0.61 0.36 0.75 0.48 0.31 0.74 0.47 0.75 0.86 0.83 0.90 0.81
O3' 0.52 0.57 0.71 0.76 0.49 0.60 0.43 0.60 0.42 0.43 0.52 0.63 0.55 0.40 0.48 0.71 0.87 0.47 0.41 0.33 0.44 0.40 0.37
O4' 0.31 0.15 0.44 0.67 0.25 0.60 0.32 0.76 0.26 0.42 0.18 0.23 0.15 0.42 0.33 0.31 0.73 0.44 0.58 0.33 0.73 0.68 0.62
O5' 0.35 0.50 0.30 0.32 0.42 0.37 0.45 0.47 0.52 0.37 0.54 0.53 0.45 0.40 0.37 0.31 0.31 0.36 0.24 0.58 0.35 0.33 0.28
OP1 0.30 0.56 0.22 0.28 0.43 0.30 0.50 0.40 0.64 0.37 0.65 0.59 0.45 0.44 0.35 0.21 0.30 0.29 0.55 0.76 0.70 0.65 0.62
OP2 0.89 0.91 0.89 0.83 0.91 0.81 0.92 0.78 0.93 0.87 0.91 0.89 0.91 0.88 0.89 0.91 0.82 0.82 0.91 0.93 0.86 0.84 0.86
P 0.41 0.49 0.40 0.41 0.44 0.42 0.47 0.49 0.53 0.43 0.54 0.50 0.45 0.44 0.42 0.41 0.41 0.39 0.61 0.60 0.68 0.64 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.09 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.21 0.22 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.29 0.06 0.22 0.01 0.17 0.15 0.20
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.09 0.17 0.25 0.21 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.08 0.17 0.07 0.13
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.13 0.18 0.27 0.20 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.09 0.22 0.06 0.17
C4 0.00 0.01 0.11 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.24 0.01 0.18 0.14 0.20
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.18 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.31 0.01 0.25 0.21 0.27
C5' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.31 0.00 0.25 0.24 0.28
C8 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.05 0.32 0.02 0.25 0.17 0.25
N1 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.05 0.27 0.00 0.22 0.20 0.25
N2 0.01 0.00 0.25 0.27 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.36 0.07 0.19 0.01 0.15 0.14 0.19
N3 0.01 0.00 0.21 0.20 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.25 0.06 0.19 0.01 0.14 0.12 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.36 0.02 0.29 0.25 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.02 0.17 0.11 0.17
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.08 0.03 0.05 0.03 0.09 0.06 0.14 0.23 0.17 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.07 0.11 0.09 0.06
O3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.13 0.23 0.36 0.25 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.12 0.23 0.06 0.16
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.20 0.07
O5' 0.09 0.22 0.18 0.24 0.24 0.02 0.31 0.01 0.31 0.32 0.27 0.19 0.19 0.36 0.22 0.07 0.19 0.06 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.12 0.03 0.34 0.00 0.29 0.28 0.32
OP1 0.09 0.17 0.17 0.22 0.18 0.06 0.25 0.07 0.25 0.25 0.22 0.15 0.14 0.29 0.17 0.11 0.23 0.05 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.15 0.07 0.06 0.14 0.18 0.21 0.25 0.24 0.17 0.20 0.14 0.12 0.25 0.11 0.09 0.06 0.20 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.20 0.13 0.17 0.20 0.02 0.27 0.01 0.28 0.25 0.25 0.19 0.17 0.30 0.17 0.06 0.16 0.07 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00