ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.014, 0.045, 0.076, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.017, 0.057, 0.096, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.057 std_dev=0.039
N9 B 0, 0.310, 0.519, 0.729, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.519 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.356, 0.566, 0.776, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.566 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.311, 0.522, 0.734, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.522 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.266, 0.486, 0.705, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.486 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.382, 0.617, 0.851, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.617 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.323, 0.567, 0.812, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.567 std_dev=0.245
C8 B 0, 0.357, 0.611, 0.866, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.611 std_dev=0.255
O4' A 0, 0.155, 0.422, 0.690, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.422 std_dev=0.267
O6 B 0, 0.364, 0.635, 0.907, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.635 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.347, 0.630, 0.914, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.630 std_dev=0.284
N3 B 0, 0.243, 0.537, 0.831, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.537 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.319, 0.633, 0.947, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.633 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.475, 0.793, 1.110, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.793 std_dev=0.317
C4' A 0, 0.339, 0.668, 0.996, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.668 std_dev=0.328
C2' A 0, 0.107, 0.455, 0.803, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.455 std_dev=0.348
N2 B 0, 0.410, 0.803, 1.196, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.803 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.449, 0.873, 1.296, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.873 std_dev=0.423
C4' B 0, 0.429, 0.892, 1.354, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.892 std_dev=0.463
C3' A 0, 0.338, 0.817, 1.297, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.817 std_dev=0.479
P B 0, 0.757, 1.262, 1.767, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.262 std_dev=0.505
O2' A 0, 0.194, 0.703, 1.213, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.703 std_dev=0.510
P A 0, 0.927, 1.530, 2.133, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.530 std_dev=0.603
C5' A 0, 0.518, 1.144, 1.770, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.144 std_dev=0.626
O5' B 0, 0.672, 1.302, 1.933, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.302 std_dev=0.631
OP2 A 0, 0.922, 1.595, 2.268, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.595 std_dev=0.673
C3' B 0, 0.326, 1.003, 1.680, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.003 std_dev=0.677
OP1 B 0, 0.497, 1.182, 1.868, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.182 std_dev=0.686
O2' B 0, 0.475, 1.177, 1.880, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.177 std_dev=0.703
O5' A 0, 0.548, 1.257, 1.965, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.257 std_dev=0.708
O3' A 0, 0.464, 1.189, 1.914, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.189 std_dev=0.725
OP2 B 0, 1.116, 1.901, 2.685, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.901 std_dev=0.785
OP1 A 0, 0.873, 1.712, 2.550, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.712 std_dev=0.839
C5' B 0, 0.290, 1.271, 2.252, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.271 std_dev=0.981
O3' B 0, 0.076, 1.097, 2.119, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.097 std_dev=1.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.37 0.22
C2 0.01 0.00 0.16 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.23 0.05 0.13 0.14 0.36 0.21
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.04 0.09 0.01 0.12 0.03 0.13 0.06 0.28 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.23 0.11
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.22 0.00 0.25 0.01 0.26 0.14 0.22 0.23 0.28 0.02 0.01 0.02 0.07 0.17 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.24 0.03 0.26 0.28 0.41 0.30
C4' 0.01 0.07 0.04 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.09 0.13 0.10 0.11 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.27 0.04 0.32 0.35 0.47 0.35
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.19 0.01 0.24 0.00 0.21 0.11 0.13 0.21 0.06 0.11 0.05 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.12 0.26 0.00 0.14 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.26 0.06 0.30 0.31 0.45 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.16 0.19 0.39 0.24
N3 0.01 0.00 0.13 0.22 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.25 0.04 0.19 0.19 0.37 0.24
N4 0.01 0.01 0.06 0.23 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.27 0.03 0.29 0.31 0.42 0.33
O2 0.02 0.01 0.28 0.28 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.34 0.07 0.08 0.08 0.33 0.18
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.09 0.11 0.04 0.11 0.06 0.06 0.17 0.10 0.30 0.00 0.06 0.07 0.07 0.19 0.21 0.10
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.24 0.02 0.27 0.05 0.26 0.12 0.25 0.27 0.34 0.06 0.00 0.02 0.17 0.35 0.22 0.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.07 0.02 0.00 0.09 0.13 0.38 0.25
O5' 0.09 0.13 0.04 0.07 0.26 0.01 0.32 0.01 0.30 0.16 0.19 0.29 0.08 0.07 0.17 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.14 0.08 0.17 0.28 0.08 0.35 0.10 0.31 0.19 0.19 0.31 0.08 0.19 0.35 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.36 0.23 0.12 0.41 0.15 0.47 0.03 0.45 0.39 0.37 0.42 0.33 0.21 0.22 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.21 0.11 0.08 0.30 0.08 0.35 0.03 0.31 0.24 0.24 0.33 0.18 0.10 0.20 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.26 0.34 0.40 0.25 0.31 0.22 0.26 0.20 0.25 0.23 0.28 0.27 0.24 0.26 0.50 0.37 0.32 0.48 0.18 0.28 0.95 0.35
C2 0.26 0.29 0.26 0.34 0.25 0.28 0.20 0.21 0.16 0.23 0.23 0.32 0.29 0.21 0.24 0.41 0.26 0.27 0.39 0.09 0.29 0.91 0.37
C2' 0.24 0.34 0.31 0.36 0.26 0.24 0.25 0.25 0.32 0.21 0.36 0.37 0.30 0.21 0.23 0.43 0.32 0.26 0.42 0.33 0.32 0.81 0.26
C3' 0.38 0.42 0.58 0.56 0.38 0.32 0.37 0.33 0.42 0.33 0.44 0.44 0.40 0.32 0.36 0.69 0.60 0.25 0.27 0.46 0.36 1.07 0.45
C4 0.14 0.28 0.26 0.36 0.12 0.22 0.13 0.20 0.20 0.16 0.25 0.34 0.23 0.19 0.10 0.48 0.36 0.17 0.39 0.23 0.28 0.82 0.28
C4' 0.42 0.38 0.61 0.58 0.38 0.33 0.36 0.20 0.36 0.36 0.37 0.38 0.38 0.35 0.39 0.79 0.69 0.33 0.40 0.37 0.42 1.26 0.58
C5 0.11 0.23 0.20 0.33 0.11 0.27 0.16 0.35 0.18 0.22 0.20 0.29 0.20 0.26 0.09 0.47 0.26 0.20 0.50 0.22 0.33 0.78 0.22
C5' 0.48 0.39 0.73 0.67 0.41 0.37 0.41 0.21 0.39 0.44 0.38 0.39 0.41 0.43 0.44 0.95 0.85 0.38 0.51 0.41 0.56 1.47 0.75
C6 0.19 0.20 0.23 0.31 0.13 0.28 0.11 0.35 0.11 0.21 0.14 0.25 0.20 0.23 0.15 0.50 0.26 0.27 0.53 0.16 0.32 0.83 0.23
N1 0.25 0.24 0.27 0.35 0.21 0.28 0.15 0.24 0.11 0.21 0.18 0.28 0.25 0.20 0.22 0.46 0.27 0.28 0.46 0.07 0.28 0.90 0.32
N3 0.22 0.29 0.27 0.34 0.20 0.25 0.17 0.19 0.19 0.19 0.25 0.33 0.27 0.18 0.19 0.45 0.34 0.24 0.35 0.21 0.28 0.88 0.35
N4 0.09 0.37 0.37 0.43 0.16 0.20 0.21 0.18 0.28 0.18 0.35 0.44 0.27 0.22 0.10 0.60 0.54 0.15 0.35 0.30 0.28 0.80 0.28
O2 0.30 0.34 0.29 0.37 0.31 0.31 0.28 0.26 0.27 0.28 0.31 0.36 0.33 0.28 0.29 0.40 0.27 0.31 0.36 0.21 0.31 0.95 0.44
O2' 0.24 0.40 0.32 0.39 0.28 0.24 0.28 0.27 0.37 0.22 0.42 0.44 0.34 0.23 0.24 0.42 0.36 0.27 0.37 0.40 0.34 0.84 0.32
O3' 0.47 0.46 0.71 0.74 0.42 0.49 0.42 0.58 0.47 0.44 0.48 0.48 0.43 0.41 0.44 0.77 0.77 0.31 0.28 0.53 0.51 1.20 0.67
O4' 0.43 0.33 0.53 0.55 0.36 0.42 0.32 0.33 0.28 0.38 0.29 0.33 0.36 0.34 0.39 0.70 0.60 0.44 0.57 0.24 0.39 1.21 0.57
O5' 0.51 0.38 0.76 0.68 0.42 0.41 0.40 0.28 0.36 0.48 0.35 0.37 0.41 0.45 0.47 0.97 0.85 0.43 0.59 0.36 0.57 1.56 0.81
OP1 0.46 0.32 0.72 0.71 0.37 0.41 0.38 0.35 0.36 0.47 0.32 0.30 0.34 0.45 0.42 0.94 1.03 0.46 0.77 0.38 0.89 1.83 1.08
OP2 0.51 0.18 0.78 0.74 0.26 0.48 0.23 0.38 0.18 0.40 0.14 0.18 0.25 0.32 0.38 1.05 1.04 0.46 0.75 0.21 1.01 1.85 1.11
P 0.51 0.27 0.78 0.73 0.34 0.45 0.32 0.35 0.27 0.46 0.24 0.26 0.32 0.40 0.43 1.04 1.02 0.46 0.73 0.28 0.89 1.82 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.00 0.20 0.03 0.11 0.80 0.28
C2 0.02 0.00 0.19 0.12 0.01 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.49 0.21 0.20 0.01 0.25 0.71 0.26
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.13 0.03 0.19 0.11 0.25 0.20 0.15 0.04 0.00 0.04 0.02 0.12 0.04 0.60 1.05 0.45
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.22 0.07 0.18 0.12 0.20 0.09 0.01 0.02 0.01 0.32 0.13 0.84 1.13 0.65
C4 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.30 0.11 0.24 0.01 0.24 0.68 0.23
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.12 0.05 0.12 0.11 0.10 0.07 0.05 0.14 0.07 0.01 0.03 0.12 0.19 0.64 0.23
C5 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.18 0.05 0.27 0.02 0.34 0.61 0.21
C5' 0.07 0.32 0.13 0.01 0.25 0.01 0.27 0.00 0.32 0.16 0.34 0.33 0.28 0.22 0.17 0.06 0.15 0.05 0.01 0.33 0.35 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.24 0.10 0.26 0.00 0.37 0.58 0.22
C8 0.01 0.01 0.19 0.22 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.12 0.11 0.32 0.03 0.33 0.70 0.20
N1 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.12 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.38 0.17 0.23 0.01 0.32 0.62 0.23
N2 0.02 0.00 0.25 0.18 0.01 0.11 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.48 0.60 0.25 0.18 0.01 0.23 0.76 0.29
N3 0.02 0.00 0.20 0.12 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.48 0.21 0.19 0.01 0.19 0.74 0.27
N7 0.01 0.01 0.15 0.20 0.00 0.07 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.10 0.06 0.32 0.03 0.40 0.63 0.21
N9 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.17 0.01 0.26 0.02 0.21 0.71 0.22
O2' 0.02 0.39 0.00 0.01 0.22 0.14 0.19 0.06 0.24 0.20 0.32 0.48 0.37 0.19 0.11 0.00 0.04 0.09 0.15 0.22 0.73 1.19 0.58
O3' 0.25 0.49 0.04 0.02 0.30 0.07 0.18 0.15 0.24 0.12 0.38 0.60 0.48 0.10 0.17 0.04 0.00 0.19 0.47 0.18 1.19 1.15 0.80
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.11 0.01 0.05 0.05 0.10 0.11 0.17 0.25 0.21 0.06 0.01 0.09 0.19 0.00 0.34 0.08 0.27 0.74 0.43
O5' 0.20 0.20 0.12 0.32 0.24 0.03 0.27 0.01 0.26 0.32 0.23 0.18 0.19 0.32 0.26 0.15 0.47 0.34 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.12 0.02 0.33 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.22 0.18 0.08 0.26 0.00 0.43 0.54 0.22
OP1 0.11 0.25 0.60 0.84 0.24 0.19 0.34 0.35 0.37 0.33 0.32 0.23 0.19 0.40 0.21 0.73 1.19 0.27 0.01 0.43 0.00 0.00 0.00
OP2 0.80 0.71 1.05 1.13 0.68 0.64 0.61 0.35 0.58 0.70 0.62 0.76 0.74 0.63 0.71 1.19 1.15 0.74 0.01 0.54 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.26 0.45 0.65 0.23 0.23 0.21 0.01 0.22 0.20 0.23 0.29 0.27 0.21 0.22 0.58 0.80 0.43 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00