ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.002, 0.013, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.004, 0.036, 0.069, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.032
N4 A 0, -0.015, 0.073, 0.162, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.073 std_dev=0.089
N1 B 0, 0.101, 0.255, 0.409, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.060, 0.279, 0.499, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.279 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.115, 0.381, 0.647, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.381 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.041, 0.311, 0.581, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.311 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.048, 0.340, 0.631, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.340 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.069, 0.368, 0.667, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.368 std_dev=0.299
O6 B 0, 0.075, 0.380, 0.685, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.380 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.063, 0.407, 0.751, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.407 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.077, 0.454, 0.832, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.454 std_dev=0.377
N2 B 0, 0.157, 0.584, 1.012, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.584 std_dev=0.428
N7 B 0, 0.076, 0.520, 0.963, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.520 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.082, 0.532, 0.983, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.532 std_dev=0.451
O4' A 0, -0.278, 0.949, 2.176, 2.693 max_d=2.693 avg_d=0.949 std_dev=1.227
C2' A 0, -0.307, 0.944, 2.195, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.944 std_dev=1.251
C2' B 0, -0.153, 1.107, 2.367, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.107 std_dev=1.260
O4' B 0, -0.154, 1.241, 2.635, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.241 std_dev=1.394
O2' A 0, -0.353, 1.147, 2.648, 3.308 max_d=3.308 avg_d=1.147 std_dev=1.501
C4' A 0, -0.378, 1.299, 2.975, 3.696 max_d=3.696 avg_d=1.299 std_dev=1.677
O2' B 0, -0.273, 1.440, 3.153, 4.084 max_d=4.084 avg_d=1.440 std_dev=1.713
C4' B 0, -0.235, 1.484, 3.203, 4.372 max_d=4.372 avg_d=1.484 std_dev=1.719
C3' B 0, -0.289, 1.574, 3.437, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.574 std_dev=1.863
C3' A 0, -0.443, 1.460, 3.362, 4.170 max_d=4.170 avg_d=1.460 std_dev=1.902
O3' B 0, -0.343, 1.738, 3.818, 5.286 max_d=5.286 avg_d=1.738 std_dev=2.081
O3' A 0, -0.573, 1.958, 4.488, 5.588 max_d=5.588 avg_d=1.958 std_dev=2.531
C5' A 0, -0.705, 2.332, 5.368, 6.675 max_d=6.675 avg_d=2.332 std_dev=3.037
C5' B 0, -0.629, 2.473, 5.575, 7.306 max_d=7.306 avg_d=2.473 std_dev=3.102
O5' A 0, -0.924, 2.681, 6.287, 7.816 max_d=7.816 avg_d=2.681 std_dev=3.606
O5' B 0, -0.828, 2.834, 6.495, 8.476 max_d=8.476 avg_d=2.834 std_dev=3.661
P A 0, -1.278, 3.723, 8.724, 10.802 max_d=10.802 avg_d=3.723 std_dev=5.001
P B 0, -1.239, 3.858, 8.955, 11.496 max_d=11.496 avg_d=3.858 std_dev=5.097
OP2 A 0, -1.415, 3.871, 9.157, 11.406 max_d=11.406 avg_d=3.871 std_dev=5.286
OP2 B 0, -1.311, 4.082, 9.476, 12.161 max_d=12.161 avg_d=4.082 std_dev=5.394
OP1 A 0, -1.380, 4.364, 10.108, 12.507 max_d=12.507 avg_d=4.364 std_dev=5.744
OP1 B 0, -1.348, 4.445, 10.237, 13.079 max_d=13.079 avg_d=4.445 std_dev=5.793

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.25 0.04 0.43 0.04 0.64 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.26 0.18 0.43 0.76 0.78 0.87 0.86
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.08 0.03 0.19 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.12 0.07
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.04 0.00 0.27 0.01 0.33 0.04 0.19 0.03 0.53 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.16 0.11
C4 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.13 0.15 0.18 0.14
C4' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.03 0.00 0.36 0.00 0.46 0.02 0.34 0.03 0.85 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.02 0.04 0.09 0.27 0.01 0.36 0.00 0.64 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.27 0.21 0.29 0.87 0.99 1.17 1.03
C5' 0.01 0.64 0.01 0.01 0.06 0.00 0.64 0.00 0.76 0.05 0.52 0.05 1.32 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.33 0.02 0.46 0.00 0.76 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.31 0.24 0.42 0.99 1.04 1.18 1.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.13 0.15 0.15 0.12
N3 0.02 0.01 0.08 0.19 0.02 0.34 0.01 0.52 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.19 0.14 0.32 0.62 0.68 0.79 0.75
N4 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.05 0.04 0.05 0.11 0.12 0.14 0.12
O2 0.02 0.01 0.19 0.53 0.05 0.85 0.05 1.32 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.54 0.39 0.78 1.63 1.67 1.84 1.81
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.05 0.05 0.27 0.04 0.31 0.04 0.19 0.05 0.54 0.00 0.04 0.05 0.06 0.12 0.11 0.07
O3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.21 0.02 0.24 0.03 0.14 0.04 0.39 0.04 0.00 0.01 0.13 0.19 0.20 0.15
O4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.04 0.00 0.29 0.01 0.42 0.02 0.32 0.05 0.78 0.05 0.01 0.00 0.09 0.11 0.05 0.08
O5' 0.08 0.76 0.06 0.10 0.13 0.01 0.87 0.00 0.99 0.13 0.62 0.11 1.63 0.06 0.13 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.10 0.78 0.11 0.13 0.15 0.08 0.99 0.09 1.04 0.15 0.68 0.12 1.67 0.12 0.19 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.87 0.12 0.16 0.18 0.03 1.17 0.01 1.18 0.15 0.79 0.14 1.84 0.11 0.20 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.86 0.07 0.11 0.14 0.01 1.03 0.01 1.09 0.12 0.75 0.12 1.81 0.07 0.15 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.18 0.79 0.46 0.13 0.72 0.20 1.40 0.16 0.28 0.11 0.37 0.11 0.29 0.18 1.27 0.90 1.12 1.54 0.22 1.81 2.02 2.13
C2 0.14 0.21 0.85 0.87 0.11 0.23 0.20 0.47 0.15 0.29 0.09 0.35 0.17 0.32 0.17 0.89 1.07 0.75 0.42 0.24 0.37 0.56 0.68
C2' 1.14 0.72 0.26 0.56 1.01 1.78 0.90 2.49 0.73 1.05 0.63 0.52 0.95 0.95 1.10 0.30 0.06 2.18 2.62 0.66 2.72 2.88 3.10
C3' 0.65 1.08 0.19 0.09 0.86 1.18 0.78 2.03 0.84 0.60 0.95 1.17 1.04 0.64 0.71 0.76 0.77 1.58 2.39 0.79 2.70 3.11 3.17
C4 0.12 0.17 0.64 0.79 0.09 0.13 0.11 0.27 0.08 0.15 0.09 0.24 0.16 0.19 0.10 0.52 0.92 0.50 0.25 0.20 0.23 0.42 0.49
C4' 0.52 0.34 1.40 1.13 0.13 0.08 0.10 0.96 0.25 0.32 0.37 0.50 0.15 0.17 0.32 2.07 1.87 0.44 1.33 0.32 1.93 2.30 2.27
C5 0.09 0.15 0.56 0.57 0.08 0.33 0.11 0.74 0.10 0.15 0.10 0.24 0.11 0.18 0.10 0.62 0.80 0.70 0.85 0.17 1.02 1.30 1.29
C5' 1.22 0.45 2.08 2.04 0.42 0.96 0.29 0.12 0.22 0.92 0.51 0.85 0.19 0.61 0.88 2.73 2.96 0.46 0.49 0.32 1.19 1.83 1.55
C6 0.11 0.17 0.59 0.46 0.11 0.54 0.17 1.09 0.15 0.22 0.11 0.31 0.11 0.24 0.15 0.81 0.77 0.91 1.26 0.20 1.52 1.83 1.81
N1 0.12 0.18 0.74 0.59 0.12 0.51 0.20 1.01 0.16 0.27 0.09 0.35 0.11 0.29 0.17 0.99 0.91 0.96 1.11 0.23 1.25 1.51 1.57
N3 0.15 0.21 0.77 0.95 0.11 0.15 0.17 0.14 0.14 0.23 0.10 0.29 0.19 0.28 0.14 0.63 1.05 0.50 0.10 0.25 0.13 0.06 0.17
N4 0.17 0.16 0.60 0.88 0.14 0.21 0.10 0.13 0.08 0.12 0.10 0.17 0.17 0.12 0.14 0.36 0.94 0.28 0.20 0.16 0.26 0.16 0.07
O2 0.19 0.23 1.02 1.08 0.14 0.19 0.21 0.27 0.15 0.34 0.11 0.36 0.21 0.35 0.21 1.04 1.27 0.72 0.15 0.24 0.05 0.14 0.30
O2' 1.43 0.45 0.54 1.06 1.01 2.34 0.90 3.10 0.62 1.28 0.38 0.16 0.81 1.09 1.28 0.14 0.53 2.57 3.03 0.55 3.27 3.12 3.49
O3' 1.10 1.31 0.39 0.68 1.17 1.78 1.03 2.78 1.03 0.92 1.13 1.39 1.36 0.90 1.08 0.32 0.23 2.03 3.14 0.94 3.70 3.81 4.09
O4' 0.89 0.37 1.79 1.46 0.55 0.29 0.38 0.55 0.20 0.59 0.21 0.35 0.58 0.43 0.69 2.35 1.97 0.12 0.82 0.12 1.33 1.65 1.62
O5' 1.27 0.78 2.07 2.31 0.31 1.26 0.20 0.51 0.38 1.03 0.82 1.35 0.15 0.65 0.92 2.46 3.23 0.65 0.05 0.49 0.52 1.41 0.98
OP1 1.56 1.07 2.15 2.68 0.32 1.93 0.23 1.32 0.50 1.36 1.10 1.83 0.31 0.87 1.12 2.60 3.89 1.22 0.63 0.62 0.16 1.07 0.37
OP2 1.80 1.05 2.32 3.08 0.53 2.31 0.41 1.96 0.44 1.69 1.15 1.87 0.17 1.15 1.40 2.39 3.88 1.57 1.52 0.61 1.28 0.14 0.76
P 1.89 0.79 2.56 3.14 0.63 2.25 0.48 1.64 0.28 1.63 0.88 1.53 0.05 1.12 1.44 2.87 4.21 1.51 1.04 0.44 0.55 0.58 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.28 0.00 0.10 0.07 0.10 0.16 0.11
C2 0.06 0.00 0.08 0.06 0.03 0.50 0.02 1.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.20 0.08 0.56 1.40 0.05 1.68 2.14 1.84
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.04 0.04 0.04 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.33 0.07 0.32 0.48 0.36
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.18 0.42 0.07 0.15 0.10 0.41 0.21 0.02 0.00 0.03 0.05 0.22 0.03 0.04 0.04
C4 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.18 0.01 0.34 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.15 0.04 0.30 0.48 0.06 0.52 0.69 0.60
C4' 0.02 0.50 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.14 0.43 0.34 0.65 0.49 0.32 0.09 0.31 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01
C5 0.03 0.02 0.03 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.09 0.13 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08
C5' 0.03 1.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.26 0.73 0.69 1.37 0.94 0.57 0.13 0.15 0.19 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01 0.00
C6 0.04 0.02 0.04 0.18 0.04 0.14 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.31 0.11 0.27 0.34 0.02 0.41 0.56 0.49
C8 0.02 0.03 0.04 0.42 0.01 0.43 0.02 0.73 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.53 0.07 0.34 0.94 0.07 0.99 1.10 1.04
N1 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.34 0.02 0.69 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.43 0.95 0.04 1.17 1.51 1.30
N2 0.10 0.00 0.13 0.15 0.04 0.65 0.02 1.37 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.43 0.11 0.64 1.90 0.06 2.41 3.05 2.58
N3 0.05 0.01 0.07 0.10 0.01 0.49 0.01 0.94 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.22 0.02 0.56 1.31 0.06 1.45 1.81 1.60
N7 0.02 0.02 0.04 0.41 0.01 0.32 0.00 0.57 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.54 0.11 0.19 0.76 0.06 0.86 0.99 0.88
N9 0.01 0.04 0.01 0.21 0.00 0.09 0.02 0.13 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.26 0.08 0.01 0.14 0.07 0.14 0.10 0.12
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.15 0.31 0.36 0.15 0.31 0.53 0.09 0.43 0.22 0.54 0.26 0.00 0.04 0.21 0.18 0.43 0.17 0.49 0.24
O3' 0.28 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.19 0.11 0.07 0.12 0.11 0.02 0.11 0.08 0.04 0.00 0.14 0.26 0.12 0.43 0.31 0.34
O4' 0.00 0.56 0.03 0.03 0.30 0.00 0.13 0.01 0.27 0.34 0.43 0.64 0.56 0.19 0.01 0.21 0.14 0.00 0.08 0.22 0.07 0.11 0.07
O5' 0.10 1.40 0.33 0.05 0.48 0.01 0.05 0.00 0.34 0.94 0.95 1.90 1.31 0.76 0.14 0.18 0.26 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00
O6 0.07 0.05 0.07 0.22 0.06 0.07 0.05 0.12 0.02 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.43 0.12 0.22 0.13 0.00 0.15 0.22 0.22
OP1 0.10 1.68 0.32 0.03 0.52 0.04 0.06 0.04 0.41 0.99 1.17 2.41 1.45 0.86 0.14 0.17 0.43 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 2.14 0.48 0.04 0.69 0.04 0.10 0.01 0.56 1.10 1.51 3.05 1.81 0.99 0.10 0.49 0.31 0.11 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.11 1.84 0.36 0.04 0.60 0.01 0.08 0.00 0.49 1.04 1.30 2.58 1.60 0.88 0.12 0.24 0.34 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00