ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.003, 0.040, 0.076, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.040 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.115, 0.315, 0.514, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.315 std_dev=0.199
O4' A 0, 0.154, 0.368, 0.581, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.368 std_dev=0.214
N2 B 0, 0.125, 0.355, 0.585, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.355 std_dev=0.230
C2' A 0, 0.070, 0.318, 0.566, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.318 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.096, 0.352, 0.608, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.352 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.152, 0.414, 0.676, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.414 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.120, 0.382, 0.645, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.186, 0.452, 0.718, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.452 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.101, 0.372, 0.643, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.372 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.158, 0.429, 0.700, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.429 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.107, 0.385, 0.663, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.385 std_dev=0.278
C8 B 0, 0.156, 0.436, 0.715, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.436 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.102, 0.406, 0.711, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.406 std_dev=0.304
O6 B 0, 0.187, 0.499, 0.811, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.499 std_dev=0.312
C3' A 0, 0.136, 0.448, 0.760, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.448 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.273, 0.593, 0.913, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.593 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.231, 0.552, 0.874, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.552 std_dev=0.321
O5' A 0, 0.253, 0.583, 0.914, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.583 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.079, 0.445, 0.812, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.445 std_dev=0.366
C5' A 0, 0.269, 0.639, 1.009, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.639 std_dev=0.370
O2' A 0, 0.115, 0.487, 0.859, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.487 std_dev=0.372
O3' A 0, 0.185, 0.566, 0.946, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.566 std_dev=0.380
OP2 B 0, 0.409, 0.790, 1.171, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.790 std_dev=0.381
O2' B 0, 0.308, 0.727, 1.147, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.727 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.099, 0.521, 0.943, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.521 std_dev=0.422
C4' B 0, 0.114, 0.539, 0.964, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.539 std_dev=0.425
P B 0, 0.383, 0.815, 1.246, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.815 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.209, 0.644, 1.079, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.644 std_dev=0.435
OP1 B 0, 0.440, 0.881, 1.322, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.881 std_dev=0.441
O3' B 0, 0.440, 0.884, 1.327, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.884 std_dev=0.444
O5' B 0, 0.284, 0.741, 1.197, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.741 std_dev=0.457
P A 0, 0.332, 0.804, 1.276, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.804 std_dev=0.472
OP2 A 0, 0.326, 0.838, 1.349, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.838 std_dev=0.512
OP1 A 0, 0.495, 1.163, 1.830, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.163 std_dev=0.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.12 0.28 0.22 0.15
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.08 0.12 0.20 0.14 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.12 0.02 0.12 0.05 0.04 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.32 0.18 0.14
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.35 0.23 0.19
C4 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.03 0.12 0.21 0.17 0.12
C4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.04 0.22 0.10 0.08
C5 0.01 0.01 0.12 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.02 0.09 0.24 0.21 0.14
C5' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.13 0.01 0.10 0.00 0.07 0.06 0.13 0.15 0.11 0.05 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.10 0.04 0.08 0.27 0.24 0.15
N1 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.10 0.25 0.20 0.12
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.07 0.13 0.19 0.14 0.11
N4 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.08 0.04 0.14 0.20 0.17 0.14
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.04 0.13 0.12 0.16 0.09 0.07
O2' 0.02 0.08 0.00 0.03 0.12 0.06 0.17 0.05 0.16 0.06 0.09 0.13 0.14 0.00 0.09 0.03 0.03 0.36 0.19 0.16
O3' 0.05 0.05 0.03 0.01 0.08 0.05 0.10 0.12 0.10 0.06 0.06 0.08 0.04 0.09 0.00 0.02 0.07 0.49 0.32 0.29
O4' 0.01 0.08 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.13 0.03 0.02 0.00 0.19 0.24 0.22 0.16
O5' 0.12 0.12 0.02 0.04 0.12 0.04 0.09 0.01 0.08 0.10 0.13 0.14 0.12 0.03 0.07 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.20 0.32 0.35 0.21 0.22 0.24 0.12 0.27 0.25 0.19 0.20 0.16 0.36 0.49 0.24 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.14 0.18 0.23 0.17 0.10 0.21 0.02 0.24 0.20 0.14 0.17 0.09 0.19 0.32 0.22 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.15 0.09 0.14 0.19 0.12 0.08 0.14 0.01 0.15 0.12 0.11 0.14 0.07 0.16 0.29 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.12 0.07 0.07 0.08 0.15 0.08 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12
C2 0.10 0.10 0.06 0.06 0.09 0.10 0.11 0.14 0.11 0.12 0.07 0.15 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.10 0.15 0.15 0.13 0.09 0.13
C2' 0.08 0.15 0.11 0.09 0.11 0.05 0.11 0.06 0.14 0.08 0.14 0.16 0.14 0.12 0.08 0.12 0.14 0.08 0.07 0.20 0.08 0.10 0.08
C3' 0.07 0.13 0.09 0.08 0.10 0.04 0.13 0.07 0.15 0.11 0.12 0.15 0.12 0.16 0.08 0.11 0.13 0.08 0.08 0.22 0.11 0.15 0.11
C4 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.11 0.07 0.08 0.04 0.16 0.10 0.08 0.08 0.04 0.02 0.08 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10
C4' 0.07 0.13 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.17 0.12 0.15 0.08 0.10 0.12 0.09 0.11 0.17 0.15 0.17 0.14
C5 0.07 0.15 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.10 0.07 0.06 0.11 0.19 0.13 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09
C5' 0.13 0.18 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.23 0.18 0.18 0.13 0.17 0.19 0.15 0.16 0.18 0.23 0.24 0.21
C6 0.07 0.15 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.12 0.08 0.06 0.13 0.19 0.13 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.12 0.10 0.13 0.10 0.10
N1 0.07 0.11 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06 0.13 0.05 0.09 0.07 0.16 0.10 0.10 0.07 0.04 0.04 0.08 0.14 0.11 0.13 0.09 0.12
N3 0.10 0.09 0.06 0.06 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.07 0.15 0.10 0.12 0.10 0.04 0.01 0.10 0.13 0.15 0.13 0.09 0.12
N4 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.04 0.14 0.08 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09
O2 0.11 0.11 0.06 0.06 0.11 0.10 0.13 0.15 0.14 0.13 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.04 0.02 0.11 0.16 0.19 0.13 0.10 0.13
O2' 0.21 0.22 0.22 0.21 0.22 0.17 0.22 0.12 0.24 0.19 0.23 0.21 0.23 0.20 0.21 0.22 0.23 0.21 0.10 0.28 0.12 0.16 0.12
O3' 0.10 0.18 0.12 0.11 0.15 0.06 0.18 0.04 0.22 0.13 0.20 0.19 0.16 0.19 0.12 0.13 0.16 0.10 0.05 0.28 0.07 0.11 0.08
O4' 0.08 0.11 0.06 0.09 0.06 0.11 0.09 0.17 0.08 0.14 0.08 0.17 0.08 0.15 0.08 0.05 0.09 0.10 0.18 0.13 0.20 0.18 0.19
O5' 0.12 0.12 0.12 0.15 0.12 0.16 0.14 0.19 0.12 0.18 0.08 0.17 0.13 0.20 0.14 0.12 0.19 0.17 0.21 0.18 0.29 0.32 0.27
OP1 0.26 0.22 0.22 0.22 0.25 0.28 0.28 0.34 0.26 0.32 0.22 0.23 0.23 0.34 0.28 0.18 0.13 0.27 0.33 0.28 0.30 0.31 0.33
OP2 0.21 0.16 0.18 0.18 0.19 0.21 0.21 0.25 0.19 0.26 0.15 0.19 0.17 0.27 0.21 0.15 0.10 0.21 0.23 0.23 0.21 0.18 0.22
P 0.13 0.12 0.10 0.10 0.12 0.14 0.14 0.20 0.12 0.18 0.09 0.17 0.13 0.20 0.14 0.09 0.03 0.14 0.19 0.17 0.20 0.18 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.13 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.14 0.10
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.15 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.16 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.10 0.01 0.11 0.14 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.08 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.15 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.10 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.13 0.15 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.01 0.13 0.14 0.11
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.14 0.11
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.14 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.09 0.01 0.10 0.14 0.10
N7 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.15 0.13
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.14 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.06 0.15 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.10 0.11 0.18 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.13 0.06
O5' 0.05 0.09 0.03 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.06 0.11 0.06 0.00 0.12 0.03 0.04 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.12 0.00 0.14 0.16 0.13
OP1 0.07 0.10 0.04 0.05 0.11 0.09 0.13 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.14 0.10 0.06 0.11 0.08 0.03 0.14 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.08 0.15 0.03 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.18 0.13 0.04 0.16 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.04 0.06 0.10 0.01 0.12 0.03 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.06 0.11 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00