ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52098

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.002, 0.055, 0.107, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.055 std_dev=0.053
C6 B 0, 0.150, 0.604, 1.057, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.604 std_dev=0.453
C5 B 0, 0.139, 0.598, 1.057, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.598 std_dev=0.459
C4 B 0, 0.138, 0.597, 1.056, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.597 std_dev=0.459
O6 B 0, 0.157, 0.618, 1.080, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.618 std_dev=0.462
N3 B 0, 0.151, 0.628, 1.105, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.628 std_dev=0.477
N1 B 0, 0.168, 0.675, 1.182, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.675 std_dev=0.507
C2 B 0, 0.170, 0.699, 1.229, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.699 std_dev=0.530
N9 B 0, 0.134, 0.676, 1.217, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.676 std_dev=0.542
N7 B 0, 0.145, 0.707, 1.269, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.707 std_dev=0.562
C8 B 0, 0.140, 0.762, 1.383, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.762 std_dev=0.621
C1' B 0, 0.147, 0.788, 1.429, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.788 std_dev=0.641
N2 B 0, 0.203, 0.861, 1.518, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.861 std_dev=0.658
C4' B 0, 0.118, 0.907, 1.697, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.907 std_dev=0.789
O4' B 0, 0.055, 0.934, 1.813, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.934 std_dev=0.879
C2' B 0, 0.071, 1.011, 1.951, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.011 std_dev=0.940
O4' A 0, -0.270, 0.706, 1.683, 2.620 max_d=2.620 avg_d=0.706 std_dev=0.976
C3' B 0, 0.034, 1.045, 2.055, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.045 std_dev=1.011
C2' A 0, -0.332, 0.767, 1.865, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.767 std_dev=1.099
O2' A 0, -0.442, 0.851, 2.143, 3.414 max_d=3.414 avg_d=0.851 std_dev=1.293
C4' A 0, -0.400, 1.056, 2.512, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.056 std_dev=1.456
O2' B 0, -0.116, 1.341, 2.799, 4.066 max_d=4.066 avg_d=1.341 std_dev=1.458
O3' B 0, -0.220, 1.388, 2.996, 4.442 max_d=4.442 avg_d=1.388 std_dev=1.608
C3' A 0, -0.490, 1.192, 2.874, 4.499 max_d=4.499 avg_d=1.192 std_dev=1.682
C5' B 0, -0.307, 1.439, 3.186, 4.782 max_d=4.782 avg_d=1.439 std_dev=1.746
O3' A 0, -0.693, 1.735, 4.164, 6.508 max_d=6.508 avg_d=1.735 std_dev=2.428
O5' B 0, -0.658, 1.806, 4.269, 6.637 max_d=6.637 avg_d=1.806 std_dev=2.463
C5' A 0, -0.734, 1.806, 4.345, 6.788 max_d=6.788 avg_d=1.806 std_dev=2.540
O5' A 0, -0.991, 1.977, 4.946, 7.846 max_d=7.846 avg_d=1.977 std_dev=2.969
P B 0, -1.174, 2.372, 5.918, 9.393 max_d=9.393 avg_d=2.372 std_dev=3.546
OP2 B 0, -1.250, 2.453, 6.155, 9.790 max_d=9.790 avg_d=2.453 std_dev=3.703
P A 0, -1.409, 2.391, 6.191, 9.940 max_d=9.940 avg_d=2.391 std_dev=3.800
OP2 A 0, -1.573, 2.413, 6.398, 10.350 max_d=10.350 avg_d=2.413 std_dev=3.986
OP1 B 0, -1.468, 2.754, 6.977, 11.133 max_d=11.133 avg_d=2.754 std_dev=4.223
OP1 A 0, -1.772, 2.862, 7.495, 12.078 max_d=12.078 avg_d=2.862 std_dev=4.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.31 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.19 0.01 0.37 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.15 0.37 0.34 0.71 1.02 0.81
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.12 0.03 0.33 0.00 0.02 0.00 0.24 0.25 0.14 0.04
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.18 0.02 0.17 0.06 0.32 0.01 0.00 0.01 0.35 0.45 0.07 0.20
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.46 0.16 0.09 0.14
C4' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.02 0.00 0.29 0.00 0.37 0.01 0.29 0.03 0.69 0.05 0.01 0.00 0.01 0.13 0.33 0.09
C5 0.00 0.01 0.14 0.13 0.00 0.29 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.06 0.29 1.04 0.88 0.84 0.85
C5' 0.01 0.64 0.00 0.00 0.08 0.00 0.45 0.00 0.56 0.03 0.55 0.10 1.19 0.05 0.04 0.01 0.01 0.25 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.18 0.01 0.37 0.00 0.56 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.39 1.06 0.88 0.76 0.84
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.30 0.07 0.20 0.08
N3 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.29 0.00 0.55 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.26 0.14 0.57 0.83 0.62
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.49 0.18 0.13 0.18
O2 0.03 0.00 0.33 0.32 0.01 0.69 0.01 1.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.55 0.23 0.69 1.05 1.50 1.89 1.63
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.05 0.28 0.01 0.21 0.02 0.55 0.00 0.04 0.03 0.06 0.14 0.23 0.08
O3' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.10 0.03 0.15 0.09 0.23 0.04 0.00 0.00 0.33 0.63 0.07 0.30
O4' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.01 0.39 0.01 0.26 0.01 0.69 0.03 0.00 0.00 0.06 0.14 0.45 0.29
O5' 0.11 0.34 0.24 0.35 0.46 0.01 1.04 0.01 1.06 0.30 0.14 0.49 1.05 0.06 0.33 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.71 0.25 0.45 0.16 0.13 0.88 0.25 0.88 0.07 0.57 0.18 1.50 0.14 0.63 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 1.02 0.14 0.07 0.09 0.33 0.84 0.37 0.76 0.20 0.83 0.13 1.89 0.23 0.07 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.81 0.04 0.20 0.14 0.09 0.85 0.02 0.84 0.08 0.62 0.18 1.63 0.08 0.30 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.40 0.81 0.50 0.25 0.57 0.26 1.13 0.35 0.15 0.41 0.45 0.32 0.20 0.18 1.00 1.01 0.97 1.48 0.37 1.69 1.28 1.74
C2 0.25 0.26 0.64 0.66 0.14 0.35 0.20 0.53 0.32 0.11 0.34 0.27 0.16 0.13 0.15 0.57 1.01 0.82 0.68 0.37 0.51 0.19 0.58
C2' 1.01 0.59 0.16 0.48 0.71 1.56 0.52 2.16 0.39 0.69 0.44 0.59 0.79 0.53 0.83 0.07 0.07 1.86 2.50 0.31 2.66 2.12 2.71
C3' 0.74 0.92 0.05 0.26 0.71 1.21 0.50 1.85 0.49 0.44 0.68 1.12 0.96 0.36 0.64 0.26 0.36 1.49 2.45 0.37 2.73 2.42 2.89
C4 0.32 0.13 0.38 0.37 0.16 0.39 0.09 0.52 0.23 0.25 0.26 0.15 0.12 0.13 0.27 0.38 0.63 0.77 0.74 0.32 0.45 0.19 0.54
C4' 0.15 0.52 1.00 0.80 0.19 0.20 0.19 0.85 0.26 0.26 0.41 0.77 0.38 0.26 0.14 1.24 1.44 0.58 1.42 0.25 1.92 1.69 2.02
C5 0.22 0.25 0.48 0.25 0.16 0.50 0.15 0.81 0.27 0.19 0.35 0.30 0.16 0.13 0.20 0.61 0.57 0.85 1.20 0.33 1.09 0.88 1.19
C5' 0.57 0.61 1.37 1.31 0.17 0.46 0.25 0.18 0.23 0.67 0.50 1.06 0.32 0.54 0.46 1.59 1.98 0.03 0.80 0.24 1.35 1.36 1.49
C6 0.18 0.37 0.63 0.30 0.19 0.56 0.21 1.00 0.32 0.14 0.41 0.43 0.25 0.14 0.17 0.81 0.68 0.92 1.43 0.35 1.47 1.24 1.56
N1 0.19 0.36 0.72 0.48 0.21 0.49 0.23 0.90 0.34 0.13 0.40 0.40 0.26 0.16 0.16 0.82 0.90 0.92 1.23 0.37 1.24 0.90 1.32
N3 0.35 0.15 0.45 0.55 0.10 0.34 0.10 0.41 0.27 0.20 0.28 0.17 0.08 0.06 0.25 0.35 0.82 0.75 0.46 0.35 0.16 0.35 0.24
N4 0.39 0.04 0.25 0.32 0.26 0.37 0.16 0.41 0.08 0.37 0.11 0.02 0.20 0.25 0.36 0.22 0.52 0.68 0.53 0.24 0.14 0.24 0.23
O2 0.22 0.26 0.72 0.91 0.14 0.27 0.23 0.39 0.33 0.07 0.33 0.26 0.16 0.17 0.09 0.54 1.28 0.72 0.35 0.37 0.21 0.41 0.27
O2' 1.09 0.47 0.30 0.63 0.67 1.76 0.50 2.43 0.37 0.78 0.40 0.47 0.65 0.58 0.87 0.16 0.15 1.96 2.65 0.33 3.03 2.25 2.93
O3' 1.11 1.13 0.44 0.80 0.98 1.71 0.72 2.42 0.66 0.71 0.84 1.31 1.23 0.59 0.95 0.23 0.35 1.85 3.11 0.49 3.68 3.10 3.75
O4' 0.54 0.32 1.49 1.27 0.39 0.23 0.41 0.42 0.35 0.52 0.32 0.38 0.32 0.48 0.48 1.71 1.85 0.22 0.88 0.35 1.26 1.02 1.34
O5' 0.68 1.04 1.47 1.50 0.16 0.80 0.20 0.35 0.60 0.53 1.01 1.57 0.57 0.27 0.37 1.81 2.32 0.24 0.49 0.63 0.96 1.34 1.21
OP1 1.65 0.75 2.21 2.34 0.51 2.03 0.45 1.67 0.23 1.45 0.76 1.45 0.12 1.02 1.22 2.56 3.03 1.44 0.87 0.31 0.20 0.47 0.12
OP2 1.54 0.78 2.13 2.38 0.49 1.91 0.43 1.73 0.25 1.42 0.83 1.48 0.09 1.01 1.19 2.29 2.89 1.32 0.88 0.35 0.62 0.14 0.36
P 1.60 0.63 2.28 2.46 0.54 1.91 0.47 1.51 0.19 1.38 0.66 1.28 0.07 0.97 1.20 2.56 3.20 1.30 0.67 0.27 0.13 0.36 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.02 0.15 0.61 0.31
C2 0.06 0.00 0.27 0.28 0.01 0.56 0.01 0.91 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.60 0.16 0.57 1.44 0.01 1.38 1.26 1.37
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.03 0.12 0.12 0.20 0.33 0.27 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.08 0.21 0.37 0.05
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.03 0.05 0.22 0.17 0.37 0.28 0.18 0.05 0.02 0.00 0.02 0.36 0.04 0.38 0.22 0.20
C4 0.04 0.01 0.14 0.09 0.00 0.22 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.04 0.28 0.53 0.01 0.32 0.07 0.24
C4' 0.01 0.56 0.01 0.01 0.22 0.00 0.04 0.01 0.16 0.35 0.39 0.74 0.55 0.26 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.39 0.08
C5 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.10 0.24 0.01 0.23 0.53 0.27
C5' 0.04 0.91 0.03 0.03 0.28 0.01 0.03 0.00 0.19 0.65 0.61 1.27 0.84 0.52 0.14 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.17 0.36 0.01
C6 0.04 0.00 0.12 0.05 0.01 0.16 0.01 0.19 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.02 0.22 0.54 0.00 0.26 0.14 0.25
C8 0.01 0.02 0.12 0.22 0.01 0.35 0.02 0.65 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.15 0.33 0.72 0.04 1.09 1.60 1.23
N1 0.05 0.00 0.20 0.17 0.00 0.39 0.01 0.61 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.44 0.08 0.42 1.08 0.01 0.93 0.78 0.91
N2 0.07 0.00 0.33 0.37 0.01 0.74 0.01 1.27 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.78 0.24 0.70 1.93 0.01 2.07 2.09 2.07
N3 0.06 0.00 0.27 0.28 0.00 0.55 0.00 0.84 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.57 0.17 0.58 1.26 0.01 1.15 0.90 1.10
N7 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.26 0.01 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.15 0.20 0.52 0.04 0.97 1.42 1.05
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.13 0.01 0.31 0.76 0.44
O2' 0.01 0.60 0.00 0.02 0.25 0.06 0.10 0.06 0.22 0.29 0.44 0.78 0.57 0.19 0.04 0.00 0.04 0.02 0.16 0.14 0.29 0.35 0.09
O3' 0.02 0.16 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.15 0.08 0.24 0.17 0.15 0.04 0.04 0.00 0.02 0.51 0.05 0.68 0.21 0.44
O4' 0.00 0.57 0.01 0.02 0.28 0.00 0.10 0.03 0.22 0.33 0.42 0.70 0.58 0.20 0.01 0.02 0.02 0.00 0.23 0.14 0.26 0.62 0.37
O5' 0.09 1.44 0.18 0.36 0.53 0.02 0.24 0.01 0.54 0.72 1.08 1.93 1.26 0.52 0.13 0.16 0.51 0.23 0.00 0.40 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.05 0.14 0.40 0.00 0.21 0.33 0.21
OP1 0.15 1.38 0.21 0.38 0.32 0.13 0.23 0.17 0.26 1.09 0.93 2.07 1.15 0.97 0.31 0.29 0.68 0.26 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 1.26 0.37 0.22 0.07 0.39 0.53 0.36 0.14 1.60 0.78 2.09 0.90 1.42 0.76 0.35 0.21 0.62 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.37 0.05 0.20 0.24 0.08 0.27 0.01 0.25 1.23 0.91 2.07 1.10 1.05 0.44 0.09 0.44 0.37 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00