ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52099

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O5' A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
OP2 A 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.000, 0.092, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O5' B 0, 0.000, 0.094, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.094
N2 B 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C5' B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
P B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C2 B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.126
OP1 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O6 B 0, 0.000, 0.141, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C6 B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C4 B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N7 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
N9 B 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
OP2 B 0, 0.000, 0.183, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O2' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O3' B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01
N4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02
O5' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06
C2' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02
C3' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.07 0.03 0.02 0.11 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01
C4 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.07 0.10 0.07
C4' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01
C5 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.08 0.06
C5' 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00
C6 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05
N1 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05
N3 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.08 0.10 0.07
O2 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.08 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.10 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06
O2' 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.00 0.05 0.04 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.03 0.10 0.08 0.07 0.03 0.02 0.11 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
O4' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01
O5' 0.07 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.10 0.09 0.04 0.06
OP2 0.06 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03
P 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.13 0.11
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.12 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.13 0.10
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.10 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.13 0.14 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03
O5' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09 0.06 0.05 0.11 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.15 0.18 0.15
OP1 0.01 0.08 0.02 0.03 0.07 0.00 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.05 0.13 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.15 0.09 0.13 0.10 0.07 0.14 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.07 0.01 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.09 0.10 0.06 0.05 0.12 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00