ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52101

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
P A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O3' B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C4 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
N9 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.000, 0.239, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O6 B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C3' B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C8 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
N7 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C2 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N2 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O5' B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
P B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C5' B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
OP1 B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.02 0.02 0.09 0.06
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05
N4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.05
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04
O5' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.03 0.09 0.11 0.01 0.07 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.09 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.07 0.01 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.10 0.13 0.01 0.15 0.01 0.15 0.09 0.05 0.07 0.10 0.07 0.14 0.07 0.04 0.06
C2 0.13 0.02 0.10 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.13 0.17 0.05 0.16 0.01 0.19 0.13 0.08 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.08 0.10
C2' 0.04 0.07 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.14 0.04 0.08 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01
C3' 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.14 0.04 0.08 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00
C4 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.10 0.12 0.09 0.08 0.18 0.03 0.21 0.06 0.18 0.12 0.05 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09
C4' 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07 0.13 0.02 0.15 0.02 0.14 0.09 0.05 0.08 0.10 0.06 0.11 0.05 0.03 0.05
C5 0.06 0.15 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.05 0.04 0.16 0.08 0.23 0.10 0.17 0.08 0.02 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.04 0.06
C5' 0.09 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.10 0.07 0.07 0.14 0.03 0.15 0.02 0.16 0.09 0.05 0.08 0.11 0.07 0.11 0.05 0.04 0.05
C6 0.07 0.12 0.05 0.07 0.04 0.07 0.10 0.06 0.07 0.15 0.07 0.21 0.07 0.17 0.09 0.03 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.04 0.05
N1 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.11 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.11 0.06 0.08 0.11 0.08 0.15 0.08 0.06 0.08
N3 0.13 0.04 0.11 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.12 0.18 0.03 0.17 0.00 0.19 0.14 0.08 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.09 0.11
N4 0.09 0.10 0.08 0.09 0.04 0.09 0.09 0.08 0.05 0.17 0.03 0.18 0.07 0.17 0.10 0.05 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09
O2 0.14 0.03 0.12 0.12 0.12 0.15 0.16 0.14 0.15 0.18 0.09 0.09 0.05 0.19 0.15 0.11 0.11 0.16 0.13 0.16 0.13 0.09 0.12
O2' 0.02 0.09 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.08 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04
O3' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.13 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01
O4' 0.11 0.05 0.09 0.11 0.08 0.12 0.14 0.10 0.12 0.18 0.01 0.15 0.00 0.19 0.12 0.07 0.10 0.13 0.10 0.16 0.09 0.07 0.09
O5' 0.06 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.06 0.12 0.04 0.14 0.03 0.14 0.07 0.01 0.04 0.09 0.05 0.12 0.03 0.03 0.04
OP1 0.05 0.12 0.05 0.08 0.00 0.07 0.03 0.06 0.02 0.11 0.11 0.19 0.07 0.11 0.06 0.03 0.09 0.08 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05
OP2 0.11 0.05 0.09 0.12 0.06 0.11 0.09 0.08 0.03 0.16 0.05 0.10 0.00 0.16 0.11 0.08 0.13 0.13 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06
P 0.09 0.07 0.08 0.10 0.05 0.10 0.08 0.07 0.04 0.15 0.05 0.13 0.02 0.15 0.10 0.06 0.11 0.11 0.07 0.07 0.05 0.04 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C2 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04
C4 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
C5 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.09 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04
C8 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06
N1 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
N2 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05
N3 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.08 0.08
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.09 0.06 0.07
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
O6 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.08 0.06
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.01 0.06 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.04 0.08 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00