ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
N9 B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C6 B 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.000, 0.396, 0.791, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.396 std_dev=0.396
N7 B 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O6 B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
N2 B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.000, 0.502, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.502 std_dev=0.502
O3' B 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O4' B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C5' B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
O4' A 0, 0.000, 0.582, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C2' A 0, 0.000, 0.700, 1.399, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.700 std_dev=0.700
C4' A 0, 0.000, 0.758, 1.516, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.758 std_dev=0.758
C3' A 0, 0.000, 0.775, 1.551, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O3' A 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
O5' B 0, 0.000, 0.991, 1.982, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.991 std_dev=0.991
O5' A 0, 0.000, 1.050, 2.099, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.050 std_dev=1.050
O2' A 0, 0.000, 1.137, 2.274, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.137 std_dev=1.137
C5' A 0, 0.000, 1.187, 2.373, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.187 std_dev=1.187
OP2 A 0, 0.000, 1.258, 2.517, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.258 std_dev=1.258
P A 0, 0.000, 1.294, 2.588, 2.588 max_d=2.588 avg_d=1.294 std_dev=1.294
P B 0, 0.000, 1.309, 2.618, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.309 std_dev=1.309
OP2 B 0, 0.000, 1.337, 2.673, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.337 std_dev=1.337
OP1 B 0, 0.000, 1.413, 2.826, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.413 std_dev=1.413
OP1 A 0, 0.000, 1.505, 3.009, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.505 std_dev=1.505

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.13 0.17 0.13
C2 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.10 0.15 0.28 0.31 0.40 0.33
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.17 0.01 0.08 0.02 0.24 0.00 0.00 0.01 0.32 0.36 0.38 0.34
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.01 0.26 0.37 0.46 0.36
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.10 0.05 0.14 0.13 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.13 0.08 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.02 0.10 0.18 0.30 0.36 0.26
C5' 0.08 0.28 0.16 0.00 0.25 0.00 0.15 0.00 0.09 0.17 0.30 0.26 0.30 0.03 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.17 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.03 0.14 0.14 0.22 0.25 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.20 0.22 0.28 0.22
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.11 0.30 0.37 0.47 0.39
N4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.02 0.00 0.27 0.41 0.49 0.39
O2 0.02 0.00 0.24 0.05 0.01 0.14 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.38 0.13 0.25 0.28 0.29 0.39 0.33
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.12 0.13 0.30 0.03 0.32 0.07 0.06 0.13 0.38 0.00 0.03 0.07 0.29 0.37 0.46 0.35
O3' 0.16 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.16 0.03 0.09 0.08 0.02 0.13 0.03 0.00 0.15 0.11 0.18 0.11 0.13
O4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.11 0.00 0.25 0.07 0.15 0.00 0.05 0.09 0.06 0.09
O5' 0.14 0.28 0.32 0.02 0.26 0.00 0.18 0.01 0.14 0.20 0.30 0.27 0.28 0.29 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.31 0.36 0.05 0.37 0.03 0.30 0.07 0.22 0.22 0.37 0.41 0.29 0.37 0.18 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.40 0.38 0.00 0.46 0.01 0.36 0.03 0.25 0.28 0.47 0.49 0.39 0.46 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.33 0.34 0.03 0.36 0.01 0.26 0.01 0.18 0.22 0.39 0.39 0.33 0.35 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.05 0.02 0.06 0.03 0.15 0.11 0.21 0.06 0.15 0.04 0.03 0.15 0.03 0.10 0.07 0.03 0.36 0.31 0.50 0.45 0.45
C2 0.11 0.03 0.09 0.09 0.06 0.08 0.02 0.00 0.10 0.06 0.07 0.04 0.08 0.00 0.09 0.11 0.14 0.10 0.19 0.18 0.29 0.24 0.24
C2' 0.09 0.12 0.12 0.17 0.00 0.20 0.01 0.32 0.09 0.14 0.14 0.15 0.06 0.12 0.08 0.06 0.10 0.14 0.54 0.12 0.76 0.59 0.65
C3' 0.24 0.19 0.23 0.20 0.22 0.18 0.20 0.10 0.15 0.23 0.16 0.19 0.22 0.21 0.24 0.24 0.23 0.22 0.14 0.10 0.36 0.20 0.25
C4 0.16 0.02 0.10 0.11 0.08 0.12 0.00 0.04 0.07 0.08 0.06 0.02 0.10 0.01 0.13 0.12 0.18 0.15 0.11 0.12 0.15 0.13 0.12
C4' 0.20 0.02 0.22 0.20 0.11 0.18 0.06 0.13 0.03 0.19 0.03 0.01 0.09 0.12 0.17 0.22 0.22 0.19 0.11 0.10 0.25 0.15 0.19
C5 0.11 0.06 0.10 0.09 0.00 0.07 0.08 0.02 0.14 0.02 0.12 0.05 0.01 0.06 0.06 0.14 0.14 0.08 0.19 0.17 0.22 0.22 0.21
C5' 0.15 0.10 0.15 0.16 0.03 0.16 0.00 0.14 0.10 0.18 0.13 0.13 0.02 0.10 0.12 0.11 0.15 0.17 0.06 0.14 0.13 0.04 0.10
C6 0.05 0.08 0.07 0.05 0.05 0.01 0.14 0.07 0.19 0.03 0.15 0.06 0.03 0.12 0.00 0.12 0.10 0.02 0.28 0.23 0.35 0.32 0.32
N1 0.06 0.05 0.07 0.06 0.02 0.02 0.11 0.06 0.19 0.01 0.14 0.03 0.00 0.09 0.02 0.12 0.11 0.03 0.28 0.26 0.37 0.34 0.33
N3 0.15 0.07 0.10 0.11 0.11 0.12 0.03 0.04 0.05 0.09 0.03 0.08 0.14 0.03 0.13 0.11 0.17 0.15 0.12 0.12 0.19 0.15 0.15
N4 0.20 0.06 0.11 0.14 0.12 0.17 0.04 0.08 0.03 0.10 0.02 0.05 0.15 0.04 0.16 0.11 0.22 0.20 0.02 0.07 0.04 0.04 0.02
O2 0.11 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.10 0.02 0.09 0.10 0.14 0.10 0.18 0.16 0.30 0.25 0.24
O2' 0.54 0.12 0.51 0.59 0.40 0.68 0.43 0.80 0.19 0.65 0.05 0.02 0.27 0.65 0.54 0.38 0.51 0.64 1.07 0.06 1.29 1.17 1.20
O3' 0.15 0.03 0.17 0.15 0.09 0.14 0.06 0.09 0.00 0.15 0.01 0.02 0.07 0.11 0.13 0.16 0.17 0.15 0.14 0.06 0.34 0.21 0.25
O4' 0.21 0.07 0.27 0.26 0.05 0.21 0.04 0.16 0.19 0.16 0.18 0.08 0.03 0.04 0.15 0.28 0.28 0.19 0.10 0.31 0.20 0.17 0.16
O5' 0.15 0.11 0.15 0.16 0.01 0.17 0.02 0.15 0.12 0.16 0.15 0.14 0.04 0.08 0.11 0.11 0.15 0.18 0.05 0.16 0.09 0.02 0.08
OP1 0.02 0.18 0.00 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.14 0.06 0.19 0.22 0.14 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.15 0.08 0.00 0.09
OP2 0.09 0.27 0.10 0.15 0.11 0.19 0.12 0.23 0.23 0.12 0.29 0.32 0.18 0.01 0.04 0.01 0.11 0.17 0.07 0.24 0.19 0.16 0.12
P 0.11 0.19 0.11 0.13 0.05 0.16 0.07 0.16 0.17 0.12 0.22 0.23 0.12 0.04 0.06 0.04 0.11 0.15 0.01 0.19 0.03 0.06 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.05 0.16 0.11
C2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.04 0.01 0.13 0.01 0.18 0.18 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.12 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.12 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.12 0.06 0.01
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.20 0.22 0.19
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.20 0.00 0.28 0.25 0.25
C5' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.18 0.00 0.29 0.23 0.23
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.30 0.30 0.30
N1 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.02 0.15 0.00 0.24 0.20 0.19
N2 0.05 0.00 0.12 0.08 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.06 0.00 0.11 0.01 0.15 0.16 0.13
N3 0.04 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.00 0.13 0.01 0.15 0.19 0.15
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.25 0.01 0.35 0.30 0.31
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.00 0.18 0.24 0.21
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.12 0.17 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.12 0.07
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.03 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.14 0.08
O5' 0.11 0.13 0.11 0.03 0.17 0.00 0.20 0.00 0.18 0.27 0.15 0.11 0.13 0.25 0.19 0.10 0.02 0.06 0.00 0.18 0.02 0.01 0.01
O6 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.18 0.00 0.33 0.24 0.25
OP1 0.05 0.18 0.01 0.12 0.20 0.11 0.28 0.13 0.29 0.30 0.24 0.15 0.15 0.35 0.18 0.01 0.17 0.01 0.02 0.33 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.18 0.12 0.06 0.22 0.06 0.25 0.03 0.23 0.30 0.20 0.16 0.19 0.30 0.24 0.12 0.03 0.14 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.08 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.23 0.30 0.19 0.13 0.15 0.31 0.21 0.07 0.06 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00