ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 19, 26, 16, 9, 2, 2, 2, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.014, 0.038, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N1 B 0, 0.131, 0.271, 0.411, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.271 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.105, 0.283, 0.461, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.283 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.079, 0.294, 0.510, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.294 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.054, 0.318, 0.582, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.318 std_dev=0.264
O4' A 0, -0.103, 0.168, 0.438, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.168 std_dev=0.271
C2' A 0, -0.087, 0.199, 0.486, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.199 std_dev=0.287
N3 B 0, 0.051, 0.339, 0.626, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.339 std_dev=0.288
C1' B 0, 0.132, 0.422, 0.713, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.422 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.030, 0.338, 0.646, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.338 std_dev=0.308
O2 B 0, 0.046, 0.392, 0.738, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.392 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.123, 0.476, 0.830, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.476 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.029, 0.438, 0.847, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.438 std_dev=0.409
C4' A 0, -0.155, 0.272, 0.700, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.272 std_dev=0.428
C3' A 0, -0.153, 0.283, 0.719, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.283 std_dev=0.436
O2' A 0, -0.112, 0.325, 0.762, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.325 std_dev=0.437
N4 B 0, -0.005, 0.469, 0.943, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.469 std_dev=0.474
C2' B 0, 0.076, 0.565, 1.055, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.565 std_dev=0.490
C3' B 0, 0.123, 0.642, 1.161, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.642 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.073, 0.599, 1.124, 2.773 max_d=2.773 avg_d=0.599 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.207, 0.743, 1.280, 2.683 max_d=2.683 avg_d=0.743 std_dev=0.536
OP2 B 0, 0.144, 0.698, 1.251, 2.970 max_d=2.970 avg_d=0.698 std_dev=0.553
P B 0, -0.041, 0.515, 1.071, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.515 std_dev=0.556
C5' A 0, -0.166, 0.404, 0.974, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.404 std_dev=0.570
C5' B 0, -0.023, 0.584, 1.192, 3.014 max_d=3.014 avg_d=0.584 std_dev=0.608
O3' A 0, -0.184, 0.432, 1.048, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.432 std_dev=0.616
O3' B 0, 0.210, 0.882, 1.554, 3.369 max_d=3.369 avg_d=0.882 std_dev=0.672
OP1 B 0, -0.327, 0.699, 1.726, 4.859 max_d=4.859 avg_d=0.699 std_dev=1.027
O5' A 0, -0.471, 0.582, 1.636, 4.837 max_d=4.837 avg_d=0.582 std_dev=1.053
OP1 A 0, -0.458, 0.786, 2.029, 6.431 max_d=6.431 avg_d=0.786 std_dev=1.244
P A 0, -0.576, 0.733, 2.042, 6.372 max_d=6.372 avg_d=0.733 std_dev=1.309
OP2 A 0, -0.893, 0.962, 2.817, 8.763 max_d=8.763 avg_d=0.962 std_dev=1.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.16 0.00 0.10 0.06 0.20 0.12
C2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.07 0.15 0.10 0.36 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.10 0.02 0.09 0.04 0.18 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.19 0.07
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.21 0.00 0.21 0.01 0.18 0.12 0.17 0.23 0.10 0.02 0.01 0.02 0.21 0.18 0.26 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.10 0.03 0.32 0.19 0.70 0.43
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.03 0.08 0.06 0.18 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.06 0.42 0.24 0.83 0.54
C5' 0.04 0.07 0.10 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.07 0.10 0.10 0.08 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.08 0.40 0.20 0.69 0.46
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.04 0.01 0.21 0.10 0.41 0.26
N3 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.06 0.21 0.14 0.49 0.30
N4 0.02 0.02 0.04 0.23 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.13 0.03 0.34 0.22 0.78 0.48
O2 0.02 0.01 0.18 0.10 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.19 0.13 0.08 0.11 0.21 0.13
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.18 0.18 0.24 0.08 0.23 0.11 0.11 0.20 0.12 0.00 0.03 0.12 0.19 0.15 0.23 0.14
O3' 0.16 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.15 0.12 0.11 0.04 0.06 0.13 0.19 0.03 0.00 0.11 0.24 0.39 0.28 0.23
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.13 0.12 0.11 0.00 0.04 0.06 0.12 0.09
O5' 0.10 0.15 0.10 0.21 0.32 0.01 0.42 0.01 0.40 0.21 0.21 0.34 0.08 0.19 0.24 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.10 0.10 0.18 0.19 0.07 0.24 0.06 0.20 0.10 0.14 0.22 0.11 0.15 0.39 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.36 0.19 0.26 0.70 0.04 0.83 0.02 0.69 0.41 0.49 0.78 0.21 0.23 0.28 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.07 0.15 0.43 0.02 0.54 0.01 0.46 0.26 0.30 0.48 0.13 0.14 0.23 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.15 0.34 0.16 0.23 0.13 0.18 0.15 0.19 0.16 0.21 0.32 0.16 0.63 0.27 0.18 0.20 0.52 0.20 0.32
C2 0.15 0.18 0.20 0.24 0.19 0.11 0.19 0.09 0.20 0.14 0.24 0.26 0.22 0.48 0.30 0.13 0.14 0.66 0.30 0.28
C2' 0.21 0.17 0.32 0.16 0.23 0.11 0.22 0.14 0.21 0.18 0.20 0.28 0.16 0.51 0.31 0.19 0.17 0.51 0.20 0.32
C3' 0.66 0.45 0.80 0.47 0.30 0.56 0.37 0.58 0.52 0.54 0.34 0.25 0.47 0.95 0.26 0.61 0.64 0.63 0.20 0.68
C4 0.16 0.16 0.21 0.38 0.16 0.22 0.22 0.14 0.18 0.12 0.16 0.21 0.24 0.38 0.39 0.14 0.14 0.51 0.35 0.15
C4' 0.57 0.33 0.73 0.43 0.22 0.50 0.28 0.55 0.42 0.43 0.23 0.24 0.35 0.95 0.25 0.53 0.61 0.58 0.29 0.69
C5 0.17 0.13 0.21 0.40 0.15 0.26 0.19 0.20 0.19 0.13 0.14 0.18 0.18 0.47 0.43 0.16 0.17 0.37 0.35 0.12
C5' 0.62 0.36 0.78 0.51 0.22 0.55 0.27 0.56 0.41 0.46 0.25 0.21 0.40 1.00 0.31 0.56 0.63 0.42 0.38 0.64
C6 0.18 0.13 0.24 0.30 0.15 0.19 0.18 0.16 0.20 0.14 0.15 0.19 0.16 0.58 0.39 0.15 0.15 0.36 0.32 0.16
N1 0.18 0.15 0.26 0.22 0.19 0.12 0.18 0.10 0.20 0.14 0.20 0.25 0.17 0.57 0.32 0.14 0.15 0.53 0.27 0.25
N3 0.14 0.19 0.17 0.31 0.16 0.14 0.22 0.08 0.19 0.12 0.22 0.21 0.26 0.40 0.33 0.11 0.13 0.64 0.33 0.22
N4 0.20 0.17 0.31 0.43 0.21 0.27 0.24 0.18 0.17 0.13 0.15 0.32 0.29 0.31 0.41 0.17 0.17 0.50 0.37 0.13
O2 0.16 0.20 0.21 0.19 0.23 0.10 0.20 0.15 0.21 0.15 0.27 0.33 0.24 0.49 0.26 0.16 0.18 0.76 0.29 0.35
O2' 0.23 0.38 0.20 0.36 0.49 0.27 0.43 0.19 0.32 0.31 0.45 0.55 0.36 0.32 0.49 0.28 0.19 0.31 0.48 0.09
O3' 0.76 0.43 0.92 0.68 0.23 0.82 0.31 0.91 0.52 0.57 0.27 0.24 0.47 1.01 0.48 0.78 0.92 0.90 0.56 1.04
O4' 0.39 0.19 0.54 0.24 0.19 0.30 0.20 0.34 0.29 0.27 0.17 0.28 0.21 0.83 0.20 0.33 0.40 0.54 0.07 0.50
O5' 1.12 0.81 1.26 1.01 0.54 1.02 0.62 0.98 0.83 0.92 0.63 0.39 0.86 1.50 0.77 1.05 1.03 0.74 0.63 0.95
OP1 1.00 0.70 1.10 1.00 0.43 0.99 0.49 0.94 0.67 0.78 0.53 0.31 0.78 1.28 0.78 0.96 0.94 0.50 0.77 0.85
OP2 1.72 1.39 1.83 1.64 0.97 1.56 0.99 1.37 1.24 1.46 1.16 0.76 1.53 2.20 1.51 1.60 1.31 0.88 0.83 1.11
P 1.27 0.96 1.41 1.21 0.64 1.16 0.68 1.04 0.89 1.04 0.77 0.47 1.07 1.69 1.01 1.17 1.04 0.62 0.67 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.19 0.00 0.09 0.37 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.07 0.12 0.48 0.32 0.10
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.13 0.09 0.02 0.07 0.04 0.15 0.00 0.02 0.01 0.28 0.43 0.20 0.31
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.19 0.12 0.16 0.22 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.08 0.03 0.21 0.54 0.55 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.08 0.08 0.17 0.02 0.00 0.01 0.13 0.11 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.22 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.13 0.06 0.24 0.54 0.57 0.19
C5' 0.05 0.07 0.13 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.12 0.06 0.07 0.12 0.10 0.06 0.12 0.01 0.01 0.09 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.09 0.08 0.20 0.50 0.40 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.01 0.12 0.46 0.27 0.09
N3 0.02 0.00 0.07 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.06 0.17 0.52 0.45 0.13
N4 0.02 0.01 0.04 0.22 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.10 0.04 0.24 0.55 0.64 0.20
O2 0.03 0.00 0.15 0.08 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.24 0.13 0.10 0.46 0.25 0.09
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.21 0.17 0.25 0.06 0.22 0.13 0.16 0.23 0.14 0.00 0.05 0.12 0.22 0.37 0.19 0.28
O3' 0.19 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.13 0.12 0.09 0.07 0.08 0.10 0.24 0.05 0.00 0.14 0.12 0.24 0.14 0.14
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.13 0.12 0.14 0.00 0.08 0.28 0.09 0.09
O5' 0.09 0.12 0.28 0.06 0.21 0.01 0.24 0.01 0.20 0.12 0.17 0.24 0.10 0.22 0.12 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.37 0.48 0.43 0.13 0.54 0.13 0.54 0.09 0.50 0.46 0.52 0.55 0.46 0.37 0.24 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.32 0.20 0.09 0.55 0.11 0.57 0.21 0.40 0.27 0.45 0.64 0.25 0.19 0.14 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.31 0.06 0.17 0.03 0.19 0.01 0.14 0.09 0.13 0.20 0.09 0.28 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00