ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52110

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 9, 15, 12, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.020, 0.064, 0.107, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.064 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.033, 0.078, 0.123, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.078 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.047, 0.107, 0.168, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.107 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.038, 0.104, 0.170, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.104 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.046, 0.116, 0.185, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.116 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.076, 0.175, 0.275, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.175 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.072, 0.180, 0.288, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.180 std_dev=0.108
O5' A 0, 0.086, 0.204, 0.322, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.204 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.145, 0.270, 0.394, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.270 std_dev=0.125
C1' B 0, 0.152, 0.284, 0.417, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.284 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.156, 0.291, 0.425, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.126, 0.262, 0.398, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.262 std_dev=0.136
P A 0, 0.147, 0.294, 0.441, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.294 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.101, 0.252, 0.403, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.252 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.138, 0.291, 0.444, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.291 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.177, 0.347, 0.517, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.347 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.096, 0.266, 0.436, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.266 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.124, 0.298, 0.471, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.298 std_dev=0.174
OP1 A 0, 0.185, 0.359, 0.533, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.359 std_dev=0.174
O2 B 0, 0.158, 0.332, 0.507, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.332 std_dev=0.174
O4' B 0, 0.177, 0.352, 0.526, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.352 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.103, 0.283, 0.463, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.283 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.177, 0.358, 0.539, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.358 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.158, 0.346, 0.533, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.346 std_dev=0.187
C4' B 0, 0.196, 0.387, 0.577, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.387 std_dev=0.190
C5' B 0, 0.235, 0.445, 0.656, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.445 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.109, 0.323, 0.537, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.323 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.269, 0.504, 0.738, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.504 std_dev=0.234
O5' B 0, 0.265, 0.500, 0.735, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.500 std_dev=0.235
P B 0, 0.275, 0.517, 0.758, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.517 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.294, 0.547, 0.801, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.547 std_dev=0.254

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.11 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.12 0.15 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.12 0.15 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.11 0.12 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.12 0.14 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.13 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.02 0.06 0.12 0.11 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.11 0.04 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.05 0.14 0.08 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.07 0.12 0.05 0.11 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.06 0.06 0.15 0.01 0.15 0.02 0.12 0.10 0.14 0.16 0.11 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.05 0.06 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.05 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.12 0.06 0.06 0.13 0.06 0.09 0.05 0.07 0.07 0.14 0.16 0.14 0.09 0.09 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06
C2 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.15 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.10
C2' 0.07 0.13 0.07 0.07 0.15 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.16 0.19 0.14 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07
C3' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.16 0.06 0.11 0.05 0.07 0.07 0.15 0.20 0.12 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08 0.05
C4 0.12 0.11 0.11 0.12 0.09 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.11 0.10 0.15 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11
C4' 0.06 0.11 0.07 0.07 0.15 0.06 0.12 0.06 0.08 0.08 0.14 0.19 0.12 0.10 0.09 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06
C5 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.15 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09
C5' 0.07 0.12 0.07 0.08 0.16 0.07 0.14 0.08 0.10 0.09 0.15 0.19 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.10 0.08
C6 0.08 0.12 0.08 0.08 0.12 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.13 0.13 0.14 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07
N1 0.07 0.12 0.07 0.07 0.11 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.13 0.13 0.14 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07
N3 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.15 0.13 0.15 0.12 0.12 0.11 0.16 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.12
N4 0.14 0.12 0.14 0.15 0.11 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13 0.12 0.11 0.16 0.13 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13
O2 0.11 0.14 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.15 0.14 0.16 0.10 0.11 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12
O2' 0.08 0.14 0.07 0.07 0.16 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.17 0.20 0.15 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08
O3' 0.06 0.11 0.06 0.06 0.16 0.05 0.11 0.05 0.07 0.07 0.15 0.21 0.11 0.10 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.05
O4' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.14 0.06 0.10 0.06 0.07 0.08 0.14 0.17 0.13 0.10 0.10 0.06 0.06 0.10 0.09 0.06
O5' 0.08 0.13 0.08 0.09 0.17 0.09 0.17 0.10 0.13 0.11 0.15 0.20 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09
OP1 0.09 0.11 0.11 0.13 0.17 0.11 0.16 0.13 0.12 0.10 0.14 0.19 0.10 0.16 0.14 0.10 0.10 0.14 0.11 0.11
OP2 0.16 0.19 0.15 0.13 0.22 0.14 0.23 0.16 0.21 0.19 0.21 0.23 0.18 0.17 0.13 0.16 0.14 0.16 0.17 0.15
P 0.10 0.13 0.09 0.10 0.18 0.09 0.18 0.11 0.15 0.12 0.16 0.20 0.12 0.14 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.12 0.13 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.11 0.12 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.10 0.11 0.08
C5' 0.02 0.08 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.07 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.09 0.11 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.13 0.13 0.10
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.12 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.11 0.16 0.17 0.14
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.06 0.04
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.10 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.11 0.07
O5' 0.02 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.07 0.04 0.11 0.03 0.10 0.04 0.09 0.08 0.13 0.12 0.16 0.08 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.06 0.07 0.12 0.07 0.11 0.03 0.11 0.10 0.13 0.12 0.17 0.06 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.04 0.04 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.06 0.10 0.09 0.14 0.04 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00