ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52111

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 1, 3, 2, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.013, 0.050, 0.086, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.050 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.035, 0.085, 0.134, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.085 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.037, 0.185, 0.332, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.185 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.078, 0.249, 0.420, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.249 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.248, 0.438, 0.627, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.438 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.307, 0.535, 0.764, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.535 std_dev=0.229
O2' A 0, 0.150, 0.382, 0.613, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.382 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.304, 0.537, 0.770, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.537 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.111, 0.351, 0.592, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.351 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.294, 0.545, 0.796, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.545 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.242, 0.496, 0.749, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.496 std_dev=0.253
N4 B 0, 0.222, 0.477, 0.732, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.477 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.308, 0.571, 0.834, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.571 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.082, 0.389, 0.695, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.389 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.236, 0.578, 0.920, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.578 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.290, 0.638, 0.986, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.638 std_dev=0.348
C5' A 0, 0.212, 0.594, 0.977, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.594 std_dev=0.382
O2 B 0, 0.357, 0.745, 1.132, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.745 std_dev=0.387
O4' B 0, 0.266, 0.747, 1.228, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.747 std_dev=0.481
C3' B 0, 0.173, 0.656, 1.139, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.656 std_dev=0.483
O3' A 0, 0.125, 0.621, 1.116, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.621 std_dev=0.495
C4' B 0, 0.211, 0.841, 1.470, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.841 std_dev=0.629
OP2 B 0, 0.425, 1.068, 1.710, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.068 std_dev=0.643
O2' B 0, 0.142, 0.801, 1.459, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.801 std_dev=0.659
O3' B 0, 0.040, 0.775, 1.509, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.775 std_dev=0.734
O5' A 0, 0.287, 1.039, 1.790, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.039 std_dev=0.752
P B 0, 0.486, 1.273, 2.060, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.273 std_dev=0.787
C5' B 0, 0.213, 1.061, 1.909, 3.019 max_d=3.019 avg_d=1.061 std_dev=0.848
P A 0, 0.312, 1.231, 2.151, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.231 std_dev=0.919
OP1 A 0, 0.555, 1.482, 2.410, 3.955 max_d=3.955 avg_d=1.482 std_dev=0.928
O5' B 0, 0.298, 1.261, 2.224, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.261 std_dev=0.963
OP2 A 0, 0.328, 1.300, 2.272, 3.640 max_d=3.640 avg_d=1.300 std_dev=0.972
OP1 B 0, 0.506, 1.709, 2.913, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.709 std_dev=1.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.19 0.23 0.19 0.14
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.03 0.34 0.31 0.38 0.30
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.08 0.17 0.00 0.02 0.01 0.26 0.30 0.24 0.22
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.18 0.11 0.17 0.21 0.17 0.02 0.01 0.03 0.30 0.35 0.20 0.24
C4 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.22 0.04 0.47 0.45 0.58 0.49
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.14 0.07 0.09 0.02 0.00 0.03 0.18 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.16 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.05 0.49 0.48 0.57 0.50
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.28 0.01 0.33 0.00 0.28 0.15 0.20 0.32 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.23 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.20 0.05 0.44 0.38 0.43 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.33 0.29 0.33 0.28
N3 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.03 0.41 0.38 0.50 0.40
N4 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.14 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.25 0.04 0.50 0.51 0.66 0.55
O2 0.04 0.01 0.17 0.17 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.20 0.05 0.28 0.27 0.32 0.24
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.09 0.02 0.09 0.03 0.04 0.13 0.08 0.21 0.00 0.05 0.07 0.06 0.20 0.19 0.06
O3' 0.03 0.15 0.02 0.01 0.22 0.02 0.23 0.03 0.20 0.10 0.19 0.25 0.20 0.05 0.00 0.02 0.18 0.27 0.20 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.00 0.12 0.19 0.18 0.06
O5' 0.19 0.34 0.26 0.30 0.47 0.03 0.49 0.01 0.44 0.33 0.41 0.50 0.28 0.06 0.18 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.31 0.30 0.35 0.45 0.18 0.48 0.23 0.38 0.29 0.38 0.51 0.27 0.20 0.27 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.38 0.24 0.20 0.58 0.27 0.57 0.39 0.43 0.33 0.50 0.66 0.32 0.19 0.20 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.22 0.24 0.49 0.03 0.50 0.02 0.39 0.28 0.40 0.55 0.24 0.06 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.28 0.37 0.43 0.22 0.42 0.22 0.65 0.24 0.26 0.28 0.25 0.33 0.47 0.53 0.31 0.58 1.47 0.52 0.68
C2 0.29 0.30 0.36 0.36 0.13 0.30 0.16 0.48 0.20 0.25 0.25 0.13 0.37 0.54 0.45 0.25 0.37 1.34 0.59 0.51
C2' 0.28 0.27 0.35 0.44 0.25 0.42 0.28 0.66 0.29 0.27 0.28 0.27 0.30 0.43 0.51 0.31 0.59 1.58 0.48 0.73
C3' 0.36 0.24 0.38 0.58 0.23 0.61 0.34 0.86 0.38 0.32 0.22 0.23 0.24 0.39 0.67 0.47 0.83 1.75 0.33 0.94
C4 0.27 0.21 0.36 0.38 0.14 0.32 0.20 0.44 0.18 0.20 0.12 0.23 0.30 0.52 0.47 0.26 0.32 1.14 0.56 0.42
C4' 0.35 0.23 0.39 0.57 0.20 0.64 0.28 0.91 0.34 0.29 0.21 0.23 0.24 0.41 0.69 0.49 0.89 1.66 0.32 0.96
C5 0.27 0.18 0.37 0.45 0.16 0.42 0.22 0.59 0.19 0.19 0.12 0.26 0.25 0.47 0.56 0.31 0.48 1.19 0.52 0.52
C5' 0.48 0.30 0.48 0.69 0.23 0.81 0.33 1.08 0.42 0.39 0.24 0.24 0.30 0.50 0.81 0.65 1.08 1.64 0.33 1.08
C6 0.27 0.21 0.37 0.45 0.17 0.44 0.19 0.65 0.20 0.21 0.18 0.27 0.26 0.46 0.57 0.32 0.57 1.32 0.51 0.61
N1 0.28 0.27 0.37 0.42 0.17 0.39 0.18 0.60 0.22 0.25 0.25 0.22 0.32 0.49 0.52 0.29 0.51 1.39 0.55 0.60
N3 0.29 0.27 0.36 0.34 0.10 0.27 0.16 0.40 0.17 0.24 0.18 0.18 0.36 0.56 0.42 0.24 0.28 1.22 0.60 0.42
N4 0.26 0.18 0.35 0.36 0.20 0.28 0.23 0.35 0.18 0.17 0.15 0.27 0.30 0.55 0.44 0.24 0.23 0.98 0.55 0.33
O2 0.29 0.33 0.35 0.33 0.17 0.26 0.17 0.44 0.20 0.27 0.30 0.11 0.41 0.56 0.41 0.24 0.34 1.37 0.62 0.50
O2' 0.29 0.35 0.37 0.40 0.32 0.38 0.29 0.64 0.29 0.29 0.38 0.35 0.41 0.48 0.47 0.28 0.59 1.61 0.47 0.75
O3' 0.47 0.30 0.45 0.67 0.29 0.73 0.45 0.98 0.50 0.42 0.25 0.24 0.27 0.42 0.75 0.59 1.00 1.95 0.35 1.15
O4' 0.33 0.27 0.41 0.50 0.22 0.53 0.23 0.76 0.28 0.29 0.27 0.25 0.31 0.48 0.62 0.41 0.71 1.48 0.48 0.78
O5' 0.63 0.71 0.64 0.36 0.75 0.32 0.71 0.35 0.67 0.67 0.74 0.78 0.71 0.64 0.33 0.55 0.31 0.89 0.89 0.37
OP1 0.60 0.65 0.59 0.33 0.70 0.33 0.68 0.36 0.64 0.63 0.68 0.75 0.64 0.55 0.27 0.56 0.36 0.58 0.91 0.33
OP2 0.74 0.77 0.72 0.45 0.78 0.45 0.80 0.39 0.79 0.77 0.77 0.78 0.76 0.65 0.32 0.71 0.34 0.53 1.07 0.36
P 0.65 0.69 0.64 0.35 0.72 0.34 0.71 0.32 0.69 0.68 0.71 0.74 0.69 0.60 0.23 0.60 0.28 0.61 0.96 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.92 0.60 0.33
C2 0.01 0.00 0.12 0.20 0.01 0.08 0.02 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.18 0.04 0.09 1.17 0.60 0.35
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.12 0.09 0.17 0.01 0.03 0.01 0.08 0.64 0.46 0.14
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.25 0.01 0.24 0.02 0.21 0.16 0.24 0.28 0.19 0.02 0.01 0.02 0.19 0.46 0.38 0.09
C4 0.02 0.01 0.08 0.25 0.00 0.18 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.26 0.05 0.23 1.31 0.58 0.35
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.18 0.10 0.13 0.20 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.48 0.34 0.12
C5 0.03 0.02 0.04 0.24 0.00 0.21 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.26 0.06 0.27 1.31 0.58 0.37
C5' 0.04 0.21 0.02 0.02 0.38 0.01 0.41 0.00 0.34 0.21 0.29 0.42 0.12 0.11 0.07 0.01 0.01 0.29 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.21 0.01 0.18 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.21 0.06 0.22 1.25 0.58 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.02 0.11 1.14 0.59 0.35
N3 0.01 0.00 0.12 0.24 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.23 0.05 0.15 1.26 0.59 0.35
N4 0.02 0.01 0.09 0.28 0.00 0.20 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.30 0.06 0.27 1.32 0.58 0.35
O2 0.03 0.01 0.17 0.19 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.27 0.21 0.05 0.09 1.09 0.61 0.35
O2' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.16 0.11 0.08 0.11 0.06 0.09 0.21 0.17 0.27 0.00 0.09 0.12 0.14 0.67 0.42 0.25
O3' 0.03 0.18 0.03 0.01 0.26 0.03 0.26 0.07 0.21 0.12 0.23 0.30 0.21 0.09 0.00 0.03 0.31 0.42 0.33 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.12 0.03 0.00 0.18 0.89 0.62 0.40
O5' 0.09 0.09 0.08 0.19 0.23 0.01 0.27 0.01 0.22 0.11 0.15 0.27 0.09 0.14 0.31 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.92 1.17 0.64 0.46 1.31 0.48 1.31 0.29 1.25 1.14 1.26 1.32 1.09 0.67 0.42 0.89 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.60 0.60 0.46 0.38 0.58 0.34 0.58 0.27 0.58 0.59 0.59 0.58 0.61 0.42 0.33 0.62 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.33 0.35 0.14 0.09 0.35 0.12 0.37 0.02 0.36 0.35 0.35 0.35 0.35 0.25 0.27 0.40 0.01 0.01 0.02 0.00