ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52112

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.031, 0.093, 0.155, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.093 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.043, 0.106, 0.168, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.106 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.060, 0.183, 0.306, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.183 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.058, 0.208, 0.359, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.208 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.049, 0.214, 0.379, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.214 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.104, 0.338, 0.571, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.338 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.194, 0.432, 0.671, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.432 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.137, 0.399, 0.660, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.399 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.218, 0.505, 0.791, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.505 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.041, 0.336, 0.631, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.336 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.075, 0.375, 0.675, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.375 std_dev=0.300
N3 B 0, 0.199, 0.505, 0.810, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.505 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.205, 0.512, 0.819, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.512 std_dev=0.307
C5' A 0, 0.099, 0.416, 0.733, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.416 std_dev=0.317
P A 0, 0.248, 0.621, 0.993, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.621 std_dev=0.373
O2 B 0, 0.270, 0.647, 1.025, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.647 std_dev=0.378
N4 B 0, 0.007, 0.410, 0.813, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.410 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.322, 0.741, 1.160, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.741 std_dev=0.419
P B 0, 0.261, 0.692, 1.123, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.692 std_dev=0.431
O4' B 0, 0.216, 0.652, 1.088, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.652 std_dev=0.436
OP2 A 0, 0.164, 0.622, 1.079, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.622 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.284, 0.752, 1.221, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.752 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.079, 0.573, 1.067, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.573 std_dev=0.494
O3' B 0, 0.279, 0.776, 1.273, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.776 std_dev=0.497
OP1 A 0, 0.266, 0.767, 1.268, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.767 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.326, 0.854, 1.381, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.854 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.289, 0.852, 1.414, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.852 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.247, 0.835, 1.423, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.835 std_dev=0.588
C5' B 0, 0.193, 1.055, 1.917, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.055 std_dev=0.862
OP2 B 0, 0.225, 1.275, 2.326, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.275 std_dev=1.050
OP1 B 0, 0.005, 1.217, 2.429, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.217 std_dev=1.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.10 0.39 0.12
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.29 0.19 0.42 0.22
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.24 0.20 0.26 0.12
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.30 0.26 0.21 0.15
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.42 0.29 0.43 0.29
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.37 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.45 0.30 0.41 0.30
C5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.18 0.12 0.15 0.21 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.41 0.24 0.39 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.30 0.18 0.40 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.36 0.24 0.43 0.26
N4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.44 0.33 0.43 0.32
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.22 0.15 0.42 0.19
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.00 0.04 0.05 0.06 0.11 0.33 0.09
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.10 0.03 0.11 0.03 0.09 0.05 0.09 0.12 0.07 0.04 0.00 0.02 0.20 0.28 0.19 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.45 0.14
O5' 0.14 0.29 0.24 0.30 0.42 0.02 0.45 0.01 0.41 0.30 0.36 0.44 0.22 0.06 0.20 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.19 0.20 0.26 0.29 0.11 0.30 0.15 0.24 0.18 0.24 0.33 0.15 0.11 0.28 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.42 0.26 0.21 0.43 0.37 0.41 0.38 0.39 0.40 0.43 0.43 0.42 0.33 0.19 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.22 0.12 0.15 0.29 0.06 0.30 0.01 0.25 0.20 0.26 0.32 0.19 0.09 0.13 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.27 0.15 0.19 0.29 0.38 0.15 0.55 0.09 0.17 0.33 0.37 0.31 0.30 0.18 0.39 0.19 0.57 0.25 0.05
C2 0.18 0.27 0.17 0.20 0.21 0.31 0.09 0.42 0.15 0.17 0.32 0.28 0.33 0.23 0.18 0.31 0.28 0.96 0.14 0.23
C2' 0.12 0.23 0.22 0.18 0.33 0.27 0.23 0.39 0.11 0.14 0.31 0.41 0.23 0.37 0.18 0.33 0.25 0.57 0.04 0.13
C3' 0.16 0.27 0.17 0.15 0.34 0.37 0.29 0.54 0.20 0.21 0.33 0.39 0.27 0.35 0.16 0.44 0.13 0.41 0.29 0.01
C4 0.24 0.33 0.25 0.27 0.19 0.32 0.22 0.41 0.23 0.23 0.34 0.19 0.41 0.23 0.25 0.30 0.31 1.10 0.27 0.24
C4' 0.30 0.35 0.18 0.28 0.34 0.58 0.27 0.82 0.23 0.29 0.37 0.37 0.38 0.29 0.24 0.57 0.07 0.18 0.66 0.15
C5 0.26 0.36 0.27 0.30 0.20 0.37 0.18 0.49 0.20 0.25 0.35 0.21 0.44 0.23 0.25 0.34 0.30 0.99 0.44 0.18
C5' 0.47 0.49 0.33 0.47 0.42 0.77 0.36 1.02 0.37 0.45 0.47 0.42 0.53 0.27 0.36 0.71 0.20 0.14 1.05 0.26
C6 0.22 0.33 0.21 0.26 0.23 0.39 0.14 0.55 0.15 0.22 0.34 0.26 0.39 0.23 0.20 0.38 0.26 0.86 0.46 0.13
N1 0.18 0.29 0.16 0.21 0.25 0.36 0.09 0.51 0.12 0.18 0.33 0.31 0.34 0.25 0.18 0.36 0.24 0.84 0.26 0.14
N3 0.21 0.29 0.21 0.23 0.17 0.30 0.19 0.39 0.21 0.20 0.32 0.18 0.36 0.22 0.21 0.29 0.31 1.08 0.17 0.27
N4 0.26 0.33 0.29 0.29 0.25 0.31 0.28 0.38 0.26 0.26 0.33 0.25 0.43 0.28 0.29 0.28 0.33 1.16 0.27 0.27
O2 0.16 0.24 0.16 0.18 0.22 0.29 0.07 0.39 0.13 0.15 0.31 0.32 0.30 0.24 0.17 0.30 0.27 0.89 0.19 0.26
O2' 0.13 0.23 0.23 0.18 0.35 0.27 0.26 0.37 0.16 0.16 0.32 0.44 0.23 0.36 0.19 0.32 0.22 0.29 0.25 0.13
O3' 0.14 0.26 0.21 0.15 0.36 0.31 0.34 0.43 0.24 0.21 0.32 0.40 0.24 0.36 0.15 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.26 0.32 0.20 0.29 0.29 0.52 0.18 0.75 0.15 0.24 0.35 0.34 0.38 0.30 0.24 0.50 0.08 0.38 0.56 0.08
O5' 0.46 0.58 0.52 0.24 0.62 0.18 0.60 0.49 0.57 0.55 0.62 0.63 0.56 0.83 0.40 0.20 0.42 0.20 1.30 0.57
OP1 0.30 0.40 0.30 0.24 0.37 0.30 0.34 0.49 0.32 0.33 0.40 0.38 0.45 0.53 0.36 0.25 0.32 0.37 1.67 0.70
OP2 0.22 0.38 0.25 0.35 0.36 0.45 0.28 0.71 0.25 0.28 0.42 0.39 0.43 0.33 0.30 0.34 0.14 0.48 1.01 0.15
P 0.26 0.40 0.24 0.19 0.39 0.30 0.34 0.57 0.31 0.32 0.42 0.41 0.43 0.56 0.32 0.21 0.29 0.08 1.39 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.28 0.85 0.37 0.13
C2 0.02 0.00 0.13 0.09 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.16 0.08 0.40 1.11 0.24 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.04 0.14 0.01 0.10 0.03 0.24 0.00 0.02 0.01 0.52 0.35 1.00 0.37
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.06 0.04 0.16 0.01 0.01 0.01 0.36 0.12 1.08 0.41
C4 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.48 1.22 0.27 0.37
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.37 0.08
C5 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.49 1.21 0.28 0.38
C5' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.13 0.17 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00
C6 0.01 0.00 0.14 0.10 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.02 0.11 0.47 1.17 0.20 0.32
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.39 1.07 0.23 0.25
N3 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.15 0.06 0.44 1.19 0.23 0.32
N4 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.49 1.21 0.33 0.40
O2 0.03 0.00 0.24 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.25 0.14 0.34 1.04 0.31 0.22
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.04 0.15 0.03 0.19 0.05 0.41 0.00 0.02 0.01 0.55 0.32 1.22 0.47
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.15 0.08 0.25 0.02 0.00 0.06 0.18 0.19 1.03 0.33
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.06 0.03 0.14 0.01 0.06 0.00 0.05 0.94 0.06 0.40
O5' 0.28 0.40 0.52 0.36 0.48 0.01 0.49 0.01 0.47 0.39 0.44 0.49 0.34 0.55 0.18 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.85 1.11 0.35 0.12 1.22 0.36 1.21 0.06 1.17 1.07 1.19 1.21 1.04 0.32 0.19 0.94 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.24 1.00 1.08 0.27 0.37 0.28 0.27 0.20 0.23 0.23 0.33 0.31 1.22 1.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.27 0.37 0.41 0.37 0.08 0.38 0.00 0.32 0.25 0.32 0.40 0.22 0.47 0.33 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00