ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52113

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C6 B 0, 0.096, 0.155, 0.214, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.155 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.086, 0.149, 0.213, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.149 std_dev=0.063
C5 B 0, 0.101, 0.165, 0.229, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.165 std_dev=0.064
C4 B 0, 0.095, 0.162, 0.230, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.162 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.068, 0.138, 0.207, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.138 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.066, 0.135, 0.205, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.135 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.108, 0.179, 0.251, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.179 std_dev=0.071
N4 B 0, 0.105, 0.179, 0.254, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.179 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.069, 0.159, 0.248, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.159 std_dev=0.089
C5' B 0, 0.105, 0.198, 0.290, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.198 std_dev=0.093
N1 B 0, 0.079, 0.173, 0.267, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.173 std_dev=0.094
C4' B 0, 0.107, 0.202, 0.296, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.202 std_dev=0.095
P B 0, 0.116, 0.212, 0.308, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.212 std_dev=0.096
N3 B 0, 0.091, 0.187, 0.283, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.187 std_dev=0.096
C3' B 0, 0.110, 0.208, 0.305, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.208 std_dev=0.097
O5' B 0, 0.100, 0.198, 0.295, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.198 std_dev=0.097
O4' B 0, 0.111, 0.208, 0.306, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.208 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.133, 0.238, 0.343, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.238 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.113, 0.221, 0.328, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.221 std_dev=0.107
C2 B 0, 0.098, 0.206, 0.315, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.206 std_dev=0.109
O3' B 0, 0.130, 0.242, 0.353, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.242 std_dev=0.111
C2' B 0, 0.124, 0.238, 0.352, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.238 std_dev=0.114
OP2 B 0, 0.168, 0.283, 0.399, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.283 std_dev=0.116
OP2 A 0, 0.160, 0.284, 0.408, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.284 std_dev=0.124
C5' A 0, 0.078, 0.208, 0.338, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.208 std_dev=0.130
O2' B 0, 0.142, 0.287, 0.433, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.287 std_dev=0.145
O2 B 0, 0.115, 0.261, 0.407, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.261 std_dev=0.146
O5' A 0, 0.134, 0.291, 0.447, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.291 std_dev=0.156
OP1 B 0, 0.199, 0.356, 0.514, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.356 std_dev=0.157
P A 0, 0.165, 0.334, 0.504, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.334 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.195, 0.422, 0.648, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.422 std_dev=0.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.11 0.07 0.07
C2 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.09 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.05
C2' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.12 0.08 0.08
C3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.13 0.07 0.07
C4 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04 0.03 0.05 0.11 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04
C4' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.14 0.07 0.08
C5 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.13 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06
C5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.16 0.08 0.10
C6 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.12 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.11 0.06 0.06
N1 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.05 0.10 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.10 0.06 0.06
N3 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.10 0.05 0.08 0.04 0.07 0.02 0.07 0.04 0.04
N4 0.06 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.06 0.05 0.06 0.11 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.04
O2 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.03 0.08 0.06 0.05
O2' 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.14 0.11 0.11
O3' 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.10 0.05 0.12 0.07 0.07
O4' 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.13 0.06 0.07
O5' 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.14 0.06 0.08
OP1 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.15 0.07 0.09
OP2 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.14 0.06 0.08
P 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.14 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.12 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.13 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.12 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.09 0.12 0.09
N4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.14 0.15 0.12
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.06 0.09 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.02 0.03 0.12 0.02 0.13 0.03 0.10 0.06 0.09 0.14 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.06 0.04 0.14 0.04 0.14 0.02 0.12 0.10 0.12 0.15 0.09 0.07 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.12 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00