ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.006, 0.039, 0.071, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.009, 0.052, 0.096, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.052 std_dev=0.044
C2 B 0, 0.115, 0.361, 0.607, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.361 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.147, 0.418, 0.689, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.418 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.079, 0.371, 0.662, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.371 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.147, 0.488, 0.829, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.488 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.037, 0.383, 0.730, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.383 std_dev=0.346
O2 B 0, 0.197, 0.554, 0.910, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.554 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.247, 0.610, 0.974, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.610 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.182, 0.585, 0.988, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.585 std_dev=0.403
O4' B 0, 0.169, 0.579, 0.989, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.579 std_dev=0.410
O4' A 0, -0.101, 0.335, 0.770, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.335 std_dev=0.436
C2' A 0, -0.119, 0.329, 0.776, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.329 std_dev=0.447
O5' B 0, 0.175, 0.640, 1.104, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.640 std_dev=0.465
C3' B 0, 0.136, 0.604, 1.072, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.604 std_dev=0.468
N4 B 0, -0.003, 0.470, 0.943, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.470 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.108, 0.584, 1.061, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.584 std_dev=0.476
C4' B 0, 0.147, 0.669, 1.191, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.669 std_dev=0.522
P B 0, 0.077, 0.622, 1.167, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.622 std_dev=0.545
OP2 B 0, 0.041, 0.594, 1.148, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.594 std_dev=0.554
O2' B 0, 0.136, 0.738, 1.339, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.738 std_dev=0.602
C5' B 0, 0.117, 0.743, 1.368, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.743 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.117, 0.758, 1.400, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.758 std_dev=0.641
C3' A 0, -0.249, 0.409, 1.066, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.409 std_dev=0.657
O2' A 0, -0.131, 0.575, 1.281, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.575 std_dev=0.706
C4' A 0, -0.246, 0.464, 1.175, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.464 std_dev=0.711
OP1 B 0, -0.038, 0.808, 1.655, 3.088 max_d=3.088 avg_d=0.808 std_dev=0.847
O3' A 0, -0.384, 0.492, 1.368, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.492 std_dev=0.876
C5' A 0, -0.251, 0.732, 1.716, 3.611 max_d=3.611 avg_d=0.732 std_dev=0.983
O5' A 0, -0.258, 0.939, 2.136, 4.446 max_d=4.446 avg_d=0.939 std_dev=1.197
OP1 A 0, -0.080, 1.198, 2.477, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.198 std_dev=1.278
P A 0, -0.260, 1.223, 2.706, 5.625 max_d=5.625 avg_d=1.223 std_dev=1.483
OP2 A 0, -0.401, 1.581, 3.562, 7.523 max_d=7.523 avg_d=1.581 std_dev=1.981

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.00 0.18 0.18 0.27 0.17
C2 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.22 0.17 0.30 0.35 0.42 0.35
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.15 0.13 0.03 0.15 0.08 0.27 0.00 0.04 0.02 0.11 0.36 0.18 0.08
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.35 0.00 0.38 0.02 0.33 0.20 0.26 0.38 0.09 0.02 0.00 0.02 0.11 0.17 0.26 0.08
C4 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.18 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.24 0.04 0.61 0.49 0.99 0.74
C4' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.31 0.10 0.07 0.20 0.21 0.21 0.04 0.01 0.01 0.10 0.15 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.38 0.00 0.30 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.28 0.15 0.81 0.59 1.24 0.93
C5' 0.04 0.16 0.15 0.02 0.33 0.01 0.47 0.00 0.43 0.19 0.21 0.37 0.24 0.10 0.16 0.01 0.01 0.13 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01 0.31 0.00 0.43 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.22 0.19 0.76 0.50 1.03 0.80
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02 0.41 0.32 0.56 0.44
N3 0.01 0.00 0.15 0.26 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.21 0.13 0.40 0.41 0.64 0.50
N4 0.01 0.01 0.08 0.38 0.00 0.20 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.28 0.04 0.65 0.54 1.12 0.82
O2 0.02 0.00 0.27 0.09 0.01 0.21 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.35 0.33 0.31 0.27 0.40 0.22 0.25
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.25 0.21 0.40 0.10 0.40 0.16 0.13 0.27 0.35 0.00 0.05 0.17 0.21 0.24 0.37 0.18
O3' 0.27 0.22 0.04 0.00 0.24 0.04 0.28 0.16 0.22 0.17 0.21 0.28 0.33 0.05 0.00 0.16 0.12 0.20 0.39 0.26
O4' 0.00 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.13 0.04 0.31 0.17 0.16 0.00 0.11 0.12 0.11 0.10
O5' 0.18 0.30 0.11 0.11 0.61 0.01 0.81 0.01 0.76 0.41 0.40 0.65 0.27 0.21 0.12 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.35 0.36 0.17 0.49 0.10 0.59 0.13 0.50 0.32 0.41 0.54 0.40 0.24 0.20 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.42 0.18 0.26 0.99 0.15 1.24 0.08 1.03 0.56 0.64 1.12 0.22 0.37 0.39 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.35 0.08 0.08 0.74 0.06 0.93 0.01 0.80 0.44 0.50 0.82 0.25 0.18 0.26 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.17 0.27 0.23 0.18 0.19 0.19 0.27 0.25 0.15 0.23 0.26 0.22 0.55 0.39 0.19 0.31 0.37 0.30 0.46
C2 0.14 0.16 0.14 0.30 0.06 0.16 0.30 0.22 0.30 0.12 0.20 0.12 0.27 0.41 0.40 0.14 0.27 0.34 0.17 0.36
C2' 0.32 0.17 0.38 0.47 0.11 0.42 0.23 0.47 0.31 0.25 0.13 0.18 0.21 0.52 0.62 0.36 0.47 0.47 0.43 0.52
C3' 0.79 0.56 0.91 0.49 0.39 0.65 0.55 0.71 0.74 0.70 0.42 0.25 0.57 1.07 0.25 0.71 0.75 0.60 0.45 0.83
C4 0.08 0.16 0.16 0.39 0.15 0.20 0.34 0.15 0.27 0.07 0.16 0.20 0.32 0.26 0.41 0.09 0.18 0.22 0.16 0.22
C4' 0.80 0.46 0.95 0.58 0.26 0.70 0.47 0.76 0.68 0.64 0.30 0.13 0.49 1.18 0.32 0.72 0.80 0.70 0.83 0.99
C5 0.08 0.17 0.13 0.40 0.13 0.23 0.26 0.18 0.24 0.07 0.18 0.16 0.28 0.33 0.43 0.11 0.16 0.18 0.15 0.18
C5' 1.08 0.73 1.25 0.89 0.47 0.93 0.63 0.91 0.87 0.90 0.55 0.29 0.78 1.49 0.56 0.97 0.93 0.64 1.07 1.04
C6 0.12 0.16 0.14 0.34 0.13 0.21 0.21 0.19 0.24 0.10 0.20 0.18 0.23 0.47 0.42 0.13 0.20 0.22 0.16 0.25
N1 0.15 0.16 0.18 0.29 0.11 0.18 0.22 0.22 0.26 0.12 0.21 0.18 0.24 0.48 0.41 0.15 0.26 0.30 0.19 0.35
N3 0.10 0.17 0.13 0.34 0.11 0.16 0.35 0.18 0.30 0.10 0.17 0.15 0.31 0.31 0.40 0.11 0.23 0.30 0.16 0.29
N4 0.10 0.16 0.26 0.41 0.25 0.22 0.36 0.15 0.25 0.07 0.14 0.33 0.36 0.19 0.41 0.10 0.16 0.20 0.18 0.18
O2 0.16 0.16 0.17 0.27 0.09 0.16 0.30 0.26 0.31 0.14 0.21 0.14 0.26 0.43 0.38 0.17 0.32 0.42 0.19 0.42
O2' 0.78 0.74 0.68 0.89 0.70 0.90 0.75 0.92 0.79 0.77 0.72 0.67 0.73 0.67 0.96 0.89 0.93 0.82 1.00 0.91
O3' 0.96 0.62 1.08 0.78 0.36 1.00 0.51 1.14 0.77 0.78 0.43 0.24 0.66 1.18 0.54 0.98 1.14 1.15 0.75 1.30
O4' 0.43 0.17 0.56 0.24 0.11 0.31 0.28 0.38 0.42 0.32 0.14 0.20 0.19 0.86 0.25 0.35 0.44 0.44 0.48 0.66
O5' 1.33 1.01 1.47 1.06 0.73 1.08 0.87 1.00 1.12 1.16 0.82 0.53 1.06 1.82 0.78 1.17 1.01 0.67 1.06 1.06
OP1 1.25 0.93 1.38 1.11 0.61 1.05 0.68 0.92 0.91 1.03 0.74 0.45 1.03 1.71 0.82 1.11 0.87 0.55 1.23 0.98
OP2 2.00 1.68 2.06 1.65 1.27 1.61 1.33 1.39 1.59 1.77 1.44 1.03 1.80 2.60 1.45 1.77 1.32 0.83 1.27 1.25
P 1.53 1.22 1.67 1.28 0.88 1.22 0.96 1.06 1.21 1.33 1.01 0.68 1.31 2.10 1.02 1.33 1.03 0.60 1.15 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.00 0.11 0.11 0.12 0.08
C2 0.01 0.00 0.15 0.15 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.11 0.09 0.13 0.33 0.08
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.14 0.12 0.01 0.13 0.05 0.23 0.00 0.02 0.01 0.28 0.27 0.45 0.35
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.23 0.00 0.24 0.01 0.22 0.13 0.20 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.28 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.23 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.02 0.08 0.12 0.63 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.03 0.02 0.06 0.09 0.18 0.02 0.00 0.02 0.05 0.17 0.03
C5 0.01 0.00 0.08 0.24 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.16 0.07 0.09 0.11 0.64 0.19
C5' 0.06 0.09 0.14 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05 0.13 0.04 0.14 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02
C6 0.01 0.00 0.12 0.22 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.14 0.10 0.07 0.09 0.43 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.08 0.10 0.27 0.07
N3 0.01 0.00 0.13 0.20 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.50 0.13
N4 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.03 0.09 0.13 0.74 0.21
O2 0.02 0.00 0.23 0.14 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.28 0.17 0.12 0.15 0.23 0.08
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.17 0.18 0.25 0.04 0.24 0.11 0.11 0.19 0.20 0.00 0.03 0.12 0.22 0.20 0.55 0.34
O3' 0.21 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.16 0.14 0.14 0.06 0.09 0.12 0.28 0.03 0.00 0.16 0.18 0.28 0.17 0.10
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.08 0.03 0.17 0.12 0.16 0.00 0.02 0.02 0.15 0.11
O5' 0.11 0.09 0.28 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.22 0.18 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.13 0.27 0.07 0.12 0.05 0.11 0.06 0.09 0.10 0.12 0.13 0.15 0.20 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.33 0.45 0.28 0.63 0.17 0.64 0.16 0.43 0.27 0.50 0.74 0.23 0.55 0.17 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.35 0.08 0.17 0.03 0.19 0.02 0.12 0.07 0.13 0.21 0.08 0.34 0.10 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00