ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52116

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 B 0, 0.158, 0.394, 0.629, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.394 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.095, 0.354, 0.612, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.354 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.106, 0.383, 0.660, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.383 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.206, 0.487, 0.767, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.487 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.100, 0.409, 0.718, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.409 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.240, 0.568, 0.896, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.568 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.197, 0.531, 0.865, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.531 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.065, 0.418, 0.771, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.418 std_dev=0.353
O2 B 0, 0.027, 0.439, 0.851, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.439 std_dev=0.412
N4 B 0, 0.311, 0.755, 1.199, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.755 std_dev=0.444
O4' A 0, -0.199, 0.345, 0.888, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.345 std_dev=0.543
C2' A 0, -0.212, 0.369, 0.951, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.369 std_dev=0.581
O2' B 0, -0.091, 0.559, 1.210, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.559 std_dev=0.650
C3' A 0, -0.272, 0.518, 1.309, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.518 std_dev=0.790
C4' A 0, -0.316, 0.519, 1.354, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.519 std_dev=0.835
O4' B 0, -0.082, 0.763, 1.607, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.763 std_dev=0.845
C3' B 0, -0.099, 0.766, 1.631, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.766 std_dev=0.865
O2' A 0, -0.353, 0.547, 1.447, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.547 std_dev=0.900
O3' A 0, -0.295, 0.678, 1.652, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.678 std_dev=0.973
C4' B 0, -0.184, 0.923, 2.030, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.923 std_dev=1.107
C5' A 0, -0.410, 0.778, 1.966, 3.272 max_d=3.272 avg_d=0.778 std_dev=1.188
O3' B 0, -0.304, 0.984, 2.273, 3.636 max_d=3.636 avg_d=0.984 std_dev=1.289
C5' B 0, -0.292, 1.153, 2.597, 4.138 max_d=4.138 avg_d=1.153 std_dev=1.444
O5' A 0, -0.771, 1.219, 3.208, 5.429 max_d=5.429 avg_d=1.219 std_dev=1.990
O5' B 0, -0.579, 1.564, 3.708, 6.017 max_d=6.017 avg_d=1.564 std_dev=2.144
P A 0, -0.998, 1.742, 4.482, 7.501 max_d=7.501 avg_d=1.742 std_dev=2.740
P B 0, -0.906, 2.029, 4.965, 8.146 max_d=8.146 avg_d=2.029 std_dev=2.935
OP1 A 0, -0.951, 1.990, 4.931, 8.152 max_d=8.152 avg_d=1.990 std_dev=2.941
OP1 B 0, -0.824, 2.250, 5.324, 8.587 max_d=8.587 avg_d=2.250 std_dev=3.074
OP2 B 0, -1.181, 2.210, 5.601, 9.338 max_d=9.338 avg_d=2.210 std_dev=3.391
OP2 A 0, -1.314, 2.104, 5.522, 9.306 max_d=9.306 avg_d=2.104 std_dev=3.418

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.00 0.18 0.17 0.32 0.17
C2 0.01 0.00 0.21 0.23 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.15 0.24 0.24 0.52 0.29
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.17 0.18 0.02 0.16 0.04 0.35 0.00 0.01 0.01 0.18 0.25 0.31 0.17
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.34 0.01 0.32 0.01 0.27 0.20 0.30 0.36 0.17 0.01 0.01 0.03 0.35 0.52 0.42 0.35
C4 0.00 0.00 0.03 0.34 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.13 0.01 0.58 0.41 1.12 0.68
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.20 0.07 0.03 0.12 0.12 0.28 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.03
C5 0.00 0.00 0.13 0.32 0.00 0.19 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.44 0.19 0.12 0.77 0.49 1.37 0.87
C5' 0.06 0.08 0.17 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.05 0.09 0.17 0.10 0.20 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.18 0.27 0.00 0.20 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.12 0.17 0.72 0.41 1.15 0.74
N1 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.01 0.39 0.26 0.66 0.40
N3 0.01 0.00 0.16 0.30 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.03 0.12 0.36 0.30 0.75 0.44
N4 0.00 0.00 0.04 0.36 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.18 0.02 0.61 0.46 1.25 0.76
O2 0.01 0.00 0.35 0.17 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.23 0.26 0.04 0.18 0.19 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.30 0.28 0.44 0.10 0.42 0.17 0.12 0.32 0.26 0.00 0.02 0.19 0.32 0.36 0.39 0.29
O3' 0.27 0.09 0.01 0.01 0.13 0.01 0.19 0.20 0.12 0.06 0.03 0.18 0.23 0.02 0.00 0.17 0.40 0.93 0.46 0.52
O4' 0.00 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.12 0.02 0.26 0.19 0.17 0.00 0.06 0.10 0.13 0.05
O5' 0.18 0.24 0.18 0.35 0.58 0.01 0.77 0.01 0.72 0.39 0.36 0.61 0.04 0.32 0.40 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.24 0.25 0.52 0.41 0.13 0.49 0.11 0.41 0.26 0.30 0.46 0.18 0.36 0.93 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.52 0.31 0.42 1.12 0.01 1.37 0.04 1.15 0.66 0.75 1.25 0.19 0.39 0.46 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.29 0.17 0.35 0.68 0.03 0.87 0.01 0.74 0.40 0.44 0.76 0.09 0.29 0.52 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.19 0.06 0.73 0.19 0.60 0.19 0.84 0.18 0.17 0.20 0.20 0.20 0.76 0.72 0.24 1.82 2.03 2.59 2.21
C2 0.26 0.20 0.04 0.52 0.18 0.27 0.20 0.44 0.21 0.21 0.17 0.25 0.24 0.66 0.35 0.07 1.37 1.37 1.79 1.57
C2' 0.07 0.26 0.17 1.02 0.45 0.89 0.34 1.15 0.15 0.13 0.40 0.60 0.24 0.49 1.10 0.46 2.16 2.39 2.95 2.58
C3' 0.64 0.77 0.60 0.30 0.90 0.22 0.93 0.48 0.83 0.75 0.83 0.91 0.73 1.20 0.51 0.22 1.45 1.87 2.43 1.98
C4 0.34 0.11 0.09 0.35 0.20 0.10 0.18 0.19 0.23 0.22 0.15 0.32 0.18 0.55 0.13 0.26 0.93 0.85 1.03 0.98
C4' 0.59 0.56 0.55 0.30 0.62 0.22 0.74 0.43 0.74 0.63 0.55 0.59 0.50 1.23 0.51 0.21 1.34 1.74 2.28 1.83
C5 0.27 0.10 0.11 0.51 0.12 0.28 0.13 0.40 0.22 0.17 0.14 0.20 0.15 0.66 0.33 0.11 1.14 1.12 1.30 1.22
C5' 0.70 0.60 0.68 0.17 0.67 0.14 0.85 0.29 0.87 0.72 0.57 0.62 0.51 1.33 0.47 0.32 1.08 1.52 1.96 1.54
C6 0.19 0.13 0.08 0.66 0.10 0.48 0.15 0.65 0.20 0.16 0.13 0.13 0.16 0.74 0.58 0.15 1.50 1.55 1.88 1.68
N1 0.20 0.17 0.05 0.64 0.14 0.45 0.18 0.64 0.20 0.18 0.16 0.16 0.20 0.73 0.55 0.11 1.58 1.65 2.10 1.83
N3 0.32 0.19 0.06 0.39 0.21 0.11 0.21 0.23 0.23 0.24 0.16 0.34 0.25 0.57 0.16 0.23 1.07 1.00 1.29 1.17
N4 0.40 0.08 0.12 0.17 0.26 0.22 0.19 0.19 0.22 0.23 0.23 0.40 0.15 0.39 0.26 0.47 0.57 0.46 0.49 0.53
O2 0.25 0.24 0.03 0.53 0.21 0.28 0.21 0.46 0.20 0.22 0.21 0.27 0.28 0.65 0.36 0.07 1.43 1.45 1.94 1.68
O2' 0.68 0.42 0.69 1.54 0.27 1.52 0.45 1.80 0.61 0.57 0.29 0.19 0.42 0.06 1.53 1.15 2.85 3.05 3.81 3.35
O3' 0.65 0.72 0.69 0.16 0.81 0.10 0.85 0.29 0.78 0.72 0.75 0.81 0.68 1.24 0.37 0.28 1.27 1.63 2.39 1.85
O4' 0.44 0.33 0.35 0.41 0.31 0.31 0.44 0.53 0.49 0.42 0.28 0.25 0.30 1.10 0.50 0.11 1.45 1.74 2.27 1.86
O5' 1.60 1.34 1.58 0.83 1.31 0.91 1.57 0.75 1.72 1.56 1.23 1.14 1.25 2.19 0.45 1.26 0.10 0.52 0.93 0.51
OP1 1.66 1.48 1.64 0.96 1.59 1.11 1.85 1.15 1.92 1.69 1.44 1.49 1.33 1.94 0.30 1.43 0.56 0.21 0.19 0.22
OP2 2.72 2.17 2.82 2.23 1.90 2.25 2.20 2.09 2.54 2.49 1.91 1.60 2.13 3.37 1.79 2.46 1.44 0.85 0.51 0.96
P 1.96 1.62 2.02 1.33 1.55 1.38 1.82 1.27 2.02 1.88 1.48 1.36 1.53 2.52 0.82 1.67 0.60 0.10 0.32 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.29 0.12 0.15 0.20
C2 0.01 0.00 0.19 0.15 0.00 0.17 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.17 0.28 0.34 0.11 0.13 0.18
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.20 0.15 0.03 0.16 0.05 0.30 0.00 0.03 0.01 0.13 0.07 0.09 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.32 0.00 0.36 0.01 0.33 0.19 0.23 0.34 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.25 0.06 0.14
C4 0.01 0.00 0.05 0.32 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.10 0.04 0.81 0.41 0.81 0.81
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.30 0.05 0.11 0.08 0.36 0.25 0.03 0.00 0.00 0.08 0.45 0.10
C5 0.01 0.00 0.10 0.36 0.00 0.26 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.19 0.18 1.12 0.78 1.30 1.22
C5' 0.09 0.32 0.20 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.28 0.08 0.27 0.11 0.52 0.06 0.19 0.01 0.00 0.11 0.34 0.01
C6 0.00 0.00 0.15 0.33 0.00 0.30 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.47 0.12 0.26 1.07 0.73 1.06 1.09
N1 0.00 0.00 0.03 0.19 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.09 0.01 0.58 0.27 0.31 0.49
N3 0.01 0.00 0.16 0.23 0.00 0.11 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.22 0.49 0.12 0.23 0.37
N4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.14 0.05 0.86 0.45 0.95 0.89
O2 0.01 0.00 0.30 0.04 0.00 0.36 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.36 0.34 0.49 0.14 0.40 0.64 0.30
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.24 0.25 0.45 0.06 0.47 0.16 0.06 0.26 0.36 0.00 0.02 0.17 0.21 0.20 0.07 0.16
O3' 0.30 0.17 0.03 0.00 0.10 0.03 0.19 0.19 0.12 0.09 0.07 0.14 0.34 0.02 0.00 0.24 0.20 0.50 0.12 0.19
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.26 0.01 0.22 0.05 0.49 0.17 0.24 0.00 0.25 0.15 0.36 0.14
O5' 0.29 0.34 0.13 0.17 0.81 0.00 1.12 0.00 1.07 0.58 0.49 0.86 0.14 0.21 0.20 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.11 0.07 0.25 0.41 0.08 0.78 0.11 0.73 0.27 0.12 0.45 0.40 0.20 0.50 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.13 0.09 0.06 0.81 0.45 1.30 0.34 1.06 0.31 0.23 0.95 0.64 0.07 0.12 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.18 0.07 0.14 0.81 0.10 1.22 0.01 1.09 0.49 0.37 0.89 0.30 0.16 0.19 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00