ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 1, 3, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.011, 0.047, 0.082, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.047 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.022, 0.068, 0.114, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.068 std_dev=0.046
N3 B 0, 0.206, 0.496, 0.786, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.496 std_dev=0.290
N4 B 0, 0.264, 0.567, 0.870, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.567 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.232, 0.536, 0.839, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.536 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.197, 0.505, 0.813, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.505 std_dev=0.308
O2 B 0, 0.177, 0.501, 0.825, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.501 std_dev=0.324
N1 B 0, 0.233, 0.568, 0.902, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.568 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.281, 0.627, 0.972, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.627 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.240, 0.603, 0.966, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.603 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.270, 0.633, 0.997, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.633 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.266, 0.631, 0.995, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.631 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.169, 0.562, 0.954, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.562 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.260, 0.662, 1.064, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.662 std_dev=0.402
O2' B 0, 0.320, 0.745, 1.170, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.745 std_dev=0.425
O3' B 0, 0.179, 0.604, 1.030, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.604 std_dev=0.425
O4' A 0, -0.120, 0.316, 0.752, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.316 std_dev=0.436
C4' B 0, 0.192, 0.629, 1.066, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.629 std_dev=0.437
C5' B 0, 0.109, 0.592, 1.074, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.592 std_dev=0.483
C2' A 0, -0.123, 0.390, 0.903, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.390 std_dev=0.513
C4' A 0, -0.139, 0.468, 1.076, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.468 std_dev=0.608
O2' A 0, -0.044, 0.582, 1.209, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.582 std_dev=0.627
C3' A 0, -0.121, 0.592, 1.304, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.592 std_dev=0.713
O5' B 0, 0.118, 1.013, 1.908, 3.298 max_d=3.298 avg_d=1.013 std_dev=0.895
O3' A 0, -0.154, 0.778, 1.710, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.778 std_dev=0.932
C5' A 0, -0.335, 0.811, 1.958, 3.161 max_d=3.161 avg_d=0.811 std_dev=1.146
P B 0, -0.174, 0.999, 2.173, 4.228 max_d=4.228 avg_d=0.999 std_dev=1.173
OP1 B 0, -0.134, 1.045, 2.224, 4.213 max_d=4.213 avg_d=1.045 std_dev=1.179
O5' A 0, -0.309, 1.050, 2.408, 3.770 max_d=3.770 avg_d=1.050 std_dev=1.359
OP2 B 0, -0.578, 1.113, 2.804, 6.134 max_d=6.134 avg_d=1.113 std_dev=1.691
P A 0, -0.540, 1.409, 3.359, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.409 std_dev=1.949
OP2 A 0, -0.573, 1.507, 3.587, 5.443 max_d=5.443 avg_d=1.507 std_dev=2.080
OP1 A 0, -0.756, 1.880, 4.517, 6.913 max_d=6.913 avg_d=1.880 std_dev=2.637

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.23 0.33 0.11
C2 0.04 0.00 0.18 0.22 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.22 0.06 0.10 0.23 0.56 0.14
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.02 0.20 0.01 0.13 0.04 0.34 0.01 0.02 0.01 0.04 0.18 0.13 0.05
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.14 0.07 0.21 0.12 0.31 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.03
C4 0.03 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.03 0.08 0.21 0.93 0.39
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.15 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.16 0.10 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.12 0.06 0.16 0.37 1.03 0.53
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.18 0.11 0.14 0.19 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.20 0.14 0.02 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.16 0.09 0.16 0.30 0.89 0.47
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.04 0.11 0.61 0.23
N3 0.03 0.01 0.13 0.21 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.22 0.04 0.08 0.15 0.74 0.23
N4 0.03 0.03 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.11 0.14 0.03 0.09 0.26 1.02 0.43
O2 0.06 0.01 0.34 0.31 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.24 0.34 0.12 0.20 0.45 0.36 0.12
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.06 0.18 0.06 0.17 0.06 0.08 0.11 0.24 0.00 0.04 0.07 0.09 0.26 0.09 0.07
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.16 0.06 0.22 0.14 0.34 0.04 0.00 0.02 0.05 0.16 0.28 0.12
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.04 0.03 0.12 0.07 0.02 0.00 0.07 0.19 0.33 0.12
O5' 0.06 0.10 0.04 0.03 0.08 0.02 0.16 0.01 0.16 0.04 0.08 0.09 0.20 0.09 0.05 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.23 0.18 0.10 0.21 0.15 0.37 0.08 0.30 0.11 0.15 0.26 0.45 0.26 0.16 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.56 0.13 0.04 0.93 0.05 1.03 0.04 0.89 0.61 0.74 1.02 0.36 0.09 0.28 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.05 0.03 0.39 0.03 0.53 0.02 0.47 0.23 0.23 0.43 0.12 0.07 0.12 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.19 0.14 0.11 0.18 0.23 0.16 0.26 0.18 0.15 0.17 0.18 0.19 0.13 0.26 0.77 0.19 1.14 0.72
C2 0.17 0.12 0.16 0.13 0.13 0.17 0.33 0.15 0.30 0.16 0.12 0.15 0.18 0.18 0.11 0.23 0.73 0.16 0.87 0.60
C2' 0.26 0.23 0.24 0.25 0.28 0.34 0.21 0.38 0.29 0.22 0.33 0.45 0.27 0.24 0.23 0.38 0.94 0.19 1.15 0.84
C3' 0.32 0.54 0.34 0.26 0.65 0.22 0.48 0.22 0.36 0.41 0.65 0.78 0.55 0.32 0.24 0.24 0.72 0.20 1.06 0.69
C4 0.17 0.05 0.13 0.16 0.20 0.22 0.36 0.24 0.36 0.18 0.09 0.20 0.12 0.14 0.13 0.27 0.72 0.23 0.82 0.61
C4' 0.33 0.43 0.35 0.31 0.45 0.29 0.37 0.30 0.32 0.37 0.47 0.50 0.46 0.34 0.30 0.28 0.60 0.49 1.08 0.64
C5 0.18 0.04 0.13 0.14 0.16 0.23 0.32 0.26 0.33 0.16 0.09 0.18 0.10 0.14 0.09 0.30 0.81 0.32 1.10 0.78
C5' 0.62 0.68 0.60 0.58 0.68 0.62 0.65 0.66 0.63 0.65 0.69 0.68 0.69 0.59 0.55 0.61 0.64 0.85 1.05 0.74
C6 0.17 0.05 0.15 0.13 0.11 0.20 0.26 0.21 0.28 0.14 0.09 0.17 0.12 0.16 0.11 0.28 0.83 0.27 1.25 0.82
N1 0.17 0.11 0.16 0.12 0.09 0.17 0.26 0.16 0.27 0.15 0.12 0.16 0.17 0.18 0.11 0.25 0.78 0.18 1.09 0.71
N3 0.16 0.07 0.14 0.14 0.19 0.18 0.37 0.18 0.33 0.16 0.08 0.20 0.16 0.16 0.13 0.23 0.69 0.15 0.75 0.54
N4 0.20 0.11 0.15 0.25 0.23 0.28 0.36 0.31 0.36 0.21 0.14 0.23 0.13 0.12 0.22 0.29 0.66 0.29 0.67 0.55
O2 0.18 0.16 0.18 0.13 0.15 0.16 0.31 0.13 0.27 0.17 0.17 0.16 0.22 0.20 0.12 0.22 0.70 0.19 0.80 0.55
O2' 0.45 0.24 0.35 0.36 0.22 0.49 0.44 0.50 0.51 0.40 0.18 0.19 0.20 0.36 0.30 0.58 1.02 0.21 1.15 0.87
O3' 0.38 0.60 0.38 0.30 0.74 0.28 0.58 0.30 0.44 0.47 0.72 0.89 0.61 0.36 0.28 0.29 0.72 0.22 0.96 0.66
O4' 0.19 0.24 0.23 0.20 0.22 0.17 0.15 0.19 0.16 0.20 0.26 0.26 0.28 0.23 0.22 0.17 0.59 0.38 1.12 0.63
O5' 0.52 0.50 0.49 0.52 0.47 0.60 0.48 0.70 0.49 0.50 0.48 0.45 0.51 0.49 0.51 0.55 0.61 0.97 1.03 0.74
OP1 0.94 0.70 0.91 1.04 0.55 1.23 0.67 1.42 0.82 0.82 0.57 0.41 0.72 0.96 1.08 1.10 1.13 1.79 1.06 1.28
OP2 1.49 1.35 1.54 1.61 1.15 1.67 1.20 1.74 1.33 1.39 1.23 1.00 1.40 1.58 1.66 1.53 1.44 1.88 1.20 1.42
P 0.96 0.83 0.96 1.03 0.71 1.14 0.77 1.27 0.86 0.89 0.75 0.61 0.86 0.98 1.06 1.04 1.00 1.51 1.04 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.13 0.27 0.46 0.18
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.26 0.40 0.42 0.22
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.20 0.12 0.20 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.08 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.32 0.56 0.40 0.27
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.14 0.28 0.09
C5 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.33 0.57 0.36 0.25
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.14 0.08 0.12 0.18 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.15 0.12 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.29 0.48 0.33 0.20
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.24 0.38 0.39 0.19
N3 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.30 0.48 0.42 0.25
N4 0.03 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.08 0.04 0.35 0.61 0.43 0.30
O2 0.07 0.01 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.13 0.07 0.07 0.24 0.34 0.45 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.13 0.00 0.04 0.03 0.06 0.13 0.32 0.08
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.08 0.07 0.04 0.00 0.02 0.23 0.33 0.18 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.13 0.32 0.56 0.26
O5' 0.13 0.26 0.20 0.26 0.32 0.02 0.33 0.01 0.29 0.24 0.30 0.35 0.24 0.06 0.23 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.27 0.40 0.12 0.16 0.56 0.14 0.57 0.15 0.48 0.38 0.48 0.61 0.34 0.13 0.33 0.32 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.42 0.20 0.08 0.40 0.28 0.36 0.12 0.33 0.39 0.42 0.43 0.45 0.32 0.18 0.56 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.22 0.09 0.17 0.27 0.09 0.25 0.01 0.20 0.19 0.25 0.30 0.21 0.08 0.24 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00