ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.005, 0.036, 0.068, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.036 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.006, 0.050, 0.093, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.050 std_dev=0.043
C2 B 0, 0.111, 0.326, 0.542, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.326 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.089, 0.309, 0.528, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.309 std_dev=0.220
C4 B 0, 0.118, 0.355, 0.592, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.355 std_dev=0.237
O4' A 0, -0.055, 0.193, 0.440, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.193 std_dev=0.247
C2' A 0, -0.057, 0.203, 0.463, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.203 std_dev=0.260
N4 B 0, 0.118, 0.378, 0.638, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.378 std_dev=0.260
O2 B 0, 0.071, 0.336, 0.602, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.336 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.087, 0.401, 0.715, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.401 std_dev=0.314
O2' A 0, -0.011, 0.311, 0.633, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.311 std_dev=0.322
C4' A 0, 0.009, 0.340, 0.671, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.340 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.105, 0.454, 0.802, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.454 std_dev=0.349
C3' A 0, -0.003, 0.354, 0.711, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.354 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.092, 0.483, 0.873, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.483 std_dev=0.390
C2' B 0, 0.122, 0.529, 0.937, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.529 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.077, 0.493, 0.910, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.493 std_dev=0.417
O3' A 0, 0.122, 0.555, 0.987, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.555 std_dev=0.432
C3' B 0, 0.141, 0.581, 1.020, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.581 std_dev=0.439
O4' B 0, 0.135, 0.623, 1.111, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.623 std_dev=0.488
O2' B 0, 0.146, 0.643, 1.139, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.643 std_dev=0.497
O3' B 0, 0.170, 0.678, 1.186, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.678 std_dev=0.508
C4' B 0, 0.160, 0.687, 1.215, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.687 std_dev=0.527
O5' B 0, 0.138, 0.703, 1.267, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.703 std_dev=0.565
C5' B 0, 0.184, 0.805, 1.425, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.805 std_dev=0.620
C5' A 0, -0.069, 0.560, 1.189, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.560 std_dev=0.629
O5' A 0, 0.033, 0.778, 1.523, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.778 std_dev=0.745
P B 0, 0.244, 1.184, 2.125, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.184 std_dev=0.941
P A 0, -0.116, 0.956, 2.028, 3.848 max_d=3.848 avg_d=0.956 std_dev=1.072
OP2 A 0, -0.216, 0.988, 2.192, 4.281 max_d=4.281 avg_d=0.988 std_dev=1.204
OP1 B 0, 0.323, 1.594, 2.865, 4.550 max_d=4.550 avg_d=1.594 std_dev=1.271
OP1 A 0, -0.228, 1.225, 2.678, 5.108 max_d=5.108 avg_d=1.225 std_dev=1.453
OP2 B 0, 0.811, 2.639, 4.468, 6.224 max_d=6.224 avg_d=2.639 std_dev=1.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.17 0.06
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.07 0.10 0.15 0.33 0.08
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.09 0.05 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.02
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.10 0.06 0.13 0.11 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.04 0.22 0.31 0.67 0.36
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.05 0.12 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.09 0.31 0.44 0.75 0.47
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.23 0.01 0.28 0.00 0.24 0.11 0.15 0.26 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.10 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.10 0.26 0.33 0.59 0.38
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.10 0.36 0.15
N3 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.13 0.17 0.49 0.20
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.05 0.27 0.40 0.78 0.44
O2 0.03 0.00 0.21 0.16 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.20 0.13 0.18 0.32 0.17 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.10 0.05 0.12 0.05 0.11 0.04 0.11 0.12 0.21 0.00 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.12 0.02 0.12 0.01 0.11 0.06 0.15 0.13 0.20 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.25 0.08
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.04 0.05 0.13 0.06 0.01 0.00 0.05 0.09 0.18 0.07
O5' 0.04 0.10 0.03 0.01 0.22 0.02 0.31 0.01 0.26 0.09 0.13 0.27 0.18 0.08 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.15 0.08 0.09 0.31 0.08 0.44 0.10 0.33 0.10 0.17 0.40 0.32 0.09 0.10 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.33 0.05 0.09 0.67 0.07 0.75 0.06 0.59 0.36 0.49 0.78 0.17 0.08 0.25 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.02 0.03 0.36 0.03 0.47 0.01 0.38 0.15 0.20 0.44 0.12 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.20 0.16 0.19 0.17 0.29 0.07 0.46 0.11 0.11 0.25 0.25 0.25 0.17 0.15 0.25 0.61 0.69 1.76 0.77
C2 0.04 0.19 0.09 0.14 0.11 0.23 0.18 0.42 0.16 0.04 0.25 0.16 0.28 0.12 0.13 0.16 0.54 0.61 1.53 0.65
C2' 0.21 0.22 0.19 0.26 0.26 0.40 0.14 0.58 0.19 0.16 0.31 0.42 0.26 0.20 0.22 0.35 0.78 0.67 1.80 0.90
C3' 0.24 0.45 0.26 0.19 0.55 0.23 0.38 0.38 0.26 0.31 0.55 0.69 0.46 0.24 0.13 0.21 0.55 0.71 1.71 0.74
C4 0.07 0.21 0.10 0.15 0.14 0.23 0.28 0.41 0.26 0.09 0.24 0.14 0.31 0.13 0.14 0.16 0.50 0.58 1.33 0.60
C4' 0.29 0.44 0.32 0.25 0.48 0.21 0.36 0.27 0.29 0.35 0.50 0.55 0.46 0.30 0.20 0.23 0.35 0.77 1.65 0.57
C5 0.09 0.24 0.15 0.15 0.22 0.25 0.24 0.44 0.20 0.10 0.29 0.25 0.31 0.16 0.14 0.18 0.55 0.63 1.52 0.69
C5' 0.50 0.62 0.50 0.43 0.65 0.35 0.59 0.29 0.53 0.55 0.65 0.68 0.62 0.47 0.38 0.42 0.18 0.83 1.50 0.36
C6 0.11 0.24 0.17 0.18 0.23 0.27 0.14 0.45 0.10 0.10 0.30 0.30 0.30 0.17 0.15 0.20 0.59 0.68 1.71 0.76
N1 0.09 0.21 0.14 0.17 0.17 0.27 0.09 0.44 0.10 0.07 0.27 0.25 0.28 0.15 0.14 0.20 0.58 0.65 1.67 0.73
N3 0.05 0.19 0.07 0.14 0.10 0.22 0.25 0.40 0.23 0.07 0.22 0.10 0.29 0.11 0.14 0.15 0.50 0.59 1.37 0.59
N4 0.13 0.18 0.12 0.20 0.13 0.25 0.32 0.40 0.33 0.15 0.17 0.09 0.30 0.13 0.19 0.20 0.45 0.57 1.10 0.52
O2 0.05 0.18 0.08 0.14 0.10 0.22 0.18 0.41 0.16 0.06 0.23 0.15 0.27 0.11 0.13 0.16 0.53 0.61 1.52 0.64
O2' 0.33 0.20 0.26 0.33 0.19 0.48 0.29 0.62 0.34 0.28 0.20 0.22 0.20 0.27 0.28 0.47 0.84 0.69 1.81 0.93
O3' 0.22 0.45 0.24 0.15 0.57 0.20 0.41 0.34 0.28 0.32 0.57 0.72 0.46 0.22 0.10 0.17 0.54 0.69 1.61 0.72
O4' 0.22 0.33 0.26 0.23 0.31 0.24 0.18 0.34 0.16 0.23 0.36 0.36 0.36 0.26 0.19 0.22 0.44 0.76 1.72 0.63
O5' 0.51 0.57 0.53 0.49 0.55 0.42 0.52 0.36 0.51 0.53 0.57 0.55 0.58 0.51 0.47 0.45 0.23 0.84 1.42 0.25
OP1 0.85 0.77 0.85 0.86 0.69 0.85 0.75 0.83 0.81 0.81 0.71 0.60 0.78 0.86 0.86 0.86 0.74 1.08 1.08 0.49
OP2 1.11 1.09 1.18 1.17 0.98 1.07 0.99 1.00 1.04 1.09 1.04 0.90 1.12 1.17 1.19 1.05 0.81 0.93 1.11 0.38
P 0.79 0.79 0.82 0.81 0.73 0.75 0.74 0.69 0.77 0.79 0.76 0.68 0.81 0.82 0.81 0.76 0.55 0.92 1.19 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.82 0.59 0.32
C2 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.16 0.94 0.71 0.37
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.62 0.42 0.21
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.06 0.41 0.37 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.22 0.95 0.95 0.38
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.41 0.30 0.15
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.24 0.93 1.01 0.37
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.09 0.13 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.23 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.22 0.90 0.88 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.90 0.72 0.35
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.19 0.96 0.82 0.37
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.24 0.96 1.02 0.39
O2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.03 0.13 0.94 0.64 0.37
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.05 0.10 0.00 0.04 0.03 0.07 0.63 0.40 0.23
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.10 0.02 0.07 0.06 0.13 0.04 0.00 0.02 0.16 0.20 0.34 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.14 0.76 0.59 0.33
O5' 0.11 0.16 0.02 0.06 0.22 0.01 0.24 0.01 0.22 0.17 0.19 0.24 0.13 0.07 0.16 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.82 0.94 0.62 0.41 0.95 0.41 0.93 0.23 0.90 0.90 0.96 0.96 0.94 0.63 0.20 0.76 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 0.71 0.42 0.37 0.95 0.30 1.01 0.38 0.88 0.72 0.82 1.02 0.64 0.40 0.34 0.59 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.37 0.21 0.10 0.38 0.15 0.37 0.01 0.35 0.35 0.37 0.39 0.37 0.23 0.09 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00