ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.036, 0.067, 0.097, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.067 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.049, 0.083, 0.118, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.083 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.001, 0.177, 0.355, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.177 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.041, 0.267, 0.493, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.267 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.052, 0.298, 0.545, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.298 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.282, 0.565, 0.847, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.565 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.249, 0.550, 0.851, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.550 std_dev=0.301
O2' A 0, 0.049, 0.358, 0.668, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.358 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.213, 0.526, 0.840, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.526 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.167, 0.497, 0.827, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.497 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.246, 0.578, 0.910, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.578 std_dev=0.332
C3' A 0, 0.055, 0.395, 0.735, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.395 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.019, 0.387, 0.755, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.387 std_dev=0.368
P A 0, 0.339, 0.712, 1.086, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.712 std_dev=0.373
O5' A 0, 0.179, 0.556, 0.934, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.556 std_dev=0.378
OP2 A 0, 0.442, 0.835, 1.227, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.835 std_dev=0.393
OP1 A 0, 0.365, 0.771, 1.178, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.771 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.449, 0.858, 1.266, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.858 std_dev=0.408
O2 B 0, 0.411, 0.831, 1.250, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.831 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.349, 0.798, 1.247, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.798 std_dev=0.449
N4 B 0, 0.171, 0.629, 1.088, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.629 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.044, 0.513, 0.982, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.513 std_dev=0.469
C1' B 0, 0.282, 0.779, 1.275, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.779 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.359, 0.867, 1.374, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.867 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.520, 1.030, 1.540, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.030 std_dev=0.510
C5' B 0, 0.514, 1.037, 1.559, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.037 std_dev=0.523
C3' B 0, 0.409, 0.938, 1.468, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.938 std_dev=0.530
O3' A 0, 0.106, 0.657, 1.208, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.657 std_dev=0.551
P B 0, 0.222, 0.785, 1.348, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.785 std_dev=0.563
C4' B 0, 0.445, 1.011, 1.578, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.011 std_dev=0.566
O4' B 0, 0.464, 1.035, 1.606, 1.803 max_d=1.803 avg_d=1.035 std_dev=0.571
O3' B 0, 0.519, 1.130, 1.740, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.130 std_dev=0.610
OP2 B 0, 0.365, 1.064, 1.763, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.064 std_dev=0.699

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.08 0.15 0.13
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.12 0.13 0.22 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.07 0.10 0.16 0.00 0.03 0.01 0.11 0.13 0.18 0.11
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.18 0.03 0.17 0.06 0.07 0.14 0.14 0.03 0.01 0.01 0.15 0.21 0.22 0.17
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02 0.16 0.20 0.28 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.04 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.21 0.03 0.17 0.21 0.28 0.20
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.07 0.12 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.11 0.17 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.20 0.03 0.16 0.16 0.23 0.17
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.12 0.12 0.20 0.15
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.14 0.16 0.26 0.17
N4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.02 0.16 0.22 0.30 0.20
O2 0.02 0.00 0.16 0.14 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.19 0.04 0.12 0.11 0.21 0.15
O2' 0.02 0.08 0.00 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.03 0.07 0.08 0.16 0.00 0.08 0.04 0.09 0.12 0.15 0.08
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.15 0.02 0.21 0.04 0.20 0.07 0.10 0.18 0.19 0.08 0.00 0.02 0.19 0.36 0.31 0.27
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.11 0.16 0.16 0.19
O5' 0.09 0.12 0.11 0.15 0.16 0.03 0.17 0.01 0.16 0.12 0.14 0.16 0.12 0.09 0.19 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.13 0.13 0.21 0.20 0.01 0.21 0.05 0.16 0.12 0.16 0.22 0.11 0.12 0.36 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.22 0.18 0.22 0.28 0.05 0.28 0.02 0.23 0.20 0.26 0.30 0.21 0.15 0.31 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.16 0.11 0.17 0.19 0.03 0.20 0.01 0.17 0.15 0.17 0.20 0.15 0.08 0.27 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.27 0.37 0.13 0.25 0.11 0.27 0.13 0.24 0.17 0.29 0.28 0.34 0.63 0.15 0.19 0.15 0.33 0.07 0.06
C2 0.10 0.23 0.25 0.11 0.21 0.11 0.24 0.12 0.22 0.11 0.28 0.26 0.30 0.51 0.12 0.15 0.18 0.35 0.08 0.05
C2' 0.13 0.22 0.35 0.08 0.30 0.07 0.31 0.08 0.24 0.16 0.28 0.36 0.23 0.54 0.08 0.18 0.12 0.34 0.08 0.11
C3' 0.21 0.29 0.42 0.13 0.35 0.10 0.35 0.14 0.31 0.25 0.33 0.38 0.30 0.58 0.10 0.19 0.14 0.17 0.11 0.01
C4 0.24 0.21 0.28 0.32 0.08 0.33 0.30 0.31 0.37 0.22 0.25 0.12 0.32 0.41 0.23 0.31 0.31 0.40 0.26 0.23
C4' 0.28 0.35 0.48 0.25 0.33 0.23 0.33 0.27 0.31 0.29 0.36 0.34 0.41 0.70 0.23 0.25 0.20 0.12 0.23 0.08
C5 0.24 0.23 0.29 0.37 0.08 0.39 0.28 0.38 0.39 0.20 0.27 0.13 0.37 0.44 0.26 0.37 0.36 0.45 0.35 0.31
C5' 0.38 0.40 0.54 0.37 0.34 0.37 0.35 0.42 0.36 0.35 0.38 0.34 0.46 0.77 0.34 0.34 0.27 0.08 0.37 0.15
C6 0.10 0.24 0.21 0.23 0.12 0.27 0.24 0.29 0.30 0.08 0.27 0.17 0.37 0.53 0.16 0.27 0.29 0.44 0.29 0.27
N1 0.10 0.25 0.27 0.12 0.20 0.14 0.25 0.15 0.25 0.11 0.29 0.24 0.34 0.57 0.12 0.19 0.18 0.37 0.14 0.12
N3 0.13 0.19 0.21 0.20 0.13 0.20 0.25 0.19 0.26 0.11 0.25 0.20 0.27 0.43 0.15 0.19 0.23 0.35 0.14 0.11
N4 0.36 0.29 0.39 0.42 0.17 0.42 0.35 0.38 0.43 0.34 0.28 0.12 0.36 0.40 0.31 0.40 0.36 0.41 0.32 0.28
O2 0.16 0.25 0.30 0.11 0.27 0.09 0.26 0.13 0.22 0.17 0.30 0.32 0.29 0.54 0.15 0.17 0.20 0.36 0.14 0.13
O2' 0.12 0.18 0.36 0.11 0.29 0.08 0.28 0.11 0.21 0.14 0.25 0.35 0.18 0.53 0.10 0.19 0.12 0.32 0.14 0.13
O3' 0.15 0.24 0.38 0.18 0.36 0.04 0.37 0.03 0.29 0.21 0.30 0.41 0.21 0.49 0.16 0.15 0.03 0.02 0.03 0.01
O4' 0.28 0.37 0.46 0.27 0.29 0.24 0.29 0.26 0.27 0.27 0.36 0.30 0.46 0.73 0.28 0.26 0.20 0.22 0.18 0.03
O5' 0.31 0.36 0.48 0.28 0.29 0.27 0.31 0.32 0.31 0.28 0.34 0.29 0.45 0.75 0.26 0.27 0.22 0.24 0.27 0.16
OP1 0.23 0.21 0.37 0.20 0.22 0.20 0.29 0.33 0.30 0.21 0.22 0.24 0.28 0.63 0.11 0.17 0.33 0.34 0.40 0.32
OP2 0.22 0.21 0.28 0.23 0.21 0.26 0.32 0.37 0.34 0.20 0.21 0.22 0.32 0.60 0.13 0.21 0.35 0.40 0.37 0.33
P 0.23 0.27 0.36 0.17 0.24 0.20 0.29 0.31 0.30 0.21 0.27 0.26 0.37 0.68 0.11 0.18 0.28 0.31 0.33 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.15 0.00 0.13 0.25 0.04 0.08
C2 0.03 0.00 0.16 0.08 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.16 0.09 0.22 0.21 0.12 0.14
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.01 0.14 0.13 0.17 0.04 0.12 0.07 0.29 0.00 0.02 0.03 0.27 0.33 0.25 0.28
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.03 0.10 0.03 0.07 0.06 0.15 0.02 0.01 0.02 0.14 0.24 0.12 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.04 0.35 0.25 0.23 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.09 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.18 0.07 0.05
C5 0.02 0.01 0.14 0.09 0.01 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.06 0.38 0.29 0.25 0.27
C5' 0.06 0.15 0.13 0.03 0.25 0.01 0.27 0.00 0.24 0.16 0.19 0.27 0.11 0.05 0.11 0.02 0.01 0.07 0.09 0.03
C6 0.01 0.01 0.17 0.10 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.21 0.14 0.09 0.34 0.29 0.19 0.21
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.13 0.02 0.23 0.24 0.11 0.13
N3 0.02 0.01 0.12 0.07 0.00 0.06 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.15 0.08 0.28 0.21 0.17 0.19
N4 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.09 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.05 0.38 0.26 0.27 0.29
O2 0.05 0.00 0.29 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.36 0.20 0.14 0.15 0.20 0.08 0.10
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.14 0.08 0.20 0.05 0.21 0.08 0.17 0.15 0.36 0.00 0.04 0.04 0.27 0.36 0.23 0.31
O3' 0.15 0.16 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.20 0.04 0.00 0.10 0.14 0.24 0.12 0.14
O4' 0.00 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.05 0.14 0.04 0.10 0.00 0.12 0.29 0.12 0.15
O5' 0.13 0.22 0.27 0.14 0.35 0.02 0.38 0.01 0.34 0.23 0.28 0.38 0.15 0.27 0.14 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.25 0.21 0.33 0.24 0.25 0.18 0.29 0.07 0.29 0.24 0.21 0.26 0.20 0.36 0.24 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.12 0.25 0.12 0.23 0.07 0.25 0.09 0.19 0.11 0.17 0.27 0.08 0.23 0.12 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.28 0.14 0.25 0.05 0.27 0.03 0.21 0.13 0.19 0.29 0.10 0.31 0.14 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00