ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52120

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C4 B 0, 0.186, 0.425, 0.663, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.425 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.131, 0.371, 0.610, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.371 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.348, 0.634, 0.921, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.634 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.193, 0.501, 0.809, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.501 std_dev=0.308
N4 B 0, 0.160, 0.501, 0.841, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.501 std_dev=0.341
C6 B 0, 0.383, 0.726, 1.068, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.726 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.307, 0.657, 1.007, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.657 std_dev=0.350
C2' A 0, -0.080, 0.275, 0.630, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.275 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.242, 0.600, 0.958, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.600 std_dev=0.358
O4' A 0, -0.131, 0.245, 0.622, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.245 std_dev=0.376
O2 B 0, 0.180, 0.620, 1.061, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.620 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.289, 0.837, 1.386, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.837 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.282, 0.900, 1.518, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.900 std_dev=0.618
O2' A 0, -0.156, 0.478, 1.111, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.478 std_dev=0.634
C3' A 0, -0.105, 0.562, 1.228, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.562 std_dev=0.667
C4' A 0, -0.199, 0.475, 1.149, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.475 std_dev=0.674
C5' A 0, -0.170, 0.721, 1.611, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.721 std_dev=0.890
C3' B 0, -0.020, 0.970, 1.960, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.970 std_dev=0.990
O4' B 0, 0.116, 1.113, 2.110, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.113 std_dev=0.997
O3' A 0, -0.168, 0.863, 1.893, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.863 std_dev=1.030
C4' B 0, -0.038, 1.196, 2.430, 3.785 max_d=3.785 avg_d=1.196 std_dev=1.234
O3' B 0, -0.160, 1.181, 2.521, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.181 std_dev=1.340
C5' B 0, -0.202, 1.369, 2.940, 4.717 max_d=4.717 avg_d=1.369 std_dev=1.571
O5' A 0, -0.678, 1.020, 2.718, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.020 std_dev=1.698
OP1 A 0, -0.380, 1.888, 4.156, 6.843 max_d=6.843 avg_d=1.888 std_dev=2.268
O5' B 0, -0.708, 1.599, 3.907, 6.678 max_d=6.678 avg_d=1.599 std_dev=2.307
P A 0, -0.833, 1.482, 3.797, 6.637 max_d=6.637 avg_d=1.482 std_dev=2.315
OP2 A 0, -0.533, 2.207, 4.948, 8.235 max_d=8.235 avg_d=2.207 std_dev=2.741
P B 0, -1.003, 2.042, 5.087, 8.749 max_d=8.749 avg_d=2.042 std_dev=3.045
OP1 B 0, -0.869, 2.188, 5.245, 8.897 max_d=8.897 avg_d=2.188 std_dev=3.057
OP2 B 0, -1.257, 2.199, 5.655, 9.855 max_d=9.855 avg_d=2.199 std_dev=3.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.27 0.01 0.18 0.26 0.34 0.20
C2 0.01 0.00 0.13 0.14 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.24 0.15 0.16 0.25 0.41 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.14 0.10 0.02 0.11 0.05 0.21 0.00 0.03 0.02 0.21 0.45 0.31 0.23
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.32 0.01 0.38 0.01 0.34 0.19 0.22 0.34 0.09 0.01 0.00 0.02 0.33 0.74 0.38 0.39
C4 0.02 0.02 0.04 0.32 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.16 0.03 0.53 0.59 0.91 0.63
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.25 0.07 0.04 0.13 0.20 0.25 0.03 0.00 0.01 0.25 0.25 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.24 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.24 0.12 0.79 0.80 1.23 0.91
C5' 0.05 0.12 0.14 0.01 0.15 0.00 0.26 0.00 0.25 0.06 0.11 0.16 0.24 0.12 0.18 0.01 0.01 0.21 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.25 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.19 0.16 0.75 0.73 1.04 0.81
N1 0.01 0.00 0.02 0.19 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.12 0.02 0.36 0.41 0.54 0.39
N3 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.17 0.11 0.27 0.36 0.55 0.34
N4 0.03 0.02 0.05 0.34 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.19 0.03 0.57 0.64 1.03 0.70
O2 0.04 0.01 0.21 0.09 0.02 0.20 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.44 0.26 0.20 0.13 0.49 0.28
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.26 0.25 0.37 0.12 0.35 0.15 0.13 0.28 0.20 0.00 0.06 0.17 0.30 0.60 0.35 0.34
O3' 0.27 0.24 0.03 0.00 0.16 0.03 0.24 0.18 0.19 0.12 0.17 0.19 0.44 0.06 0.00 0.18 0.38 1.11 0.43 0.55
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.16 0.02 0.11 0.03 0.26 0.17 0.18 0.00 0.13 0.08 0.35 0.18
O5' 0.18 0.16 0.21 0.33 0.53 0.01 0.79 0.01 0.75 0.36 0.27 0.57 0.20 0.30 0.38 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.26 0.25 0.45 0.74 0.59 0.25 0.80 0.21 0.73 0.41 0.36 0.64 0.13 0.60 1.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.41 0.31 0.38 0.91 0.25 1.23 0.17 1.04 0.54 0.55 1.03 0.49 0.35 0.43 0.35 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.23 0.23 0.39 0.63 0.07 0.91 0.02 0.81 0.39 0.34 0.70 0.28 0.34 0.55 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.21 0.17 0.85 0.17 0.73 0.25 0.94 0.24 0.18 0.21 0.14 0.26 0.54 0.83 0.41 1.85 1.94 2.45 2.14
C2 0.14 0.23 0.19 0.65 0.21 0.42 0.28 0.55 0.20 0.16 0.21 0.27 0.34 0.46 0.48 0.15 1.40 1.34 1.71 1.53
C2' 0.27 0.24 0.31 1.09 0.31 0.99 0.19 1.21 0.25 0.20 0.34 0.43 0.27 0.36 1.14 0.61 2.15 2.26 2.79 2.47
C3' 0.50 0.67 0.48 0.46 0.69 0.43 0.63 0.66 0.56 0.59 0.71 0.69 0.68 1.02 0.61 0.25 1.52 1.82 2.35 1.96
C4 0.20 0.21 0.18 0.44 0.18 0.16 0.18 0.23 0.10 0.15 0.13 0.28 0.34 0.38 0.20 0.15 0.92 0.79 0.94 0.92
C4' 0.42 0.50 0.39 0.43 0.45 0.38 0.44 0.60 0.45 0.46 0.48 0.40 0.52 1.01 0.61 0.15 1.44 1.73 2.23 1.83
C5 0.14 0.15 0.18 0.58 0.09 0.34 0.14 0.41 0.11 0.12 0.08 0.15 0.23 0.47 0.40 0.08 1.09 0.98 1.15 1.11
C5' 0.54 0.56 0.54 0.27 0.51 0.24 0.56 0.44 0.59 0.57 0.53 0.45 0.56 1.16 0.55 0.15 1.19 1.55 1.95 1.58
C6 0.10 0.16 0.18 0.76 0.07 0.57 0.15 0.69 0.15 0.12 0.13 0.06 0.22 0.52 0.67 0.26 1.47 1.40 1.71 1.57
N1 0.12 0.21 0.18 0.76 0.15 0.58 0.24 0.73 0.20 0.16 0.19 0.14 0.28 0.51 0.67 0.27 1.59 1.57 1.97 1.76
N3 0.18 0.23 0.18 0.50 0.22 0.23 0.25 0.33 0.14 0.15 0.18 0.34 0.37 0.40 0.27 0.12 1.10 0.99 1.23 1.15
N4 0.29 0.21 0.19 0.25 0.22 0.12 0.17 0.07 0.11 0.18 0.15 0.35 0.38 0.28 0.13 0.34 0.56 0.42 0.44 0.51
O2 0.15 0.25 0.19 0.67 0.24 0.44 0.32 0.60 0.23 0.17 0.23 0.31 0.36 0.46 0.51 0.18 1.49 1.47 1.88 1.67
O2' 0.79 0.47 0.76 1.53 0.39 1.52 0.69 1.77 0.82 0.69 0.33 0.23 0.41 0.25 1.50 1.21 2.76 2.82 3.55 3.15
O3' 0.53 0.59 0.59 0.34 0.60 0.38 0.60 0.56 0.58 0.57 0.60 0.59 0.59 1.08 0.48 0.32 1.36 1.65 2.32 1.84
O4' 0.25 0.31 0.16 0.58 0.22 0.48 0.21 0.69 0.23 0.27 0.28 0.18 0.36 0.84 0.65 0.18 1.54 1.73 2.21 1.86
O5' 1.36 1.21 1.38 0.69 1.06 0.72 1.21 0.54 1.35 1.32 1.09 0.88 1.20 1.96 0.52 1.01 0.36 0.66 1.02 0.68
OP1 1.72 1.61 1.72 1.04 1.64 1.16 1.84 1.15 1.91 1.76 1.56 1.52 1.52 2.03 0.51 1.48 0.59 0.40 0.22 0.34
OP2 2.38 1.93 2.49 1.94 1.58 1.94 1.81 1.79 2.14 2.17 1.67 1.28 1.96 3.01 1.58 2.13 1.20 0.79 0.50 0.84
P 1.80 1.54 1.86 1.19 1.38 1.23 1.57 1.10 1.77 1.72 1.39 1.17 1.52 2.35 0.79 1.50 0.48 0.14 0.37 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.00 0.28 0.11 0.07 0.20
C2 0.01 0.00 0.17 0.16 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.16 0.20 0.41 0.10 0.10 0.29
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.18 0.15 0.03 0.15 0.08 0.26 0.00 0.03 0.01 0.10 0.05 0.10 0.06
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.31 0.00 0.35 0.01 0.31 0.18 0.23 0.34 0.07 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.08 0.11
C4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.12 0.05 0.78 0.39 0.78 0.77
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.22 0.06 0.06 0.08 0.20 0.22 0.03 0.00 0.01 0.06 0.40 0.08
C5 0.01 0.00 0.09 0.35 0.00 0.20 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.23 0.10 0.99 0.61 1.13 1.03
C5' 0.08 0.19 0.18 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.17 0.08 0.18 0.13 0.29 0.05 0.17 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.22 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.19 0.17 0.93 0.56 0.90 0.91
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.08 0.02 0.56 0.25 0.31 0.47
N3 0.02 0.00 0.15 0.23 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.17 0.55 0.18 0.33 0.46
N4 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.17 0.06 0.83 0.43 0.91 0.84
O2 0.01 0.00 0.26 0.07 0.01 0.20 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.34 0.31 0.17 0.15 0.32 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.21 0.22 0.36 0.05 0.37 0.14 0.09 0.22 0.25 0.00 0.05 0.16 0.17 0.16 0.06 0.14
O3' 0.27 0.16 0.03 0.01 0.12 0.03 0.23 0.17 0.19 0.08 0.06 0.17 0.34 0.05 0.00 0.21 0.14 0.41 0.15 0.14
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.17 0.06 0.31 0.16 0.21 0.00 0.25 0.12 0.28 0.14
O5' 0.28 0.41 0.10 0.13 0.78 0.01 0.99 0.01 0.93 0.56 0.55 0.83 0.17 0.17 0.14 0.25 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.10 0.05 0.19 0.39 0.06 0.61 0.09 0.56 0.25 0.18 0.43 0.15 0.16 0.41 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.10 0.10 0.08 0.78 0.40 1.13 0.31 0.90 0.31 0.33 0.91 0.32 0.06 0.15 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.06 0.11 0.77 0.08 1.03 0.01 0.91 0.47 0.46 0.84 0.07 0.14 0.14 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00