ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52121

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C1' B 0, 0.000, 0.137, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.137
N4 B 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C4' B 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C5' B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
N3 B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
O4' B 0, 0.000, 0.145, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C2 B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O2' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C5 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O2 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O5' B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
OP1 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
P B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
OP2 B 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
P A 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
OP2 A 0, 0.000, 0.500, 1.001, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.500 std_dev=0.500
OP1 A 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
N4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04
O2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.08 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04
O5' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.03 0.09 0.11 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.03 0.10 0.08 0.07 0.02 0.02 0.06 0.02
C2 0.06 0.02 0.08 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.10 0.07 0.05 0.00 0.02 0.09 0.04
C2' 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.09 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08 0.07 0.02 0.03 0.08 0.04
C3' 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.06 0.10 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.10 0.08 0.04 0.02 0.05 0.02
C4 0.07 0.02 0.09 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01
C4' 0.08 0.06 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.05 0.10 0.08 0.05 0.08 0.04 0.11 0.09 0.08 0.04 0.02 0.04 0.01
C5 0.08 0.03 0.10 0.08 0.05 0.08 0.10 0.05 0.10 0.07 0.02 0.04 0.01 0.11 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02
C5' 0.07 0.04 0.09 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.08 0.06 0.04 0.06 0.03 0.10 0.09 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02
C6 0.08 0.04 0.09 0.08 0.06 0.07 0.10 0.05 0.10 0.07 0.03 0.06 0.02 0.11 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01
N1 0.07 0.04 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.09 0.07 0.03 0.05 0.02 0.10 0.08 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02
N3 0.06 0.01 0.08 0.06 0.02 0.06 0.06 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.05 0.00 0.00 0.07 0.02
N4 0.07 0.00 0.09 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.08 0.07 0.04 0.05 0.00 0.03
O2 0.05 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.03 0.03 0.12 0.06
O2' 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.01 0.04 0.09 0.04
O3' 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09 0.05 0.03 0.05 0.02
O4' 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.03 0.11 0.09 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01
O5' 0.06 0.02 0.08 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
OP1 0.02 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.04 0.09 0.09 0.01 0.03 0.08 0.09 0.08
OP2 0.03 0.02 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.07 0.01 0.06 0.11 0.12 0.11
P 0.04 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.09 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.06
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.06 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.15 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.15 0.11
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.13 0.08
N4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.17 0.12
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.03
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.04
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.07 0.08 0.09 0.04 0.10 0.01 0.07 0.03 0.06 0.11 0.01 0.09 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.10 0.02 0.06 0.15 0.01 0.15 0.00 0.10 0.08 0.13 0.17 0.08 0.03 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.04 0.07 0.11 0.02 0.11 0.00 0.08 0.05 0.08 0.12 0.03 0.04 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00