ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52125

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 7, 12, 12, 21, 17, 11, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.037 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.049, 0.133, 0.217, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.133 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.046, 0.131, 0.215, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.131 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.081, 0.173, 0.264, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.173 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.111, 0.233, 0.356, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.233 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.081, 0.218, 0.354, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.218 std_dev=0.136
N7 B 0, 0.284, 0.441, 0.598, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.441 std_dev=0.157
C8 B 0, 0.342, 0.508, 0.674, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.508 std_dev=0.166
C5 B 0, 0.273, 0.461, 0.650, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.461 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.078, 0.268, 0.458, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.268 std_dev=0.190
O5' A 0, 0.345, 0.540, 0.735, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.540 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.388, 0.588, 0.789, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.588 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.334, 0.539, 0.743, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.539 std_dev=0.204
P B 0, 0.194, 0.403, 0.612, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.403 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.250, 0.461, 0.672, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.461 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.278, 0.509, 0.740, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.509 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.377, 0.620, 0.863, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.620 std_dev=0.243
N6 B 0, 0.344, 0.593, 0.841, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.593 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.318, 0.576, 0.833, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.576 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.330, 0.592, 0.854, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.592 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.184, 0.447, 0.711, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.447 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.295, 0.561, 0.828, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.561 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.473, 0.744, 1.016, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.744 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.295, 0.590, 0.885, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.590 std_dev=0.295
O4' B 0, 0.440, 0.741, 1.041, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.741 std_dev=0.301
C2' B 0, 0.465, 0.769, 1.074, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.769 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.324, 0.647, 0.971, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.647 std_dev=0.323
C4' B 0, 0.432, 0.768, 1.104, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.768 std_dev=0.336
C3' B 0, 0.510, 0.856, 1.201, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.856 std_dev=0.345
P A 0, 0.629, 1.027, 1.426, 1.695 max_d=1.695 avg_d=1.027 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.524, 0.975, 1.426, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.975 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.607, 1.073, 1.540, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.073 std_dev=0.466
OP1 A 0, 1.229, 2.394, 3.558, 3.739 max_d=3.739 avg_d=2.394 std_dev=1.164
OP2 A 0, 1.385, 2.814, 4.244, 4.105 max_d=4.105 avg_d=2.814 std_dev=1.429

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.50 0.29 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.14 0.87 0.16 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.08 0.26 0.14 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.19 1.13 0.45 0.18
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.40 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.20 1.11 0.51 0.17
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.13 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.35 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.18 0.92 0.28 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.78 0.14 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.17 1.03 0.28 0.18
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.20 1.20 0.58 0.18
O2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.04 0.11 0.78 0.18 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.04 0.05 0.16 0.27 0.07
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.07 0.07 0.09 0.04 0.00 0.01 0.12 0.39 0.13 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.08 0.39 0.52 0.20
O5' 0.08 0.14 0.08 0.10 0.19 0.02 0.20 0.01 0.18 0.13 0.17 0.20 0.11 0.05 0.12 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.50 0.87 0.26 0.15 1.13 0.14 1.11 0.35 0.92 0.78 1.03 1.20 0.78 0.16 0.39 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.16 0.14 0.12 0.45 0.40 0.51 0.43 0.28 0.14 0.28 0.58 0.18 0.27 0.13 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.07 0.08 0.18 0.07 0.17 0.02 0.16 0.16 0.18 0.18 0.18 0.07 0.14 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.14 0.28 0.24 0.10 0.15 0.13 0.16 0.18 0.14 0.17 0.12 0.24 0.15 0.12 0.40 0.26 0.14 0.11 0.16 0.04 0.04
C2 0.21 0.17 0.27 0.24 0.14 0.18 0.12 0.18 0.17 0.17 0.18 0.16 0.24 0.15 0.17 0.38 0.27 0.17 0.17 0.21 0.09 0.09
C2' 0.16 0.13 0.27 0.22 0.11 0.12 0.14 0.12 0.17 0.12 0.16 0.12 0.21 0.14 0.12 0.36 0.23 0.12 0.11 0.18 0.07 0.07
C3' 0.11 0.13 0.24 0.20 0.10 0.11 0.15 0.13 0.18 0.12 0.17 0.10 0.22 0.17 0.08 0.33 0.21 0.12 0.08 0.09 0.05 0.01
C4 0.25 0.18 0.28 0.28 0.15 0.24 0.09 0.22 0.14 0.18 0.16 0.19 0.22 0.14 0.20 0.38 0.32 0.22 0.18 0.22 0.10 0.10
C4' 0.12 0.14 0.22 0.21 0.11 0.16 0.15 0.21 0.19 0.13 0.18 0.11 0.24 0.17 0.09 0.35 0.24 0.16 0.13 0.07 0.11 0.05
C5 0.25 0.16 0.29 0.30 0.13 0.25 0.12 0.24 0.18 0.17 0.18 0.17 0.24 0.15 0.18 0.41 0.34 0.23 0.18 0.22 0.11 0.10
C5' 0.14 0.20 0.19 0.23 0.17 0.24 0.21 0.32 0.24 0.18 0.24 0.17 0.28 0.22 0.15 0.31 0.27 0.22 0.20 0.09 0.20 0.11
C6 0.22 0.16 0.29 0.28 0.11 0.23 0.14 0.23 0.19 0.16 0.18 0.14 0.24 0.17 0.15 0.43 0.32 0.20 0.16 0.20 0.10 0.09
N1 0.20 0.15 0.28 0.25 0.11 0.18 0.12 0.18 0.18 0.16 0.17 0.13 0.24 0.15 0.14 0.40 0.28 0.17 0.14 0.19 0.06 0.06
N3 0.23 0.19 0.27 0.26 0.16 0.21 0.11 0.20 0.15 0.19 0.18 0.19 0.22 0.15 0.20 0.37 0.29 0.20 0.19 0.22 0.10 0.10
N4 0.26 0.20 0.28 0.29 0.18 0.25 0.11 0.23 0.11 0.18 0.15 0.23 0.21 0.15 0.21 0.36 0.33 0.24 0.20 0.24 0.12 0.11
O2 0.19 0.18 0.26 0.23 0.15 0.17 0.14 0.18 0.19 0.18 0.20 0.17 0.25 0.16 0.16 0.37 0.25 0.16 0.18 0.23 0.13 0.12
O2' 0.16 0.15 0.27 0.20 0.13 0.11 0.15 0.10 0.17 0.14 0.17 0.13 0.21 0.15 0.13 0.35 0.21 0.13 0.10 0.21 0.12 0.11
O3' 0.07 0.13 0.21 0.16 0.11 0.05 0.16 0.07 0.18 0.13 0.16 0.10 0.21 0.17 0.09 0.28 0.16 0.11 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.17 0.14 0.27 0.26 0.09 0.19 0.13 0.22 0.18 0.13 0.17 0.12 0.24 0.15 0.11 0.41 0.30 0.17 0.13 0.11 0.08 0.03
O5' 0.20 0.30 0.29 0.25 0.25 0.24 0.27 0.32 0.31 0.20 0.32 0.27 0.34 0.25 0.20 0.45 0.28 0.19 0.19 0.16 0.24 0.14
OP1 0.44 0.93 0.39 0.16 0.76 0.25 0.76 0.50 0.86 0.52 0.94 0.85 0.85 0.63 0.59 0.78 0.21 0.23 0.40 0.24 0.66 0.41
OP2 1.00 1.08 1.01 0.98 0.98 0.90 0.85 0.74 0.87 0.71 0.99 1.10 0.78 0.69 0.91 1.19 1.09 0.92 0.53 0.41 0.31 0.32
P 0.16 0.28 0.21 0.21 0.23 0.26 0.25 0.36 0.27 0.19 0.28 0.25 0.29 0.23 0.18 0.37 0.23 0.19 0.23 0.19 0.28 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.24 0.08 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.07 0.18 0.26 0.12 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.25 0.15 0.16
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.13 0.12
C4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.04 0.19 0.26 0.13 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.18 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.04 0.23 0.27 0.17 0.17
C5' 0.04 0.07 0.07 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.06 0.13 0.14 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.12 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.05 0.23 0.28 0.18 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05 0.05 0.24 0.27 0.16 0.16
N1 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.06 0.21 0.27 0.16 0.16
N3 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.07 0.16 0.25 0.11 0.12
N6 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.05 0.25 0.29 0.21 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.04 0.25 0.28 0.20 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.18 0.26 0.12 0.12
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.05 0.09 0.05 0.12 0.10 0.16 0.18 0.12 0.10 0.04 0.00 0.04 0.03 0.15 0.25 0.17 0.18
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.05 0.11 0.05 0.14 0.15 0.10 0.06 0.07 0.04 0.00 0.06 0.10 0.20 0.14 0.10
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.10 0.27 0.13 0.13
O5' 0.10 0.18 0.14 0.12 0.19 0.02 0.23 0.01 0.23 0.24 0.21 0.16 0.25 0.25 0.18 0.15 0.10 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.26 0.25 0.21 0.26 0.18 0.27 0.12 0.28 0.27 0.27 0.25 0.29 0.28 0.26 0.25 0.20 0.27 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.15 0.13 0.13 0.09 0.17 0.08 0.18 0.16 0.16 0.11 0.21 0.20 0.12 0.17 0.14 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.16 0.12 0.13 0.05 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.12 0.21 0.19 0.12 0.18 0.10 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00