ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52127

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 4, 9, 10, 6, 11, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.025, 0.043, 0.061, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.043 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.025, 0.052, 0.078, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.052 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.071, 0.224, 0.377, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.224 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.078, 0.239, 0.399, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.239 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.373, 0.552, 0.731, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.552 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.427, 0.607, 0.787, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.607 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.420, 0.600, 0.780, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.600 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.400, 0.592, 0.784, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.592 std_dev=0.192
N1 B 0, 0.441, 0.655, 0.868, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.655 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.312, 0.552, 0.791, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.552 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.468, 0.711, 0.953, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.711 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.338, 0.588, 0.839, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.588 std_dev=0.250
N6 B 0, 0.465, 0.717, 0.969, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.717 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.491, 0.761, 1.031, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.761 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.464, 0.748, 1.033, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.748 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.398, 0.691, 0.983, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.691 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.493, 0.801, 1.109, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.801 std_dev=0.308
C5' B 0, 0.380, 0.729, 1.079, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.729 std_dev=0.349
C5' A 0, 0.293, 0.655, 1.018, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.655 std_dev=0.362
P A 0, 0.378, 0.781, 1.185, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.781 std_dev=0.403
C4' A 0, 0.101, 0.518, 0.936, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.518 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.172, 0.605, 1.038, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.605 std_dev=0.433
C4' B 0, 0.445, 0.905, 1.365, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.905 std_dev=0.460
O5' A 0, 0.282, 0.805, 1.327, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.805 std_dev=0.523
P B 0, 0.164, 0.690, 1.216, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.690 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.497, 1.042, 1.587, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.042 std_dev=0.545
O2' A 0, 0.052, 0.611, 1.171, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.611 std_dev=0.559
C3' B 0, 0.314, 1.025, 1.736, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.025 std_dev=0.711
C3' A 0, -0.038, 0.674, 1.385, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.674 std_dev=0.711
OP1 A 0, 0.202, 1.124, 2.045, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.124 std_dev=0.922
OP2 B 0, 0.020, 1.156, 2.291, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.156 std_dev=1.135
OP1 B 0, -0.040, 1.142, 2.323, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.142 std_dev=1.181
OP2 A 0, 0.279, 1.503, 2.726, 3.854 max_d=3.854 avg_d=1.503 std_dev=1.223
O3' A 0, -0.295, 1.122, 2.540, 4.121 max_d=4.121 avg_d=1.122 std_dev=1.417
O3' B 0, 0.130, 1.668, 3.205, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.668 std_dev=1.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.00 0.13 0.77 0.15 0.27
C2 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.29 0.33 0.04 0.17 0.96 0.51 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.19 0.05 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.04 0.02 0.42 0.70 0.23 0.51
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.40 0.01 0.51 0.02 0.47 0.24 0.25 0.43 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.14 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.40 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.13 0.03 0.36 1.04 0.91 0.19
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.17 0.00 0.24 0.00 0.23 0.10 0.09 0.19 0.07 0.32 0.02 0.00 0.02 0.18 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.51 0.00 0.24 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.33 0.05 0.40 1.04 0.91 0.19
C5' 0.06 0.09 0.19 0.02 0.21 0.00 0.25 0.00 0.20 0.10 0.15 0.25 0.08 0.13 0.25 0.01 0.01 0.18 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.47 0.00 0.23 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.06 0.30 1.00 0.62 0.16
N1 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.15 0.93 0.41 0.19
N3 0.01 0.00 0.06 0.25 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.20 0.03 0.27 1.02 0.73 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.43 0.00 0.19 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.17 0.03 0.42 1.04 1.06 0.24
O2 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.62 0.07 0.11 0.91 0.38 0.20
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.38 0.32 0.34 0.13 0.26 0.22 0.36 0.42 0.23 0.00 0.07 0.22 0.30 0.54 0.19 0.41
O3' 0.34 0.33 0.04 0.01 0.13 0.02 0.33 0.25 0.29 0.12 0.20 0.17 0.62 0.07 0.00 0.22 0.29 0.58 0.40 0.40
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.07 0.22 0.22 0.00 0.05 0.63 0.25 0.18
O5' 0.13 0.17 0.42 0.06 0.36 0.02 0.40 0.01 0.30 0.15 0.27 0.42 0.11 0.30 0.29 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.77 0.96 0.70 0.15 1.04 0.18 1.04 0.18 1.00 0.93 1.02 1.04 0.91 0.54 0.58 0.63 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.51 0.23 0.14 0.91 0.21 0.91 0.36 0.62 0.41 0.73 1.06 0.38 0.19 0.40 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.18 0.51 0.08 0.19 0.06 0.19 0.02 0.16 0.19 0.17 0.24 0.20 0.41 0.40 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.29 0.21 0.78 0.19 0.38 0.17 0.23 0.22 0.13 0.28 0.26 0.21 0.15 0.12 0.43 1.14 0.17 0.14 0.63 0.50 0.38
C2 0.11 0.31 0.16 0.64 0.15 0.28 0.11 0.17 0.18 0.18 0.29 0.25 0.16 0.19 0.10 0.54 0.80 0.15 0.17 0.92 0.70 0.33
C2' 0.17 0.26 0.23 0.86 0.20 0.46 0.20 0.33 0.24 0.14 0.26 0.24 0.24 0.18 0.15 0.30 1.20 0.21 0.25 0.62 0.56 0.30
C3' 0.67 0.43 0.72 0.14 0.50 0.29 0.41 0.32 0.34 0.55 0.36 0.50 0.28 0.43 0.58 0.87 0.61 0.64 0.48 0.52 0.09 0.71
C4 0.13 0.31 0.16 0.46 0.12 0.21 0.13 0.14 0.12 0.25 0.24 0.25 0.18 0.29 0.14 0.62 0.46 0.16 0.20 1.04 0.54 0.41
C4' 0.35 0.19 0.41 0.39 0.22 0.12 0.20 0.19 0.16 0.31 0.17 0.22 0.17 0.26 0.29 0.62 1.03 0.35 0.44 0.39 0.26 0.74
C5 0.15 0.30 0.18 0.47 0.13 0.24 0.10 0.17 0.09 0.25 0.22 0.27 0.12 0.26 0.14 0.62 0.53 0.18 0.25 0.98 0.36 0.49
C5' 0.23 0.20 0.34 0.46 0.16 0.23 0.13 0.13 0.13 0.18 0.16 0.20 0.14 0.17 0.17 0.53 1.22 0.18 0.41 0.11 0.32 0.57
C6 0.13 0.29 0.19 0.61 0.15 0.29 0.08 0.16 0.12 0.20 0.23 0.27 0.09 0.19 0.11 0.54 0.81 0.17 0.23 0.88 0.34 0.51
N1 0.12 0.30 0.18 0.69 0.16 0.32 0.11 0.17 0.18 0.16 0.27 0.26 0.15 0.16 0.10 0.50 0.93 0.15 0.15 0.84 0.52 0.41
N3 0.11 0.31 0.14 0.54 0.12 0.23 0.11 0.14 0.14 0.22 0.27 0.24 0.15 0.25 0.11 0.59 0.60 0.15 0.17 1.02 0.69 0.34
N4 0.16 0.30 0.17 0.37 0.13 0.19 0.20 0.16 0.19 0.27 0.23 0.23 0.29 0.32 0.17 0.65 0.29 0.17 0.21 1.09 0.55 0.40
O2 0.12 0.30 0.17 0.67 0.15 0.29 0.13 0.20 0.21 0.17 0.30 0.24 0.21 0.17 0.10 0.52 0.87 0.16 0.20 0.86 0.81 0.27
O2' 0.52 0.80 0.44 1.01 0.74 0.66 0.80 0.50 0.85 0.65 0.84 0.75 0.85 0.77 0.63 0.31 1.25 0.49 0.51 0.50 0.89 0.15
O3' 1.07 0.44 1.12 0.55 0.60 0.98 0.38 1.12 0.24 0.70 0.28 0.61 0.22 0.41 0.81 1.18 0.21 1.20 1.17 1.07 0.72 1.48
O4' 0.16 0.26 0.25 0.68 0.16 0.31 0.13 0.14 0.17 0.17 0.23 0.24 0.16 0.16 0.13 0.51 1.22 0.18 0.23 0.49 0.19 0.56
O5' 0.16 0.24 0.28 0.64 0.16 0.50 0.12 0.39 0.15 0.15 0.20 0.23 0.14 0.14 0.12 0.53 1.33 0.21 0.24 0.27 0.14 0.18
OP1 0.55 1.02 0.58 0.54 0.85 0.36 0.85 0.32 0.94 0.62 1.02 0.94 0.92 0.72 0.69 0.62 1.16 0.37 0.49 0.22 0.59 0.60
OP2 0.63 0.97 0.69 0.47 0.79 0.48 0.74 0.43 0.82 0.53 0.93 0.91 0.79 0.58 0.65 0.97 1.08 0.41 0.38 0.36 0.21 0.27
P 0.35 0.29 0.33 0.77 0.28 0.72 0.25 0.50 0.22 0.34 0.25 0.30 0.19 0.29 0.32 0.37 1.60 0.47 0.25 0.35 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.13 0.88 0.09 0.30
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.44 0.04 0.18 1.05 0.65 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.19 0.06 0.04 0.09 0.11 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.42 0.78 0.26 0.53
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.21 0.00 0.34 0.01 0.32 0.43 0.22 0.10 0.39 0.45 0.25 0.02 0.01 0.02 0.12 0.08 0.10 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.24 0.03 0.21 1.04 0.61 0.17
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.13 0.22 0.07 0.04 0.16 0.22 0.11 0.32 0.03 0.00 0.02 0.21 0.21 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.34 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.14 0.03 0.34 1.06 0.89 0.17
C5' 0.06 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.19 0.26 0.12 0.04 0.25 0.29 0.11 0.12 0.20 0.01 0.01 0.13 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.32 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.17 0.03 0.35 1.06 0.99 0.17
C8 0.01 0.01 0.04 0.43 0.00 0.22 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.23 0.05 0.39 1.05 0.74 0.16
N1 0.01 0.00 0.09 0.22 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.29 0.03 0.27 1.06 0.86 0.15
N3 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.47 0.04 0.14 1.02 0.50 0.20
N6 0.02 0.01 0.05 0.39 0.01 0.16 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.49 0.17 0.04 0.42 1.03 1.16 0.22
N7 0.01 0.01 0.03 0.45 0.01 0.22 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.25 0.05 0.45 1.05 1.01 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.25 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.13 0.02 0.19 1.01 0.45 0.19
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.35 0.32 0.41 0.12 0.46 0.25 0.46 0.35 0.49 0.35 0.23 0.00 0.05 0.23 0.32 0.62 0.21 0.42
O3' 0.34 0.44 0.04 0.01 0.24 0.03 0.14 0.20 0.17 0.23 0.29 0.47 0.17 0.25 0.13 0.05 0.00 0.22 0.25 0.38 0.26 0.27
O4' 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.23 0.22 0.00 0.06 0.76 0.10 0.23
O5' 0.13 0.18 0.42 0.12 0.21 0.02 0.34 0.01 0.35 0.39 0.27 0.14 0.42 0.45 0.19 0.32 0.25 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.88 1.05 0.78 0.08 1.04 0.21 1.06 0.13 1.06 1.05 1.06 1.02 1.03 1.05 1.01 0.62 0.38 0.76 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.65 0.26 0.10 0.61 0.21 0.89 0.40 0.99 0.74 0.86 0.50 1.16 1.01 0.45 0.21 0.26 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.17 0.53 0.04 0.17 0.09 0.17 0.02 0.17 0.16 0.15 0.20 0.22 0.21 0.19 0.42 0.27 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00