ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 12, 11, 15, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.020, 0.099, 0.177, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.099 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.006, 0.090, 0.175, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.090 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.052, 0.141, 0.229, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.141 std_dev=0.088
C4 B 0, 0.178, 0.287, 0.396, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.287 std_dev=0.109
N3 B 0, 0.206, 0.318, 0.429, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.318 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.021, 0.142, 0.264, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.142 std_dev=0.121
C5 B 0, 0.186, 0.317, 0.447, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.317 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.023, 0.154, 0.285, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.154 std_dev=0.131
N9 B 0, 0.159, 0.291, 0.423, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.291 std_dev=0.132
C2 B 0, 0.221, 0.358, 0.495, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.358 std_dev=0.137
N7 B 0, 0.201, 0.348, 0.495, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.348 std_dev=0.147
C8 B 0, 0.163, 0.322, 0.482, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.322 std_dev=0.159
C6 B 0, 0.191, 0.353, 0.514, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.353 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.211, 0.372, 0.533, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.372 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.136, 0.321, 0.507, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.321 std_dev=0.185
O3' A 0, 0.062, 0.256, 0.450, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.256 std_dev=0.194
N6 B 0, 0.216, 0.413, 0.610, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.413 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.030, 0.230, 0.430, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.230 std_dev=0.200
O5' A 0, 0.046, 0.272, 0.498, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.272 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.103, 0.333, 0.563, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.333 std_dev=0.230
P A 0, 0.074, 0.305, 0.536, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.305 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.130, 0.362, 0.593, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.362 std_dev=0.231
OP2 A 0, 0.156, 0.393, 0.631, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.393 std_dev=0.238
OP1 A 0, 0.130, 0.387, 0.644, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.387 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.129, 0.413, 0.696, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.413 std_dev=0.284
O5' B 0, 0.020, 0.309, 0.597, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.309 std_dev=0.289
P B 0, 0.090, 0.382, 0.674, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.382 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.083, 0.376, 0.670, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.376 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.058, 0.374, 0.689, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.374 std_dev=0.316
O2' B 0, 0.140, 0.472, 0.804, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.472 std_dev=0.332
O3' B 0, 0.143, 0.548, 0.954, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.548 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.071, 0.498, 0.926, 2.498 max_d=2.498 avg_d=0.498 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.102, 0.568, 1.033, 2.486 max_d=2.486 avg_d=0.568 std_dev=0.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.09 0.21 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.15 0.25 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.10 0.16 0.25 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.11 0.21 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.19 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.08 0.12 0.23 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.17 0.26 0.16
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.06 0.07 0.20 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.09 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.06 0.15 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.14 0.08
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.09 0.07 0.10 0.15 0.08 0.16 0.09 0.11 0.07 0.12 0.17 0.07 0.08 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.21 0.09 0.06 0.25 0.05 0.25 0.02 0.21 0.19 0.23 0.26 0.20 0.09 0.08 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.05 0.04 0.15 0.03 0.16 0.01 0.13 0.11 0.14 0.16 0.11 0.05 0.06 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.20 0.21 0.12 0.11 0.12 0.07 0.15 0.14 0.17 0.15 0.16 0.14 0.11 0.35 0.28 0.08 0.07 0.25 0.10 0.05
C2 0.14 0.19 0.17 0.20 0.12 0.11 0.12 0.08 0.14 0.18 0.18 0.16 0.15 0.17 0.13 0.32 0.24 0.10 0.09 0.38 0.12 0.13
C2' 0.13 0.16 0.21 0.20 0.12 0.10 0.12 0.07 0.15 0.11 0.16 0.14 0.17 0.12 0.10 0.31 0.25 0.09 0.08 0.25 0.07 0.08
C3' 0.10 0.11 0.21 0.16 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.06 0.30 0.24 0.05 0.06 0.13 0.10 0.01
C4 0.18 0.19 0.17 0.22 0.12 0.15 0.12 0.10 0.09 0.21 0.15 0.16 0.11 0.20 0.16 0.31 0.25 0.15 0.08 0.39 0.12 0.13
C4' 0.10 0.14 0.20 0.17 0.08 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.06 0.33 0.29 0.06 0.07 0.07 0.22 0.06
C5 0.21 0.18 0.20 0.25 0.12 0.19 0.11 0.13 0.09 0.22 0.14 0.16 0.10 0.19 0.18 0.36 0.30 0.18 0.10 0.35 0.16 0.12
C5' 0.10 0.14 0.20 0.16 0.08 0.12 0.07 0.16 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.06 0.33 0.32 0.08 0.10 0.08 0.35 0.12
C6 0.19 0.18 0.21 0.25 0.12 0.17 0.10 0.12 0.10 0.21 0.15 0.16 0.10 0.17 0.16 0.37 0.32 0.15 0.10 0.31 0.17 0.11
N1 0.15 0.18 0.19 0.22 0.12 0.12 0.11 0.07 0.13 0.18 0.17 0.15 0.13 0.16 0.13 0.35 0.28 0.10 0.07 0.32 0.11 0.09
N3 0.15 0.19 0.15 0.20 0.12 0.12 0.12 0.08 0.12 0.19 0.18 0.16 0.12 0.19 0.14 0.30 0.23 0.12 0.09 0.40 0.12 0.14
N4 0.18 0.18 0.16 0.22 0.13 0.16 0.14 0.11 0.11 0.20 0.14 0.16 0.15 0.21 0.17 0.27 0.24 0.16 0.09 0.40 0.13 0.14
O2 0.13 0.19 0.17 0.19 0.13 0.11 0.13 0.11 0.17 0.16 0.20 0.15 0.18 0.15 0.12 0.31 0.22 0.10 0.13 0.39 0.16 0.17
O2' 0.13 0.17 0.21 0.18 0.14 0.10 0.15 0.08 0.19 0.12 0.19 0.15 0.21 0.14 0.12 0.30 0.24 0.09 0.08 0.21 0.12 0.10
O3' 0.08 0.07 0.21 0.12 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.10 0.05 0.26 0.18 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.12 0.17 0.20 0.20 0.09 0.11 0.09 0.10 0.12 0.12 0.16 0.15 0.14 0.11 0.08 0.36 0.32 0.06 0.07 0.16 0.19 0.03
O5' 0.12 0.14 0.19 0.17 0.09 0.12 0.08 0.15 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12 0.08 0.35 0.34 0.08 0.09 0.14 0.32 0.10
OP1 0.14 0.16 0.20 0.14 0.12 0.18 0.11 0.27 0.11 0.11 0.13 0.16 0.11 0.11 0.11 0.34 0.31 0.13 0.20 0.17 0.51 0.24
OP2 0.13 0.18 0.15 0.25 0.14 0.25 0.16 0.28 0.17 0.18 0.17 0.17 0.20 0.19 0.13 0.29 0.40 0.15 0.20 0.18 0.38 0.16
P 0.11 0.15 0.16 0.17 0.11 0.17 0.11 0.23 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.10 0.33 0.36 0.10 0.15 0.12 0.41 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.07 0.31 0.08 0.13
C2 0.02 0.00 0.12 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.13 0.07 0.10 0.37 0.09 0.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.07 0.06 0.06 0.09 0.12 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.33 0.08 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09 0.07 0.12 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.13 0.08
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.08 0.04 0.11 0.36 0.09 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.14 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.02 0.14 0.37 0.11 0.12
C5' 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.03 0.08 0.09 0.04 0.04 0.07 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.04 0.14 0.37 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.04 0.14 0.36 0.12 0.13
N1 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.10 0.06 0.12 0.37 0.10 0.12
N3 0.02 0.00 0.12 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.14 0.07 0.09 0.36 0.08 0.12
N6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.06 0.03 0.16 0.36 0.13 0.13
N7 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.05 0.03 0.16 0.36 0.13 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.10 0.35 0.09 0.13
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.12 0.10 0.12 0.04 0.14 0.12 0.16 0.18 0.14 0.13 0.07 0.00 0.03 0.07 0.13 0.31 0.08 0.17
O3' 0.12 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05 0.10 0.14 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.08 0.09 0.14 0.30 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.26 0.12 0.12
O5' 0.07 0.10 0.16 0.07 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.14 0.12 0.09 0.16 0.16 0.10 0.13 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.37 0.33 0.15 0.36 0.14 0.37 0.07 0.37 0.36 0.37 0.36 0.36 0.36 0.35 0.31 0.14 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.08 0.13 0.09 0.06 0.11 0.06 0.11 0.12 0.10 0.08 0.13 0.13 0.09 0.08 0.30 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.19 0.08 0.12 0.04 0.12 0.01 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.17 0.15 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00