ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52129

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 14, 9, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.028, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.035, 0.066, 0.098, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.066 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.046, 0.082, 0.118, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.082 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.078, 0.159, 0.241, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.159 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.006, 0.092, 0.177, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.092 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.031, 0.122, 0.212, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.122 std_dev=0.091
N1 B 0, 0.133, 0.249, 0.365, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.249 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.115, 0.234, 0.353, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.234 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.151, 0.276, 0.402, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.276 std_dev=0.125
C4 B 0, 0.131, 0.257, 0.384, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.257 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.034, 0.163, 0.292, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.163 std_dev=0.129
N3 B 0, 0.139, 0.271, 0.403, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.271 std_dev=0.132
C5 B 0, 0.123, 0.255, 0.388, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.255 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.035, 0.174, 0.313, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.174 std_dev=0.139
N6 B 0, 0.115, 0.265, 0.415, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.265 std_dev=0.150
N9 B 0, 0.143, 0.306, 0.468, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.306 std_dev=0.163
N7 B 0, 0.126, 0.318, 0.511, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.318 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.146, 0.339, 0.532, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.339 std_dev=0.193
C8 B 0, 0.137, 0.339, 0.542, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.339 std_dev=0.203
O3' A 0, 0.048, 0.253, 0.458, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.253 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.110, 0.323, 0.535, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.323 std_dev=0.213
C5' A 0, 0.046, 0.266, 0.485, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.266 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.126, 0.348, 0.570, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.348 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.158, 0.394, 0.630, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.394 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.125, 0.363, 0.601, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.363 std_dev=0.238
O5' A 0, 0.101, 0.347, 0.593, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.347 std_dev=0.246
C4' B 0, 0.141, 0.405, 0.669, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.405 std_dev=0.264
P A 0, 0.145, 0.417, 0.688, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.417 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.145, 0.419, 0.694, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.419 std_dev=0.275
O3' B 0, 0.094, 0.388, 0.683, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.388 std_dev=0.295
C5' B 0, 0.151, 0.446, 0.741, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.446 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.137, 0.433, 0.729, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.433 std_dev=0.296
OP2 A 0, 0.125, 0.471, 0.816, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.471 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.245, 0.611, 0.977, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.611 std_dev=0.366
P B 0, 0.204, 0.576, 0.948, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.576 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.203, 0.664, 1.124, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.664 std_dev=0.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.16 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.10 0.07 0.19 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.15 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.06 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.16 0.13 0.22 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.09 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.17 0.13 0.25 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.11 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.14 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.15 0.10 0.23 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.11 0.07 0.19 0.07
N3 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.13 0.10 0.20 0.10
N4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.17 0.15 0.22 0.14
O2 0.02 0.01 0.09 0.10 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.03 0.08 0.07 0.18 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.05 0.03 0.04 0.12 0.12 0.04
O3' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.13 0.05 0.00 0.02 0.11 0.15 0.11 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.07 0.10 0.15 0.05
O5' 0.06 0.10 0.05 0.07 0.16 0.02 0.17 0.01 0.15 0.11 0.13 0.17 0.08 0.04 0.11 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.07 0.07 0.09 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.10 0.07 0.10 0.15 0.07 0.12 0.15 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.19 0.15 0.11 0.22 0.09 0.25 0.05 0.23 0.19 0.20 0.22 0.18 0.12 0.11 0.15 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.05 0.08 0.06 0.07 0.12 0.02 0.13 0.02 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.04 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.13 0.15 0.11 0.13 0.10 0.12 0.08 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.12 0.13 0.17 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11
C2 0.17 0.13 0.17 0.19 0.15 0.18 0.13 0.17 0.09 0.16 0.10 0.15 0.08 0.14 0.16 0.16 0.20 0.17 0.16 0.19 0.15 0.15
C2' 0.13 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.16 0.14 0.13 0.14 0.11 0.11
C3' 0.07 0.12 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07
C4 0.17 0.07 0.16 0.19 0.13 0.18 0.13 0.18 0.08 0.19 0.05 0.09 0.09 0.18 0.17 0.14 0.19 0.17 0.18 0.22 0.19 0.19
C4' 0.07 0.12 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07
C5 0.14 0.10 0.13 0.16 0.13 0.15 0.15 0.15 0.12 0.17 0.09 0.10 0.13 0.18 0.14 0.12 0.17 0.14 0.15 0.18 0.16 0.15
C5' 0.08 0.14 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.06 0.12 0.09 0.14 0.12 0.13 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07
C6 0.13 0.11 0.12 0.15 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.11 0.11 0.13 0.15 0.13 0.11 0.16 0.13 0.13 0.16 0.14 0.13
N1 0.14 0.12 0.14 0.16 0.12 0.15 0.11 0.14 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.17 0.14 0.13 0.16 0.13 0.13
N3 0.19 0.11 0.19 0.21 0.15 0.20 0.13 0.19 0.08 0.18 0.08 0.14 0.08 0.16 0.18 0.17 0.21 0.19 0.19 0.22 0.18 0.18
N4 0.19 0.08 0.18 0.22 0.13 0.21 0.14 0.21 0.10 0.23 0.08 0.08 0.11 0.20 0.20 0.14 0.20 0.20 0.22 0.26 0.23 0.23
O2 0.19 0.17 0.19 0.20 0.17 0.19 0.14 0.18 0.12 0.16 0.14 0.19 0.11 0.14 0.18 0.19 0.21 0.19 0.17 0.19 0.15 0.16
O2' 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.16 0.11 0.13 0.14 0.16 0.17 0.15 0.12 0.13 0.10 0.10
O3' 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08
O4' 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.15 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09
O5' 0.10 0.15 0.10 0.10 0.11 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.15 0.13 0.12 0.08 0.10 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08
OP1 0.16 0.14 0.15 0.18 0.13 0.18 0.13 0.20 0.14 0.17 0.15 0.13 0.15 0.15 0.15 0.15 0.20 0.19 0.20 0.19 0.17 0.18
OP2 0.10 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.11 0.15 0.10 0.10 0.11 0.18 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09
P 0.10 0.12 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.08 0.08 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.07 0.03 0.06 0.06 0.09 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.07 0.09 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.10 0.10 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03 0.10 0.10 0.11 0.09
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.11 0.09 0.09 0.07
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.03 0.09 0.08 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.04
N6 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.08 0.05 0.12 0.12 0.13 0.11
N7 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.13 0.12 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.08 0.04
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.09 0.06 0.03
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.05 0.07 0.08 0.10 0.03 0.05 0.00 0.02 0.07 0.17 0.11 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.11 0.08
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.06 0.12 0.13 0.07 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.12 0.12 0.06 0.09 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.04 0.11 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.06 0.11 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.04 0.11 0.10 0.04 0.03 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00