Doublet Group distance statistics: 52130

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 10, 7, 1, 1, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N4	A	0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O2	A	0, 0.005, 0.030, 0.056, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.030 std_dev=0.026
O4'	A	0, 0.067, 0.148, 0.229, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.148 std_dev=0.081
C2'	A	0, 0.078, 0.160, 0.243, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.160 std_dev=0.083
O2'	A	0, 0.062, 0.159, 0.256, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.159 std_dev=0.097
C4'	A	0, 0.110, 0.232, 0.354, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.232 std_dev=0.122
C3'	A	0, 0.124, 0.255, 0.387, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.255 std_dev=0.132
O5'	A	0, 0.129, 0.279, 0.429, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.279 std_dev=0.150
C4	B	0, 0.089, 0.246, 0.403, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.246 std_dev=0.157
N9	B	0, 0.113, 0.285, 0.457, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.285 std_dev=0.172
N3	B	0, 0.104, 0.277, 0.449, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.277 std_dev=0.172
O2'	B	0, 0.183, 0.362, 0.541, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.362 std_dev=0.179
C5'	A	0, 0.170, 0.357, 0.544, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.357 std_dev=0.187
C1'	B	0, 0.113, 0.307, 0.501, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.307 std_dev=0.194
C5	B	0, 0.072, 0.267, 0.461, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.267 std_dev=0.194
C2'	B	0, 0.131, 0.333, 0.534, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.333 std_dev=0.202
C2	B	0, 0.121, 0.326, 0.531, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.326 std_dev=0.205
O3'	A	0, 0.218, 0.431, 0.643, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.431 std_dev=0.213
C8	B	0, 0.131, 0.348, 0.565, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.348 std_dev=0.217
N7	B	0, 0.115, 0.340, 0.565, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.340 std_dev=0.225
P	A	0, 0.110, 0.337, 0.563, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.337 std_dev=0.227
C6	B	0, 0.058, 0.291, 0.523, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.291 std_dev=0.233
N1	B	0, 0.094, 0.328, 0.562, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.328 std_dev=0.234
O4'	B	0, 0.134, 0.373, 0.612, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.373 std_dev=0.239
O3'	B	0, 0.205, 0.458, 0.710, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.458 std_dev=0.252
C3'	B	0, 0.149, 0.404, 0.658, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.404 std_dev=0.254
OP2	A	0, 0.113, 0.375, 0.637, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.375 std_dev=0.262
C4'	B	0, 0.132, 0.411, 0.689, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.411 std_dev=0.278
P	B	0, 0.254, 0.543, 0.832, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.543 std_dev=0.289
N6	B	0, 0.055, 0.353, 0.650, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.353 std_dev=0.297
O5'	B	0, 0.164, 0.494, 0.825, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.494 std_dev=0.331
C5'	B	0, 0.127, 0.460, 0.792, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.460 std_dev=0.333
OP1	A	0, 0.102, 0.553, 1.004, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.553 std_dev=0.451
OP2	B	0, 0.695, 1.481, 2.267, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.481 std_dev=0.786
OP1	B	0, 0.716, 1.573, 2.429, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.573 std_dev=0.856

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.04	0.05	0.08	0.05
C2	0.02	0.00	0.06	0.07	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.06	0.08	0.14	0.08
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.05	0.04	0.10	0.00	0.02	0.00	0.05	0.12	0.09	0.07
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.02	0.06	0.03	0.07	0.05	0.10	0.01	0.00	0.01	0.08	0.15	0.12	0.09
C4	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.09	0.11	0.20	0.12
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02	0.00	0.02	0.05	0.04	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.03	0.10	0.12	0.20	0.12
C5'	0.02	0.03	0.02	0.02	0.06	0.01	0.07	0.00	0.07	0.03	0.04	0.06	0.03	0.03	0.04	0.01	0.01	0.06	0.04	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.03	0.09	0.10	0.16	0.10
N1	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.06	0.07	0.12	0.08
N3	0.01	0.00	0.05	0.07	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.07	0.09	0.17	0.10
N4	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.09	0.13	0.22	0.13
O2	0.03	0.01	0.10	0.10	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.14	0.03	0.05	0.07	0.12	0.07
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.04	0.03	0.08	0.00	0.04	0.03	0.05	0.11	0.09	0.05
O3'	0.02	0.09	0.02	0.00	0.07	0.02	0.07	0.04	0.07	0.04	0.09	0.07	0.14	0.04	0.00	0.02	0.12	0.24	0.21	0.16
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.00	0.05	0.07	0.09	0.07
O5'	0.04	0.06	0.05	0.08	0.09	0.02	0.10	0.01	0.09	0.06	0.07	0.09	0.05	0.05	0.12	0.05	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.05	0.08	0.12	0.15	0.11	0.05	0.12	0.06	0.10	0.07	0.09	0.13	0.07	0.11	0.24	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.14	0.09	0.12	0.20	0.04	0.20	0.04	0.16	0.12	0.17	0.22	0.12	0.09	0.21	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.08	0.07	0.09	0.12	0.02	0.12	0.01	0.10	0.08	0.10	0.13	0.07	0.05	0.16	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.19	0.09	0.09	0.16	0.08	0.19	0.08	0.20	0.19	0.20	0.17	0.21	0.21	0.14	0.14	0.09	0.12	0.08	0.59	0.37	0.08
C2	0.10	0.20	0.11	0.11	0.14	0.10	0.13	0.10	0.16	0.14	0.20	0.17	0.15	0.14	0.11	0.14	0.11	0.11	0.11	0.84	0.35	0.15
C2'	0.11	0.20	0.09	0.11	0.18	0.09	0.21	0.10	0.23	0.20	0.22	0.18	0.24	0.23	0.15	0.14	0.10	0.13	0.09	0.68	0.12	0.18
C3'	0.09	0.18	0.10	0.10	0.17	0.04	0.19	0.06	0.20	0.19	0.19	0.16	0.21	0.21	0.14	0.16	0.10	0.10	0.07	0.31	0.36	0.01
C4	0.13	0.19	0.14	0.14	0.11	0.13	0.08	0.10	0.09	0.15	0.15	0.17	0.11	0.14	0.12	0.17	0.17	0.13	0.09	0.81	0.51	0.13
C4'	0.10	0.17	0.10	0.10	0.15	0.06	0.17	0.09	0.18	0.18	0.18	0.15	0.19	0.20	0.14	0.17	0.13	0.10	0.11	0.08	0.63	0.16
C5	0.16	0.18	0.16	0.16	0.13	0.16	0.10	0.15	0.10	0.17	0.14	0.17	0.10	0.14	0.15	0.18	0.18	0.16	0.14	0.68	0.63	0.12
C5'	0.11	0.15	0.11	0.12	0.13	0.11	0.14	0.15	0.14	0.17	0.14	0.14	0.16	0.17	0.13	0.18	0.17	0.12	0.18	0.21	0.96	0.31
C6	0.15	0.18	0.14	0.13	0.15	0.14	0.13	0.14	0.13	0.19	0.16	0.17	0.12	0.16	0.15	0.16	0.14	0.16	0.14	0.62	0.62	0.10
N1	0.11	0.19	0.10	0.10	0.15	0.09	0.15	0.09	0.16	0.17	0.18	0.17	0.16	0.17	0.13	0.14	0.10	0.12	0.09	0.71	0.45	0.10
N3	0.12	0.20	0.12	0.12	0.12	0.11	0.10	0.10	0.12	0.15	0.18	0.17	0.11	0.14	0.11	0.15	0.14	0.12	0.11	0.88	0.40	0.16
N4	0.14	0.19	0.15	0.16	0.12	0.14	0.12	0.11	0.13	0.16	0.16	0.17	0.17	0.16	0.13	0.19	0.20	0.14	0.10	0.83	0.53	0.14
O2	0.11	0.21	0.12	0.12	0.15	0.12	0.15	0.14	0.19	0.14	0.22	0.18	0.20	0.15	0.12	0.14	0.11	0.12	0.16	0.88	0.23	0.19
O2'	0.12	0.22	0.10	0.11	0.20	0.10	0.24	0.11	0.26	0.21	0.25	0.19	0.29	0.26	0.17	0.14	0.10	0.15	0.09	0.62	0.11	0.22
O3'	0.10	0.18	0.12	0.13	0.17	0.04	0.21	0.02	0.22	0.20	0.20	0.15	0.25	0.23	0.15	0.17	0.14	0.09	0.02	0.01	0.02	0.00
O4'	0.10	0.18	0.09	0.09	0.15	0.07	0.16	0.08	0.17	0.18	0.18	0.16	0.18	0.19	0.13	0.16	0.12	0.10	0.10	0.30	0.61	0.07
O5'	0.09	0.13	0.09	0.11	0.10	0.14	0.11	0.20	0.12	0.16	0.13	0.12	0.13	0.15	0.10	0.17	0.14	0.13	0.26	0.13	0.98	0.23
OP1	0.19	0.18	0.19	0.28	0.13	0.27	0.09	0.29	0.11	0.09	0.15	0.18	0.11	0.08	0.12	0.24	0.38	0.22	0.32	0.50	1.16	0.44
OP2	0.12	0.17	0.15	0.26	0.08	0.30	0.10	0.39	0.13	0.16	0.16	0.13	0.14	0.13	0.10	0.10	0.15	0.22	0.41	0.25	0.98	0.27
P	0.07	0.13	0.07	0.12	0.08	0.16	0.10	0.24	0.11	0.14	0.13	0.11	0.13	0.13	0.08	0.13	0.14	0.12	0.31	0.21	1.08	0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.06	0.57	0.38	0.10
C2	0.03	0.00	0.06	0.06	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.12	0.05	0.10	0.90	0.37	0.18
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.05	0.05	0.04	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.30	0.71	0.18
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.04	0.06	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.13	0.74	0.26
C4	0.02	0.00	0.03	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.08	0.03	0.11	0.89	0.30	0.20
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.05	0.04	0.05	0.04	0.05	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.14	0.27	0.07
C5	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.07	0.03	0.14	1.03	0.23	0.27
C5'	0.02	0.05	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.07	0.09	0.06	0.05	0.09	0.10	0.05	0.02	0.02	0.01	0.01	0.10	0.08	0.01
C6	0.02	0.00	0.04	0.02	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.08	0.03	0.14	1.06	0.24	0.28
C8	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.05	0.04	0.04	0.15	0.99	0.18	0.29
N1	0.03	0.00	0.05	0.04	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.11	0.04	0.12	1.00	0.30	0.23
N3	0.04	0.00	0.05	0.06	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.11	0.05	0.09	0.82	0.39	0.15
N6	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.09	0.07	0.04	0.16	1.12	0.23	0.32
N7	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.04	0.04	0.16	1.09	0.21	0.33
N9	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.11	0.83	0.27	0.19
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.06	0.01	0.07	0.02	0.09	0.05	0.10	0.08	0.09	0.06	0.03	0.00	0.04	0.01	0.03	0.27	0.91	0.25
O3'	0.05	0.12	0.02	0.00	0.08	0.02	0.07	0.02	0.08	0.04	0.11	0.11	0.07	0.04	0.05	0.04	0.00	0.04	0.05	0.15	0.78	0.27
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.04	0.05	0.04	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.55	0.14	0.17
O5'	0.06	0.10	0.03	0.05	0.11	0.01	0.14	0.01	0.14	0.15	0.12	0.09	0.16	0.16	0.11	0.03	0.05	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.57	0.90	0.30	0.13	0.89	0.14	1.03	0.10	1.06	0.99	1.00	0.82	1.12	1.09	0.83	0.27	0.15	0.55	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.38	0.37	0.71	0.74	0.30	0.27	0.23	0.08	0.24	0.18	0.30	0.39	0.23	0.21	0.27	0.91	0.78	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.18	0.18	0.26	0.20	0.07	0.27	0.01	0.28	0.29	0.23	0.15	0.32	0.33	0.19	0.25	0.27	0.17	0.00	0.01	0.01	0.00