ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 4, 3, 14, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.052 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.034, 0.083, 0.132, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.083 std_dev=0.049
C8 B 0, 0.185, 0.312, 0.439, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.312 std_dev=0.127
N7 B 0, 0.171, 0.299, 0.427, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.299 std_dev=0.128
N9 B 0, 0.234, 0.371, 0.508, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.371 std_dev=0.137
C1' B 0, 0.331, 0.470, 0.609, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.470 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.194, 0.335, 0.476, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.335 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.232, 0.380, 0.529, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.380 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.196, 0.364, 0.533, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.364 std_dev=0.168
N6 B 0, 0.193, 0.361, 0.529, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.361 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.460, 0.639, 0.817, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.639 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.269, 0.452, 0.635, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.452 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.457, 0.661, 0.865, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.661 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.220, 0.431, 0.642, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.431 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.348, 0.564, 0.779, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.564 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.256, 0.473, 0.690, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.473 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.218, 0.443, 0.669, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.443 std_dev=0.226
O4' A 0, -0.038, 0.193, 0.425, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.193 std_dev=0.232
O3' B 0, 0.333, 0.572, 0.810, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.572 std_dev=0.238
C2' A 0, -0.079, 0.173, 0.424, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.173 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.421, 0.711, 1.001, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.711 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.090, 0.427, 0.765, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.427 std_dev=0.338
O2' A 0, -0.152, 0.187, 0.526, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.187 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.029, 0.371, 0.713, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.371 std_dev=0.342
C4' A 0, 0.042, 0.391, 0.740, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.391 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.308, 0.673, 1.037, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.673 std_dev=0.365
O3' A 0, 0.112, 0.490, 0.868, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.490 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.312, 0.701, 1.090, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.701 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.201, 0.654, 1.106, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.654 std_dev=0.453
P A 0, 0.167, 0.666, 1.165, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.666 std_dev=0.499
P B 0, 0.229, 0.731, 1.233, 3.139 max_d=3.139 avg_d=0.731 std_dev=0.502
C5' A 0, 0.050, 0.643, 1.236, 3.607 max_d=3.607 avg_d=0.643 std_dev=0.593
OP1 A 0, 0.124, 0.721, 1.318, 3.443 max_d=3.443 avg_d=0.721 std_dev=0.597
OP1 B 0, 0.161, 0.798, 1.435, 3.924 max_d=3.924 avg_d=0.798 std_dev=0.637
OP2 A 0, -0.042, 0.664, 1.370, 4.174 max_d=4.174 avg_d=0.664 std_dev=0.706

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.18 0.20 0.09
C2 0.01 0.00 0.11 0.14 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.06 0.13 0.31 0.28 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.04 0.19 0.00 0.02 0.00 0.17 0.28 0.20 0.16
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.16 0.00 0.12 0.01 0.09 0.10 0.17 0.18 0.15 0.02 0.01 0.01 0.16 0.20 0.11 0.13
C4 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.12 0.37 0.19 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.04 0.10 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.05 0.10 0.33 0.16 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.20 0.09 0.09 0.18 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.07 0.09 0.27 0.14 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.10 0.26 0.20 0.12
N3 0.01 0.00 0.09 0.17 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05 0.13 0.36 0.27 0.18
N4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.02 0.12 0.40 0.19 0.17
O2 0.02 0.00 0.19 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.10 0.14 0.29 0.34 0.19
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.08 0.08 0.14 0.07 0.14 0.05 0.04 0.09 0.13 0.00 0.06 0.07 0.05 0.12 0.14 0.06
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.14 0.01 0.11 0.04 0.08 0.05 0.13 0.17 0.10 0.06 0.00 0.02 0.08 0.09 0.06 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.10 0.07 0.02 0.00 0.05 0.10 0.19 0.06
O5' 0.09 0.13 0.17 0.16 0.12 0.01 0.10 0.01 0.09 0.10 0.13 0.12 0.14 0.05 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.31 0.28 0.20 0.37 0.03 0.33 0.03 0.27 0.26 0.36 0.40 0.29 0.12 0.09 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.28 0.20 0.11 0.19 0.09 0.16 0.03 0.14 0.20 0.27 0.19 0.34 0.14 0.06 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.16 0.13 0.16 0.03 0.12 0.01 0.10 0.12 0.18 0.17 0.19 0.06 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.13 0.08 0.13 0.09 0.07 0.09 0.10 0.14 0.08 0.15 0.11 0.17 0.07 0.07 0.12 0.11 0.09 0.20 0.31 0.40 0.34
C2 0.07 0.13 0.12 0.15 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.14 0.10 0.14 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.18 0.24 0.36 0.29
C2' 0.07 0.09 0.08 0.15 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.12 0.11 0.08 0.16 0.27 0.30 0.28
C3' 0.29 0.23 0.28 0.19 0.28 0.29 0.28 0.41 0.24 0.32 0.22 0.26 0.22 0.32 0.30 0.37 0.20 0.27 0.49 0.63 0.63 0.63
C4 0.06 0.10 0.13 0.17 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.06 0.09 0.13 0.06 0.12 0.13 0.27 0.19
C4' 0.25 0.10 0.25 0.18 0.18 0.27 0.17 0.42 0.11 0.30 0.09 0.14 0.11 0.26 0.24 0.35 0.18 0.24 0.53 0.70 0.76 0.71
C5 0.07 0.11 0.09 0.17 0.08 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.12 0.09 0.13 0.08 0.07 0.16 0.13 0.09 0.12 0.15 0.26 0.19
C5' 0.43 0.20 0.45 0.37 0.32 0.48 0.30 0.64 0.21 0.47 0.17 0.27 0.17 0.40 0.41 0.53 0.34 0.42 0.74 0.94 0.99 0.94
C6 0.08 0.12 0.08 0.15 0.09 0.10 0.11 0.08 0.13 0.07 0.14 0.10 0.15 0.09 0.07 0.16 0.12 0.10 0.14 0.21 0.32 0.25
N1 0.07 0.13 0.09 0.15 0.08 0.08 0.09 0.08 0.13 0.07 0.14 0.11 0.15 0.06 0.07 0.11 0.11 0.08 0.18 0.25 0.36 0.29
N3 0.07 0.11 0.15 0.16 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.07 0.10 0.12 0.06 0.16 0.18 0.31 0.24
N4 0.08 0.12 0.17 0.18 0.11 0.11 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.14 0.07 0.11 0.10 0.22 0.15
O2 0.09 0.15 0.14 0.15 0.10 0.09 0.10 0.12 0.14 0.09 0.17 0.13 0.17 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.21 0.27 0.38 0.32
O2' 0.24 0.21 0.23 0.31 0.23 0.25 0.24 0.15 0.23 0.24 0.21 0.22 0.23 0.25 0.24 0.12 0.25 0.28 0.06 0.13 0.18 0.13
O3' 0.30 0.22 0.30 0.23 0.26 0.34 0.26 0.49 0.22 0.31 0.20 0.24 0.19 0.30 0.29 0.37 0.24 0.30 0.57 0.75 0.72 0.74
O4' 0.12 0.11 0.11 0.07 0.08 0.11 0.08 0.24 0.11 0.16 0.13 0.08 0.14 0.13 0.11 0.22 0.08 0.10 0.35 0.49 0.58 0.51
O5' 0.12 0.08 0.14 0.07 0.06 0.13 0.07 0.27 0.09 0.15 0.10 0.06 0.12 0.11 0.11 0.26 0.08 0.09 0.35 0.57 0.61 0.55
OP1 0.19 0.27 0.20 0.29 0.21 0.20 0.19 0.11 0.23 0.13 0.26 0.25 0.22 0.14 0.18 0.14 0.36 0.23 0.11 0.29 0.33 0.26
OP2 0.27 0.12 0.30 0.24 0.12 0.31 0.10 0.47 0.10 0.29 0.14 0.10 0.13 0.19 0.23 0.40 0.20 0.26 0.56 0.78 0.88 0.77
P 0.14 0.09 0.16 0.10 0.06 0.14 0.06 0.27 0.08 0.17 0.11 0.07 0.12 0.12 0.12 0.28 0.11 0.12 0.34 0.55 0.62 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.15 0.12 0.20 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.13 0.27 0.28 0.32 0.31
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.28 0.22
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.07 0.26 0.26 0.31 0.29
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.28 0.31 0.35 0.34
C5' 0.05 0.19 0.10 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.20 0.11 0.20 0.16 0.21 0.14 0.11 0.05 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.07 0.30 0.35 0.38 0.37
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.06 0.23 0.25 0.32 0.28
N1 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.11 0.30 0.33 0.36 0.35
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.12 0.25 0.24 0.29 0.27
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.31 0.39 0.40 0.40
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03 0.26 0.31 0.36 0.34
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.22 0.21 0.28 0.25
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.05 0.05 0.12 0.10 0.14 0.04 0.09 0.03 0.00 0.05 0.03 0.18 0.17 0.36 0.23
O3' 0.11 0.14 0.01 0.00 0.10 0.01 0.07 0.08 0.09 0.03 0.12 0.14 0.08 0.04 0.08 0.05 0.00 0.10 0.13 0.21 0.11 0.14
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.11 0.12 0.06 0.03 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O5' 0.15 0.27 0.19 0.04 0.26 0.01 0.28 0.00 0.30 0.23 0.30 0.25 0.31 0.26 0.22 0.18 0.13 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.28 0.19 0.06 0.26 0.04 0.31 0.04 0.35 0.25 0.33 0.24 0.39 0.31 0.21 0.17 0.21 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.32 0.28 0.05 0.31 0.02 0.35 0.01 0.38 0.32 0.36 0.29 0.40 0.36 0.28 0.36 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.31 0.22 0.04 0.29 0.01 0.34 0.02 0.37 0.28 0.35 0.27 0.40 0.34 0.25 0.23 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00