ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 0, 9, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.024, 0.058, 0.091, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.058 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.020, 0.059, 0.097, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.059 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.054, 0.126, 0.197, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.126 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.066, 0.141, 0.216, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.141 std_dev=0.075
C2 B 0, 0.134, 0.222, 0.310, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.222 std_dev=0.088
N1 B 0, 0.117, 0.205, 0.294, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.205 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.081, 0.175, 0.270, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.175 std_dev=0.094
C6 B 0, 0.093, 0.188, 0.282, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.188 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.083, 0.178, 0.274, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.178 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.086, 0.186, 0.286, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.186 std_dev=0.100
N6 B 0, 0.086, 0.197, 0.308, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.197 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.098, 0.214, 0.329, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.214 std_dev=0.116
C5 B 0, 0.088, 0.206, 0.323, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.206 std_dev=0.117
N3 B 0, 0.111, 0.233, 0.355, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.233 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.113, 0.249, 0.386, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.249 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.089, 0.226, 0.363, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.226 std_dev=0.137
C5' A 0, 0.124, 0.269, 0.413, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.269 std_dev=0.144
N7 B 0, 0.100, 0.246, 0.391, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.246 std_dev=0.145
P A 0, 0.130, 0.306, 0.481, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.306 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.102, 0.288, 0.473, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.288 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.082, 0.271, 0.460, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.271 std_dev=0.189
OP2 A 0, 0.128, 0.326, 0.524, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.326 std_dev=0.198
OP1 A 0, 0.138, 0.339, 0.539, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.339 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.095, 0.320, 0.544, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.320 std_dev=0.224
O4' B 0, 0.113, 0.357, 0.601, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.357 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.117, 0.386, 0.654, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.386 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.100, 0.373, 0.647, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.373 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.118, 0.408, 0.698, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.408 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.130, 0.423, 0.716, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.423 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.116, 0.414, 0.711, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.414 std_dev=0.298
C5' B 0, 0.123, 0.452, 0.781, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.452 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.121, 0.475, 0.829, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.475 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.185, 0.539, 0.893, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.539 std_dev=0.354
P B 0, 0.172, 0.562, 0.952, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.562 std_dev=0.390
OP1 B 0, 0.208, 0.646, 1.084, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.646 std_dev=0.438

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.08 0.11 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.08 0.10 0.13 0.10
O2 0.05 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07 0.06
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05
O5' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.09 0.04 0.04 0.11 0.03 0.11 0.02 0.08 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.04 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.13 0.13 0.11 0.13 0.14 0.16 0.14
C2 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.13 0.14 0.15 0.14
C2' 0.10 0.07 0.11 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.09 0.16 0.12 0.09 0.11 0.13 0.15 0.13
C3' 0.10 0.07 0.11 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.17 0.12 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11
C4 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.11 0.11 0.13 0.07 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.14 0.17 0.16 0.15
C4' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.13 0.09 0.07 0.11 0.14 0.15 0.13
C5 0.14 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.17 0.11 0.14 0.12 0.15 0.08 0.13 0.15 0.11 0.14 0.14 0.18 0.19 0.20 0.19
C5' 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.06 0.11 0.08 0.06 0.12 0.16 0.16 0.14
C6 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.17 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.14 0.12 0.15 0.14 0.19 0.19 0.20 0.19
N1 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.15 0.17 0.16
N3 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.14 0.11 0.12 0.14 0.14 0.13
N4 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.14 0.08 0.11 0.11 0.14 0.06 0.09 0.12 0.10 0.13 0.13 0.15 0.18 0.16 0.15
O2 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12 0.12 0.16 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14
O2' 0.14 0.09 0.15 0.14 0.10 0.14 0.09 0.15 0.11 0.15 0.11 0.09 0.15 0.11 0.13 0.18 0.16 0.14 0.15 0.14 0.17 0.16
O3' 0.12 0.08 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.18 0.14 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11
O4' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.11 0.09 0.12 0.14 0.16 0.14
O5' 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.12 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07 0.14 0.18 0.19 0.16
OP1 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.13 0.11 0.10 0.09 0.07 0.13 0.12 0.08 0.12 0.09 0.08 0.15 0.21 0.18 0.18
OP2 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11 0.13 0.09 0.07 0.13 0.14 0.09 0.11 0.09 0.09 0.17 0.21 0.18 0.18
P 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.08 0.06 0.12 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08 0.15 0.20 0.18 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.05 0.08 0.08 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.07 0.09 0.11 0.08
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03 0.07 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.09 0.10 0.10 0.09
N1 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.07 0.08 0.11 0.08
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.04 0.07 0.11 0.15 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.09 0.12 0.13 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.13 0.10
O3' 0.06 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.10 0.05 0.12 0.13 0.10 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.11 0.06 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
O5' 0.03 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.06 0.09 0.03 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.12 0.08 0.12 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.09 0.06 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.07 0.15 0.13 0.06 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.07 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.05 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00