ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 3, 1, 4, 3, 4, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.046 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.013, 0.040, 0.068, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.040 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.125, 0.302, 0.479, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.302 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.117, 0.304, 0.491, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.304 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.275, 0.468, 0.660, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.468 std_dev=0.192
C5 B 0, 0.269, 0.473, 0.677, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.473 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.337, 0.541, 0.745, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.541 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.207, 0.413, 0.620, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.413 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.348, 0.577, 0.806, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.577 std_dev=0.229
O2' A 0, 0.170, 0.404, 0.637, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.404 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.203, 0.461, 0.718, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.461 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.353, 0.612, 0.871, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.612 std_dev=0.259
N6 B 0, 0.262, 0.536, 0.811, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.536 std_dev=0.275
N7 B 0, 0.315, 0.610, 0.905, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.610 std_dev=0.295
C3' A 0, 0.215, 0.522, 0.828, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.522 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.406, 0.743, 1.081, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.743 std_dev=0.338
C8 B 0, 0.405, 0.752, 1.098, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.752 std_dev=0.346
O5' A 0, 0.131, 0.517, 0.902, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.517 std_dev=0.385
P A 0, 0.168, 0.568, 0.968, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.568 std_dev=0.400
C5' A 0, 0.355, 0.795, 1.234, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.795 std_dev=0.440
O3' A 0, 0.286, 0.771, 1.256, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.771 std_dev=0.485
C1' B 0, 0.440, 0.939, 1.439, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.939 std_dev=0.500
P B 0, 0.308, 0.808, 1.309, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.808 std_dev=0.501
C2' B 0, 0.420, 0.970, 1.520, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.970 std_dev=0.550
O5' B 0, 0.255, 0.810, 1.365, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.810 std_dev=0.555
O2' B 0, 0.545, 1.128, 1.711, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.128 std_dev=0.583
O4' B 0, 0.417, 1.031, 1.644, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.031 std_dev=0.614
C5' B 0, 0.295, 1.011, 1.727, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.011 std_dev=0.716
C4' B 0, 0.358, 1.097, 1.836, 2.792 max_d=2.792 avg_d=1.097 std_dev=0.739
C3' B 0, 0.359, 1.100, 1.841, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.100 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.606, 1.385, 2.163, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.385 std_dev=0.778
OP1 B 0, 0.857, 1.708, 2.559, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.708 std_dev=0.851
OP1 A 0, 0.131, 1.016, 1.901, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.016 std_dev=0.885
OP2 A 0, 0.016, 1.024, 2.032, 3.613 max_d=3.613 avg_d=1.024 std_dev=1.008
O3' B 0, 0.473, 1.481, 2.490, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.481 std_dev=1.008

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.41 0.20 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.04 0.17 0.61 0.37 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.07 0.26 0.15 0.11
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.14 0.01 0.19 0.02 0.18 0.09 0.10 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.05 0.27 0.79 0.61 0.24
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.19 0.24 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.19 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.21 0.06 0.29 0.79 0.61 0.24
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.16 0.09 0.13 0.19 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.28 0.31 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.19 0.07 0.24 0.66 0.41 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.16 0.56 0.30 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.04 0.22 0.71 0.50 0.20
N4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.05 0.29 0.85 0.72 0.28
O2 0.03 0.01 0.13 0.10 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.15 0.06 0.13 0.54 0.31 0.15
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.04 0.12 0.08 0.21 0.00 0.06 0.07 0.08 0.20 0.19 0.10
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.14 0.02 0.21 0.05 0.19 0.06 0.08 0.16 0.15 0.06 0.00 0.02 0.18 0.32 0.30 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.10 0.39 0.32 0.17
O5' 0.07 0.17 0.07 0.12 0.27 0.02 0.29 0.01 0.24 0.16 0.22 0.29 0.13 0.08 0.18 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.41 0.61 0.26 0.16 0.79 0.19 0.79 0.28 0.66 0.56 0.71 0.85 0.54 0.20 0.32 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.37 0.15 0.19 0.61 0.24 0.61 0.31 0.41 0.30 0.50 0.72 0.31 0.19 0.30 0.32 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.16 0.11 0.13 0.24 0.06 0.24 0.02 0.18 0.14 0.20 0.28 0.15 0.10 0.21 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.29 0.33 0.33 0.17 0.15 0.13 0.12 0.21 0.18 0.27 0.25 0.24 0.16 0.15 0.59 0.52 0.14 0.18 0.63 0.24 0.34
C2 0.23 0.30 0.29 0.31 0.18 0.17 0.13 0.16 0.17 0.29 0.27 0.27 0.22 0.29 0.20 0.56 0.40 0.19 0.21 0.84 0.17 0.35
C2' 0.22 0.27 0.35 0.28 0.19 0.16 0.20 0.24 0.27 0.18 0.29 0.23 0.31 0.18 0.18 0.55 0.42 0.19 0.27 0.76 0.09 0.44
C3' 0.26 0.27 0.39 0.18 0.23 0.15 0.26 0.24 0.29 0.24 0.28 0.25 0.31 0.27 0.22 0.57 0.37 0.23 0.29 0.40 0.23 0.39
C4 0.31 0.32 0.35 0.38 0.21 0.30 0.17 0.27 0.14 0.31 0.22 0.32 0.26 0.32 0.27 0.58 0.43 0.28 0.28 0.81 0.22 0.34
C4' 0.19 0.26 0.34 0.22 0.18 0.12 0.20 0.21 0.24 0.19 0.27 0.23 0.27 0.22 0.16 0.58 0.52 0.17 0.27 0.20 0.57 0.40
C5 0.36 0.29 0.40 0.44 0.20 0.37 0.12 0.34 0.11 0.32 0.20 0.31 0.20 0.28 0.28 0.63 0.49 0.34 0.33 0.72 0.30 0.35
C5' 0.24 0.28 0.36 0.26 0.22 0.25 0.23 0.32 0.26 0.24 0.28 0.26 0.28 0.25 0.21 0.58 0.58 0.25 0.33 0.18 0.82 0.39
C6 0.31 0.29 0.37 0.41 0.18 0.31 0.09 0.29 0.13 0.28 0.23 0.28 0.18 0.24 0.23 0.63 0.51 0.28 0.30 0.67 0.32 0.34
N1 0.24 0.30 0.32 0.34 0.17 0.20 0.09 0.17 0.17 0.25 0.26 0.27 0.20 0.22 0.18 0.59 0.47 0.19 0.22 0.73 0.22 0.33
N3 0.25 0.32 0.29 0.32 0.19 0.21 0.18 0.20 0.16 0.31 0.25 0.29 0.27 0.34 0.23 0.55 0.38 0.22 0.24 0.87 0.17 0.34
N4 0.33 0.33 0.37 0.41 0.24 0.33 0.22 0.30 0.20 0.31 0.21 0.34 0.33 0.33 0.28 0.57 0.46 0.31 0.30 0.83 0.23 0.34
O2 0.22 0.30 0.28 0.30 0.18 0.16 0.15 0.18 0.19 0.29 0.28 0.25 0.23 0.29 0.20 0.54 0.40 0.19 0.22 0.88 0.21 0.37
O2' 0.23 0.31 0.36 0.25 0.22 0.20 0.24 0.32 0.32 0.21 0.34 0.25 0.37 0.21 0.20 0.54 0.40 0.23 0.34 0.85 0.19 0.56
O3' 0.38 0.29 0.48 0.24 0.31 0.37 0.32 0.49 0.33 0.36 0.31 0.29 0.36 0.35 0.34 0.57 0.30 0.43 0.50 0.51 0.30 0.65
O4' 0.21 0.29 0.35 0.38 0.16 0.20 0.13 0.14 0.20 0.15 0.26 0.26 0.23 0.15 0.13 0.62 0.63 0.15 0.16 0.34 0.48 0.29
O5' 0.19 0.27 0.33 0.31 0.16 0.26 0.19 0.27 0.25 0.21 0.27 0.22 0.28 0.23 0.13 0.60 0.63 0.17 0.19 0.27 0.65 0.18
OP1 0.48 0.76 0.46 0.47 0.63 0.47 0.62 0.56 0.68 0.50 0.75 0.71 0.67 0.54 0.53 0.69 0.85 0.44 0.50 0.37 0.93 0.48
OP2 0.80 0.79 0.85 0.79 0.71 0.77 0.64 0.72 0.67 0.61 0.74 0.79 0.63 0.58 0.70 1.05 0.81 0.75 0.65 0.55 0.70 0.41
P 0.27 0.27 0.31 0.38 0.21 0.40 0.24 0.43 0.27 0.30 0.28 0.23 0.30 0.29 0.23 0.53 0.72 0.31 0.36 0.34 0.72 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.25 0.00 0.13 0.51 0.13 0.18
C2 0.05 0.00 0.17 0.14 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.29 0.33 0.10 0.17 0.77 0.28 0.24
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.15 0.10 0.09 0.14 0.17 0.09 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.28 0.42 0.35 0.31
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.18 0.21 0.16 0.13 0.20 0.22 0.13 0.02 0.01 0.02 0.10 0.19 0.30 0.12
C4 0.02 0.02 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.21 0.05 0.17 0.74 0.25 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.17 0.04 0.00 0.02 0.21 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.04 0.22 0.83 0.35 0.28
C5' 0.06 0.09 0.15 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.11 0.08 0.16 0.16 0.08 0.08 0.15 0.02 0.01 0.17 0.19 0.01
C6 0.03 0.00 0.10 0.18 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.18 0.06 0.24 0.86 0.39 0.30
C8 0.02 0.02 0.09 0.21 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.20 0.11 0.06 0.23 0.76 0.31 0.26
N1 0.04 0.00 0.14 0.16 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.26 0.09 0.21 0.83 0.34 0.27
N3 0.05 0.00 0.17 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.34 0.10 0.16 0.70 0.23 0.22
N6 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.16 0.07 0.27 0.90 0.46 0.33
N7 0.02 0.01 0.07 0.22 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.12 0.05 0.26 0.85 0.41 0.31
N9 0.01 0.03 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.14 0.01 0.16 0.67 0.20 0.21
O2' 0.01 0.29 0.00 0.02 0.22 0.17 0.25 0.08 0.28 0.20 0.29 0.26 0.30 0.24 0.15 0.00 0.06 0.12 0.24 0.39 0.41 0.30
O3' 0.25 0.33 0.04 0.01 0.21 0.04 0.14 0.15 0.18 0.11 0.26 0.34 0.16 0.12 0.14 0.06 0.00 0.19 0.22 0.36 0.47 0.30
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.07 0.05 0.01 0.12 0.19 0.00 0.07 0.45 0.14 0.17
O5' 0.13 0.17 0.28 0.10 0.17 0.02 0.22 0.01 0.24 0.23 0.21 0.16 0.27 0.26 0.16 0.24 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.77 0.42 0.19 0.74 0.21 0.83 0.17 0.86 0.76 0.83 0.70 0.90 0.85 0.67 0.39 0.36 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.28 0.35 0.30 0.25 0.13 0.35 0.19 0.39 0.31 0.34 0.23 0.46 0.41 0.20 0.41 0.47 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.24 0.31 0.12 0.23 0.05 0.28 0.01 0.30 0.26 0.27 0.22 0.33 0.31 0.21 0.30 0.30 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00