ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.032, 0.068, 0.105, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.068 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.042, 0.096, 0.151, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.096 std_dev=0.054
C8 B 0, 0.256, 0.446, 0.636, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.446 std_dev=0.190
N7 B 0, 0.281, 0.483, 0.685, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.483 std_dev=0.202
C5 B 0, 0.270, 0.492, 0.715, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.492 std_dev=0.223
N9 B 0, 0.404, 0.637, 0.870, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.637 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.390, 0.628, 0.865, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.628 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.335, 0.580, 0.824, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.580 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.320, 0.595, 0.870, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.595 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.443, 0.739, 1.034, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.739 std_dev=0.295
N6 B 0, 0.601, 0.908, 1.216, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.908 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.322, 0.631, 0.940, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.631 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.625, 0.954, 1.282, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.954 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.848, 1.469, 2.091, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.469 std_dev=0.622
C2' B 0, 1.357, 2.050, 2.743, 2.451 max_d=2.451 avg_d=2.050 std_dev=0.693
O3' B 0, 1.379, 2.104, 2.829, 2.649 max_d=2.649 avg_d=2.104 std_dev=0.725
O4' A 0, 1.551, 2.327, 3.103, 2.642 max_d=2.642 avg_d=2.327 std_dev=0.776
C2' A 0, 1.626, 2.442, 3.258, 2.766 max_d=2.766 avg_d=2.442 std_dev=0.816
C3' B 0, 1.524, 2.350, 3.176, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.350 std_dev=0.826
O2' B 0, 1.649, 2.509, 3.368, 3.163 max_d=3.163 avg_d=2.509 std_dev=0.859
C4' B 0, 1.350, 2.219, 3.087, 3.007 max_d=3.007 avg_d=2.219 std_dev=0.868
C4' A 0, 1.990, 2.987, 3.985, 3.398 max_d=3.398 avg_d=2.987 std_dev=0.997
O3' A 0, 2.014, 3.024, 4.035, 3.479 max_d=3.479 avg_d=3.024 std_dev=1.011
C3' A 0, 2.055, 3.086, 4.117, 3.521 max_d=3.521 avg_d=3.086 std_dev=1.031
OP2 B 0, 2.102, 3.275, 4.448, 4.219 max_d=4.219 avg_d=3.275 std_dev=1.173
O2' A 0, 2.430, 3.648, 4.866, 4.127 max_d=4.127 avg_d=3.648 std_dev=1.218
C5' B 0, 2.077, 3.305, 4.532, 4.241 max_d=4.241 avg_d=3.305 std_dev=1.228
O5' B 0, 2.253, 3.485, 4.716, 4.307 max_d=4.307 avg_d=3.485 std_dev=1.232
P B 0, 2.607, 4.021, 5.434, 4.987 max_d=4.987 avg_d=4.021 std_dev=1.414
OP1 B 0, 2.955, 4.495, 6.035, 5.353 max_d=5.353 avg_d=4.495 std_dev=1.540
C5' A 0, 3.776, 5.665, 7.554, 6.372 max_d=6.372 avg_d=5.665 std_dev=1.889
O5' A 0, 4.390, 6.585, 8.781, 7.391 max_d=7.391 avg_d=6.585 std_dev=2.195
P A 0, 6.253, 9.380, 12.507, 10.505 max_d=10.505 avg_d=9.380 std_dev=3.127
OP1 A 0, 6.659, 9.990, 13.322, 11.225 max_d=11.225 avg_d=9.990 std_dev=3.331
OP2 A 0, 6.861, 10.293, 13.724, 11.527 max_d=11.527 avg_d=10.293 std_dev=3.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.07 0.11 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.19 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.12 0.07 0.21 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03 0.13 0.13 0.19 0.17
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.05 0.18 0.06 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.24 0.26 0.35 0.30
C5' 0.02 0.15 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.13 0.07 0.26 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.25 0.25 0.34 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.12 0.10 0.15 0.13
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06
N4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.04 0.04 0.13 0.15 0.20 0.18
O2 0.02 0.00 0.10 0.21 0.01 0.18 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.12 0.17 0.21 0.21 0.18
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.11 0.06 0.11 0.03 0.11 0.06 0.10 0.12 0.10 0.00 0.03 0.04 0.11 0.11 0.19 0.13
O3' 0.07 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.08 0.05 0.06 0.04 0.11 0.03 0.00 0.05 0.03 0.10 0.06 0.05
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.12 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.09 0.07 0.17 0.09 0.13 0.00 0.24 0.00 0.25 0.12 0.07 0.13 0.17 0.11 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.08 0.14 0.07 0.13 0.05 0.26 0.05 0.25 0.10 0.07 0.15 0.21 0.11 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.08 0.19 0.06 0.19 0.04 0.35 0.08 0.34 0.15 0.08 0.20 0.21 0.19 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.05 0.17 0.07 0.17 0.01 0.30 0.01 0.30 0.13 0.06 0.18 0.18 0.13 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08 0.14 0.12 0.10 0.14 0.40 0.19 0.21
C2 0.09 0.11 0.14 0.14 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.16 0.12 0.08 0.16 0.12 0.09 0.15 0.37 0.21 0.21
C2' 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.16 0.09 0.14 0.19 0.11 0.11 0.16 0.21 0.15 0.18 0.13 0.14 0.08 0.23 0.31 0.11
C3' 0.10 0.11 0.12 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.15 0.11 0.08 0.10 0.14 0.10 0.17 0.12 0.11 0.11 0.18 0.36 0.14
C4 0.10 0.11 0.19 0.17 0.07 0.12 0.08 0.15 0.08 0.11 0.08 0.11 0.12 0.13 0.08 0.21 0.14 0.09 0.18 0.33 0.21 0.22
C4' 0.06 0.19 0.07 0.07 0.12 0.05 0.14 0.05 0.19 0.08 0.21 0.15 0.21 0.10 0.08 0.16 0.09 0.07 0.05 0.27 0.24 0.11
C5 0.12 0.17 0.18 0.18 0.12 0.15 0.08 0.17 0.09 0.07 0.14 0.17 0.09 0.09 0.09 0.17 0.15 0.12 0.20 0.34 0.22 0.24
C5' 0.06 0.26 0.14 0.14 0.13 0.07 0.17 0.06 0.27 0.08 0.31 0.18 0.34 0.10 0.06 0.23 0.16 0.05 0.09 0.19 0.35 0.16
C6 0.13 0.16 0.16 0.17 0.13 0.16 0.10 0.18 0.10 0.07 0.13 0.17 0.08 0.07 0.11 0.15 0.15 0.14 0.20 0.38 0.22 0.25
N1 0.09 0.11 0.13 0.14 0.08 0.12 0.06 0.14 0.06 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08 0.07 0.14 0.12 0.09 0.16 0.39 0.21 0.22
N3 0.11 0.11 0.17 0.16 0.10 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.11 0.11 0.17 0.15 0.10 0.20 0.14 0.10 0.17 0.34 0.21 0.21
N4 0.12 0.11 0.21 0.19 0.08 0.14 0.10 0.16 0.10 0.13 0.09 0.10 0.13 0.14 0.10 0.27 0.17 0.10 0.19 0.30 0.21 0.22
O2 0.10 0.12 0.14 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.10 0.13 0.12 0.20 0.13 0.10 0.16 0.12 0.10 0.15 0.37 0.21 0.20
O2' 0.21 0.24 0.18 0.17 0.25 0.18 0.29 0.15 0.29 0.26 0.26 0.23 0.31 0.31 0.24 0.22 0.19 0.22 0.13 0.24 0.31 0.12
O3' 0.13 0.09 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.14 0.12 0.18 0.10 0.10 0.13 0.18 0.14 0.18 0.14 0.15 0.13 0.18 0.36 0.13
O4' 0.13 0.21 0.11 0.12 0.17 0.14 0.18 0.16 0.20 0.13 0.21 0.19 0.21 0.16 0.14 0.14 0.12 0.15 0.16 0.39 0.18 0.21
O5' 0.18 0.17 0.30 0.29 0.07 0.21 0.09 0.19 0.21 0.15 0.24 0.10 0.32 0.09 0.12 0.38 0.31 0.14 0.23 0.22 0.46 0.28
OP1 0.31 0.15 0.46 0.49 0.09 0.38 0.07 0.38 0.20 0.24 0.23 0.09 0.31 0.11 0.21 0.54 0.50 0.28 0.41 0.38 0.64 0.47
OP2 0.42 0.14 0.58 0.60 0.15 0.50 0.07 0.50 0.19 0.34 0.24 0.11 0.33 0.18 0.31 0.66 0.61 0.39 0.52 0.48 0.73 0.57
P 0.29 0.15 0.44 0.46 0.08 0.35 0.07 0.34 0.21 0.23 0.25 0.08 0.34 0.11 0.20 0.54 0.48 0.25 0.37 0.33 0.59 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.11 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.08 0.09 0.13 0.20 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.18 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.18 0.11 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.08 0.15 0.20 0.10
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.09 0.19 0.24 0.13
C5' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06 0.10 0.09 0.08 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.05 0.10 0.19 0.24 0.12
C8 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.04 0.10 0.21 0.23 0.15
N1 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.07 0.10 0.16 0.22 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 0.08 0.08 0.12 0.18 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.10 0.22 0.26 0.14
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.10 0.23 0.26 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.15 0.18 0.11
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.11 0.11 0.14 0.06 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.19 0.25 0.15
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.20 0.11 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.03
O5' 0.05 0.09 0.05 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.13 0.15 0.18 0.15 0.11 0.19 0.07 0.19 0.21 0.16 0.12 0.22 0.23 0.15 0.19 0.20 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.18 0.11 0.20 0.07 0.24 0.09 0.24 0.23 0.22 0.18 0.26 0.26 0.18 0.25 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.11 0.08 0.10 0.03 0.13 0.01 0.12 0.15 0.11 0.09 0.14 0.15 0.11 0.15 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00