ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.021, 0.050, 0.080, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.022, 0.053, 0.084, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.023, 0.054, 0.085, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.023, 0.056, 0.088, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.056 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.056, 0.132, 0.209, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.132 std_dev=0.076
N4 A 0, 0.078, 0.185, 0.292, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.185 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.081, 0.276, 0.470, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.276 std_dev=0.195
O4' A 0, 0.087, 0.301, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.301 std_dev=0.214
O2' A 0, 0.105, 0.407, 0.709, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.407 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.221, 0.552, 0.882, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.552 std_dev=0.331
C3' A 0, 0.057, 0.404, 0.751, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.404 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.124, 0.472, 0.820, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.472 std_dev=0.348
N9 B 0, 0.126, 0.510, 0.895, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.510 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.174, 0.617, 1.059, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.617 std_dev=0.442
C4 B 0, 0.087, 0.543, 0.999, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.543 std_dev=0.456
O3' A 0, 0.141, 0.606, 1.070, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.606 std_dev=0.465
C8 B 0, 0.213, 0.734, 1.255, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.734 std_dev=0.521
OP1 A 0, 0.335, 0.868, 1.402, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.868 std_dev=0.534
O5' A 0, 0.209, 0.747, 1.285, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.747 std_dev=0.538
C2' B 0, 0.359, 0.900, 1.441, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.900 std_dev=0.541
C5' A 0, 0.206, 0.783, 1.360, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.783 std_dev=0.577
C2 B 0, 0.287, 0.874, 1.462, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.874 std_dev=0.587
C5 B 0, 0.163, 0.766, 1.369, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.766 std_dev=0.603
P A 0, 0.272, 0.913, 1.555, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.913 std_dev=0.642
N7 B 0, 0.195, 0.853, 1.511, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.853 std_dev=0.658
C3' B 0, 0.319, 1.013, 1.708, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.013 std_dev=0.695
N1 B 0, 0.345, 1.048, 1.752, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.048 std_dev=0.703
O4' B 0, 0.148, 0.857, 1.565, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.857 std_dev=0.708
C6 B 0, 0.293, 1.013, 1.733, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.013 std_dev=0.720
C4' B 0, 0.258, 1.101, 1.945, 2.209 max_d=2.209 avg_d=1.101 std_dev=0.843
N6 B 0, 0.442, 1.326, 2.210, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.326 std_dev=0.884
O2' B 0, 0.542, 1.504, 2.467, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.504 std_dev=0.962
O3' B 0, 0.394, 1.459, 2.525, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.459 std_dev=1.065
OP2 A 0, 0.282, 1.531, 2.780, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.531 std_dev=1.249
C5' B 0, 0.144, 1.571, 2.997, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.571 std_dev=1.427
O5' B 0, 0.000, 2.182, 4.364, 5.474 max_d=5.474 avg_d=2.182 std_dev=2.182
OP2 B 0, 0.069, 2.711, 5.353, 6.687 max_d=6.687 avg_d=2.711 std_dev=2.642
P B 0, 0.028, 2.833, 5.638, 7.034 max_d=7.034 avg_d=2.833 std_dev=2.805
OP1 B 0, 0.026, 3.324, 6.621, 8.264 max_d=8.264 avg_d=3.324 std_dev=3.297

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.16 0.37 0.11
C2 0.01 0.00 0.12 0.17 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.08 0.12 0.36 0.38 0.15
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.04 0.20 0.01 0.05 0.02 0.17 0.24 0.29 0.09
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.13 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.17 0.14 0.19 0.03 0.02 0.01 0.27 0.17 0.26 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.18 0.04 0.18 0.54 0.34 0.19
C4' 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.06 0.03 0.14 0.02 0.00 0.01 0.14 0.33 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.20 0.53 0.36 0.20
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.10 0.05 0.13 0.05 0.00 0.01 0.32 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.07 0.18 0.41 0.34 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.03 0.11 0.32 0.36 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.17 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.22 0.08 0.15 0.46 0.36 0.17
N4 0.01 0.02 0.04 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.20 0.05 0.20 0.61 0.33 0.21
O2 0.03 0.01 0.20 0.19 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.23 0.13 0.10 0.30 0.41 0.14
O2' 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.10 0.13 0.09 0.04 0.03 0.07 0.06 0.00 0.07 0.11 0.05 0.07 0.29 0.04
O3' 0.03 0.20 0.05 0.02 0.18 0.02 0.09 0.05 0.06 0.11 0.22 0.20 0.23 0.07 0.00 0.02 0.28 0.15 0.29 0.08
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.05 0.13 0.11 0.02 0.00 0.18 0.07 0.44 0.14
O5' 0.04 0.12 0.17 0.27 0.18 0.01 0.20 0.01 0.18 0.11 0.15 0.20 0.10 0.05 0.28 0.18 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.16 0.36 0.24 0.17 0.54 0.14 0.53 0.32 0.41 0.32 0.46 0.61 0.30 0.07 0.15 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.38 0.29 0.26 0.34 0.33 0.36 0.28 0.34 0.36 0.36 0.33 0.41 0.29 0.29 0.44 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.09 0.08 0.19 0.04 0.20 0.02 0.17 0.14 0.17 0.21 0.14 0.04 0.08 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.15 0.39 0.22 0.06 0.29 0.12 0.32 0.29 0.30 0.19 0.37 0.32 0.23 0.42 0.33 0.23 0.52 0.49 0.67 0.50
C2 0.20 0.27 0.21 0.37 0.22 0.12 0.26 0.05 0.28 0.27 0.32 0.19 0.28 0.29 0.23 0.39 0.33 0.25 0.39 0.33 0.50 0.32
C2' 0.23 0.13 0.16 0.31 0.24 0.09 0.34 0.21 0.35 0.36 0.20 0.16 0.47 0.43 0.28 0.44 0.24 0.31 0.47 0.57 0.92 0.68
C3' 0.29 0.29 0.23 0.37 0.28 0.15 0.30 0.08 0.27 0.35 0.26 0.27 0.30 0.37 0.30 0.54 0.32 0.31 0.43 0.49 0.74 0.53
C4 0.14 0.24 0.15 0.46 0.07 0.22 0.05 0.23 0.13 0.19 0.23 0.16 0.11 0.15 0.13 0.52 0.39 0.09 0.71 0.65 0.50 0.54
C4' 0.18 0.10 0.14 0.45 0.16 0.14 0.21 0.12 0.16 0.27 0.11 0.10 0.21 0.29 0.20 0.48 0.41 0.19 0.59 0.54 0.62 0.51
C5 0.12 0.24 0.13 0.52 0.08 0.28 0.05 0.33 0.17 0.15 0.26 0.16 0.17 0.11 0.10 0.57 0.51 0.07 0.89 0.84 0.75 0.77
C5' 0.17 0.21 0.11 0.51 0.20 0.23 0.27 0.24 0.28 0.29 0.25 0.17 0.35 0.33 0.21 0.51 0.52 0.17 0.76 0.69 0.65 0.62
C6 0.14 0.22 0.12 0.49 0.10 0.21 0.11 0.27 0.15 0.20 0.24 0.14 0.16 0.18 0.14 0.52 0.46 0.09 0.79 0.75 0.74 0.69
N1 0.18 0.22 0.15 0.41 0.18 0.10 0.22 0.13 0.24 0.26 0.26 0.15 0.26 0.28 0.21 0.45 0.35 0.18 0.56 0.51 0.61 0.49
N3 0.19 0.26 0.22 0.39 0.16 0.15 0.18 0.10 0.18 0.25 0.26 0.17 0.16 0.23 0.20 0.40 0.34 0.20 0.44 0.38 0.40 0.29
N4 0.15 0.26 0.17 0.50 0.13 0.31 0.14 0.32 0.18 0.21 0.24 0.20 0.16 0.19 0.13 0.59 0.42 0.14 0.81 0.76 0.46 0.62
O2 0.24 0.32 0.28 0.35 0.27 0.19 0.32 0.12 0.37 0.30 0.40 0.24 0.38 0.33 0.27 0.35 0.39 0.34 0.20 0.16 0.54 0.29
O2' 0.26 0.31 0.12 0.28 0.36 0.17 0.49 0.34 0.56 0.45 0.46 0.27 0.70 0.54 0.36 0.35 0.17 0.40 0.56 0.66 1.03 0.81
O3' 0.38 0.42 0.31 0.35 0.38 0.22 0.39 0.16 0.39 0.40 0.41 0.40 0.42 0.43 0.38 0.58 0.30 0.40 0.33 0.52 0.80 0.56
O4' 0.14 0.18 0.15 0.48 0.12 0.16 0.15 0.20 0.14 0.22 0.18 0.13 0.15 0.23 0.16 0.44 0.44 0.13 0.67 0.63 0.62 0.56
O5' 0.26 0.30 0.11 0.43 0.28 0.19 0.31 0.23 0.31 0.34 0.33 0.27 0.33 0.36 0.29 0.66 0.51 0.22 0.77 0.77 0.76 0.71
OP1 0.59 0.51 0.73 1.21 0.51 1.00 0.45 1.12 0.45 0.49 0.48 0.53 0.42 0.43 0.53 0.62 1.40 0.69 1.68 1.80 1.72 1.70
OP2 0.40 0.66 0.25 0.76 0.61 0.61 0.77 0.62 0.84 0.69 0.76 0.57 0.98 0.84 0.54 0.41 0.88 0.54 1.20 0.99 0.87 0.98
P 0.15 0.37 0.17 0.73 0.28 0.49 0.35 0.54 0.42 0.27 0.42 0.30 0.49 0.35 0.21 0.46 0.86 0.27 1.18 1.14 1.03 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.18 0.13 0.58 0.23
C2 0.05 0.00 0.27 0.19 0.01 0.16 0.02 0.20 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.26 0.26 0.29 0.47 0.87 0.63
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.04 0.08 0.12 0.14 0.12 0.21 0.26 0.09 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.19 0.19 0.44 0.10
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.23 0.00 0.32 0.02 0.31 0.36 0.25 0.16 0.35 0.39 0.23 0.03 0.01 0.02 0.39 0.52 0.16 0.36
C4 0.02 0.01 0.15 0.23 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.14 0.28 0.31 0.73 0.44
C4' 0.01 0.16 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.03 0.25 0.09 0.16 0.08 0.21 0.08 0.30 0.06 0.00 0.01 0.18 0.32 0.03
C5 0.01 0.02 0.08 0.32 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.14 0.07 0.44 0.41 0.72 0.48
C5' 0.05 0.20 0.12 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.27 0.15 0.19 0.18 0.25 0.08 0.17 0.19 0.01 0.01 0.15 0.32 0.03
C6 0.02 0.02 0.14 0.31 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.13 0.13 0.38 0.46 0.79 0.55
C8 0.01 0.02 0.12 0.36 0.01 0.25 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.36 0.26 0.15 0.75 0.49 0.53 0.52
N1 0.04 0.00 0.21 0.25 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.15 0.22 0.29 0.48 0.85 0.61
N3 0.05 0.00 0.26 0.16 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.30 0.26 0.25 0.38 0.83 0.56
N6 0.03 0.04 0.09 0.35 0.01 0.08 0.03 0.18 0.01 0.07 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.24 0.20 0.12 0.49 0.57 0.84 0.63
N7 0.01 0.02 0.05 0.39 0.02 0.21 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.35 0.29 0.08 0.71 0.52 0.65 0.58
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.18 0.06 0.00 0.38 0.25 0.60 0.31
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.10 0.30 0.22 0.17 0.17 0.36 0.07 0.12 0.24 0.35 0.18 0.00 0.15 0.20 0.32 0.44 0.33 0.15
O3' 0.27 0.26 0.07 0.01 0.12 0.06 0.14 0.19 0.13 0.26 0.15 0.30 0.20 0.29 0.06 0.15 0.00 0.21 0.48 0.95 0.46 0.63
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.15 0.22 0.26 0.12 0.08 0.00 0.20 0.21 0.00 0.15 0.11 0.63 0.28
O5' 0.18 0.29 0.19 0.39 0.28 0.01 0.44 0.01 0.38 0.75 0.29 0.25 0.49 0.71 0.38 0.32 0.48 0.15 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.13 0.47 0.19 0.52 0.31 0.18 0.41 0.15 0.46 0.49 0.48 0.38 0.57 0.52 0.25 0.44 0.95 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 0.87 0.44 0.16 0.73 0.32 0.72 0.32 0.79 0.53 0.85 0.83 0.84 0.65 0.60 0.33 0.46 0.63 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.63 0.10 0.36 0.44 0.03 0.48 0.03 0.55 0.52 0.61 0.56 0.63 0.58 0.31 0.15 0.63 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00