ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52139

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C4 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
O2 A 0, -0.002, 0.026, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.029
N4 A 0, -0.006, 0.030, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.036
O5' A 0, 0.005, 0.045, 0.084, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.039
O4' A 0, -0.002, 0.050, 0.101, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.050 std_dev=0.051
P A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, -0.019, 0.066, 0.151, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.066 std_dev=0.085
C2' A 0, -0.023, 0.063, 0.148, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.063 std_dev=0.085
C3' A 0, -0.030, 0.085, 0.200, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.085 std_dev=0.115
O2' A 0, -0.003, 0.122, 0.247, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.122 std_dev=0.125
C5' A 0, -0.033, 0.112, 0.256, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.112 std_dev=0.144
OP1 A 0, -0.029, 0.116, 0.260, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.116 std_dev=0.145
N6 B 0, -0.026, 0.121, 0.267, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.121 std_dev=0.146
C6 B 0, -0.026, 0.126, 0.279, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.126 std_dev=0.153
C5 B 0, -0.035, 0.123, 0.281, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.123 std_dev=0.158
N9 B 0, -0.039, 0.135, 0.309, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.135 std_dev=0.174
OP2 A 0, -0.038, 0.142, 0.322, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.142 std_dev=0.180
C1' B 0, -0.041, 0.147, 0.334, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.147 std_dev=0.188
C4 B 0, -0.043, 0.148, 0.339, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.148 std_dev=0.191
O4' B 0, -0.042, 0.158, 0.359, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.158 std_dev=0.200
O3' A 0, -0.052, 0.151, 0.353, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.151 std_dev=0.203
C8 B 0, -0.054, 0.163, 0.380, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.163 std_dev=0.217
N7 B 0, -0.055, 0.163, 0.382, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.163 std_dev=0.219
P B 0, -0.052, 0.174, 0.400, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.174 std_dev=0.226
N1 B 0, -0.041, 0.198, 0.438, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.198 std_dev=0.239
C2' B 0, -0.074, 0.219, 0.512, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.219 std_dev=0.293
N3 B 0, -0.069, 0.228, 0.524, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.228 std_dev=0.296
C4' B 0, -0.075, 0.229, 0.533, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.229 std_dev=0.304
O2' B 0, -0.070, 0.248, 0.566, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.248 std_dev=0.318
C2 B 0, -0.068, 0.255, 0.577, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.255 std_dev=0.323
C3' B 0, -0.086, 0.251, 0.589, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.251 std_dev=0.337
O3' B 0, -0.094, 0.246, 0.587, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.246 std_dev=0.340
O5' B 0, -0.097, 0.275, 0.648, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.275 std_dev=0.372
C5' B 0, -0.103, 0.287, 0.677, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.287 std_dev=0.390
OP2 B 0, -0.168, 0.465, 1.098, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.465 std_dev=0.633
OP1 B 0, -0.223, 0.602, 1.427, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.602 std_dev=0.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.07
C4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01
N4 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.05 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.10 0.04 0.06
O5' 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.11 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.14 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.09 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.12 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.10 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.16 0.06 0.05 0.04 0.15 0.08 0.19 0.07 0.01 0.03 0.36 0.25 0.03
C2 0.06 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.12 0.08 0.06 0.04 0.12 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.54 0.21 0.09
C2' 0.07 0.02 0.10 0.05 0.04 0.00 0.09 0.01 0.06 0.17 0.01 0.01 0.08 0.18 0.08 0.17 0.05 0.02 0.01 0.43 0.08 0.11
C3' 0.10 0.02 0.15 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.06 0.20 0.01 0.00 0.08 0.19 0.11 0.21 0.09 0.01 0.02 0.20 0.23 0.01
C4 0.04 0.25 0.10 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.01 0.21 0.20 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.09 0.58 0.27 0.11
C4' 0.12 0.06 0.17 0.11 0.04 0.03 0.08 0.02 0.03 0.20 0.03 0.04 0.06 0.18 0.11 0.26 0.13 0.02 0.04 0.02 0.45 0.13
C5 0.03 0.24 0.09 0.12 0.11 0.11 0.06 0.13 0.09 0.03 0.18 0.21 0.04 0.03 0.04 0.00 0.08 0.08 0.14 0.50 0.34 0.08
C5' 0.13 0.08 0.18 0.13 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.20 0.05 0.05 0.04 0.17 0.11 0.28 0.16 0.03 0.08 0.12 0.67 0.21
C6 0.02 0.17 0.01 0.05 0.06 0.07 0.01 0.10 0.05 0.09 0.13 0.14 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.05 0.12 0.43 0.35 0.06
N1 0.06 0.12 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.13 0.09 0.08 0.02 0.12 0.06 0.14 0.03 0.01 0.05 0.46 0.28 0.06
N3 0.01 0.16 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.15 0.11 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.59 0.21 0.11
N4 0.08 0.32 0.16 0.16 0.16 0.13 0.11 0.12 0.15 0.04 0.26 0.25 0.09 0.04 0.09 0.12 0.15 0.09 0.11 0.62 0.26 0.13
O2 0.10 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.16 0.01 0.01 0.10 0.18 0.11 0.13 0.06 0.06 0.07 0.52 0.14 0.07
O2' 0.06 0.02 0.10 0.06 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.15 0.04 0.02 0.12 0.18 0.08 0.16 0.05 0.03 0.01 0.38 0.08 0.14
O3' 0.10 0.04 0.15 0.10 0.09 0.03 0.13 0.01 0.11 0.21 0.06 0.04 0.13 0.21 0.13 0.20 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
O4' 0.12 0.09 0.15 0.10 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.19 0.06 0.05 0.04 0.17 0.11 0.26 0.12 0.02 0.04 0.17 0.42 0.07
O5' 0.02 0.12 0.06 0.03 0.04 0.12 0.01 0.20 0.02 0.10 0.09 0.11 0.01 0.09 0.02 0.22 0.03 0.09 0.24 0.13 0.53 0.04
OP1 0.08 0.19 0.04 0.15 0.11 0.25 0.06 0.35 0.08 0.01 0.14 0.18 0.04 0.01 0.07 0.11 0.07 0.20 0.34 0.05 0.59 0.07
OP2 0.02 0.18 0.01 0.06 0.08 0.09 0.03 0.16 0.07 0.07 0.14 0.16 0.05 0.05 0.00 0.15 0.03 0.04 0.18 0.10 0.62 0.10
P 0.02 0.16 0.01 0.10 0.07 0.17 0.02 0.26 0.05 0.06 0.12 0.15 0.02 0.05 0.01 0.17 0.01 0.12 0.27 0.06 0.59 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.41 0.20 0.03
C2 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.08 0.03 0.62 0.13 0.13
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.10 0.15 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.18 0.47 0.14
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.10 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.45 0.16
C4 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.05 0.07 0.60 0.12 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.11 0.66 0.06 0.12
C5' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.08 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.09 0.67 0.05 0.13
C8 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.17 0.62 0.06 0.08
N1 0.00 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.06 0.06 0.66 0.09 0.14
N3 0.00 0.00 0.15 0.10 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.08 0.02 0.58 0.15 0.11
N6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.69 0.01 0.14
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.16 0.67 0.02 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.55 0.13 0.08
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.08 0.09 0.15 0.22 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.17 0.59 0.18
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.10 0.05 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.44 0.14
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.43 0.03 0.14
O5' 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.09 0.17 0.06 0.02 0.11 0.16 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.41 0.62 0.18 0.02 0.60 0.12 0.66 0.07 0.67 0.62 0.66 0.58 0.69 0.67 0.55 0.17 0.04 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.13 0.47 0.45 0.12 0.11 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.15 0.01 0.02 0.13 0.59 0.44 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.13 0.14 0.16 0.11 0.00 0.12 0.00 0.13 0.08 0.14 0.11 0.14 0.10 0.08 0.18 0.14 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00