Doublet Group distance statistics: 52140

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4	A	0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3	A	0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C1'	A	0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N4	A	0, -0.008, 0.033, 0.074, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.033 std_dev=0.041
C2'	A	0, 0.006, 0.135, 0.263, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.135 std_dev=0.129
O4'	A	0, -0.020, 0.121, 0.262, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.121 std_dev=0.141
O2'	A	0, 0.058, 0.210, 0.361, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.210 std_dev=0.152
C4'	A	0, 0.016, 0.214, 0.411, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.214 std_dev=0.197
C3'	A	0, -0.036, 0.189, 0.414, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.189 std_dev=0.225
C5'	A	0, 0.066, 0.387, 0.709, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.387 std_dev=0.321
O3'	A	0, -0.005, 0.336, 0.676, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.336 std_dev=0.340
C2	B	0, 0.124, 0.497, 0.871, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.497 std_dev=0.373
N1	B	0, 0.136, 0.513, 0.891, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.513 std_dev=0.377
C6	B	0, 0.083, 0.492, 0.901, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.492 std_dev=0.409
N3	B	0, 0.084, 0.503, 0.921, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.503 std_dev=0.418
N6	B	0, 0.179, 0.630, 1.080, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.630 std_dev=0.450
C5	B	0, 0.016, 0.485, 0.954, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.485 std_dev=0.469
C4	B	0, 0.028, 0.504, 0.979, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.504 std_dev=0.476
N7	B	0, 0.163, 0.682, 1.202, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.682 std_dev=0.520
N9	B	0, 0.174, 0.717, 1.261, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.717 std_dev=0.543
C8	B	0, 0.210, 0.791, 1.372, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.791 std_dev=0.581
O4'	B	0, 0.244, 0.838, 1.432, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.838 std_dev=0.594
C1'	B	0, 0.259, 0.903, 1.548, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.903 std_dev=0.644
C4'	B	0, 0.325, 1.182, 2.040, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.182 std_dev=0.857
O5'	A	0, 0.004, 1.080, 2.157, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.080 std_dev=1.076
P	A	0, -0.013, 1.224, 2.461, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.224 std_dev=1.237
OP2	A	0, -0.030, 1.314, 2.658, 3.160 max_d=3.160 avg_d=1.314 std_dev=1.344
C2'	B	0, 0.287, 1.646, 3.005, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.646 std_dev=1.359
C5'	B	0, 0.262, 1.633, 3.004, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.633 std_dev=1.371
OP1	A	0, 0.018, 1.432, 2.846, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.432 std_dev=1.414
O2'	B	0, 0.356, 2.096, 3.837, 4.262 max_d=4.262 avg_d=2.096 std_dev=1.741
C3'	B	0, 0.216, 1.981, 3.746, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.981 std_dev=1.765
O5'	B	0, -0.005, 2.373, 4.751, 5.623 max_d=5.623 avg_d=2.373 std_dev=2.378
O3'	B	0, 0.234, 2.664, 5.094, 5.876 max_d=5.876 avg_d=2.664 std_dev=2.430
OP2	B	0, -0.157, 2.913, 5.982, 7.157 max_d=7.157 avg_d=2.913 std_dev=3.070
P	B	0, -0.247, 2.922, 6.091, 7.326 max_d=7.326 avg_d=2.922 std_dev=3.169
OP1	B	0, -0.241, 3.591, 7.422, 8.900 max_d=8.900 avg_d=3.591 std_dev=3.831

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.00	0.03	0.00	0.35	0.30	0.12	0.17
C2	0.03	0.00	0.03	0.05	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.06	0.04	0.64	0.56	0.50	0.49
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.06	0.00	0.02	0.01	0.28	0.38	0.18	0.20
C3'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.05	0.00	0.04	0.02	0.08	0.01	0.02	0.01	0.32	0.53	0.17	0.28
C4	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.02	0.02	0.86	0.79	0.79	0.76
C4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.00	0.03	0.24	0.20	0.02
C5	0.00	0.01	0.05	0.03	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.04	0.02	0.89	0.82	0.79	0.78
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.07	0.00	0.08	0.00	0.06	0.04	0.05	0.09	0.02	0.03	0.03	0.01	0.00	0.39	0.36	0.01
C6	0.00	0.00	0.05	0.05	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.02	0.81	0.69	0.56	0.63
N1	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.63	0.53	0.40	0.44
N3	0.03	0.01	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.06	0.03	0.76	0.69	0.67	0.64
N4	0.03	0.02	0.04	0.02	0.00	0.02	0.00	0.09	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.07	0.03	0.01	0.89	0.86	0.89	0.83
O2	0.03	0.00	0.06	0.08	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.10	0.05	0.52	0.46	0.41	0.38
O2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.06	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.06	0.07	0.06	0.00	0.02	0.04	0.03	0.11	0.04	0.06
O3'	0.03	0.06	0.02	0.02	0.02	0.04	0.04	0.03	0.06	0.01	0.06	0.03	0.10	0.02	0.00	0.03	0.15	0.52	0.12	0.22
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.05	0.04	0.03	0.00	0.22	0.19	0.13	0.03
O5'	0.35	0.64	0.28	0.32	0.86	0.03	0.89	0.00	0.81	0.63	0.76	0.89	0.52	0.03	0.15	0.22	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.30	0.56	0.38	0.53	0.79	0.24	0.82	0.39	0.69	0.53	0.69	0.86	0.46	0.11	0.52	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.12	0.50	0.18	0.17	0.79	0.20	0.79	0.36	0.56	0.40	0.67	0.89	0.41	0.04	0.12	0.13	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.17	0.49	0.20	0.28	0.76	0.02	0.78	0.01	0.63	0.44	0.64	0.83	0.38	0.06	0.22	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.20	0.42	0.23	0.24	0.15	0.19	0.89	0.16	0.22	0.16	0.26	0.13	0.18	0.25	0.80	1.02	0.36	1.58	1.83	1.46	1.90
C2	0.12	0.27	0.28	0.07	0.18	0.29	0.18	0.81	0.22	0.10	0.26	0.23	0.20	0.12	0.12	0.76	0.79	0.52	1.32	1.08	0.94	1.32
C2'	0.35	0.23	0.33	0.16	0.27	0.17	0.23	0.93	0.20	0.25	0.20	0.29	0.18	0.23	0.28	0.57	0.83	0.31	1.60	1.90	1.31	1.88
C3'	0.16	0.13	0.06	0.26	0.06	0.35	0.08	1.16	0.13	0.05	0.16	0.08	0.15	0.06	0.07	0.27	0.37	0.38	2.03	2.55	2.01	2.52
C4	0.13	0.19	0.07	0.31	0.08	0.40	0.13	0.86	0.03	0.25	0.17	0.06	0.04	0.24	0.17	0.49	0.35	0.52	1.44	1.08	1.10	1.37
C4'	0.25	0.13	0.19	0.08	0.07	0.24	0.09	1.09	0.15	0.08	0.19	0.08	0.19	0.06	0.12	0.49	0.66	0.34	1.95	2.70	2.18	2.59
C5	0.04	0.13	0.04	0.34	0.07	0.40	0.15	0.95	0.11	0.20	0.04	0.07	0.16	0.23	0.12	0.46	0.34	0.49	1.67	1.51	1.51	1.74
C5'	0.13	0.25	0.06	0.28	0.12	0.35	0.21	1.18	0.31	0.08	0.34	0.11	0.37	0.18	0.03	0.35	0.40	0.40	2.14	3.01	2.58	2.85
C6	0.08	0.14	0.10	0.21	0.03	0.34	0.06	0.98	0.07	0.07	0.06	0.12	0.12	0.11	0.01	0.55	0.53	0.45	1.74	1.76	1.65	1.93
N1	0.16	0.21	0.25	0.03	0.15	0.27	0.11	0.91	0.12	0.08	0.16	0.21	0.10	0.08	0.12	0.69	0.76	0.46	1.59	1.57	1.38	1.75
N3	0.12	0.26	0.15	0.15	0.08	0.36	0.09	0.78	0.19	0.15	0.28	0.15	0.18	0.11	0.12	0.63	0.55	0.54	1.26	0.86	0.83	1.16
N4	0.22	0.17	0.16	0.41	0.14	0.43	0.20	0.81	0.04	0.36	0.18	0.04	0.05	0.36	0.26	0.42	0.20	0.51	1.32	0.84	0.94	1.18
O2	0.22	0.29	0.49	0.32	0.30	0.23	0.30	0.69	0.31	0.24	0.30	0.29	0.30	0.27	0.25	0.94	1.06	0.51	1.07	0.84	0.63	1.05
O2'	0.60	0.29	0.67	0.60	0.43	0.19	0.38	0.65	0.31	0.48	0.26	0.39	0.29	0.42	0.50	0.82	1.32	0.11	1.18	1.73	0.97	1.58
O3'	0.14	0.17	0.12	0.36	0.06	0.36	0.09	1.21	0.15	0.04	0.19	0.09	0.17	0.06	0.05	0.11	0.15	0.29	2.07	2.95	2.04	2.74
O4'	0.29	0.11	0.33	0.14	0.14	0.19	0.10	1.00	0.11	0.14	0.12	0.15	0.13	0.09	0.18	0.72	0.91	0.37	1.79	2.30	1.91	2.30
O5'	0.65	0.64	0.55	0.45	0.65	0.43	0.63	1.08	0.61	0.63	0.61	0.65	0.59	0.63	0.64	0.79	0.70	0.45	1.95	2.80	2.32	2.62
OP1	0.79	0.78	0.71	0.64	0.76	0.56	0.72	0.96	0.70	0.72	0.73	0.79	0.66	0.70	0.75	0.88	0.87	0.56	1.81	2.80	2.29	2.49
OP2	0.61	0.67	0.53	0.55	0.63	0.45	0.63	1.01	0.64	0.60	0.66	0.65	0.61	0.61	0.61	0.74	0.58	0.45	1.90	2.54	2.26	2.42
P	0.61	0.65	0.54	0.50	0.61	0.45	0.59	1.05	0.59	0.58	0.62	0.64	0.56	0.57	0.59	0.76	0.68	0.45	1.94	2.75	2.34	2.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02	0.05	0.02	0.00	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.29	0.01	0.09	0.43	0.74	0.37
C2	0.04	0.00	0.25	0.68	0.01	0.37	0.01	0.78	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.27	0.18	1.46	1.11	1.08	1.28
C2'	0.00	0.25	0.00	0.00	0.15	0.03	0.10	0.10	0.15	0.10	0.22	0.23	0.12	0.03	0.03	0.00	0.02	0.04	0.35	0.61	0.73	0.53
C3'	0.02	0.68	0.00	0.00	0.45	0.00	0.40	0.01	0.52	0.05	0.64	0.62	0.49	0.20	0.20	0.02	0.00	0.03	0.10	0.05	0.23	0.10
C4	0.02	0.01	0.15	0.45	0.00	0.20	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.19	0.08	0.08	0.69	0.17	0.19	0.32
C4'	0.04	0.37	0.03	0.00	0.20	0.00	0.14	0.01	0.21	0.07	0.31	0.35	0.18	0.01	0.04	0.27	0.03	0.00	0.03	0.10	0.49	0.14
C5	0.02	0.01	0.10	0.40	0.00	0.14	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.28	0.10	0.00	0.51	0.28	0.29	0.17
C5'	0.05	0.78	0.10	0.01	0.37	0.01	0.25	0.00	0.42	0.16	0.65	0.70	0.35	0.05	0.06	0.17	0.16	0.02	0.01	0.35	0.30	0.01
C6	0.02	0.01	0.15	0.52	0.00	0.21	0.00	0.42	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.27	0.20	0.04	0.82	0.23	0.34	0.49
C8	0.00	0.01	0.10	0.05	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.34	0.14	0.13	0.24	1.04	0.96	0.69
N1	0.03	0.00	0.22	0.64	0.00	0.31	0.00	0.65	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.20	0.28	0.12	1.23	0.79	0.85	1.01
N3	0.04	0.00	0.23	0.62	0.00	0.35	0.01	0.70	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.19	0.20	1.28	0.85	0.66	0.99
N6	0.02	0.01	0.12	0.49	0.00	0.18	0.00	0.35	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.32	0.20	0.01	0.70	0.20	0.29	0.36
N7	0.01	0.01	0.03	0.20	0.01	0.01	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.36	0.03	0.10	0.11	0.88	0.75	0.50
N9	0.01	0.01	0.03	0.20	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.21	0.10	0.03	0.16	0.49	0.64	0.29
O2'	0.01	0.13	0.00	0.02	0.19	0.27	0.28	0.17	0.27	0.34	0.20	0.10	0.32	0.36	0.21	0.00	0.09	0.15	0.19	0.42	0.63	0.36
O3'	0.29	0.27	0.02	0.00	0.08	0.03	0.10	0.16	0.20	0.14	0.28	0.19	0.20	0.03	0.10	0.09	0.00	0.12	0.12	0.48	0.03	0.20
O4'	0.01	0.18	0.04	0.03	0.08	0.00	0.00	0.02	0.04	0.13	0.12	0.20	0.01	0.10	0.03	0.15	0.12	0.00	0.06	0.27	0.80	0.32
O5'	0.09	1.46	0.35	0.10	0.69	0.03	0.51	0.01	0.82	0.24	1.23	1.28	0.70	0.11	0.16	0.19	0.12	0.06	0.00	0.06	0.02	0.00
OP1	0.43	1.11	0.61	0.05	0.17	0.10	0.28	0.35	0.23	1.04	0.79	0.85	0.20	0.88	0.49	0.42	0.48	0.27	0.06	0.00	0.03	0.00
OP2	0.74	1.08	0.73	0.23	0.19	0.49	0.29	0.30	0.34	0.96	0.85	0.66	0.29	0.75	0.64	0.63	0.03	0.80	0.02	0.03	0.00	0.00
P	0.37	1.28	0.53	0.10	0.32	0.14	0.17	0.01	0.49	0.69	1.01	0.99	0.36	0.50	0.29	0.36	0.20	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00