ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52142

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O3' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C8 B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 B 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5 B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
N9 B 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C5' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
N3 B 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C6 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C2 B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N6 B 0, 0.000, 0.137, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.137
P A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C3' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O3' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O2' B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
OP1 A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C5' B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
P B 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
OP2 B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
OP1 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.03
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.02
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
O5' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.03 0.08 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.06 0.06 0.10 0.11 0.09 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.11 0.11 0.04 0.08 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.03 0.12 0.11 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09
C2 0.04 0.02 0.09 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.08 0.08 0.10 0.05 0.07 0.09
C2' 0.04 0.05 0.12 0.13 0.04 0.10 0.02 0.13 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.13 0.11 0.06 0.12 0.11 0.09 0.13
C3' 0.03 0.05 0.12 0.13 0.04 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.15 0.12 0.04 0.10 0.12 0.08 0.13
C4 0.05 0.03 0.06 0.08 0.02 0.11 0.02 0.14 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.09 0.01 0.05 0.06
C4' 0.03 0.05 0.11 0.11 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.15 0.11 0.02 0.07 0.09 0.06 0.10
C5 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.11 0.04 0.12 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.04 0.04 0.08 0.11 0.07 0.02 0.03 0.05
C5' 0.02 0.04 0.10 0.11 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.11 0.00 0.07 0.10 0.07 0.11
C6 0.04 0.05 0.08 0.09 0.04 0.09 0.03 0.10 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.08 0.08 0.07 0.00 0.03 0.05
N1 0.04 0.04 0.09 0.10 0.03 0.09 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.09 0.07 0.08 0.03 0.05 0.07
N3 0.04 0.01 0.06 0.09 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.10 0.03 0.07 0.09
N4 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.11 0.02 0.15 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.13 0.08 0.04 0.05 0.04
O2 0.03 0.02 0.10 0.11 0.02 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.12
O2' 0.04 0.05 0.12 0.13 0.03 0.11 0.02 0.14 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.11 0.11 0.07 0.13 0.11 0.10 0.13
O3' 0.03 0.06 0.12 0.13 0.04 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.03 0.15 0.12 0.03 0.09 0.10 0.07 0.11
O4' 0.04 0.05 0.11 0.11 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.14 0.11 0.03 0.06 0.06 0.04 0.08
O5' 0.01 0.02 0.07 0.09 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.10 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08 0.11
OP1 0.17 0.08 0.26 0.30 0.13 0.27 0.11 0.32 0.08 0.14 0.07 0.11 0.08 0.11 0.15 0.23 0.24 0.20 0.34 0.39 0.35 0.38
OP2 0.06 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.11 0.06 0.05 0.08 0.12 0.11 0.05 0.10 0.16 0.14 0.16
P 0.07 0.05 0.15 0.18 0.07 0.14 0.05 0.16 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.03 0.07 0.17 0.16 0.08 0.18 0.24 0.20 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.08 0.08 0.05 0.09 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C5' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.07 0.08 0.04
C8 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.03 0.02
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03
N6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.10 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03
O5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00